Mimiviridae - Mimiviridae

Mimiviridae
Tupanvirus.jpeg
Тупанвирус
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Вариднавирия
Королевство:Bamfordvirae
Тип:Nucleocytoviricota
Учебный класс:Megaviricetes
Заказ:Imitervirales
Семья:Mimiviridae
Подсемейства и роды

Mimiviridae это семья вирусы. Амеба и другие протисты служат естественными хозяевами. Семья делится на 4 подсемейства.[1][2][3][4] Вирусы этого семейства относятся к нуклеоцитоплазматический большой ДНК-вирус клады (NCLDV), также называемые гигантские вирусы.

Mimiviridae является единственным признанным членом порядка Imitervirales. Phycodnaviridae и Pandoraviridae из Альгавиралес сестринские группы Mimiviridae во многих филогенетических анализах.[5]

История

Первый представитель этого семейства, мимивирус, был обнаружен в 2003 г.[6] а первая полная последовательность генома была опубликована в 2004 году. [7] Однако мимивирус Вирус Cafeteria roenbergensis[8] был изолирован и частично охарактеризован в 1995 г.[9], хотя в то время хозяин был неправильно идентифицирован, и вирус был обозначен как BV-PW1.[8]

Таксономия

Группа: dsDNA

Семья Mimiviridae в настоящее время делится на три подсемейства.[2][3][10]

Большая часть чего-либо Mimiviridae по всей видимости, принадлежат к этому подсемейству (мимивирусы).[10]
Иногда его также называют группой I Mimiviridae.[17]

Кроме того, предлагалось либо расширить Mimiviridae дополнительной предварительной группой III (подсемейство Мезомимивирины) или классифицировать эту группу как сестринскую семью Мезомимивирусы вместо,[19] включая наследие OLPG (Органическое озеро Фикодна группа). Это расширение (или сестринское семейство) может состоять из следующего:

Эта группа, похоже, тесно связана с Mimiviridae а не Phycodnaviridae и поэтому иногда упоминается как дополнительный кандидат подсемейства Мезомимивирины. Иногда расширенное семейство Mimiviridae называют Megaviridae хотя это не было признано ICTV; в качестве альтернативы расширенная группа может называться просто Mimiviridae.[3][23][24][25][26][17]

С признанием нового порядка Imitervirales к ICTV в марте 2020 года больше нет необходимости продлевать Mimiviridae семейства, чтобы составить группу вирусов с наблюдаемым высоким разнообразием. Вместо этого расширение (или хотя бы его основной клады ) может называться родственной семьей Мезомимивирусы.[19]

Хотя только пара членов этого ордена были описаны подробно, кажется, что есть еще много других, ожидающих описания и назначения.[27][28] Неназначенные участники включают Ауреококк анофагеференс вирус (AaV), CpV-BQ2 и Terra2.

Структура

Ультраструктура частиц вируса Bodo saltans и его репликация

[18] Вирусы Mimiviridae имеют икосаэдрическую и круглую геометрию с симметрией от Т = 972 до Т = 1141, или Т = 1200. Диаметр около 400 нм, длина 125 нм. Геномы бывают линейными и несегментированными, длиной около 1200 килобайт. В геноме 911 открытых рамок считывания.[1]


РодСтруктураСимметрияГеномное расположениеГеномная сегментация
МимивирусИкосаэдрT = 972-1141 или T = 1200 (H = 19 +/- 1, K = 19 +/- 1)ЛинейныйОдночастный
КлосневирусИкосаэдр
КафетерийвирусИкосаэдрТ = 499ЛинейныйОдночастный
ТупанвирусХвостатый

Жизненный цикл

Репликация следует модели смещения цепи ДНК. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Амеба служит естественным хозяином.[1]

РодДетали хостаТканевый тропизмДетали входаДетали выпускаСайт репликацииСайт сборкиПередача инфекции
МимивирусАмебаНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйПассивная диффузия
КлосневирусмикрозоопланктонНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйЦитоплазмаПассивная диффузия
КафетерийвирусмикрозоопланктонНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйЦитоплазмаПассивная диффузия

Молекулярная биология

В геноме Вирус чечевицы интегрированный геном вирофаг (Спутник 2) и трансповирон - мобильный генетический элемент. Трансповироны представляют собой линейные элементы ДНК размером около 7 тысяч оснований, которые включают от шести до восьми генов, кодирующих белок, два из которых гомологичны генам вирофагов. Широкий спектр мимивирусов вирофаг позволяет его изолировать с помощью репортера мимивируса.[15]

