Веррукомикробия - Verrucomicrobia

Веррукомикробия
Просвечивающая электронная микрофотография эпиксеносом II стадии.
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Веррукомикробия Хедлунд 2012
Классы
"Candidatus Эпиксеносома " ♠ "Лентимонас " ♠ "Метилоацида " ♠ "Метилацидимикробий " ♠ "Methylacidiphilales " ♠ "Спартобактерии " Opitutae Веррукомикробии
Синонимы
Веррукомикробаэота Орен и др. 2015 г.

Веррукомикробия это тип бактерии который содержит лишь несколько описанных видов. Выявленные виды были изолированы от пресная вода, морской и почва окружающая среда и человек кал. Ряд еще не культивируемых видов был идентифицирован в связи с эукариотическими хозяевами, включая экструзионные взрывчатые вещества. эктосимбионты из протисты и эндосимбионты из нематоды проживающие в их гаметы.^{[нужна цитата ]}

Веррукомикробия распространена в окружающей среде.^{[нужна цитата ]} Считается, что у этого типа есть два сестринских типа: Хламидии и Lentisphaerae в пределах Группа ПВХ.^[1] Тип Verrucomicrobia можно отличить от соседних типов внутри группы PVC по наличию нескольких сохраненные индели подписи (CSI).^[2] Эти CSI представляют собой уникальные, синапоморфный характеристики, которые предполагают общее происхождение внутри Verrucomicrobia и независимое происхождение среди других бактерий.^[3] CSI также были обнаружены общие для Verrucomicrobia и Хламидии исключительно всех остальных бактерий.^[4] Эти CSI подтверждают, что Хламидии ближайший родственник Веррукомикробия, и что они более тесно связаны друг с другом, чем с Planctomycetales.

Веррукомикробия может принадлежать клады Планктобактерии в большем кладе Gracilicutes.^[5]

В 2008 г. геном из Метилацидифилум инфернорум (2.3 Мбит / с ) был опубликован. На единственном циркуляре хромосома Было найдено 2473 предсказанных белка, 731 из которых не имели поддающихся обнаружению гомологов. Эти анализы также выявили много возможных гомологии с Протеобактерии.^[6][7]

Филогения

Смотрите также: Бактериальная систематика

Филогения, основанная на работе Проект "Живое дерево всех видов".^[8]

Opitutae Puniceicoccaceae   Coraliomargarita akajimensis       Puniceicoccus vermicola     Cerasicoccus arenae         Opitutaceae   Opitutus terrae     Альтерококк агаролитический     Пелагикокк   P. croceus       P. mobilis (тип sp.)       P. albus     P. litoralis             Verrucomicrobiales   Limisphaera ngatamarikiensis     Verrucomicrobiaceae   Terrimicrobium sacchariphilum       Веррукомикробиум спинозум       Roseimicrobium gellanilyticum   Простекобактер     P. fluviatilis     П. vanneervenii         Brevifollis gellanilyticus         П. водоросли     P. dejongeii         P. debontii     П. fusiformis (тип sp.)                     Akkermansia muciniphila       Лютеолибактер   L. cuticulihirudinis       L. pohnpeiensis (тип sp.)       L. водоросли       L. luojiensis     L. yonseiensis           Галоферула     H. luteola     Х. саргассикола         H. helveola       H. phyci       H. harenae       Х. chungangensis     H. rosea (тип sp.)                 Roseibacillus   R. persicicus       R. ishigakijimensis (тип sp.)     Р. Понти           Persicirhabdus sediminis   Rubritalea     Р. сабули       R. halochordaticola     Р. squalenifaciens           Р. Марина (тип sp.)       R. spongiae     R. tangerina

Таксономия

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN)^[9] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).^[10]

