Synergistetes - Synergistetes

Synergistaceae
Научная классификация
Королевство:	Бактерии
Тип:	Фирмикуты ?
Подтип:	Synergistetes Jumas-Bilak et al. 2009 г.
Учебный класс:	Синергия Юмас-Билак и др. 2009 г.
Заказ:	Синергисты Jumas-Bilak et al. 2009 г.
Семья:	Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 г.
Роды
Acetomicrobium flavidum Soutschek et al. 1985 г. Аминифил Díaz et al. 2007 г. Аминобактерии Baena et al. 1999 г. Аминомонады Baena et al. 1999 г. Анаэробакулюм Rees et al. 1997 исправление. Маун и Таннер 2012 Candidatus Таммелла Hongoh et al. 2007 г. Cloacibacillus Ganesan et al. 2008 г. Детиосульфовибрион Magot et al. 1997 г. Fretibacterium fastidiosum Вартукян и др. 2013 Jonquetella Jumas-Bilak et al. 2007 г. Пирамидобактер Даунс и др. 2009 г. Synergistes Allison et al. 1993 г. Терманаэровибрио Baena et al. 1999 исправление. Заварзина и др. 2000 г. Термовирга Дале и Биркеланд 2006
Синонимы
Аминанаэробия Гугенгольц Synergistaeota Орен и др. 2015 г.

В Synergistetes это недавно признанный тип анаэробных бактерий, которые проявляют Грамотрицательный окрашиваются и имеют форму палочек / вибриоидов.^[1][2] Хотя у Synergistetes есть оболочка из клеток дидерм,^[3][4] гены различных белков, участвующих в липополисахаридах биосинтез у Synergistetes еще не обнаружены, что указывает на то, что у них может быть атипичная внешняя клеточная оболочка.^[3][4] Synergistetes населяют большинство анаэробных сред, включая желудочно-кишечный тракт животных, почву, нефтяные скважины и очистки сточных вод растения, и они также присутствуют в местах заболеваний человека, таких как кисты, абсцессы и области парадантоз.^[5][6] Из-за их присутствия на участках, связанных с заболеванием, Synergistetes считается условно-патогенными микроорганизмами, но они также могут быть обнаружены у здоровых людей в микробиоме пупка и в нормальном состоянии. вагинальная флора.^[6][7] Виды этого типа также были вовлечены в парадантоз,^[8] желудочно-кишечные инфекции и инфекции мягких тканей.^[6] Другие виды этого типа были определены как важные участники разложения ила для производства биогаза в анаэробных варочных котлах и являются потенциальными кандидатами для использования в производстве возобновляемой энергии за счет производства газообразного водорода.^[9] Все известные виды и роды Synergistetes в настоящее время являются частью одного класса (Synergistia), отряда (Synergistiales) и семейства (Synergistaceae).^[2]

Сравнительная геномика и молекулярные подписи

Недавний сравнительный анализ секвенированных геномов Synergistetes привел к идентификации большого количества сохраненные индели подписи (CSI) в белковых последовательностях, которые специфичны либо для всех секвенированных видов Synergistetes, либо для некоторых из их подклассов, которые наблюдаются в филогенетические деревья.^[10] Из идентифицированных CSI 32 в широко распространенных белках, таких как RpoB, RpoC, UvrD, GyrA, PolA, PolC, MraW, NadD, PyrE, RpsA, RpsH, FtsA, RadA и т. Д., Включая большую вставку> 300 аминокислотных остатков. в белке RpoC присутствуют у различных видов Synergistetes, но, за исключением изолированных бактерий, эти CSI не обнаруживаются в гомологах белка от всех других организмов. Эти CSI предоставляют новые молекулярные маркеры для отличия видов Synergistetes от всех других бактерий.^[10] Было обнаружено, что семь других CSI в важных белках, включая 13 аминокислотных остатков в RpoB, уникально присутствуют в Jonquetella, Пирамидобактер и Детиосульфовибрион виды, указывающие на тесное и специфическое родство между этими бактериями, что также убедительно подтверждается филогенетическими деревьями. Пятнадцать дополнительных CSI, которые присутствовали только в Jonquetella и Пирамидобактер указывают на тесную связь между этими двумя видами.^[10] Наконец, тесная связь между Аминомонады и Терманаэровибрио вид также подтверждается 9 идентифицированными CSI. Выявленные молекулярные маркеры предоставляют надежные средства для разделения видов из филума Synergistetes на промежуточные таксономические ранги, такие как семейства и отряды.^[10]