Клинический

Мимивирусы связаны с пневмонией, но их значение в настоящее время неизвестно.[29] На сегодняшний день единственный вирус этого семейства, выделенный от человека, - это LBA 111.[30] В Институте Пастера в Иране (Тегеран) исследователи идентифицировали ДНК мимивируса в бронхоальвеолярном лаваже (БАЛ) и образцах мокроты ребенка-пациента, используя ПЦР в реальном времени (2018). Анализ показал 99% гомологию LBA111, линия C Megavirus chilensis.[31] Поскольку до этого открытия было зарегистрировано всего несколько случаев, легитимность мимивируса как развивающегося инфекционного заболевания у людей остается спорным.[32][33]

Мимивирус также был замешан в ревматоидный артрит.[34]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c «Вирусная зона». ExPASy. Получено 15 июн 2015.
  2. ^ а б ICTV. «Таксономия вирусов: выпуск 2014 г.». Получено 15 июн 2015.
  3. ^ а б c d е Шульц, Фредерик; Ютин Наталья; Иванова Наталья Н .; Ortega, Davi R .; Ли, Тхэ Квон; Vierheilig, Julia; Даймс, Хольгер; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл (7 апреля 2017 г.). «Гигантские вирусы с расширенным набором компонентов системы перевода» (PDF). Наука. 356 (6333): 82–85. Bibcode:2017Научный ... 356 ... 82S. Дои:10.1126 / science.aal4657. ISSN  0036-8075. PMID  28386012., UCPMS ID: 1889607, PDF
  4. ^ а б Абрахао, Йонатас; Сильва, Лорена; Сильва, Людмила Сантос; Халил, Жак Яакуб Боу; Родригес, Родриго; Арантес, Талита; Ассис, Фелипе; Боратто, Пауло; Андраде, Мигель; Крун, Эрна Геессиен; Рибейро, Бергманн; Бергье, Иван; Селигманн, Эрве; Гиго, Эрик; Колсон, Филипп; Левассер, Энтони; Кремер, Гвидо; Рауль, Дидье; Скола, Бернар Ла (27 февраля 2018 г.). «Хвостатый гигант Тупанвирус обладает наиболее полным трансляционным аппаратом из известной виросферы». Nature Communications. 9 (1): 749. Bibcode:2018НатКо ... 9..749A. Дои:10.1038 / s41467-018-03168-1. ЧВК  5829246. PMID  29487281. Рис. 4 и § Обсуждение: «Учитывая, что тупанвирусы составляют сестринскую группу по отношению к амебным мимивирусам…»
  5. ^ Бэкстрём Д., Ютин Н., Йоргенсен С.Л., Дхарамши Дж., Хома Ф., Заремба-Недведска К., Спанг А., Вольф Ю.И., Кунин Е.В., Эттема Т.Дж. (2019). «Геномы вирусов из глубоководных отложений расширяют океанский мегавиром и поддерживают независимое происхождение вирусного гигантизма». мБио. 10 (2): e02497-18. Дои:10,1128 / мБио.02497-18. ЧВК  6401483. PMID  30837339.PDF
  6. ^ Сюзан-Монти, М; Ла Скола, B; Рауль, Д. (2006). «Геномные и эволюционные аспекты мимивируса». Вирус Res. 117 (1): 145–155. Дои:10.1016 / j.virusres.2005.07.011. PMID  16181700.
  7. ^ Raoult, D .; Audic, S; Роберт, C; Абергель, К; Renesto, P; Огата, Н; Ла Скола, B; Сьюзан, М; Claverie, JM (2004). «1.2-мегабазная последовательность генома мимивируса». Наука. 306 (5700): 1344–50. Bibcode:2004Научный ... 306.1344R. Дои:10.1126 / science.1101485. PMID  15486256.
  8. ^ а б c Маттиас Г. Фишер; Майкл Дж. Аллен; Уильям Х. Уилсон; Кертис А. Саттл (2010). «Гигантский вирус с замечательным набором генов заражает морской зоопланктон». Труды Национальной академии наук. 107 (45): 19508–13. Bibcode:2010PNAS..10719508F. Дои:10.1073 / pnas.1007615107. ЧВК  2984142. PMID  20974979.
