Минимальный геном - Minimal genome

В минимальный геном концепция предполагает, что геномы могут быть сведены к минимуму, учитывая, что они содержат много несущественных генов, имеющих ограниченное или ситуативное значение для организма. Следовательно, если совокупность всех основные гены были собраны вместе, минимальный геном можно было создать искусственно в стабильной среде. Добавив больше генов, возможно создание организма с желаемыми свойствами. Концепция минимального генома возникла из наблюдений, что многие гены, по-видимому, не нужны для выживания.[1][2] Чтобы создать новый организм, ученый должен определить минимальный набор генов, необходимых для метаболизм и репликация. Это может быть достигнуто путем экспериментального и компьютерного анализа биохимических путей, необходимых для осуществления основного метаболизма и воспроизводства.[3] Хорошей моделью для минимального генома является Mycoplasma genitalium из-за очень маленького размера генома. Большинство генов, используемых этим организмом, обычно считаются необходимыми для выживания; на основе этой концепции был предложен минимальный набор из 256 генов.[4]

Редукция генома в природе

Бактерии

Многие природные бактерии имеют уменьшенные геномы, даже если они не могут быть сокращены до минимума. Хотя эти геномы, таким образом, не являются «минимальными», они являются хорошими моделями для сокращения генома и, следовательно, «минимальных геномов». Редукция генома чаще всего происходит в эндосимбиотический, паразитические или патогенные бактерии, живущие в их хозяевах. Хозяин обеспечивает большинство питательных веществ, необходимых таким бактериям, следовательно, бактериям не нужны гены для производства таких соединений. Примеры включают виды Бухнера, Хламидиоз, Трепонема, Микоплазма, и много других. Один из наиболее редуцированных геномов свободноживущих бактерий был обнаружен в Пелагибактер убик который кодирует 1354 белка. Mycoplasma genitalium был использован в качестве основной модели для минимальных геномов. Это урогенитальный патоген человека, имеющий самый маленький геном размером 580 т.п.н. и состоящий всего из 482 генов, кодирующих белок.[5]

Вирусы

Вирусы имеют самый маленький геном в природе. Например, бактериофаг MS2 состоит всего из 3569 нуклеотидов (одноцепочечная РНК) и кодирует всего четыре белка.[6] Точно так же среди эукариотических вирусов цирковирусы свиней являются одними из самых маленьких.[7] Они кодируют только 2–3 открытые рамки для чтения.

Возникновение минимального генома и создание синтетической микоплазмы

Эта концепция возникла в результате совместных усилий Национальное управление по аэронавтике и исследованию космического пространства (НАСА) и два ученых: Гарольд Моровиц и Марк Туртельлотт. В 1960-х годах НАСА искало внеземные формы жизни, предполагая, что если они и существуют, то могут быть простыми существами. В то время как Моровиц для привлечения внимания публики писал о микоплазмах как о самых маленьких и простых самовоспроизводящихся существах. Эти двое объединились и пришли к идее собрать живую клетку из компонентов микоплазм. Поскольку микоплазмы состоят из минимального набора органелл, таких как: плазматическая мембрана, рибосомы и кольцевая двухцепочечная ДНК; он был выбран как лучший кандидат для повторной сборки ячейки. Основная идея Моровица состояла в том, чтобы определить весь механизм микоплазм клеток на молекулярном уровне. Он объявил, что международные усилия помогут ему достичь этой главной цели.

Основной план состоял из:
  1. физическое и функциональное картирование с полным секвенированием микоплазмы
  2. Определите открытые рамки считывания (ORF)
  3. Определение кодируемых аминокислот
  4. Понимание функций генов
  5. Последний шаг: собрать клеточный аппарат микоплазмы.