Филогения

Смотрите также: Бактериальная систематика

Филогения, основанная на работе Проект "Живое дерево всех видов".^[11]

Acetomicrobium flavidum (тип sp.) [был Bacteroideaceae]   Анаэробакулюм   A. Hydrogeniformans     A. thermoterrenum           Thermovirga lienii         Аминифил циркумскриптус     Терманаэровибрио   Т. acidaminovorans (тип sp.)     Т. велокс         Synergistes jonesii   Cloacibacillus   С. evryensis     C. porcorum                   Lactivibriocoholicus       Аминивибрион пируватифильный     Fretibacterium fastidiosum       Аминобактерии   А. thunnarium       A. colombiense (тип sp.)     Мобильный               Jonquetella Anthropi     Pyramidobacter piscolens     Детиосульфовибрион   D. salsuginis       D. пептидоворанс (тип sp.)       D. acidaminovorans     Д. маринус     D. russensis

Таксономия

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN)^[12] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).^[13]

• Подтип Synergistetes Jumas-Bilak et al. 2009 г. [Synergistaeota Орен и др. 2015 г. [Аминанаэробия Гугенгольц]
  • Учебный класс Синергия Jumas-Bilak et al. 2009 г.
    • Заказ Синергисты Jumas-Bilak et al. 2009 г.
      • Семья Synergistaceae Jumas-Bilak et al. 2009 г. [Семейство клостридиевых XV]
        • Род Ацетомикробий Soutschek et al. 1985 г.
          • Разновидность Acetomicrobium flavidum Soutschek et al. 1985 г.
        • Род Аминифил Díaz et al. 2007 г.
          • Разновидность Аминифил циркумскриптус Díaz et al. 2007 г.
        • Род Аминивибрион Honda et al. 2013
          • Разновидность Аминивибрион пируватифильный Honda et al. 2013
        • Род Аминобактерии Baena et al. 1999 г.
          • Разновидность A. colombiense Baena et al. 1999 г. (тип sp.)
          • Разновидность Мобильный Baena et al. 2000 г.
          • Разновидность А. thunnarium Hamdi et al. 2015 г.
        • Род Аминомонады Baena et al. 1999 г.
          • Разновидность Aminomonas paucivorans Baena et al. 1999 г.
        • Род Анаэробакулюм Rees et al. 1997 исправление. Мауне и Таннер 2012
          • Разновидность A. Hydrogeniformans Мауне и Таннер 2012
          • Разновидность Мобильный Менес и Мукси 2002
          • Разновидность A. thermoterrenum Rees et al. 1997 г. (тип sp.)
        • Род Candidatus Таммелла Hongoh et al. 2007 г.
          • Разновидность Candidatus Tammella caduceiae Hongoh et al. 2007 г.
        • Род Cloacibacillus Ganesan et al. 2008 исправление. Looft et al. 2013
          • Разновидность Cloacibacillus evryensis Ganesan et al. 2008 г.
          • Разновидность Cloacibacillus porcorum Looft et al. 2013
        • Род Детиосульфовибрион Magot et al. 1997 г.
          • Разновидность D. salsuginis Díaz-Cárdenas et al. 2010 г.
          • Разновидность D. пептидоворанс Magot et al. 1997 г. (тип sp.)
          • Разновидность D. acidaminovorans Сурков и др. 2001 г.
          • Разновидность Д. маринус Сурков и др. 2001 г.
          • Разновидность D. russensis Сурков и др. 2001 г.
        • Род Fretibacterium Вартукян и др. 2013
          • Разновидность Fretibacterium fastidiosum Вартукян и др. 2013
        • Род Jonquetella Jumas-Bilak et al. 2007 г.
          • Разновидность Jonquetella Anthropi Юмас-Билак и др. 2007 г.
        • Род Lactivibrio Qiu et al. 2014 г.
          • Разновидность Lactivibriocoholicus Qiu et al. 2014 г.
        • Род Пирамидобактер Даунс и др. 2009 г.
          • Разновидность Pyramidobacter piscolens Даунс и др. 2009 г.
        • Род Synergistes Allison et al. 1993 г.
          • Разновидность Synergistes jonesii Allison et al. 1993 г.
        • Род Терманаэровибрио Baena et al. 1999 исправление. Palaniappan et al. 2013
          • Разновидность Т. acidaminovorans (Guangsheng et al. 1997) Baena et al. 1999 г. [Селеномонада ацидаминоворанс Guangsheng et al. 1997 г.] (тип sp.)
          • Разновидность Т. велокс Заварзина и др. 2000 г.
        • Род Термовирга Дале и Биркеланд 2006
          • Разновидность Thermovirga lienii Дале и Биркеланд 2006

