Список сайтов разреза рестрикционным ферментом: Bd – Bp - List of restriction enzyme cutting sites: Bd–Bp - Wikipedia

Основные статьи: Список сайтов разрезания рестрикционных ферментов и Фермент рестрикции
Легенда о азотистые основания
КодНуклеотид представлен
ААденин (А)
CЦитозин (С)
граммГуанин (ГРАММ)
ТТимин (Т)
NA, C, G или T
MА или С
рA или G
WА или Т
YC или T
SC или G
KG или T
ЧАСA, C или T
BC, G или T
VA, C или G
DA, G или T


В этой статье содержится список наиболее изученных рестрикционных ферментов, названия которых начинаются с Bd до Bp включительно. Он содержит около 100 ферментов.

Приведена следующая информация:

  • Фермент: Принятое название молекула, согласно международно принятой номенклатура[1][2], и библиографические ссылки. (Дальнейшее чтение: см. Раздел "Номенклатура "в статье"Фермент рестрикции ".)
  • Код PDB: Код, используемый для определения структуры белка в PDB база данных белковых структур. Трехмерная атомная структура белка предоставляет очень ценную информацию для понимания внутренних деталей механизма его действия.[3][4].
  • Источник: Организм, который естественным образом производит фермент.
  • Последовательность распознавания: Последовательность ДНК, распознаваемая ферментом и с которой он специфически связывается.
  • Резать: Участок разреза и продукты ДНК разреза. В последовательность распознавания и место разрезания обычно совпадают, но иногда сайт разреза может находиться на расстоянии нескольких десятков нуклеотидов от сайта распознавания[5][6].
  • Изошизомеры и неошизомеры: An изошизомер является фермент который распознает ту же последовательность, что и другой. А неошизомер представляет собой особый тип изошизомера, который распознает одну и ту же последовательность, но разрезает другим способом. Для каждого фермента указано не более 8-10 наиболее распространенных изошизомеров, но их может быть намного больше. Неошизомеры выделены жирным шрифтом зеленого цвета (например: BamHI). Когда "Нет на Дата", это означает, что на эту дату в базах данных не было зарегистрированных изошизомеров с четко определенным участком разрезания. Изошизомеры, указанные белым шрифтом и серым фоном, соответствуют ферментам, не указанным в текущих списках:
как в этом не перечисленном ферменте: EcoR70I 


Навигация по всему списку

Ферменты рестрикции

Bd - Bp

ФерментКод PDBИсточникПоследовательность распознаванияРезатьИзошизомеры
BdiIBrevibacterium divaricatum 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		BavCI, Bci29I, Bli41I, Bli86I, BseCI, BsuTUI, Rme21I, SpmI
