Лаборатория микоплазм - Mycoplasma laboratorium

"Synthia" перенаправляется сюда. Для альбома The Jezabels см. Synthia (альбом).

Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:Tenericutes
Учебный класс:Молликуты
Заказ:Mycoplasmatales
Семья:Mycoplasmataceae
Род:Микоплазма
Разновидность:
М. mycoides
Подвиды:
М. М. JCVI-syn1.0
Трехчленное имя
Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0
Гибсон и другие., 2010[а 1]
Синонимы[а 2]

Лаборатория микоплазм Райх, 2000 г.

Лаборатория микоплазм или же Synthia[b 1] относится к синтетический виды бактерия. Проект создания новой бактерии развивался с момента его создания. Первоначально цель состояла в том, чтобы определить минимальный набор гены которые необходимы для поддержания жизни из геном из Mycoplasma genitalium, и синтетически перестроить эти гены, чтобы создать «новый» организм. Mycoplasma genitalium изначально был выбран в качестве основы для этого проекта, потому что в то время у него было наименьшее количество генов из всех проанализированных организмов. Позже акцент сместился на Mycoplasma mycoides и выбрал более метод проб и ошибок.[Би 2]

Для определения минимального количества генов, необходимых для жизни, каждый из 482 генов М. genitalium был индивидуально удален, и была проверена жизнеспособность полученных мутантов. Это привело к идентификации минимального набора из 382 генов, который теоретически должен представлять минимальный геном.[а 3] В 2008 году полный комплект М. genitalium гены были созданы в лаборатории с добавлением водяных знаков, чтобы идентифицировать гены как синтетические.[b 3][а 4] тем не мение М. genitalium растет очень медленно и М. mycoides был выбран в качестве нового направления для ускорения экспериментов, направленных на определение набора генов, действительно необходимых для роста.[b 4]

В 2010 году полный геном М. mycoides был успешно синтезирован из компьютерной записи и трансплантирован в существующую клетку Mycoplasma capricolum из которого удалили ДНК.[b 5] По оценкам, синтетический геном, использованный в этом проекте, стоил 40 миллионов долларов США и 200 долларов США. человеко-годы производить.[b 4] Новая бактерия могла расти и получила название JCVI-syn1.0 или Synthia. После дополнительных экспериментов по идентификации меньшего набора генов, которые могли бы продуцировать функциональный организм, был получен JCVI-syn3.0, содержащий 473 гена.[Би 2] 149 из этих генов имеют неизвестную функцию.[Би 2] Поскольку геном JCVI-syn3.0 является новым, он считается первым по-настоящему синтетическим организмом.

Проект минимального генома

Производство Synthia - это попытка синтетическая биология на Институт Дж. Крейга Вентера командой из примерно 20 ученых во главе с Нобелевский лауреат Гамильтон Смит и в том числе ДНК Исследователь Крейг Вентер и микробиолог Клайд А. Хатчисон III. Общая цель состоит в том, чтобы сократить живой организм до самого необходимого и, таким образом, понять, что требуется для создания нового организма с нуля.[а 3] Первоначальным фокусом была бактерия М. genitalium, облигатный внутриклеточный паразит чей геном состоит из 482 гены включая 582 970 пар оснований, расположенные на одном круговом хромосома (на момент начала проекта это был самый маленький геном любого известного природного организма, который можно было выращивать в свободной культуре). Они использовали мутагенез транспозонов, чтобы идентифицировать гены, которые не были важны для роста организма, в результате чего был получен минимальный набор из 382 генов.[а 3] Это усилие было известно как Проект минимального генома.[a 5]

Выбор организма

Микоплазма

Основная статья: Микоплазма

Микоплазма это род бактерии класса Молликуты в дивизионе Tenericutes, характеризующийся отсутствием клеточная стенка (делая это Грамотрицательный ) из-за его паразитический или же комменсальный образ жизни. молекулярная биология, этому роду уделялось много внимания как из-за того, что он, как известно, трудно искоренить контаминант у млекопитающих клеточные культуры (он невосприимчив к бета-лактамы и другие антибиотики ),[6] и для его потенциального использования в качестве модельный организм из-за небольшого размера генома.[7] Выбор рода для проекта Synthia датируется 2000 годом, когда Карл Райх придумал фразу Лаборатория микоплазм.[а 2]