Между тем весь этот процесс был тяжелой работой, даже когда публиковались статьи о построении минимального генома; к 1980-м годам лаборатория Ричарда Херрмана полностью секвенировала и генетически охарактеризовала геном 800 КБ M. pneumoniae. Этот маленький генома сам потребовалось около трех лет напряженной работы. Позже, в 1995 году, другая лаборатория, расположенная в Мэриленде, Институт геномных исследований (TIGR), сотрудничала с командами Джона Хопкинса и Университета Северной Каролины. Их организмом для секвенирования генома была Mycoplasma genitalium, состоящая всего из 580 т.п.н. генома, секвенирование которого было выполнено за 6 месяцев.

Данные секвенирования выявили много интересных фактов о M. genitalium, таких как открытие некоторых консервативных генов, которые, в конечном итоге, помогли определить важность для жизни минимальной самовоспроизводящейся клетки. Безусловно, M. genitalium стал главным кандидатом для проекта минимального генома. Фактически эти организмы наиболее близки к минимальному геному, способному к самовоспроизведению.

Минимальный набор основных генов обычно находят путем селективной инактивации или делеций генов с последующим тестированием эффекта каждого в заданных условиях. Они утверждают, что открытие основных генов было сделано институтом Дж. Крейга Вентера. М. genitalium состоит из 382 основных генов.

Следующее предприятие, на которое остановился институт Дж. Крейга Вентера, было создание синтетического организма под названием Mycoplasma labratorium с помощью минимального набора генов М. genitalium. Этот проект открывает новые двери для синтетической биологии, потому что это впечатляющее творение строится путем объединения химического синтеза и методологии рекомбинационного клонирования.[5]

Как начать реконструкцию

Реконструкция минимального генома возможна с использованием знаний о существующих геномах, с помощью которых также могут быть определены наборы генов, необходимые для жизни. Как только набор основных генетических элементов известен, можно приступить к определению ключевых путей и основных игроков путем моделирования моделирования и инженерии генома в лаборатории. Два организма, на которые был нанесен «минимальный набор генов для клеточной жизни», были: Haemophilus influenzae, и М. genitalium. Список ортологичный белки были скомпилированы в надежде, что он будет содержать белок, необходимый для выживания клеток, поскольку ортологический анализ определяет, как два организма эволюционировали и отбрасывали все несущественные гены. С, H. грипп и М. genitalium находятся Грамотрицательный и Грамположительные бактерии и в связи с их обширной эволюцией ожидалось, что эти организмы будут обогащены генами, имеющими универсальное значение. Однако обнаруженные 244 обнаруженных ортолога не содержали специфичных для паразитизма белков. Вывод этого анализа заключался в том, что аналогичные биохимические функции могут выполняться неортологичными белками. Даже когда были нанесены на карту биохимические пути этих двух организмов, несколько путей присутствовали, но многие из них были неполными. Белки, которые были определены как общие для двух организмов, не были ортологичны друг другу. Большая часть исследований в основном сосредоточена на наследственном геноме, а не на минимальном геноме. Исследования этих существующих геномов помогли определить, что ортологичные гены, обнаруженные у этих двух видов, не обязательно важны для выживания, на самом деле, неортологичные гены оказались более важными. Кроме того, было определено, что для того, чтобы белки имели одинаковые функции, им не обязательно иметь одинаковую последовательность или общие трехмерные складки. Различение ортологов и паралоги и обнаружение смещений ортологов оказалось весьма полезным для реконструкции эволюции и определения минимального набора генов, необходимого для клеточной жизни. Вместо того, чтобы проводить строгое ортологическое исследование, сравнивать группы ортологов и встречаемость в большинстве клады вместо того, чтобы каждый вид помог встретить потерянные или перемещенные гены. Только полностью секвенированные геномы позволили изучать ортологи среди группы организмов. Без полностью секвенированного генома невозможно определить необходимый минимальный набор генов, необходимый для выживания.[2]

Основные гены М. genitalium

Институт Дж. Крейга Вентера (JCVI) провела исследование, чтобы найти все основные гены из М. genitalium через глобальный транспозон мутагенез. В результате они обнаружили, что 382 из 482 генов, кодирующих белок, были важны. Гены, кодирующие белки с неизвестной функцией, составляют 28% набора генов, кодирующих основные белки. Перед проведением этого исследования JCVI провела еще одно исследование несущественных генов, генов, не необходимых для роста, M.genitalium, где они сообщили об использовании транспозона мутагенез. Несмотря на выяснение несущественных генов, не подтверждено, что продукты, которые производят эти гены, имеют какие-либо важные биологические функции. Только благодаря исследованиям существенности генов бактерий JCVI смогла составить гипотетический минимальный набор генов.