BdiSIBacteroides distasonis 5 'CTRYAG
3 'GAYRTC 		5 '--- С   TRYAG --- 3 '
3 '--- ГАЙРТ   C --- 5 '
BecAIIBrevibacterium sp. А 5 'GGCC
3 'CCGG 		5 '--- GG   CC --- 3 '
3 '--- CC   GG --- 5 '
BepIBrevibacterium epidermidis 5 футов CGCG
3 'GCGC 		5 '--- CG   CG --- 3 '
3 '--- GC   GC --- 5 ' 		AccII, BepI, BspFNI, BstUI, Bsu1532I, BtkI, FalII, FauBII, ThaI
BetIBrevibacterium acetyliticum 5 футов WCCGGW
3 'WGGCCW 		5 '--- Вт   CCGGW --- 3 '
3 '--- WGGCC   W --- 5 '
BfaI [7]Bacteroides fragilis 5 'CTAG
3 'GATC 		5 '--- С   ТЕГ --- 3 '
3 '--- GAT   C --- 5 '
BfiI2C1LBacillus firmus S8120 5 'ACTGGG
3 'TGACCC 		5 '--- ACTGGGNNNNN   --- 3'
3 '--- TGACCCNNNN   N --- 5 ' 		БМРИ
Bfi57IButyrivibrio fibrisolvens OB157 5 'GATC
3 'CTAG 		5' ---   GATC --- 3 '
3 '--- CTAG   --- 5' 		Bsp105I, Bsp143I, BspJI, BstMBI, CviAI, Kzo9I, NdeII, SsiBI
Bfi89IButyrivibrio fibrisolvens OB189 5 'YGGCCR
3 'RCCGGY 		5 '--- Y   GGCCR --- 3 '
3 '--- RCCGG   Y --- 5 '
BflIBacillus flavothermus 5 'CCN7GG
3 'GGN7CC 		5 '--- CCNNNNN   NNGG --- 3 '
3 '--- GGNN   NNNNNCC --- 5 '
BfmIBacillus firmus S8-336 5 'CTRYAG
3 'GAYRTC 		5 '--- С   TRYAG --- 3 '
3 '--- ГАЙРТ   C --- 5 '
BfrIBacteroides fragilis 5 'CTTAAG
3 'GAATTC 		5 '--- С   TTAAG --- 3 '
3 '--- ГААТТ   C --- 5 '
BfrBI [8]Bacteroides fragilis BE3 5 'ATGCAT
3 'ТАКГА 		5 '--- ATGCA   Т --- 3 '
3 '--- т   ACGTA --- 5 ' 		Csp68KIII, EcoT22I, Mph1103I, PinBI, Ppu10I, SepI, SspD5II, Zsp2I
BfuIBacillus firmus Аук 22-м21 5 футов GTATCC
3 'CATAGG 		5 '--- GTATCCN4NN   --- 3'
3 '--- CATAGGN4N   N --- 5 ' 		BciVI
BfuAIBacillus fusiformis 5 'ACCTGC
3 'TGGACG 		5 '--- ACCTGCNNNN   NNNN --- 3 '
3 '--- TGGACGNNNNNNNN   --- 5' 		Acc36I, BspMI, BveI
BfuCIBacillus fusiformis 1226 5 'GATC
3 'CTAG 		5' ---   GATC --- 3 '
3 '--- CTAG   --- 5' 		Bce243I, Bsp105I, BspFI, БстКТИ, CpfI, HacI, MkrAI, Sth368I
BglI1ДМУBacillus globigii 5 'GCCN5GGC
3 'CGGN5CCG 		5 '--- GCCNNNN   NGGC --- 3 '
3 '--- CGGN   NNNNCCG --- 5 '
BglII1ES8Bacillus globigii 5 'АГАТКТ
3 'TCTAGA 		5 '--- А   GATCT --- 3 '
3 '--- TCTAG   А --- 5 '
BimIBrevibacterium immotum 5 'TTCGAA
3 'AAGCTT 		5 '--- ТТ   CGAA --- 3 '
3 '--- AAGC   TT --- 5 ' 		AcpI, AsuII, Bpu14I, BspT104I, CbiI, FspII, MlaI, PpaAI, SfuI
Bim19IBrevibacterium immotum 19 5 'TTCGAA
3 'AAGCTT 		5 '--- ТТ   CGAA --- 3 '
3 '--- AAGC   TT --- 5 ' 		AcpI, AsuII, Bpu14I, BspT104I, CbiI, FspII, MlaI, PpaAI, SfuI
Bim19IIBrevibacterium immotum 19 5 'GGCC