Другие организмы с небольшими геномами

По состоянию на 2005 г. Пелагибактер убик (ан α-протеобактерии порядка Риккетсиалес ) имеет наименьший известный геном (1 308 759 пар оснований) среди свободных живых организмов и является одной из самых маленьких известных самореплицирующихся клеток. Возможно, это самая многочисленная бактерия в мире (возможно, 1028 отдельные ячейки) и вместе с другими членами SAR11 клады, по оценкам, составляют от четверти до половины всех бактериальных или архей клетки в океане.[8] Он был идентифицирован в 2002 г. последовательности рРНК и была полностью секвенирована в 2005 году.[9] Выращивать виды, не достигающие высокой плотности роста в лабораторных условиях, крайне сложно.[10][а 11]У нескольких недавно открытых видов генов меньше, чем у М. genitalium, но не являются свободноживущими: многие важные гены отсутствуют в Ходжкиния цикадикола, Sulcia muelleri, Baumannia cicadellinicola (симбионты цикады ) и Карсонелла Рудди (симбиот каркасного черешка желчного псиллида, Пахипсилла венуста[12]) может быть закодирован в ядре хозяина.[а 13] Организм с наименьшим известным набором генов по состоянию на 2013 г. Nasuia deltocephalinicola обязательный симбионт. У него всего 137 генов и размер генома 112 т.п.н.[а 14][b 6]

название видаколичество геновразмер (Мбайт)
Candidatus Ходжкиния цикадикола Дсем [1]1690.14
Candidatus Карсонелла руддии PV [2]1820.16
Candidatus Sulcia muelleri GWSS [3]2270.25
Candidatus Sulcia muelleri SMDSEM [4]2420.28
Buchnera aphidicola ул. Чинара Седри [5]3570.4261
Mycoplasma genitalium G37 [6]4750.58
Candidatus Фитоплазма мали [7]4790.6
Buchnera aphidicola ул. Baizongia фисташковые [8]5040.6224
Nanoarchaeum equitans Кин4-М [9]5400.49

Методы

Для этого проекта необходимо было разработать или адаптировать несколько лабораторных методов, поскольку он требовал синтеза и обработки очень больших фрагментов ДНК.

Трансплантация бактериального генома

В 2007 году команда Вентера сообщила, что им удалось перенести хромосому вида Mycoplasma mycoides к Mycoplasma capricolum к:

  • выделение генома М. mycoides: нежный лизис клеток, захваченных в агаре - расплавленный агар смешивают с клетками и оставляют для образования геля - с последующим гель-электрофорез в импульсном поле и полоса нужного размера (круговая 1.25Mbp) изолирована;
  • превращая клетки-получатели М. capricolum компетентный: рост в богатой среде после голодания в плохой среде, где нуклеотидное голодание приводит к ингибированию репликации ДНК и изменению морфологии; и
  • полиэтиленгликоль -опосредованная трансформация кольцевой хромосомы в клетки, свободные от ДНК, с последующим отбором.[а 15]

Период, термин трансформация Используется для обозначения введения вектора в бактериальную клетку (электропорацией или тепловым шоком). Здесь трансплантация используется аналогично ядерная трансплантация.

Бактериальный синтез хромосом

В 2008 году группа Вентера описала создание синтетического генома, копию М. genitalium Последовательность G37 L43967, с помощью иерархической стратегии:[a 16]

  • Синтез → 1kbp: последовательность генома была синтезированный к Голубая цапля в 1078 кассетах 1080bp с перекрытием 80bp и Не я сайты рестрикции (неэффективный, но нечастый резак).
  • Лигирование → 10kbp: 109 групп из серии из 10 последовательных кассет были лигированы и клонированы в Кишечная палочка на плазмида и правильная перестановка проверяется секвенированием.
  • Мультиплексная ПЦР → 100 т.п.н.: 11 групп из 10 последовательных сборок по 10 т.п.н. (выращенных на дрожжах) были объединены с помощью мультиплексной ПЦР с использованием пары праймеров для каждой сборки 10 т.п.
  • Изоляция и рекомбинация → вторичные сборки были изолированы, объединены и преобразованы в дрожжи сферопласты без векторной последовательности (присутствует в сборке 811-900).