Исследование, опубликованное в 1999 и 2005 гг.

В исследовании JCVI 1999 года, проведенном среди двух организмов, М. genitalium и Mycoplasma pneumoniae они картировали около 2200 сайтов вставки транспозонов и идентифицировали 130 предполагаемых несущественных генов в М. genitalium гены, кодирующие белки, или M. pneumoniae ортологи М. genitalium гены. В своем эксперименте они вырастили набор трансформированных Tn4001 клеток в течение многих недель и выделили геномную ДНК из этой смеси мутанты. Ампликоны были секвенированы для обнаружения сайтов встраивания транспозонов в геномах микоплазм. Гены, содержащие вставки транспозонов, были гипотетическими белками или белками, которые считались несущественными.

Между тем, во время этого процесса некоторые из деструктивных генов когда-то считались несущественными, после того как дальнейшие исследования оказались необходимыми. Причина этой ошибки могла быть связана с тем, что гены были толерантны к вставкам транспозонов и, следовательно, не были нарушены; клетки могли содержать две копии одного и того же гена; или генный продукт поставлялся более чем одной клеткой в ​​этих смешанных пулах мутантов. Встраивание транспозона в ген означало, что он нарушен, следовательно, несущественен, но поскольку они не подтвердили отсутствие генных продуктов, они ошибочно приняли все деструктивные гены за несущественные.

То же исследование 1999 года было позже расширено, а обновленные результаты были опубликованы в 2005 году.

Некоторые из деструктивных генов, которые считались важными, были изолейцил- и тирозил-тРНК-синтетазы (MG345 и MG455), ген репликации ДНК. ДНК (MG469) и ДНК-полимераза III субъединица а (MG261). Они улучшили это исследование путем выделения и характеристики М. genitalium Tn4001 вставки в каждую колонию по очереди. Индивидуальный анализ каждой колонии показал больше результатов и оценок основных генов, необходимых для жизни. Ключевым улучшением, которое они сделали в этом исследовании, было выделение и характеристика отдельных мутантов транспозонов. Ранее они выделили множество колоний, содержащих смесь мутантов. Подход клонирования фильтра помог в разделении смесей мутантов.

Теперь они заявляют о совершенно разных наборах несущественных генов. 130 несущественных генов, заявленных вначале, теперь сократились до 67. Из оставшихся 63 генов 26 генов были нарушены только в M. pneumoniae что означает, что некоторые М. genitalium ортологи несущественного M. pneumoniae гены были действительно важны.

Теперь они полностью идентифицировали почти все несущественные гены в М. genitalium, количество нарушений генов, основанное на проанализированных колониях, достигло плато как функция, и они заявляют в общей сложности 100 несущественных генов из 482 генов, кодирующих белок в М. genitalium

Конечный результат этого проекта теперь сводится к созданию синтетического организма, Лаборатория микоплазм на основе 387 кодирующей области белка и 43 структурных генов РНК, обнаруженных в М. genitalium.[8]

Лаборатория микоплазм

Этот проект в настоящее время все еще продолжается, и он, возможно, станет самой первой формой жизни, созданной людьми. Вполне вероятно, что это направление исследований может привести к созданию бактерии, которую в дальнейшем можно будет модифицировать для производства топлива, изготовления лекарств и принятия каких-либо мер глобальное потепление, и сделать антибиотики.

В мае 2010 года JCVI успешно создала «синтетическую форму жизни», которая позволит им проанализировать набор генетических инструкций бактериальной клетки и увидеть, как это действительно работает.[9] Синтетическая форма жизни была создана путем замены ДНК существующей бактерии и заменяя ее искусственно созданной и сконструированной ДНК.