3 'CCGG 		5 '--- GG   CC --- 3 '
3 '--- CC   GG --- 5 '
BinIBifidobacterium infantis 659 5 'GGATC
3 'CCTAG 		5 '--- GGATCNNNN   N --- 3 '
3 '--- CCTAGNNNNN   --- 5'
AclWI, AlwI, BsrWI, BspPI,
BstH9I, Bth617I, EacI
BlfIBacillus licheniformis 5 'TCCGGA
3 'AGGCCT 		5 '--- т   CCGGA --- 3 '
3 '--- AGGCC   Т --- 5 ' 		AccIII, Aor13HI, BseAI, BsiMI, BspMII, Bsu23I, Kpn2I, PinBII
Bli41IBacillus licheniformis 41 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		Bci29I, Bli86I, BseCI, BsiXI, BsuTUI, Rme21I, SpmI, Ssp27144I
Bli86IBacillus licheniformis 86 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		BliAI, Bli41I, BseDI, BsiXI, Rme21I, SpmI, Ssp27144I, ZhoI
Bli736IBacillus licheniformis 736 5 'GGTCTC
3 'CCAGAG 		5 '--- GGTCTCN   NNNN --- 3 '
3 '--- CCAGAGNNNNN   --- 5'
BliAIBacillus licheniformis 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		BliRI, Bli41I, BsiXI, BspDI, Rme21I, SpmI, Ssp27144I, ZhoI
БлиХКИBacillus licheniformis HK 5 'CCTNAGG
3 'GGANTCC 		5 '--- CC   TNAGG --- 3 '
3 '--- ГГАНТ   CC --- 5 ' 		AocI, AxyI, Bse21I, Bsu36I, Eco81I, MstII, SauI, SshAI
BliRIBacillus licheniformis 5 'ATCGAT
3 'ТАГКТА 		5 '--- В   CGAT --- 3 '
3 '--- TAGC   ТА --- 5 ' 		BciBI, BdiI, Bli41I, BsiXI, BspDI, BspXI, LplI, SpmI, ZhoI
МлрдБелье Brevibacterium 5 'CCTAGG
3 'GGATCC 		5 '--- С   CTAGG --- 3 '
3 '--- GGATC   C --- 5 ' 		AspA2I, AvrII, AvrBII, BspA2I, XmaJI
BloHIBifidobacterium longum E194b 5 'RGATCY
3 'YCTAGR 		5 '--- R   ГЭТСИ --- 3 '
3 '--- YCTAG   R --- 5 '
BloHIIBifidobacterium longum E194b 5 'CTGCAG
3 'GACGTC 		5 '--- CTGCA   G --- 3 '
3 '--- G   ACGTC --- 5 ' 		AjoI, Asp713I, BsuBI, CflI, CfuII, HalII, PstI, SalPI, SflI, Sst12I
BlpIBacillus lentus 5 'GCTNAGC
3 'CGANTCG 		5 '--- GC   TNAGC --- 3 '
3 '--- CGANT   CG --- 5 '
BluIBrevibacterium luteum 5 'CTCGAG
3 'GAGCTC 		5 '--- С   TCGAG --- 3 '
3 '--- GAGCT   C --- 5 ' 		AbrI, BssHI, BstVI, PanI, Sau3239I, Sfr274I, TliI, XhoI
Bme12IBacillus megaterium 12 5 'GATC
3 'CTAG 		5' ---   GATC --- 3 '
3 '--- CTAG   --- 5' 		Bfi57I, Bsp143I, BspJI, BstMBI, CviAI, Kzo9I, NlaII, SsiBI
Bme18IBacillus megaterium 18 5 'GGWCC
3 'CCWGG 		5 '--- G   GWCC --- 3 '
3 '--- CCWG   G --- 5 ' 		BamNxI, BcuAI, Csp68KI, EagMI, FssI, HgiCII, HgiJI, SinI
Bme142IBacillus megaterium 142 5 'RGCGCY
3 'YCGCGR 		5 '--- RGC   GCY --- 3 '
3 '--- YCG   CGR --- 5 '
AccB2I, BfoI, Bsp143II,
BstH2I, HaeII, LpnI
Bme216IBacillus megaterium 216 5 'GGWCC
3 'CCWGG 		5 '--- G   GWCC --- 3 '