Геном этого результата 2008 года, М. genitalium JCVI-1.0 опубликован в GenBank как CP001621.1. Его не следует путать с более поздними синтетическими организмами, обозначенными JCVI-syn, на основе М. mycoides.[a 16]

Синтетический геном

В 2010 году Вентер с коллегами создали Mycoplasma mycoides напряжение JCVI-syn1.0 с синтетическим геномом.[а 1] Первоначально синтетическая конструкция не работала, поэтому, чтобы выявить ошибку, из-за которой весь проект задержался на 3 месяца.[b 4]—Создана серия полусинтетических конструкций. Причиной сбоя была единственная мутация сдвига рамки считывания в ДНКА, а фактор инициации репликации.[а 1]

Целью создания клетки с синтетическим геномом была проверка методологии как шаг к созданию модифицированных геномов в будущем. Использование естественного генома в качестве шаблона минимизировало потенциальные источники неудач. Несколько отличий присутствуют в Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 относительно эталонного генома, особенно Кишечная палочка транспозон IS1 (инфекция со стадии 10kb) и дупликация 85bp, а также элементы, необходимые для размножения в дрожжах, и остатки из сайтов рестрикции.[а 1]

Были споры о том, является ли JCVI-syn1.0 настоящим синтетическим организмом. Хотя геном был синтезирован химическим путем во многих частях, он был сконструирован так, чтобы он точно соответствовал родительскому геному, и был трансплантирован в цитоплазму естественной клетки. Сама по себе ДНК не может создать жизнеспособную клетку: белки и РНК необходимы для чтения ДНК, и липидные мембраны необходимы для разделения ДНК и цитоплазма. В JCVI-syn1.0 два вида, используемые в качестве донора и реципиента, относятся к одному и тому же роду, что снижает потенциальные проблемы несоответствия между белками в цитоплазме хозяина и новым геномом.[а 17] Пол Кейм (молекулярный генетик в Университет Северной Аризоны в Флагстафф ) отметил, что «впереди ждут большие проблемы, прежде чем генные инженеры смогут смешивать, согласовывать и полностью проектировать геном организма с нуля».[b 4]

Водяные знаки

Скрытый водяной знак на полупроводниковом чипе 1976 года, являющийся подписью его создателей. Аналогичным образом JC Venter и его команда добавили водяные знаки, используя стоп-кодоны подписать свое творение.

Широко разрекламированная особенность JCVI-syn1.0 - наличие последовательностей водяных знаков. 4 водяных знака (показаны на Рисунке S1 в дополнительном материале к статье).[а 1]) представляют собой закодированные сообщения, записанные в ДНК, длиной 1246, 1081, 1109 и 1222 пар оснований соответственно. Эти сообщения не использовали стандартный генетический код, в котором последовательности из 3 оснований ДНК кодируют аминокислоты, но для этой цели был изобретен новый код, который читатели должны были разгадать.[b 7] Содержание водяных знаков следующее:

  1. Водяной знак 1: сценарий HTML, который читается в браузере как текст поздравления декодеру, а также инструкции о том, как отправить авторам электронное письмо для подтверждения декодирования.
  2. Водяной знак 2: список авторов и цитата из Джеймс Джойс: «Жить, ошибаться, падать, торжествовать, воссоздавать жизнь из жизни».
  3. Водяной знак 3: другие авторы и цитата из Роберт Оппенгеймер (в титрах): «Смотри на вещи не такими, какие они есть, но такими, какими они могли бы быть».
  4. Водяной знак 4: другие авторы и цитата из Ричард Фейнман: «Что не могу построить, не могу понять».