Минимальные проекты генома

В ряде проектов предпринимались попытки идентифицировать основные гены вида. Это число должно приблизительно соответствовать «минимальному геному». Например, геном Кишечная палочка был уменьшен примерно на 30%, демонстрируя, что этот вид может жить с гораздо меньшим количеством генов, чем содержит геном дикого типа.[10]

В следующей таблице содержится список таких проектов минимального генома (включая различные используемые методы).[11]

ГодОрганизмМетод
1996H. influenzae, E. coliВ Silico сравнение геномов[12]
1998H. influenzae, S. pneumoniaeМутагенез и дактилоскопия ДНК[13]
1999М. genitaliumНасыщающий мутагенез Tn[14]
2000V. choleraeМутагенез TN и промотор арабинозы[15]
2001S. aureusАнтисмысловая РНК[16]
2001М. bovisTn мутагенез и микрочип[4]
2002H. influenzaeМутагенез и дактилоскопия ДНК[17]
2002Buchnera spp.Сравнение последовательностей[18]
2002С. cerevisiaeСистематическая делеция гена[19]
2002S. aureusАнтисмысловая РНК[20]
2002Кишечная палочкаУдаление красной рекомбиназы[21]
2002Кишечная палочкаCre /loxP иссечение[22]

Для получения дополнительной информации см. Также раздел «Проект минимального генома» в «Лаборатории микоплазм».

Количество основных генов

Количество основные гены индивидуален для каждого организма. Фактически, каждый организм имеет разное количество основных генов, в зависимости от того, какой штамм (или индивидуум) тестируется. Кроме того, количество зависит от условий, в которых тестируется организм. У некоторых бактерий (или других микробов, таких как дрожжи) все или большинство генов были удалены по отдельности, чтобы определить, какие гены «необходимы» для выживания. Такие тесты обычно проводятся на богатой среде, содержащей все питательные вещества. Однако, если все питательные вещества обеспечены, гены, необходимые для синтеза питательных веществ, не являются «необходимыми». Когда клетки выращивают на минимальной среде, гораздо больше генов необходимо, поскольку они могут потребоваться для синтеза таких питательных веществ (например, витаминов). Цифры, приведенные в следующей таблице, обычно были собраны с использованием мультимедийных материалов (но подробности см. В оригинальных ссылках).

ОрганизмОсновные гены
кишечная палочка1617
Bacillus subtiis271
Haemophilus influenzae642
Пневмококк244
Mycoplasma genitalium381
Холерный вибрион779
Золотистый стафилококк653
Saccharomyces cerevisiae1110

Количество важных генов было собрано из Базы данных основных генов (DEG),[23] кроме Б. subtilis, где данные поступают из Genome News Network[24][25] Организмы, перечисленные в этой таблице, систематически тестировались на наличие основных генов. Дополнительные сведения о минимальном геноме см. Также в разделе «Другие роды» в «Лаборатории микоплазм».

Первая самовоспроизводящаяся синтетическая клетка

20 мая 2010 г. - Исследователи из JCVI успешно создали синтетическую бактериальную клетку, способную к самовоспроизводству. Команда синтезировала 1,08 миллиона пар оснований хромосомы модифицированного Mycoplasma mycoides. Синтетическая клетка называется: Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0. Одна из замечательных особенностей этой клетки заключается в том, что ее ДНК была встроена в компьютер и трансплантирована в клетку, из которой был удален собственный (исходный) геном. Исходные молекулы и текущие реакционные сети клетки-реципиента затем использовали искусственную ДНК для создания дочерних клеток. Эти дочерние клетки имеют синтетическое происхождение и способны к дальнейшей репликации. Это доказывает, что геномы можно проектировать на компьютерах. Шаги, которые они применили для его создания: сначала они смоделировали модель этого генома с помощью вычислений, они идентифицировали ДНК с помощью водяных знаков; Затем они химически произвели этот геном в лаборатории и, наконец, трансплантировали этот геном в реципиентную клетку, чтобы получить синтетическую клетку, полностью контролируемую этим синтетическим геномом.