3 '--- CCWG   G --- 5 ' 		BamNxI, BcuAI, Csp68KI, Eco47I, FssI, HgiCII, HgiJI, SinI
Bme361IBacillus megaterium 361 5 'GGCC
3 'CCGG 		5 '--- GG   CC --- 3 '
3 '--- CC   GG --- 5 '
Bme585IBacillus mesentericus 585 5 'CCCGC
3 'GGGCG 		5 '--- CCCGCNNNN   NN --- 3 '
3 '--- GGGCGNNNNNN   --- 5'
Bme1390IBacillus megaterium RFL1390 5 'CCNGG
3 'GGNCC 		5 '--- CC   NGG --- 3 '
3 '--- GGN   CC --- 5 '
Bme1580IBacillus megaterium 1580 5 'ГКГКМЦ
3 'CMCGKG 		5 '--- ГКГЦМ   C --- 3 '
3 '--- С   MCGKG --- 5 '
BmgBIBacillus megaterium 5 'CACGTC
3 'GTGCAG 		5 '--- CAC   GTC --- 3 '
3 '--- GTG   CAG --- 5 '
БМРИ [9][10]Bacillus megaterium 5 'ACTGGG
3 'TGACCC 		5 '--- ACTGGGNNNNN   --- 3'
3 '--- TGACCCNNNN   N --- 5 ' 		BfiI
BmtIBacillus megaterium S2 5 'GCTAGC
3 'CGATCG 		5 '--- GCTAG   C --- 3 '
3 '--- С   GATCG --- 5 '
AceII, AsuNHI, BspOI, NheI,
LlaG2I, ПстНИ
BmyI [11]Bacillus mycoides 5 'ГДГЧК
3 'CHCGDG 		5 '--- ГДГЧ   C --- 3 '
3 '--- С   HCGDG --- 5 ' 		AocII, BsoCI, Bsp1286I, BspLS2I, MhlI, NspII, SduI
BnaIBacillus natto B3364 5 'GGATCC
3 'CCTAGG 		5 '--- G   GATCC --- 3 '
3 '--- CCTAG   G --- 5 ' 		AccEBI, BamHI, Bce751I, BstI, CelI, OkrAI, Nsp29132II, Pfl8I, SolI
BoxIBrevibacterium oxydans Ити 12-025 5 'GACN4GTC
3 'CTGN4CAG 		5 '--- GACNN   NNGTC --- 3 '
3 '--- CTGNN   NNCAG --- 5 '
BpcIBacillus sphaericus 5 'CTRYAG
3 'GAYRTC 		5 '--- С   TRYAG --- 3 '
3 '--- ГАЙРТ   C --- 5 '
BpiIBacillus pumilus sw 4-3 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACNN   NNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGNNNNNN   --- 5'
BplIBacillus pumilus 5 'ГАГН5CTC
3 'CTCN5GAG 		5 '--- ГАГН5CTCN7NNNNNN   --- 3'
3 '--- CTCN5ГАГН7N   NNNNN --- 5 '
BpmIBacillus pumilus 5 'CTGGAG
3 'GACCTC 		5 '--- CTGGAGN13NNN   --- 3'
3 '--- GACCTCN13N   NN --- 5 '
BpoAIBacillus polymyxa 5 'АТТААТ
3 'ТААТТА 		5 '--- В   ТААТ --- 3 '
3 '--- ТААТ   ТА --- 5 ' 		АсеИ, Асни, ПшБИ, Сру4ДИ, ВспИ
BptIBacillus pantothenticus 5 'CCWGG
3 'GGWCC 		5 '--- CC   WGG --- 3 '
3 '--- GGW   CC --- 5 ' 		Аджни, BseBI, Bse16I, BstNI, BstOI, BstM6I, Bst2UI, ЭкоРИИ, MvaI
BpuIBacillus pumilus AHU1387A 5 'GRGCYC
3 'CYCGRG 		5 '--- GRGCY   C --- 3 '
3 '--- С   YCGRG --- 5 '
Bpu10IBacillus pumilus 10 5 'CCTNAGC
3 'GGANTCG 		5 '--- CC   TNAGC --- 3 '
3 '--- ГГАНТ   CG --- 5 '
Bpu14IBacillus pumilus 14 5 'TTCGAA
3 'AAGCTT 		5 '--- ТТ   CGAA --- 3 '
3 '--- AAGC   TT --- 5 ' 		AcpI, AsuII, BsiCI, BspT104I, CbiI, FspII, MlaI, PpaAI, SfuI
Bpu95IBacillus pumilus 95 5 футов CGCG