JCVI-syn3.0

Ген функции в минимальном геном из синтетический организм, Syn 3.[a 18]

В 2016 году Институт Вентера использовал гены из JCVI-syn1.0 для синтеза меньшего генома, который они называют JCVI-syn3.0, который содержит 531 560 пар оснований и 473 гена.[b 8] В 1996 г. после сравнения М. genitalium с другой маленькой бактерией Гемофильный гриппАркадий Мушегян и Юджин Кунин предположили, что может существовать общий набор из 256 генов, который может быть минимальным набором генов, необходимым для жизнеспособности.[b 9][19] В этом новом организме количество генов можно сократить только до 473, 149 из которых имеют совершенно неизвестные функции.[b 9] В 2019 году была опубликована полная вычислительная модель всех путей в ячейке Syn3.0, представляющая первую полную in silico модель живого минимального организма.[20]

Опасения и противоречия

Прием

6 октября 2007 года Крейг Вентер заявил в интервью британской газете Хранитель газете, что та же команда синтезировала модифицированную версию сингла хромосома из Mycoplasma genitalium химически. Синтезированный геном еще не был пересажен в рабочую клетку. На следующий день канадец биоэтика группа, ETC Group сделали заявление через своего представителя, Пэт Муни, говоря, что «творение» Вентера было «шасси, на котором можно было построить почти что угодно. Оно могло стать вкладом в человечество, например, новыми лекарствами или огромной угрозой человечеству, например, биологическим оружием». Вентер прокомментировал: «Мы имеем дело с большими идеями. Мы пытаемся создать новую систему ценностей для жизни. Работая в таком масштабе, нельзя ожидать, что все будут счастливы».[b 10]

21 мая 2010 г. Наука сообщил, что группа Вентера успешно синтезировала геном бактерии Mycoplasma mycoides из компьютерной записи и трансплантировал синтезированный геном в существующую клетку Mycoplasma capricolum бактерия, у которой была удалена ДНК. «Синтетическая» бактерия была жизнеспособной, т.е. способной к репликации.[b 1] Вентер описал его как «первый вид… родителями которого были компьютеры».[b 11]

О создании новой синтетической бактерии JCVI-3.0 было объявлено в Наука 25 марта 2016 года. Всего 473 гена. Вентер назвал его «первым созданным организмом в истории» и утверждал, что тот факт, что 149 требуемых генов имеют неизвестные функции, означает, что «всей области биологии не хватает одной трети того, что необходимо для жизни».[21]

Освещение в прессе

Проект получил широкое освещение в прессе из-за зрелищности Вентера, до такой степени, что Джей Кислинг, новаторский синтетический биолог и основатель Amyris, прокомментировал: «Единственное, что нам нужно, это регулирование рта моего коллеги».[b 12]

Полезность

Вентер утверждал, что синтетические бактерии - это шаг к созданию организмов для производства водород и биотопливо, а также поглощать углекислый газ и другие парниковые газы. Джордж М. Черч, еще один пионер в синтетическая биология, выразил противоположное мнение о том, что создание полностью синтетического генома не требуется, поскольку Кишечная палочка растет более эффективно, чем М. genitalium даже со всей его дополнительной ДНК; он прокомментировал, что синтетические гены были включены в Кишечная палочка для выполнения некоторых из вышеперечисленных задач.[b 13]

Интеллектуальная собственность

Институт Дж. Крейга Вентера зарегистрировал патенты на геном Mycoplasma labratorium («минимальный бактериальный геном») в США и за рубежом в 2006 году.[b 14][b 15][a 22] Группа ETC, канадская группа по биоэтике, протестовала на том основании, что патент слишком широк.[b 16]

Похожие проекты

С 2002 по 2010 год команда Венгерской академии наук создала штамм кишечная палочка под названием MDS42, который в настоящее время продается компанией Scarab Genomics из Мэдисона, штат Висконсин, под названием "Clean Genome. E.coli",[b 17] где 15% генома родительского штамма (E. coli K-12 MG1655) были удалены для повышения эффективности молекулярной биологии, удаляя Элементы IS, псевдогены и фаги, что приводит к лучшему поддержанию кодируемых плазмидами токсичных генов, которые часто инактивируются транспозонами.[a 23][24][а 25] Биохимия и механизмы репликации не изменились.