На выполнение первой половины проекта ушло 15 лет. Команда разработала точный оцифрованный геном М. mycoides. Всего было построено 1078 кассет длиной 1080 базовых пар. Эти кассеты были сконструированы таким образом, что конец каждой кассеты ДНК перекрывался 80 парами оснований. Весь собранный геном трансплантировали в дрожжевые клетки и выращивали как искусственную хромосому дрожжей. Эта синтетическая клетка теперь сможет показать ученым, как действительно работает клетка.

Теперь, когда в их лаборатории растут синтетические клетки, группа JCVI может сосредоточиться на своей конечной цели - синтезировать минимальную клетку, содержащую только основные гены, необходимые для жизни.[26]

Будущее направление и использование

Будущее направление: на основе достижений JCVI в области синтетической биологии, возможно, что в ближайшем будущем ученые смогут распространять М. genitalium's геном в форме голой ДНК в клетки микоплазмы-реципиента и заменяет их исходный геном синтетическим геномом. Поскольку микоплазмы не имеют клеточной стенки, возможен перенос «голой» ДНК в их клетки. Единственное требование сейчас - это методика включения синтетического генома М. genitalium в клетки микоплазмы. В какой-то степени это стало возможным, первая реплицирующаяся синтетическая клетка уже была разработана JCVI, и теперь они создают свою первую синтетическую жизнь, состоящую из минимального количества основных генов. Этот новый прорыв в синтетической биологии, безусловно, приведет к новому подходу к пониманию биологии; и эта реконструкция и создание прототипов геномов позже станет выгодным для биотехнологических компаний, позволяя им производить синтетические микробы, которые производят новые, более дешевые и лучшие биопродукты.[5]

Использование минимального генома:

  1. Идентификация основных генов
  2. Сниженная генетическая сложность, позволяющая повысить предсказуемость созданных штаммов.
  3. Создавайте растения, устойчивые к гербицидам или суровым условиям окружающей среды.
  4. Синтетическое производство фармацевтических препаратов
  5. Крупномасштабные преимущества: чистая энергия
  6. Возобновляемые химические вещества
  7. Удаление углерода из атмосферы.
  8. Создавайте полезных микробов, чтобы они производили био-продукты.[27]