  9. ^ D.R. Гарза; C.A. Саттл (1995). "Большие двухцепочечные ДНК-вирусы, вызывающие лизис морской гетеротрофной нанофлагелляты (Bodo sp.) встречаются в естественных морских вирусных сообществах ». Экология водных микробов. 9 (3): 203–210. Дои:10.3354 / ame009203.
  10. ^ а б Колсон П., Фурноус Г., Диен С. М., Рауль Д. (2013). «Использование кодонов, использование аминокислот, транспортная РНК и аминоацил-тРНК синтетазы в мимивирусах». Интервирология. 56 (6): 364–75. Дои:10.1159/000354557. PMID  24157883.
  11. ^ а б c Гайя М., Бенамар С., Бугалми М., Паньье I, Кроче О, Колсон П., Рауль Д., Ла Скола Б. (2014). «Замилон, новый вирофаг со специфичностью хозяина Mimiviridae». PLoS ONE. 9 (4): e94923. Дои:10.1371 / journal.pone.0094923. ЧВК  3991649. PMID  24747414.
  12. ^ а б c Смотрите также Abrahão & et al. 2018 г., Рис. 4 на стр. 5
  13. ^ Desnues C, La Scola B, Yutin N, Fournous G, Robert C, Azza S, Jardot P, Monteil S, Campocasso A, Koonin EV, Raoult D (октябрь 2012 г.). «Провирофаги и трансповироны как разнообразные мобиломы гигантских вирусов». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 109 (44): 18078–83. Bibcode:2012PNAS..10918078D. Дои:10.1073 / pnas.1208835109. ЧВК  3497776. PMID  23071316.
  14. ^ Ютин Н., Вольф Ю.И., Кунин Е.В. (октябрь 2014 г.). «Происхождение гигантских вирусов из более мелких ДНК-вирусов, а не из четвертой области клеточной жизни». Вирусология. 466–467: 38–52. Дои:10.1016 / j.virol.2014.06.032. ЧВК  4325995. PMID  25042053.
  15. ^ а б Гайя М., Панье I, Кампокассо А, Форну Джи, Рауль Д., Ла Скола Б (2013). «Широкий спектр вирофага mimiviridae позволяет его изолировать с помощью репортера мимивируса». PLoS ONE. 8 (4): e61912. Дои:10.1371 / journal.pone.0061912. ЧВК  3626643. PMID  23596530.
  16. ^ Информацию о LBA111 и мегавирусе озера Повай см. Также Abrahão & et al. 2018 г., Рис. 4 на стр. 5
  17. ^ а б Чжан В., Чжоу Дж., Лю Т., Юй, Пань И, Ян С., Ван И (октябрь 2015 г.). «Четыре новых генома водорослевых вирусов обнаружены в метагеномах Йеллоустонского озера». Научный представитель. 5: 15131. Дои:10.1038 / srep15131. ЧВК  4602308. PMID  26459929.
  18. ^ а б Deeg, C.M .; Чоу, E.C.T .; Саттл, К.А. (2018). «Кинетопластид-инфицирующий вирус Bodo saltans (BsV), окно в самые распространенные гигантские вирусы в море». eLife. 7: e33014. Дои:10.7554 / eLife.33014. ЧВК  5871332. PMID  29582753.
  19. ^ а б Джонатан Филе: Гигантские вирусы и их мобильные генетические элементы: гипотеза молекулярного симбиоза, в: Current Opinion in Virology, Volue 33, December 2018, pp. 81–88; bioRxiv  2018/04/11/299784
  20. ^ NCBI Полные геномы: вирусы, ищите 'Йеллоустонское озеро'
  21. ^ Монируззаман, Мохаммад; LeCleir, Gary R .; Браун, Кристофер М .; Гоблер, Кристофер Дж .; Bidle, Kay D .; Уилсон, Уильям Х .; Вильгельм, Стивен В. (2014). «Геном вируса коричневого прилива (AaV), маленького гиганта Megaviridae, проливает свет на расширение генома NCLDV и коэволюцию вируса хозяина». Вирусология. 466–467: 60–70. Дои:10.1016 / j.virol.2014.06.031. PMID  25035289.
  22. ^ Шварц ЧР, Стюард Г.Ф. (май 2018 г.). «Гигантский вирус, поражающий зеленые водоросли, кодирует ключевые гены ферментации». Вирусология. 518: 423–433. Дои:10.1016 / j.virol.2018.03.010. PMID  29649682. Сложить резюме – ScienceDaily.