• Тип Веррукомикробия Хедлунд 2012 [Verrucomicrobaeota Орен и др. 2015 г.]
  • Род? "Candidatus Эпиксеносома " ♠ Bauer et al. 2005 г.
    • Разновидность "Candidatus Эпиксеносома выброса " ♠ Bauer et al. 2005 г.
  • Род?Лентимонас ♠ Чу и Чо 2006
    • Разновидность "Lentimonas marisflavi " ♠ Чу и Чо 2006
  • Род? "Метилоацида " ♠ Islam et al. 2008 г.
  • Род? "Метилацидимикробий " ♠ van Teeseling et al. 2014 г.
    • Разновидность "М. cyclopophantes " ♠ van Teeseling et al. 2014 г.
    • Разновидность "М. fagopyrum " ♠ van Teeseling et al. 2014 г.
    • Разновидность "М. тартарофилакс " ♠ van Teeseling et al. 2014 г.
  • Заказ ?"Methylacidiphilales" ♠ Оп ден лагерь 2009
    • Семья "Метилацидифиловые " ♠ Оп ден лагерь 2009
      • Род »Метилацидифил " ♠ Hou et al. 2008 исправление. Оп ден Камп и др. 2009 г.
        • Разновидность "М. fumariolicum " ♠ (Pol et al. 2007) Op den Camp et al. 2009 г.
        • Разновидность "М. инфернорум " ♠ (Dunfield et al. 2007) Hou et al. 2008 г.
        • Разновидность "М. Камчаткенсе " ♠ Islam et al. 2008 г.
  • Учебный класс ?"Спартобактерии" Sangwan et al. 2004 г.
    • Род »Candidatus Ксифинематобактер " ♠ Vandekerckhove et al. 2000 г.
      • Разновидность "Ca. X. americani " ♠ Vandekerckhove et al. 2000 г.
      • Разновидность "Ca. X. brevicolli " ♠ Vandekerckhove et al. 2000 г.
      • Разновидность "Ca. X. rivesi " ♠ Vandekerckhove et al. 2000 г.
    • Заказ "Chthoniobacterales" Sangwan et al. 2004 г.
      • Семья "Chthoniobacteraceae " Sangwan et al. 2004 г.
        • Род »Chthoniobacter " ♠ Sangwan et al. 2004 г.
          • Разновидность "Chthoniobacter flavus " ♠ Sangwan et al. 2004 г.
  • Учебный класс Opitutae Choo et al. 2007 г.
    • Заказ Opitutales Choo et al. 2007 г.
      • Семья Opitutaceae Choo et al. 2007 г.
        • Род? "Диплосфера " ♠ Wertz et al. 2012 non Bialosuknia 1909
          • Разновидность "Diplosphaera colitermitum " ♠ Wertz et al. 2012 г.
        • Род Альтерококк Ши и Джин 1999
          • Разновидность Альтерококк агаролитический Ши и Джин 1999
        • Род Opitutus Чин и др. 2001 г.
          • Разновидность Opitutus terrae Чин и др. 2001 г.
        • Род Цефалотикокк Lin et al. 2016 г.
          • Разновидность С. capnophilus Lin et al. 2016 г.
          • Разновидность C. primus Lin et al. 2016 г.
    • Заказ Puniceicoccales Choo et al. 2007 г.
      • Семья Puniceicoccaceae Choo et al. 2007 г.
        • Род Церасикокк Юн и др. 2007 г.
          • Разновидность C. arenae Юн и др. 2007 г. (тип sp.)
          • Разновидность "C. frondis " ♠ Юн и др. 2010 г.
          • Разновидность "C. maritimus " ♠ Юн и др. 2010 г.
        • Род Коралиомаргарита Юн и др. 2007 г.
          • Разновидность Coraliomargarita akajimensis Юн и др. 2007 г.
        • Род Пелагикокк Юн и др. 2007 г.
          • Разновидность P. albus Юн и др. 2007 г.
          • Разновидность P. croceus Юн и др. 2007 г.
          • Разновидность P. litoralis Юн и др. 2007 г.
          • Разновидность P. mobilis Юн и др. 2007 г. (тип sp.)
        • Род Puniceicoccus Choo et al. 2007 г.
          • Разновидность Puniceicoccus vermicola Choo et al. 2007 г.
  • Учебный класс Веррукомикробии Hedlund et al. 1998 исправление. Юн и др. 2008 г.
    • Заказ Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 исправление. Юн и др. 2008 г.
      • Семейство Verrucomicrobia, подраздел 3 [Pedosphaeraceae]
        • Род? "Pedosphaera " ♠ Озюрт 2008
          • Разновидность "Pedosphaera parvula " ♠ Озюрт 2008
        • Род Limisphaera ngatamarikiensis Андерс и др. 2015 г.
          • Разновидность Limisphaera ngatamarikiensis Андерс и др. 2015 г.
      • Семья Akkermansiaceae Хедлунд и Дерриен 2012
        • Род Аккермансия Derrien et al. 2004 г.
          • Разновидность Akkermansia muciniphila Derrien et al. 2004 г.
      • Семья Rubritaleaceae Хедлунд 2012
        • Род Rubritalea Scheuermayer et al. 2006 г.
          • Разновидность R. halochordaticola Юн и др. 2011 г.
          • Разновидность Р. Марина Scheuermayer et al. 2006 г. (тип sp.)
          • Разновидность Р. сабули Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность R. spongiae Юн и др. 2007 г.
          • Разновидность Р. squalenifaciens Kasai et al. 2007 г.
          • Разновидность R. tangerina Юн и др. 2007 г.
      • Семья Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 исправление. Takeda et al. 2008 г.
        • Род?Фукофил ♠ Sakai et al. 2001b
          • Разновидность Fucophilus fucoidanolyticus ♠ Sakai et al. 2001b
        • Род Brevifollis Otsuka et al. 2013
          • Разновидность Brevifollis gellanilyticus Otsuka et al. 2013
        • Род Галоферула Юн и др. 2008 исправление. Bibi et al. 2011 г.
          • Разновидность Х. chungangensis Канг и др. 2013
          • Разновидность H. harenae Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность H. helveola Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность H. luteola Bibi et al. 2011 г.
          • Разновидность H. phyci Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность H. rosea Юн и др. 2008 г. (тип sp.)
          • Разновидность Х. саргассикола Юн и др. 2008 г.
        • Род Persicirhabdus Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность Persicirhabdus sediminis Юн и др. 2008 г.
        • Род Лютеолибактер Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность L. водоросли Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность L. cuticulihirudinis Glaeser et al. 2012 г.
          • Разновидность L. luojiensis Jiang et al. 2012 г.
          • Разновидность L. pohnpeiensis Юн и др. 2008 г. (тип sp.)
          • Разновидность L. yonseiensis Park et al. 2013
        • Род Roseibacillus Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность R. persicicus Юн и др. 2008 г.
          • Разновидность R. ishigakijimensis Юн и др. 2008 г. (тип sp.)
          • Разновидность Р. Понти Юн и др. 2008 г.
        • Род Розеимикробиум Otsuka et al. 2013
          • Разновидность Roseimicrobium gellanilyticum Otsuka et al. 2013
        • Род Простекобактер (бывший Staley et al., 1976) Staley et al. 1980 исправление. Takeda et al. 2008 г.
          • Разновидность П. водоросли Ли и др. 2014 г.
          • Разновидность P. dejongeii Hedlund et al. 1998 г.
          • Разновидность P. debontii Hedlund et al. 1998 г.
          • Разновидность P. fluviatilis Takeda et al. 2008 г.
          • Разновидность П. fusiformis (бывший Staley et al., 1976) Staley et al. 1980 г. (тип sp.)
          • Разновидность П. vanneervenii Hedlund et al. 1998 г.
        • Род Терримикробий Qiu et al. 2014 г.
          • Разновидность Terrimicrobium sacchariphilum Qiu et al. 2014 г.
        • Род Веррукомикробий Шлезнер 1988
          • Разновидность Веррукомикробиум спинозум Шлезнер 1988