Рекомендации

  1. ^ Манилов, Джек (1996). "Минимальный клеточный геном: о правильном размере"'". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 93 (19): 10004–6. Bibcode:1996ПНАС ... 9310004М. Дои:10.1073 / пнас.93.19.10004. JSTOR  40326. ЧВК  38325. PMID  8816738.
  2. ^ а б Мушегян, Аркадий (1999). «Концепция минимального генома». Текущее мнение в области генетики и развития. 9 (6): 709–14. Дои:10.1016 / S0959-437X (99) 00023-4. PMID  10607608.
  3. ^ Ogata, H .; Перейти к с.; Sato, K .; Fujibuchi, W .; Bono, H .; Канехиса, М. (1999). "KEGG: Киотская энциклопедия генов и геномов". Исследования нуклеиновых кислот. 27 (1): 29–34. Дои:10.1093 / nar / 27.1.29. ЧВК  148090. PMID  9847135.
  4. ^ а б Hutchison III, C.A .; Петерсон, С. Н.; Гилл, SR; Клайн, РТ; Белый, О; Фрейзер, СМ; Смит, Х.о .; Вентер, JC (1999). «Глобальный мутагенез транспозонов и минимальный геном микоплазмы». Наука. 286 (5447): 2165–9. Дои:10.1126 / science.286.5447.2165. PMID  10591650.
  5. ^ а б c Разин, С; Хейфлик, L (2010). «Основные моменты исследования микоплазм - историческая перспектива». Биологические препараты. 38 (2): 183–90. Дои:10.1016 / j.biologicals.2009.11.008. PMID  20149687.
  6. ^ Fiers, W .; Contreras, R .; Duerinck, F .; Haegeman, G .; Iserentant, D .; Merregaert, J .; Мин Джоу, Вт .; Molemans, F .; Raeymaekers, A .; Van Den Berghe, A .; Volckaert, G .; Изебаерт, М. (1976). «Полная нуклеотидная последовательность РНК бактериофага MS2: первичная и вторичная структура гена репликазы». Природа. 260 (5551): 500–507. Bibcode:1976Натура.260..500F. Дои:10.1038 / 260500a0. PMID  1264203.
  7. ^ Эллис, Дж (2014). «Цирковирус свиней: историческая перспектива». Ветеринарная патология. 51 (2): 315–27. Дои:10.1177/0300985814521245. PMID  24569612.
  8. ^ Гласс, Иоанн I .; Асад-Гарсия, Накира; Альперович, Нина; Юсеф, Шибу; Льюис, Мэтью Р .; Маруф, Махир; Hutchison, Clyde A .; Smith, Hamilton O .; Вентер, Дж. Крейг (2006). «Основные гены минимальной бактерии». Труды Национальной академии наук. 103 (2): 425–30. Bibcode:2006ПНАС..103..425Г. Дои:10.1073 / pnas.0510013103. JSTOR  30048318. ЧВК  1324956. PMID  16407165.
  9. ^ http://www.jcvi.org/cms/research/projects/first-self-replicating-synthetic-bacterial-cell/overview[требуется полная цитата ]
  10. ^ Като, Дзюн-ичи; Хашимото, Масаюки (2008). Конструирование мутантов Escherichia coli с длинной хромосомной делецией и минимизация генома. Методы молекулярной биологии. 416. С. 279–293. Дои:10.1007/978-1-59745-321-9_18. ISBN  978-1-58829-378-7. ISSN  1064-3745. PMID  18392974.
  11. ^ Смолли, Даррен Дж; Уайтли, Марвин; Конвей, Тиррелл (2003). «В поисках минимального генома Escherichia coli». Тенденции в микробиологии. 11 (1): 6–8. Дои:10.1016 / S0966-842X (02) 00008-2. PMID  12526847.
  12. ^ Lipton, Мэри S .; Паа-Толи, Льяна; Андерсон, Гордон А .; Андерсон, Дэвид Дж .; Auberry, Deanna L .; Баттиста, Джон Р .; Дэйли, Майкл Дж .; Фредриксон, Джим; и другие. (2002). «Глобальный анализ протеома Deinococcus radiodurans с использованием точных массовых меток». Труды Национальной академии наук. 99 (17): 11049–54. Bibcode:2002PNAS ... 9911049L. Дои:10.1073 / pnas.172170199. JSTOR  3059520. ЧВК  129300. PMID  12177431.
  13. ^ Сассетти, Кристофер М .; Бойд, Дана Х .; Рубин, Эрик Дж. (2001). «Комплексная идентификация условно незаменимых генов микобактерий». Труды Национальной академии наук. 98 (22): 12712–7. Bibcode:2001PNAS ... 9812712S. Дои:10.1073 / pnas.231275498. JSTOR  3056971. ЧВК  60119. PMID  11606763.