3 'GCGC 		5 '--- CG   CG --- 3 '
3 '--- GC   GC --- 5 ' 		AccII, BepI, BspFNI, BstUI, Bsu1532I, FalII, FnuDII, MvnI, ThaI
Bpu1102IBacillus pumilus RFL1102 5 'GCTNAGC
3 'CGANTCG 		5 '--- GC   TNAGC --- 3 '
3 '--- CGANT   CG --- 5 '
BpuAI [12]Bacillus pumilus 5 'GAAGAC
3 'CTTCTG 		5 '--- GAAGACNN   NNNN --- 3 '
3 '--- CTTCTGNNNNNN   --- 5'
BpuAmIBacillus pumilus 5 'GAGCTC
3 'CTCGAG 		5 '--- GAG   CTC --- 3 '
3 '--- CTC   GAG --- 5 '
BpuB5IBacillus pumilus 5 'CGTACG
3 'GCATGC 		5 '--- С   GTACG --- 3 '
3 '--- GCATG   C --- 5 '
BpuDIBacillus pumilus 1117 5 'CCTNAGC
3 'GGANTCG 		5 '--- CC   TNAGC --- 3 '
3 '--- ГГАНТ   CG --- 5 '
БпуЭИBacillus pumilus 2187a 5 'CTTGAG
3 'GAACTC 		5 '--- CTTGAGN13NNN   --- 3'
3 '--- GAACTCN13N   NN --- 5 '
BpuJI [13][14]2VLABacillus pumilus RFL1458 5 'CCCGT
3 'GGGCA 		5 '--- CCCGTN10N   NNNNNNNN --- 3 '
3 '--- GGGCAN10NNNNNNNNN   --- 5' 		 - Нет, май 2010 г. -
BpuSIBacillus pumilus 5 'GGGAC
3 'CCCTG 		5 '--- GGGACN9N   NNNN --- 3 '
3 '--- CCCTGN9NNNNN   --- 5'
Этот список неполный; вы можете помочь добавление недостающих предметов с надежные источники.

Примечания

  1. ^ Смит Х.О., Натанс Д. (декабрь 1973 г.). «Письмо: Предлагаемая номенклатура для бактериальных систем модификации и рестрикции и их ферментов». J. Mol. Биол. 81 (3): 419–23. Дои:10.1016/0022-2836(73)90152-6. PMID  4588280.
  2. ^ Робертс Р.Дж., Белфорт М., Бестор Т., Бхагват А.С., Бикл Т.А., Битинаит Дж., Блюменталь Р.М., Дегтярев С.К., Драйден Д.Т., Дибвиг К., Фирман К., Громова Е.С., Гампорт Р.И., Халфорд С.Е., Хаттман С., Хейтман Дж., Хорнби Д.П. , Janulaitis A, Jeltsch A, Josephsen J, Kiss A, Klaenhammer TR, Kobayashi I, Kong H, Krüger DH, Lacks S, Marinus MG, Miyahara M, Morgan RD, Murray NE, Nagaraja V, Piekarowicz A, Pingoud A, Raleigh Э, Рао Д. Н., Райх Н., Репин В. Е., Селкер Э. С., Шоу П. К., Штейн Д. К., Стоддард Б. Л., Шибальский В., Траутнер Т. А., Ван Эттен Д. Л., Витор Д. М., Уилсон Г. Г., Сюй С.Ю. (апрель 2003 г.). «Номенклатура рестрикционных ферментов, ДНК-метилтрансфераз, самонаводящихся эндонуклеаз и их генов». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (7): 1805–12. Дои:10.1093 / nar / gkg274. ЧВК  152790. PMID  12654995.
  3. ^ Джереми МБ, Джон LT, Люберт S (2002). «3. Структура и функции белка». Биохимия. Сан-Франциско: В. Х. Фриман. ISBN  0-7167-4684-0.
  4. ^ Анфинсен К. Б. (1973). «Принципы, регулирующие сворачивание белковых цепей». Наука. 181 (4096): 223–30. Дои:10.1126 / science.181.4096.223. PMID  4124164.