  23. ^ Кунин Е.В., Крупович М., Ютин Н. (апрель 2015 г.). «Эволюция двухцепочечных ДНК-вирусов эукариот: от бактериофагов до транспозонов и гигантских вирусов». Анна. Акад. Наука. 1341: 10–24, см. Рисунок 3. Bibcode:2015НЯСА1341 ... 10К. Дои:10.1111 / nyas.12728. ЧВК  4405056. PMID  25727355.
  24. ^ Ютин Н., Колсон П., Рауль Д., Кунин Е. В. (апрель 2013 г.). «Mimiviridae: кластеры ортологичных генов, реконструкция эволюции репертуара генов и предлагаемое расширение гигантского семейства вирусов». Virol. J. 10: 106. Дои:10.1186 / 1743-422X-10-106. ЧВК  3620924. PMID  23557328.
  25. ^ Блог Каролины Рейес, Кеннета Стедмана: Являются ли вирусы Phaeocystis globosa (OLPG) и фикоднавирус органического озера частью Phycodnaviridae или Mimiviridae?, на ResearchGate, 8 января 2016 г.
  26. ^ Маруяма Ф, Уэки С (2016). «Эволюция и филогения крупных ДНК-вирусов, Mimiviridae и Phycodnaviridae Включая недавно охарактеризованные Гетеросигма акашиво Вирус". Передний микробиол. 7: 1942. Дои:10.3389 / fmicb.2016.01942. ЧВК  5127864. PMID  27965659.
  27. ^ Ghedin E, Claverie JM (август 2005 г.). «Родственники мимивирусов в Саргассовом море». Virol. J. 2: 62. Bibcode:2005q.bio ..... 4014G. Дои:10.1186 / 1743-422X-2-62. ЧВК  1215527. PMID  16105173.
  28. ^ Монье А, Клавери Дж. М., Огата Х (2008). «Таксономическое распределение крупных ДНК-вирусов в море». Геном Биол. 9 (7): R106. Дои:10.1186 / gb-2008-9-7-r106. ЧВК  2530865. PMID  18598358.
  29. ^ Saadi H, Pagnier I, Colson P, Cherif JK, Beji M, Boughalmi M, Azza S, Armstrong N, Robert C, Fournous G, La Scola B, Raoult D (август 2013 г.). «Первое выделение мимивируса у больного пневмонией». Clin. Заразить. Dis. 57 (4): e127–34. Дои:10.1093 / cid / cit354. PMID  23709652.
  30. ^ Юсуф Н., Панье I, Фурнус Дж., Роберт С., Ла Скола Б., Рауль Д., Колсон П. (апрель 2014 г.). «Полная последовательность генома вируса Courdo11, члена семейства Mimiviridae». Гены вирусов. 48 (2): 218–23. Дои:10.1007 / s11262-013-1016-х. PMID  24293219.
  31. ^ Сахаи, Фатемех; Вазири, Фарзам; Бахрамали, Гольназ; Давар Сиадат, Сейед; Фатех, Абольфазл (октябрь 2020 г.). «Легочная инфекция, связанная с мимивирусом, у пациента с первичной цилиарной дискинезией». Возникающие инфекционные заболевания. Vol. 26, № 10: 2524–2526. Дои:10.3201 / eid2610.191613 - через www.cdc.gov/eid.
  32. ^ Ла Скола, Бернар; Марри, Томас Дж .; Оффре, Жан-Пьер; Рауль, Дидье (март 2005 г.). «Мимивирус у больных пневмонией». Возникающие инфекционные заболевания. 11 (3): 449–452. Дои:10.3201 / eid1103.040538 - через Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
  33. ^ Саади, Ханене; Панье, Изабель; Колсон, Филипп; Канун Шериф, Джуда; Беджи, Маджед; Бугалми, Мондхер; Азза, Саид; Армстронг, Николас; Роберт, Кэтрин; Фурнус, Гислен; Ла Скола, Бернар (24 мая 2013 г.). «Первое выделение мимивируса у больного пневмонией». Клинические инфекционные болезни. 57 (4): e127 – e134. Дои:10.1093 / cid / cit354. PMID  23709652 - через Oxford Academic.
  34. ^ Shah, N .; Hulsmeier, A.J .; Hochhold, N .; Neidhart, M .; Гей, С .; Хеннет, Т. (2013). «Воздействие коллагена мимивируса способствует развитию артрита». Журнал вирусологии. 88 (2): 838–45. Дои:10.1128 / JVI.03141-13. ЧВК  3911627. PMID  24173233.

внешняя ссылка