Примечания:
♠ Штамм обнаружен на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), но не имеет отношения к Бактериологический код (1990 г. и последующие редакции), как подробно описано Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) в результате следующих причин:

Рекомендации

1. Чо Дж, Верджин К., Моррис Р., Джованнони С. (2004). «Lentisphaera araneosa gen. Nov., Sp. Nov, прозрачный экзополимер, продуцирующий морскую бактерию, и описание нового бактериального типа, Lentisphaerae». Environ Microbiol. 6 (6): 611–21. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2004.00614.x. PMID  15142250.
2. Гупта Р.С., Бхандари В., Наушад Х.С. (2012). «Молекулярные сигнатуры для клады PVC (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и Lentisphaerae) бактерий дают представление об их эволюционных отношениях». Передний микробиол. 3: 327. Дои:10.3389 / fmicb.2012.00327. ЧВК  3444138. PMID  23060863.
3. Гупта Р.С. (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию». FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. Дои:10.1093 / femsre / fuw011. PMID  27279642.
4. Гриффитс Э., Гупта Р.С. (2007). «Филогения и общие консервативные вставки в белках свидетельствуют о том, что веррукомикробия являются ближайшими известными свободноживущими родственниками хламидий». Микробиология. 153 (Pt 8): 2648–54. Дои:10.1099 / mic.0.2007 / 009118-0. PMID  17660429.
5. Вагнер, М; Хорн, М. (2006). «Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae и сестринские типы составляют супертип, имеющий биотехнологическое и медицинское значение». Текущее мнение в области биотехнологии. 17 (3): 241–9. Дои:10.1016 / j.copbio.2006.05.005. PMID  16704931.
6. Hou, S; Макарова, К.С.; Пила, JH; Сенин, П; Ly, BV; Чжоу, Z; Рен, Y; Ван, Дж; Гальперин М.Ю .; Омельченко, Марина В; Волк, Юрий I; Ютин Наталья; Кунин, Евгений V; Стотт, Мэтью Б; Гора, Брюс В.; Кроу, Мишель А; Смирнова, Анжела В; Данфилд, Питер Ф; Фен, Лу; Ван, Лэй; Алам, Максудул (2008). «Полная последовательность генома чрезвычайно ацидофильного изолята метанотрофа V4, Methylacidiphilum infernorum, представителя бактериального типа Verrucomicrobia». Биология Директ. 3: 26. Дои:10.1186/1745-6150-3-26. ЧВК  2474590. PMID  18593465.
7. Людвиг У., Эйзеби Дж. И Уитман У. (2008). "Таксономические очертания Берджи: Том 4 - Проект таксономического очертания Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes" (PDF). Ручное доверие Берджи: 15.
8. «Релиз 123 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2016-03-20.
9. J.P. Euzéby. «Веррукомикробия». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Получено 2016-03-20.
10. Сэйерс; и другие. «Веррукомикробия». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2016-03-20.