  14. ^ Гиавер, Гури; Чу, Анджела М .; Ni, Li; Коннелли, Карла; Райлз, Линда; Веронно, Стив; Доу, Салли; Лукау-Данила, Анкута; и другие. (2002). «Функциональное профилирование генома Saccharomyces cerevisiae». Природа. 418 (6896): 387–91. Bibcode:2002Натурал.418..387Г. Дои:10.1038 / природа00935. PMID  12140549.
  15. ^ Акерли, Брайан Дж .; Рубин, Эрик Дж .; Новик, Вероника Л .; Амая, Кенсей; Джадсон, Николас; Мекаланос, Джон Дж. (2002). «Анализ в масштабе генома для идентификации генов, необходимых для роста или выживания Haemophilus influenzae». Труды Национальной академии наук. 99 (2): 966–71. Bibcode:2002PNAS ... 99..966A. Дои:10.1073 / pnas.012602299. JSTOR  3057674. ЧВК  117414. PMID  11805338.
  16. ^ Форсайт, Р. Аллин; Haselbeck, Роберт Дж .; Ульсен, Кари Л .; Ямамото, Роберт Т .; Сюй, Ховард; Trawick, John D .; Уолл, Дэниел; Ван, Лянсу; и другие. (2002). «Общегеномная стратегия для идентификации основных генов Staphylococcus aureus». Молекулярная микробиология. 43 (6): 1387–400. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2002.02832.x. PMID  11952893.
  17. ^ Акерли, Брайан Дж .; Рубин, Эрик Дж .; Камилли, Эндрю; Лампе, Дэвид Дж .; Робертсон, Хью М .; Мекаланос, Джон Дж. (1998). «Систематическая идентификация основных генов морским мутагенезом in vitro». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (15): 8927–32. Bibcode:1998PNAS ... 95.8927A. Дои:10.1073 / пнас.95.15.8927. JSTOR  45862. ЧВК  21179. PMID  9671781.
  18. ^ Гил, Росарио; Сабатер-Муньос, Беатрис; Латорре, Ампаро; Silva, Francisco J .; Моя, Андрес (2002). «Чрезвычайное сокращение генома у видов Buchnera: на пути к минимальному геному, необходимому для симбиотической жизни». Труды Национальной академии наук. 99 (7): 4454–8. Bibcode:2002PNAS ... 99.4454G. Дои:10.1073 / pnas.062067299. JSTOR  3058325. ЧВК  123669. PMID  11904373.
  19. ^ Bochner, B.R .; Гадзинский, П; Паномитрос, Э (2001). «Фенотипические микромассивы для высокопроизводительного фенотипического тестирования и анализа функции генов». Геномные исследования. 11 (7): 1246–55. Дои:10.1101 / гр.186501. ЧВК  311101. PMID  11435407.
  20. ^ Джадсон, Николас; Мекаланос, Джон Дж. (2000). «TnAraOut, основанный на транспозонах подход к идентификации и характеристике основных бактериальных генов». Природа Биотехнологии. 18 (7): 740–5. Дои:10.1038/77305. PMID  10888841.
  21. ^ Холден, К. (2002). «Создан альянс с моделью E. Coli». Наука. 297 (5586): 1459–60. Дои:10.1126 / science.297.5586.1459a. PMID  12202792.
  22. ^ Ю, Бён Джо; Ким, Сун Чанг (2008). «Минимизация генома Escherichia coli с использованием системы эксцизии Cre / loxP, нацеленной на Tn5». В Остермане, Андрей Л .; Гердес, Светлана Ю. (ред.). Сущность микробных генов: протоколы и биоинформатика. Методы молекулярной биологии. 416. С. 261–77. Дои:10.1007/978-1-59745-321-9_17. ISBN  978-1-58829-378-7. PMID  18392973.
  23. ^ Zhang, R .; Лин, Ю. (2009). «DEG 5.0, база данных основных генов прокариот и эукариот». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Выпуск базы данных): D455–8. Дои:10.1093 / nar / gkn858. ЧВК  2686491. PMID  18974178.
  24. ^ Э. Уинстед: Еще один минимальный геном: микробу нужен всего 271 ген, в GNN (18 апреля 2003 г.)
  25. ^ К. Кобаяши и др.: Основные гены Bacillus subtilis., in: Proc Natl Acad Sci USA 100, 4678-4683 (15 апреля 2003 г.)
  26. ^ Ковальски, Хизер. «Первая самовоспроизводящаяся синтетическая бактериальная клетка». Пресс-релиз. Архивировано из оригинал 23 мая 2010 г.. Получено 17 декабря 2012.
  27. ^ Чо, М. К .; Магнус, Д; Caplan, AL; Макги, Д. (1999). «Этические соображения при синтезе минимального генома». Наука. 286 (5447): 2087, 2089–90. Дои:10.1126 / science.286.5447.2087. PMID  10617419.