  5. ^ Кесслер C, Манта V (август 1990 г.). «Специфичность рестрикционных эндонуклеаз и модификации ДНК метилтрансфераз - обзор (издание 3)». Ген. 92 (1–2): 1–248. Дои:10.1016 / 0378-1119 (90) 90486-Б. PMID  2172084.
  6. ^ Pingoud A, Jeltsch A (сентябрь 2001 г.). «Структура и функция эндонуклеаз рестрикции II типа». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (18): 3705–27. Дои:10.1093 / nar / 29.18.3705. ЧВК  55916. PMID  11557805.
  7. ^ Райнеке С.Н., Морган Р.Д. (март 1991 г.). "BfaI, новый изошизомер MaeI от Bacteroides fragilis, распознает последовательность 5 'C, уменьшает TAG 3'". Нуклеиновые кислоты Res. 19 (5): 1152. Дои:10.1093 / nar / 19.5.1152. ЧВК  333798. PMID  2020550.
  8. ^ Азеддуг Х., Рейссет Дж., Себальд М. (август 1992 г.). "Характеристика рестрикционной эндонуклеазы BfrBI из Bacteroides fragilis штаммы ВЕ3 и АИП 10006 ". FEMS Microbiol Lett. 74 (2–3): 133–6. Дои:10.1111 / j.1574-6968.1992.tb05355.x. PMID  1526445.
  9. ^ Бао И, Хиггинс Л., Чжан П., Чан Ш., Лагет С., Суини С., Луннен К., Сюй С.Ю. (март 2008 г.). «Экспрессия и очистка эндонуклеазы рестрикции BmrI и ее вариантов N-концевого домена расщепления». Протеин Expr Purif. 58 (1): 42–52. Дои:10.1016 / j.pep.2007.11.002. ЧВК  2275207. PMID  18164625.
  10. ^ Чан Ш., Бао И, Цисак Э., Лагет С., Сюй С.Ю. (сентябрь 2007 г.). «Каталитический домен рестрикционной эндонуклеазы BmrI как модуль расщепления для конструирования эндонуклеаз с новой субстратной специфичностью». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (18): 6238–48. Дои:10.1093 / нар / гкм665. ЧВК  2094064. PMID  17855396.
  11. ^ Вагнер Э., Шмитц Г.Г., Калуца ​​К., Ярш М., Гетц Ф., Кесслер С. (май 1990 г.). "BmyI, новый изощизомер SduI от Bacillus mycoides распознающий 5'-GDGCH / C-3'". Нуклеиновые кислоты Res. 18 (10): 3088. Дои:10.1093 / nar / 18.10.3088. ЧВК  330873. PMID  2161522.
  12. ^ Погге фон Страндманн Р., Штедтлер П., Вальтер Т., Фрей Б., Калуца ​​К., Хенгстенберг В., Шмитц Г. (сентябрь 1992 г.). "BpuAI, новый изошизомер BbsI и BbvII из Bacillus pumilus распознавая 5'-GAAGAC-3'". Нуклеиновые кислоты Res. 20 (17): 4664. Дои:10.1093 / nar / 20.17.4664. ЧВК  334204. PMID  1408773.
  13. ^ Сукацкайте Р., Лагунавичюс А., Станкявичюс К., Урбанке С., Венцловас С., Сиксныс В. (март 2007 г.). «Эндонуклеаза рестрикции BpuJI, специфичная для последовательности 5'-CCCGT, относится к семейству резольваз соединения Холлидея архей». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (7): 2377–89. Дои:10.1093 / нар / гкм164. ЧВК  1874659. PMID  17392342.
  14. ^ Сукацкайте Р., Грацулис С., Бохтлер М., Сиксныс В. (март 2008 г.). «Домен узнавания эндонуклеазы рестрикции BpuJI в комплексе с родственной ДНК с разрешением 1,3-А». Дж Мол Биол. 378 (5): 1084–93. Дои:10.1016 / j.jmb.2008.03.041. PMID  18433771.