Рекомендации

Основные источники

  1. ^ а б c d е Гибсон, Д.Г .; Glass, J. I .; Lartigue, C .; Носков, В. Н .; Chuang, R.-Y .; Algire, M.A .; Бендерс, Г. А .; Montague, M.G .; Ma, L .; Муди, М. М .; Merryman, C .; Ваше, С .; Krishnakumar, R .; Assad-Garcia, N .; Andrews-Pfannkoch, C .; Денисова, Э. А .; Янг, L .; Qi, Z.-Q .; Segall-Shapiro, T. H .; Calvey, C.H .; Parmar, P. P .; Hutchison, C.A .; Smith, H.O .; Вентер, Дж. К. (20 мая 2010 г.). «Создание бактериальной клетки под контролем химически синтезированного генома». Наука. 329 (5987): 52–56. Bibcode:2010Sci ... 329 ... 52G. Дои:10.1126 / science.1190719. PMID  20488990.
  2. ^ а б Райх, штат Калифорния (июнь 2000 г.). «Поиск необходимых генов». Исследования в области микробиологии. 151 (5): 319–24. Дои:10.1016 / S0923-2508 (00) 00153-4. PMID  10919511. Кроме того, сложная генетика этих организмов делает последующую проверку эссенциальности с помощью направленных нокаутов проблематичной и практически исключает возможность проведения синтеза de novo «M. labratorium », источник внимания популярной прессы.
  3. ^ а б c Гласс, Иоанн I .; Накира Асад-Гарсия; Нина Альперович; Шибу Юсеф; Мэтью Р. Льюис; Махир Маруф; Клайд А. Хатчисон; Гамильтон О. Смит; Дж. Крейг Вентер (10 января 2006 г.). «Основные гены минимальной бактерии». Труды Национальной академии наук. 103 (2): 425–430. Bibcode:2006ПНАС..103..425Г. Дои:10.1073 / pnas.0510013103. ЧВК  1324956. PMID  16407165.
  4. ^ Гибсон, Д.Г .; Бендерс, Г. А .; Andrews-Pfannkoch, C .; Денисова, Э. А .; Baden-Tillson, H .; Zaveri, J .; Stockwell, T. B .; Браунли, А .; Томас, Д. У. (29 февраля 2008 г.). «Полный химический синтез, сборка и клонирование генома Mycoplasma genitalium». Наука. 319 (5867): 1215–1220. Bibcode:2008Sci ... 319.1215G. Дои:10.1126 / science.1151721. ISSN  0036-8075. PMID  18218864.
  5. ^ Хатчисон, Калифорния, Монтегю, М.Г. (2002). «Микоплазмы и концепция минимального генома». Молекулярная биология и патогенность микоплазм (Разин С., Херрманн Р., ред.). Нью-Йорк: Kluwer Academic / Plenum. С. 221–54. ISBN  978-0-306-47287-9.
  6. ^ Янг Л., Сунг Дж., Стейси Дж., Мастерс-младший. "Обнаружение Микоплазма в клеточных культурах ». Nat Protoc. 2010 5(5): 929–34. Epub 2010 22 апреля.
  7. ^ Fraser CM, Gocayne JD, White O и др. (Октябрь 1995 г.). "Минимальный набор генов Mycoplasma genitalium". Наука. 270 (5235): 397–403. Bibcode:1995Научный ... 270..397F. Дои:10.1126 / science.270.5235.397. PMID  7569993.
  8. ^ Моррис Р.М. и др. (2002). «Клада SAR11 доминирует над сообществами бактериопланктона поверхности океана». Природа. 420 (6917): 806–10. Bibcode:2002Натура 420..806М. Дои:10.1038 / природа01240. PMID  12490947.
  9. ^ Стивен Дж. Джованнони, Х. Джеймс Трипп и др. (2005). "Оптимизация генома космополитической океанической бактерии". Наука. 309 (5738): 1242–1245. Bibcode:2005Наука ... 309.1242G. Дои:10.1126 / science.1114057. PMID  16109880.
  10. ^ Раппе М.С., Коннон С.А., Верджин К.Л., Джованнони С.Л. (2002). «Выращивание вездесущей клады морского бактериопланктона SAR11». Природа. 418 (6898): 630–33. Bibcode:2002Натурал.418..630р. Дои:10.1038 / природа00917. PMID  12167859.
  11. ^ Трипп Х. Дж., Китнер Дж. Б., Швальбах М. С., Дейси Дж. В., Вильгельм Л. Дж., Джованнони С. Дж. (10 апреля 2008 г.). «Морским бактериям SAR11 для роста требуется экзогенная восстановленная сера». Природа. 452 (7188): 741–4. Bibcode:2008Натура 452..741Т. Дои:10.1038 / природа06776. PMID  18337719.
  12. ^ Накабачи, А .; Ямасита, А .; Toh, H .; Ishikawa, H .; Dunbar, H.E .; Moran, N.A .; Хаттори, М. (2006). "160-килобазный геном бактериального эндосимбионта Carsonella". Наука. 314 (5797): 267. Дои:10.1126 / science.1134196. PMID  17038615.