Примечания:
♠ Штамм обнаружен на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), но не указаны в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)

Рекомендации

1. Гугенгольц, П., Хупер, С.Д., и Кирпидес, Северная Каролина (2009). Фокус: синергисты. Environ. Microbiol. 11, 1327–1329.
2. Jumas-Bilak, E .; Roudiere, L .; Маршандин, Х. (2009). "Описание типа" Synergistetes "phyl. Nov. И исправленное описание типа" Deferribacteres "и семейства Syntrophomonadaceae, тип" Firmicutes "'". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 59: 1028–1035. Дои:10.1099 / ijs.0.006718-0.
3. Гупта, Р. С. (2011) Происхождение дидерм (грамотрицательных) бактерий: давление выбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, привело к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами. Антони Ван Левенгук. 100: 171–182
4. Сатклифф, И. (2010). "Перспектива уровня филума на архитектуре оболочки бактериальной клетки". Тенденции Microbiol. 18: 464–470. Дои:10.1016 / j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
5. Jumas-Bilak, E .; Carlier, J.P .; Jean-Pierre, H .; Citron, D .; Бернард, К .; Damay, A .; Гей, Б .; Teyssier, C .; Campos, J .; Маршандин, Х. (2007). «Jonquetella anthropi gen. Nov., Sp. Nov., Первый представитель типа« Synergistetes », выделенный от человека». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 57: 2743–2748. Дои:10.1099 / ijs.0.65213-0. PMID  18048718.
6. Вартукян, С.Р., Палмер, Р.М., Уэйд, У.Г. (2007). Подразделение «Синергист». Анаэроб. 13, 99–106.
7. Маршандин, Х., Дамай, А., Рудьер, Л., Тейсье, К., Зоргниотти, И., Дешо, Х., Жан-Пьер, Х., и Джумас-Билак, Э. (2010). Филогения, разнообразие и специализация хозяев в типе Synergistetes с упором на штаммы и клоны человеческого происхождения. Res. Microbiol. 161, 91–100.
8. Horz, H.P .; D.M. Цитрон; Ю.А. Уоррен; E.J. Гольдштейн; Г. Конрадс (август 2006 г.). "Группа Synergistes Организмы человеческого происхождения". Журнал клинической микробиологии. 44 (8): 2914–2920. Дои:10.1128 / JCM.00568-06. ЧВК  1594628. PMID  16891512.
9. Ривьер, Д., Дезвинь, В., Пеллетье, Э., Шоссоннери, С., Гермази, С., Вайссенбах, Дж., Ли, Т., Камачо, П., и Сгир, А. (2009). К определению ядра микроорганизмов, участвующих в анаэробном переваривании ила. ISME. J. 3, 700–714.
10. Bhandari, V .; Гупта, Р. С. (2012). «Молекулярные сигнатуры для типа Synergistetes и некоторых его субкладов». Антони ван Левенгук. 102: 517–40. Дои:10.1007 / s10482-012-9759-2. PMID  22711299.
11. «Релиз 123 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2016-03-20.
12. J.P. Euzéby. "Синергистетес". Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Получено 2016-03-20.
13. Сэйерс; и другие. "Синергистетес". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2016-03-20.