Эпсилонпротеобактерии - Epsilonproteobacteria

Эпсилонпротеобактерии
ARS Campylobacter jejuni.jpg
Campylobacter
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Тип:Протеобактерии
Учебный класс:Эпсилонпротеобактерии
Заказы

Эпсилонпротеобактерии являются классом Протеобактерии.[1] Все разновидность этого класса, как и все протеобактерии, Грамотрицательный.

Эпсилонпротеобактерии состоят из нескольких известных родов, в основном от изогнутых до спириллоидных. Wolinella виды, Helicobacter spp. и Campylobacter виды Большинство известных видов обитают в пищеварительном тракте животных и служат симбионты (Wolinella виды в крупный рогатый скот ) или же патогены (Helicobacter виды в желудке, Campylobacter виды в двенадцатиперстной кишке). Многие эпсилонпротеобактерии подвижны со жгутиками.[2]

Многочисленные экологические последовательности и изоляты Epsilonproteobacteria также были извлечены из гидротермальные источники и холодная утечка среды обитания. Примеры изолятов включают: Сульфуримонас аутотрофия,[3] Сульфуримонас паралвинеллы,[4] Сульфуров литотрофический[5] и Наутилия профундикола.[6] Член класса Epsilonproteobacteria встречается как эндосимбионт в большом жабры глубоководной морской улитки Alviniconcha hessleri.[7]

Эпсилонпротеобактерии, обнаруженные в глубоководных гидротермальных источниках, обычно проявляют хемолитотрофию, удовлетворяя свои потребности в энергии за счет окисления восстановленной серы, формиата или водорода в сочетании с восстановлением нитрата или кислорода.[8] Автотрофные Epsilonproteobacteria используют обратный цикл Кребса для фиксации углекислого газа в биомассе, путь, который первоначально считался не имеющим большого значения для окружающей среды. Чувствительность этого пути к кислороду согласуется с их микроаэрофильной или анаэробной нишей в этих средах и их вероятной эволюцией в Мезопротерозойский океаны[9] которые считаются сульфидными с низким содержанием кислорода, доступного в результате фотосинтеза цианобактерий.[10]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [11] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)[12]а филогения основана на высвобождении LTP на основе 16S рРНК 106 посредством Проект "Все виды живого дерева" [13]

 
  Nautiliaceae
 

Тиоредуктор микантизоли Накагава и другие.2005

 
 
 

Каминибактер Ален и другие.2002

 
 
 

Lebetimonas acidiphila Такай и другие.2005

 
 

Наутилия Мирошниченко и другие.2002

 
 
 
 
 
 

Nitratiruptor tergarcus Накагава и другие.2

 
  Campylobacterales
 

Hydrogenimonas thermophila Такай и другие.2004

 
 
 

?Sulfuricurvum kujiense Кодама и Ватанабэ 2004

 
 

?Thiovulum majus ♪ Хинце 1913

 
 
 
 

Нитратифрактор salsuginis Накагава и другие.2005

 
 

Sulfurovum lithotrophicum Инагаки и другие.2004

 
 
 

Сульфуримонас Инагаки и другие.2003 исправление. Такай и другие.2006

 
 
 
  Helicobacteraceae
 

Wolinella Таннер и другие.1981

 
 

Helicobacter Гудвин и другие.1989 исправление. Вандамм и другие.1991

 
 
  Campylobacteraceae
 

?Candidatus Тиотурбо Даникус Муйзер и другие. 2005

 
 

Аркобактер Вандамм и другие.1991 исправление. Вандамм и другие.1992

 
 
 

Сульфуроспириллы Шумахер и другие.1993 исправление. Luijten и другие.2003

 
 

Campylobacter Себальд и Верон 1963 исправляют. Вандамм и другие.2010

 
 
 
 
 
 
 
 

Примечания:

  • Прокариоты, у которых нет чистого (аксенический ) культуры изолированы или доступны, т.е. не культивируются или не могут поддерживаться в культуре более чем на несколько серийных пассажей.