  13. ^ McCutcheon, J.P .; McDonald, B.R .; Моран, Н. А. (2009). «Конвергентная эволюция метаболических ролей в бактериальных симбионтах насекомых». Труды Национальной академии наук. 106 (36): 15394–15399. Bibcode:2009ПНАС..10615394М. Дои:10.1073 / pnas.0906424106. ЧВК  2741262. PMID  19706397.
  14. ^ Нэнси А. Моран и Гордон М. Беннетт (2014). «Крошечные геномы». Ежегодный обзор микробиологии. 68: 195–215. Дои:10.1146 / annurev-micro-091213-112901. PMID  24995872.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  15. ^ Лартиг С., Гласс Дж. И., Альперович Н., Пипер Р., Пармар П. П., Хатчисон, Калифорния, 3-й, Смит Х.О., Вентер Дж. С. (3 августа 2007 г.). «Трансплантация генома бактерий: смена одного вида на другой». Наука. 317 (5838): 632–8. Bibcode:2007Научный ... 317..632L. CiteSeerX  10.1.1.395.4374. Дои:10.1126 / science.1144622. PMID  17600181.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  16. ^ а б Гибсон, В; Клайд А. Хатчисон; Синтия Пфаннкоч; Дж. Крейг Вентер; и другие. (24 января 2008 г.). «Полный химический синтез, сборка и клонирование генома Mycoplasma genitalium». Наука. 319 (5867): 1215–20. Bibcode:2008Sci ... 319.1215G. Дои:10.1126 / science.1151721. PMID  18218864.
  17. ^ Поволоцкая И.С.; Кондрашов Ф.А. (июнь 2010 г.). «Пространство последовательности и продолжающееся расширение белковой вселенной». Природа. 465 (7300): 922–6. Bibcode:2010Натура.465..922П. Дои:10.1038 / природа09105. PMID  20485343.
  18. ^ Hutchison, Clyde A .; Чжуан, Рай-Юань; Носков, Владимир Н .; Асад-Гарсия, Накира; Deerinck, Thomas J .; Эллисман, Марк Х .; Джилл, Джон; Каннан, Кришна; Карась, Богумил Дж. (2016-03-25). «Дизайн и синтез минимального бактериального генома». Наука. 351 (6280): aad6253. Bibcode:2016Научный ... 351 ..... H. Дои:10.1126 / science.aad6253. ISSN  0036-8075. PMID  27013737.
  19. ^ Аркадий Р. Мушегян и Евгений Кунин (сентябрь 1996 г.). «Минимальный набор генов для клеточной жизни, полученный путем сравнения полных бактериальных геномов». Proc. Natl. Акад. Sci. Соединенные Штаты Америки. 93 (19): 10268–10273. Bibcode:1996ПНАС ... 9310268М. Дои:10.1073 / пнас.93.19.10268. ЧВК  38373. PMID  8816789.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  20. ^ Брейер, Мариан; Эрнест, Тайлер М .; Мерриман, Чак; Wise, Kim S .; Солнце, Лицзе; Lynott, Michaela R .; Hutchison, Clyde A .; Smith, Hamilton O .; Lapek, John D .; Гонсалес, Дэвид Дж .; Де Креси-Лагар, Валери; Хаас, Драго; Хэнсон, Эндрю Д .; Лабхсетвар, Пиюш; Гласс, Иоанн I .; Люти-Шультен, Заида (2019). «Основной метаболизм минимальной клетки». eLife. 8. Дои:10.7554 / eLife.36842. ЧВК  6609329. PMID  30657448.
  21. ^ Херпер, Мэтью. «После 20 лет поисков биологи создают синтетические бактерии без лишних генов». Forbes. Получено 2019-07-02.
  22. ^ Заявка на патент США: 20070122826
  23. ^ Уменхоффер К., Фехер Т., Балико Дж., Аяйдин Ф., Псфай Дж., Блаттнер Ф. Р., Посфай Г. (2010). «Снижение эволюционируемости Escherichia coli MDS42, клеточного шасси без IS для приложений молекулярной и синтетической биологии». Фабрики микробных клеток. 9: 38. Дои:10.1186/1475-2859-9-38. ЧВК  2891674. PMID  20492662.
  24. ^ Pósfai G, Plunkett G 3rd, Fehér T, Frisch D, Keil GM, Umenhoffer K, Kolisnychenko V, Stahl B, Sharma SS, de Arruda M, Burland V, Harcum SW, Blattner FR (2006). «Новые свойства Escherichia coli с редуцированным геномом». Наука. 312 (5776): 1044–6. Bibcode:2006Научный ... 312.1044P. Дои:10.1126 / science.1126439. PMID  16645050.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  25. ^ Колисниченко В., Планкетт Г. 3-й, Херринг CD, Фехер Т., Посфай Дж., Блаттнер Ф. Р., Посфай Г. (апрель 2002 г.). «Разработка уменьшенного генома Escherichia coli». Genome Res. 12 (4): 640–7. Дои:10.1101 / гр.217202. ЧВК  187512. PMID  11932248.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)

