LSM8 - LSM8

LSM8
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3JCR
Идентификаторы
Псевдонимы	LSM8, NAA38, гомолог LSM8, связанная с малой ядерной РНК U6
Внешние идентификаторы	OMIM: 607288 MGI: 1923772 ГомолоГен: 9419 Генные карты: LSM8
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 7 (человек)[1] Группа 7q31.31 Начните 118,184,144 бп[1] Конец 118,204,035 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 6 (мышь)[2] Группа 6 | 6 A2 Начните 18,848,579 бп[2] Конец 18,855,751 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание мяРНК U6 • Связывание РНК Сотовый компонент • сплайсосомальный комплекс • ядро клетки • нуклеоплазма • Три-snRNP комплекс U4 / U6 x U5 • U6 snRNP • прекаталитическая сплайсосома • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 • Лсм2-8 комплекс Биологический процесс • обработка мРНК • Сплайсинг РНК • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • Метаболический процесс РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	51691	76522
Ансамбль	ENSG00000128534	ENSMUSG00000044155
UniProt	O95777	Q6ZWM4
RefSeq (мРНК)	NM_016200	NM_133939
RefSeq (белок)	NP_057284	NP_598700
Расположение (UCSC)	Chr 7: 118.18 - 118.2 Мб	Chr 6: 18,85 - 18,86 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

U6 snRNA-ассоциированный Sm-подобный белок LSm8 это белок что у людей кодируется LSM8 ген.^[5][6]

Этот ген является членом семейства LSm и кодирует белок с замкнутой бочкообразной формой, состоящий из пяти антипараллельных бета-цепей и альфа-спирали. Белок сотрудничает с шестью паралогами, образуя гетерогептамерное кольцо, которое временно связывает РНК и участвует в общем созревании РНК в ядре.^[6]

Взаимодействия

LSM8 показал себя взаимодействовать с LSM2.^[7][8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000128534 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000044155 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Ахсель Т., Брамс Х., Кастнер Б., Бачи А., Вильм М., Лурманн Р. (декабрь 1999 г.). «Гетеромер Sm-подобных белков человека в форме пончика связывается с 3'-концом мяРНК U6, тем самым облегчая образование дуплекса U4 / U6 in vitro». EMBO J. 18 (20): 5789–802. Дои:10.1093 / emboj / 18.20.5789. ЧВК  1171645. PMID  10523320.
6. "Ген Entrez: LSM8 LSM8 гомолог, связанная с малой ядерной РНК U6 (S. cerevisiae)".
7. Ленер, Бен; Сандерсон Кристофер М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ISSN  1088-9051. ЧВК  442147. PMID  15231747.
8. Ленер, Бен; Семпл Дженнифер I; Браун Стефани Э; Советник Дамиан; Кэмпбелл Р. Дункан; Сандерсон Кристофер М. (январь 2004 г.). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. ISSN  0888-7543. PMID  14667819.

дальнейшее чтение

• Хусиал П., Плааг Р., Зиеве Г.В. (2005). «Белки LSm образуют гептамерные кольца, которые связываются с РНК через повторяющиеся мотивы». Trends Biochem. Наука. 30 (9): 522–8. Дои:10.1016 / j.tibs.2005.07.006. PMID  16051491.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Центр Сангера, The; Центр секвенирования генома Вашингтонского университета, The (1999). «К полной последовательности человеческого генома». Genome Res. 8 (11): 1097–108. Дои:10.1101 / гр. 8.11.1097. PMID  9847074.
• Сальгадо-Гарридо Дж., Брагадо-Нильссон Э., Канделс-Льюис С., Серафин Б. (1999). «Sm и Sm-подобные белки собираются в два родственных комплекса глубокого эволюционного происхождения». EMBO J. 18 (12): 3451–62. Дои:10.1093 / emboj / 18.12.3451. ЧВК  1171424. PMID  10369684.
• Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC и др. (2002). «Аутоантитела к hLSm4 и гептамерному комплексу LSm в сыворотке против Sm». Ревматоидный артрит. 46 (3): 726–34. Дои:10.1002 / арт.10220. PMID  11920408.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR и др. (2003). «Хромосома 7 человека: последовательность ДНК и биология». Наука. 300 (5620): 767–72. Bibcode:2003Наука ... 300..767С. Дои:10.1126 / science.1083423. ЧВК  2882961. PMID  12690205.
• Хиллиер Л.В., Фултон Р.С., Фултон Л.А. и др. (2003). «Последовательность ДНК хромосомы 7 человека». Природа. 424 (6945): 157–64. Bibcode:2003Натура.424..157H. Дои:10.1038 / природа01782. PMID  12853948.
• Ленер Б., Семпл Дж. И., Браун С. Е. и др. (2004). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
• Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.