Изокаудомер - Isocaudomer

Изокаудомеры пары рестрикционные ферменты которые немного отличаются последовательности распознавания, но при расщеплении ДНК генерируют идентичные нависающие терминалы последовательности. Эти последовательности могут быть перевязанный друг к другу, но затем образуют асимметричную последовательность, которая не может быть расщеплена рестрикционным ферментом.

Примеры

Например, ферменты Mbo I и BamH I являются изокаудомерами:

Mbo I N * GATC N N CTAG * NBamH I G * GATC C C CTAG * G

N представляет собой любой из четырех нуклеотиды. Независимо от того, какой нуклеотид присутствует при расщеплении MboI, после расщепления любым ферментом все концы имеют центральный тетрануклеотид - GATC. Это позволяет фрагментам, полученным с помощью одного фермента, отжигаться с фрагментами, созданными с помощью другого фермента. Это можно использовать для устранения сайты ограничения из полученного фрагмента ДНК. Например:

Не я GC * GGCC GC CG CCGG * CGBsp120 I G * GGCC C C CCGG * G

В приведенном выше примере оба фермента продуцируют тетрануклеотиды CCGG, которые могут отжигаться друг с другом. Однако результирующая последовательность ДНК будет:

 GCGGCCC CGCCGGграмм

где нуклеотиды, выделенные курсивом, происходят из NotI-вырезанного сайта, а жирные - из Bsp120I-вырезанного сайта. Обратите внимание, что полученная последовательность не распознается ни одним из двух ферментов.

Другие примеры изокаудомеров^[1] включают:

BamHI / BclI / BglII / BstYI / DpnII
NcoI / BspHI / FatI / PciI
NdeI / AseI / BfaI / Csp6I / MseI
XbaI / AvrII / NheI / SpeI / StyI
XhoI / PspXI / SalI

Рекомендации

1. https://www.neb.com/tools-and-resources/selection-charts/compatible-cohesive-ends-and-generation-of-new-restriction-sites

Смотрите также