Популярная пресса

  1. ^ а б Роберта Квок (2010). «Геномика: мастера ДНК». Природа. 468 (7320): 22–5. Bibcode:2010Натура.468 ... 22K. Дои:10.1038 / 468022a. PMID  21048740.
  2. ^ а б c Каллавей, Юэн (2016). "'Минимальная "клетка повышает ставки в гонке за использование синтетической жизни". Природа. 531 (7596): 557–558. Bibcode:2016Натура.531..557C. Дои:10.1038 / 531557a. ISSN  0028-0836. PMID  27029256.
  3. ^ Болл, Филипп (24 января 2008 г.). «Геном сшит вручную». Природа. Дои:10.1038 / новости.2008.522. ISSN  0028-0836.
  4. ^ а б c d Pennisi E (май 2010 г.). «Геномика. Синтетический геном приносит новую жизнь бактериям». (PDF). Наука. 328 (5981): 958–9. Дои:10.1126 / science.328.5981.958. PMID  20488994.
  5. ^ Кацнельсон, Алла (20.05.2010). «Исследователи запускают клетку с синтетическим геномом». Природа. Дои:10.1038 / новости.2010.253. ISSN  0028-0836.
  6. ^ Циммер, Карл (23.08.2013). «И геномы продолжают сокращаться ...» Национальная география.
  7. ^ Кен Ширрифф (10.06.2010). «Использование Arc для декодирования секретного водяного знака Вентера». Блог Кена Ширриффа. Получено 2010-10-29.
  8. ^ Первая минимальная синтетическая бактериальная клетка. Сеть астробиологии. 24 марта 2016 г.
  9. ^ а б Йонг, Эд (24 марта 2016 г.). "Таинственная вещь об удивительной новой синтетической клетке".
  10. ^ Пилкингтон, Эд (6 октября 2009 г.). «Я создаю искусственную жизнь, - заявляет генный пионер США». Лондон: The Guardian. Получено 23 ноя 2012.
  11. ^ "Как ученые создали искусственную жизнь'". Новости BBC. 2010-05-20. Получено 2010-05-21.
  12. ^ Эндрю Поллак, Его корпоративная стратегия: научный метод, NYTimes, 4 сентября 2010 г.
  13. ^ Самый длинный кусок синтетической ДНК, Новости журнала Scientific American, 24 января 2008 г.
  14. ^ "Искусственная жизнь: подана заявка на патент ", Экономист, 14 июня 2007 г. Проверено 7 октября 2007 г.
  15. ^ Роджер Хайфилд "Искусственный микроб для создания бесконечного биотоплива ", Телеграф, 8 июня 2007 г. Проверено 7 октября 2007 г.
  16. ^ Янкуловичи, Елена (15.01.2008). «Возникающая область синтетической биологии:« Син »или спасение?». Наука в новостях. Получено 2019-07-03.
  17. ^ ООО "Скарабей Геномикс. Сайт компании".


внешняя ссылка