Рекомендации

  1. ^ "www.ncbi.nlm.nih.gov". Получено 2009-03-19.
  2. ^ Биби, М. (декабрь 2015 г.). «Подвижность в эпсилон-протеобактериях». Текущее мнение в микробиологии. 28: 115–21. Дои:10.1016 / j.mib.2015.09.005. HDL:10044/1/27763. PMID  26590774.
  3. ^ Инагаки, Ф. (1 ноября 2003 г.). "Sulfurimonas autotrophica gen. Nov., Sp. Nov., Новая окисляющая серу протеобактерия, выделенная из гидротермальных отложений Средне-Окинавского прогиба". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 53 (6): 1801–1805. Дои:10.1099 / ijs.0.02682-0. ISSN  1466-5026. PMID  14657107.
  4. ^ Такай, К. (01.08.2006). "Sulfurimonas paralvinellae sp. Nov., Новый мезофильный, окисляющий водород и серу хемолитоавтотроф внутри эпсилонпротеобактерий, выделенных из полихетного гнезда глубоководных гидротермальных источников, реклассификация Thiomicrospira denitrificans как Sulfurimonas novrificans. Сульфуримонас ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 56 (8): 1725–1733. Дои:10.1099 / ijs.0.64255-0. ISSN  1466-5026. PMID  16901999.
  5. ^ Инагаки, Фумио; Кен Такай; Кеннет Х. Нилсон; Коки Хорикоши (2004-09-01). «Sulfurovum lithotrophicum gen. Nov., Sp. Nov., Новый окисляющий серу хемолитоавтотроф в составе ε-протеобактерий, выделенных из гидротермальных отложений Окинавского желоба». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 54 (5): 1477–1482. Дои:10.1099 / ijs.0.03042-0. ISSN  1466-5026. PMID  15388698.
  6. ^ Джули Л. Смит; Барбара Дж. Кэмпбелл; Томас Э. Хэнсон; Чуаньлунь Л. Чжан; С. Крейг Кэри (2008). "Наутилия профундикола sp. nov., термофильная, восстанавливающая серу эпсилонпротеобактерия из глубоководных гидротермальных источников ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 58 (7): 1598–1602. Дои:10.1099 / ijs.0.65435-0. PMID  18599701.
  7. ^ Сузуки, Йохей; Сасаки, Такенори; Судзуки, Масаэ; Ноги, Юичи; Мива, Тэцуя; Такай, Кен; Nealson, Kenneth H .; Хорикоши, Коки (2005). "Новый хемоавтотрофический эндосимбиоз между членом Эпсилонпротеобактерии и брюхоногие моллюски с гидротермальными источниками Альвиниконча aff. Hessleri (Брюхоногие: Прованниды) из Индийского океана ». Прикладная и экологическая микробиология. 71 (9): 5440–5450. Дои:10.1128 / AEM.71.9.5440-5450.2005. ЧВК  1214688. PMID  16151136.
  8. ^ Такай, Кен; и другие. (2005). «Ферментативная и генетическая характеристика углеродного и энергетического метаболизма глубоководных гидротермальных хемолитоавтотрофных изолятов Эпсилонпротеобактерии" (PDF). Прикладная и экологическая микробиология. 71 (11): 7310–7320. Дои:10.1128 / aem.71.11.7310-7320.2005. ЧВК  1287660. PMID  16269773.
  9. ^ Кэмпбелл, Барбара Дж .; Аннетт Саммерс Энгель; Меган Л. Портер; Кен Такай (2006-05-02). «Универсальные ε-протеобактерии: ключевые игроки в сульфидных средах обитания». Обзоры природы Микробиология. 4 (6): 458–468. Дои:10.1038 / nrmicro1414. ISSN  1740-1526. PMID  16652138. S2CID  10479314.
  10. ^ Anbar, A.D .; А. Х. Кнолль (16 августа 2002 г.). «Протерозойская химия и эволюция океана: биоинорганический мост?». Наука. 297 (5584): 1137–1142. Bibcode:2002Научный ... 297.1137A. CiteSeerX  10.1.1.615.3041. Дои:10.1126 / science.1069651. PMID  12183619. S2CID  5578019.
  11. ^ J.P. Euzéby. «Эпсилонпротеобактерии». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (ЛПСН). Архивировано из оригинал на 2011-10-07. Получено 2011-11-17.
  12. ^ Сэйерс; и другие. «Эпсилонпротеобактерии». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2011-06-05.
  13. ^ Проект "Все виды живого дерева".«Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2011-11-17.

внешняя ссылка