Вирус Chrysochromulina ericina - Chrysochromulina ericina virus

Chrysochromulina ericina virus 01B
Тонкие срезы клетки
Тонкие секции ячейки из Хаптолина эрицина инфицирован CeV-01B[1]
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Вариднавирия
Королевство:Bamfordvirae
Тип:Nucleocytoviricota
Учебный класс:Megaviricetes
Заказ:Imitervirales
Семья:Mimiviridae (?)
Вирус:
Chrysochromulina ericina virus 01B

Chrysochromulina ericina virus 01B, или просто Вирус Chrysochromulina ericina (CeV) - гигантский вирус в семье Mimiviridae заражение Хаптолина эрицина (ранее отнесенный к роду Хризохромулина[2]), морские микроводоросли, входящие в состав Гаптофита. CeV - это dsDNA вирус.[1]

История и таксономия

CeV был обнаружен в прибрежных водах Норвегии в 1998 году. Затем он был изолирован и охарактеризован.[1] Тогда считалось, что он принадлежит фикоднавириды наряду со всеми другими известными вирусами, заражающими водоросли.[1][3] Открытие Acanthamoeba polyphaga мимивирус помог обнаружить, что существуют морские мимивирусы, способные инфицировать микроводоросли.[4] Штамм CeV позже был обнаружен в Майнском заливе в 2013 году.[5] а филогенетический анализ определенного маркера подтвердил его близость с мимивирусы.[3][5] В 2015 году CeV была полностью секвенирована, чтобы классифицировать его как мимивириды[6]

Совсем недавно была предложена группа мимивириды заражение микроводорослей, которые могут включать CeV вместе с вирусом Phaeocystis globosa (PgV), заражающим haptophyceae, и вирусом Aureococcus anophagefferens (AaV), заражающим страменопиль.[7]

Структура

CeV имеет диаметр 160 нм. Он имеет икосаэдрическую структуру и не имеет внешней мембраны.[1]

Геном

Диаграмма, показывающая близость содержания генов пяти членов семейства Mimiviridae[7]

CeV’s геном имеет 473 558 п.н. и низкое содержание G-C 25%. Прогнозируется 512 ORF.[6] CeV обладают большим количеством основных генов, таких как основной капсидный белок и ДНК-полимераза B, близкая к соответствующим генам PgV. CeV может иметь возможность восстановить свои ДНК на это указывает присутствие последовательностей MutS7 и нуклеазы репарации ДНК ERCC4 (которые участвуют в репарации ДНК). Этот последний фермент обычно используется для восстановления повреждений ДНК, вызванных ультрафиолетовым светом, что соответствует среде обитания мимивирусов, заражающих фотосинтетический хозяин.[7] Он также имеет 305 уникальных генов, которые не нашли совпадений в общедоступных базах данных.[7]

Вирусный цикл

Мало что известно о цикле CeV. Это копирует в цитоплазме хозяина и его литический цикл длится от 14 до 19 часов.[1] В геноме CeV есть последовательность, кодирующая ДНК-полимераза и две ДНК-зависимые РНК-полимеразы II. Также имеется двенадцать тРНК что указывает на важный механизм, позволяющий относительно независимую репликацию и образование вирионов, что характерно для мимивиридов.[7]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж Сандаа, Рут-Энн; Хельдал, Микал; Кастберг, Тонье; Тирауг, Рунар; Братбак, Гуннар (ноябрь 2001 г.). «Выделение и характеристика двух вирусов с большим размером генома, заражающих Chrysochromulina ericina (Prymnesiophyceae) и Pyramimonas orientalis (Prasinophyceae)». Вирусология. 290 (2): 272–280. Дои:10.1006 / viro.2001.1161. PMID  11883191.
  2. ^ Эдвардсен, Бенте; Эйкрем, Венче; Трондсен, Ян; Саез, Альберто Дж .; Проберт, Ян; Медлин, Линда К. (август 2011 г.). «Филогения рибосомной ДНК и морфологический пересмотр обеспечивают основу для пересмотренной таксономии Prymnesiales (Haptophyta)». Европейский журнал психологии. 46 (3): 202–228. Дои:10.1080/09670262.2011.594095.
  3. ^ а б Larsen, J. B .; Ларсен, А .; Bratbak, G .; Сандаа, Р.-А. (21 марта 2008 г.). «Филогенетический анализ членов семейства вирусов Phycodnaviridae с использованием амплифицированных фрагментов гена основного капсидного белка». Прикладная и экологическая микробиология. 74 (10): 3048–3057. Дои:10.1128 / AEM.02548-07. ЧВК  2394928. PMID  18359826.
  4. ^ Монье, Адам; Ларсен, Йенс Б .; Сандаа, Рут-Энн; Братбак, Гуннар; Клавери, Жан-Мишель; Огата, Хироюки (2008). «Родственники морского мимивируса, вероятно, являются крупными вирусами водорослей». Журнал вирусологии. 5 (1): 12. Дои:10.1186 / 1743-422X-5-12. ЧВК  2245910. PMID  18215256.
  5. ^ а б Уилсон, Уильям Х .; Гилг, Илана С .; Дуарте, Эми; Огата, Хироюки (октябрь 2014 г.). «Разработка гена репарации ошибочного спаривания ДНК, MutS, в качестве диагностического маркера для обнаружения и филогенетического анализа мегавирусов водорослей». Вирусология. 466-467: 123–128. Дои:10.1016 / j.virol.2014.07.001. PMID  25063474.
  6. ^ а б Галло-Лавалле, Люси; Пагарете, Антониу; Лежандр, Матье; Сантини, Себастьян; Сандаа, Рут-Энн; Химмельбауэр, Хайнц; Огата, Хироюки; Братбак, Гуннар; Клавери, Жан-Мишель (3 декабря 2015 г.). «Полная последовательность генома из 474 килобазных пар CeV-01B, вируса, инфицирующего гаптолину (Chrysochromulina) ericina (Prymnesiophyceae)». Анонсы генома. 3 (6). Дои:10.1128 / genomeA.01413-15. ЧВК  4669402. PMID  26634761.
  7. ^ а б c d е Галло-Лавалле, Люси; Блан, Гийом; Клавери, Жан-Мишель; Макфадден, Грант (15 июля 2017 г.). «Сравнительная геномика вируса Chrysochromulina ericina и других крупных ДНК-вирусов, инфицирующих микроводоросли, подчеркивает их сложную эволюционную связь с установленным семейством Mimiviridae». Журнал вирусологии. 91 (14). Дои:10.1128 / JVI.00230-17. ЧВК  5487555. PMID  28446675.