Ризобиальные - Rhizobiales - Wikipedia

Ризобиальные
Агробактерии (Изображение SEM)
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Протеобактерии
Учебный класс:	Alphaproteobacteria
Заказ:	Ризобиальные Куйкендалл 2006
Семьи
См. Текст
Синонимы
Hyphomicrobiales Дуглас 1957

В Ризобиальные являются порядок из Грамотрицательный Alphaproteobacteria.

В ризобия, который исправить азот и есть симбиотический с корнями растений, появляются в нескольких разных семействах. Четыре семьи Bradyrhizobiaceae, Hyphomicrobiaceae, Филлобактерии, и Rhizobiaceae содержат по крайней мере шесть родов азотфиксирующих, клубенько-бобовых и микросимбиотических бактерий. Примеры - роды Брадиризобиум и Ризобий. Виды Метилоцистовые находятся метанотрофы; они используют метанол (CH₃ОН) или метан (CH₄) как их единственные источники энергии и углерода. Другими важными родами являются патогены человека. Бартонелла и Brucella, а также Агробактерии (полезно в генная инженерия ).

Таксономия

Принятые семьи

• Bartonellaceae Gieszczykiewicz 1939 (Утвержденные списки 1980) исправить. Бреннер и другие. 1993
• Beijerinckiaceae Гаррити и другие. 2006
• Bradyrhizobiaceae Гаррити и другие. 2006
• Brucellaceae Порода и другие. 1957
• Cohaesibacteraceae Хван и Чо 2008 исправляют. Гальего и другие. 2010
• Mabikibacteraceae Choi et al. 2017 г.^[1]
• Hyphomicrobiaceae Бабудиери 1950
• Метилобактерии Гаррити и другие. 2006
• Метилоцистовые Боуман 2006
• Филлобактерии Мергаерт и качели 2006
• Rhizobiaceae Конн 1938
• Rhodobiaceae Гаррити и другие. 2006
• Розовые Куличевская и другие. 2014
• Xanthobacteraceae Ли и другие. 2005

Временные семьи

Эти семейства были предложены, но еще не опубликованы в соответствии с правилами Бактериологический код.

• "Aurantimonadaceae " Деннер и другие. 2003
• «Девозиевые» Ярза и другие. 2014^[2]
• "Kaistiaceae" Ярза и другие. 2014^[2]
• "Labriaceae" Бек и другие. 2015^[3]
• "Lutibaculaceae" Ярза и другие. 2014^[2]
• "Methyloligellaceae" Ярза и другие. 2014^[2]
• "Methylopilaceae" Бек и другие. 2015^[3]
• «Pleomorphomonadaceae» Ярза и другие. 2014^[2]
• «Rhodomicrobiaceae» Ярза и другие. 2014^[2]
• "Stappiaceae" Ярза и другие. 2014^[2]
• «Thermopetrobacteraceae» Ярза и другие. 2014^[2]

Рода incertae sedis

Следующие роды принадлежат к Rhizobiales, но не были отнесены к семейству.

• Альсбактер Бао и другие. 2014^[4]
• Аморфус Зеэви Бен Йосеф и другие. 2008^[5]
• Баулдия Ага и другие. 2010^[6]
• Метилобревис Порошина и другие. 2015^[7]
• Метилокеанибактер Такеучи и другие. 2014^[8]
• Метилолигелла Доронина и другие. 2014^[9]
• Васильева Ага и другие. 2010^[6]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре^[10] и Национальный центр биотехнологической информации^[11] а филогения основана на полногеномных последовательностях.^[12]

Brucellaceae   Brucella Мейер и Шоу 1920     Охробактрум Холмс и другие. 1988     Bartonellaceae Бартонелла Сильный и другие. 1915 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Бреннер и другие. 1993     Филлобактерии     Мезоризобий Джарвис и другие. 1997     Hoeflea Peix и другие. 2005       Челативорцы Доронина и другие. 2010       Rhizobiaceae         Ризобий Франк 1889 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Молодой и другие. 2001     Агробактерии Конн 1942 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Савада и другие. 1993         Sinorhizobium Чен и другие. 1988 исправить. Де Лажуди и другие. 1994     Ensifer Касида 1982         Candidatus Либерибактер Корриг. Jagoueix и другие. 1994       Candidatus Ходжкина McCutcheon и другие. 2009       Aurantimonadaceae   Аурантимонас Деннер и другие. 2003 исправить. Ратсэк и другие. 2011     Фульвимарина Чо и Джованнони 2003 исправить. Ратсэк и другие. 2011       «Девозиевые»[а]     Кукумибактер Хван и Чо 2008     Мариталия Hwang и другие. 2009       Пелагибактерии Сюй и другие. 2011       «Pleomorphomonadaceae»   Аморфус Зеэви Бен Йосеф и другие. 2008     Плеоморфомонады Hwang и другие. 2009[b]       "Kaistiaceae" Kaistia Я и другие. 2005[c]         Bradyrhizobiaceae       Брадиризобиум Иордания 1982     Нитробактер Виноградский 1892       Rhodopseudomonas Чурда и Мареш 1937         Олиготрофа Мейер и другие. 1994     Афипия Бреннер и другие. 1992       Xanthobacteraceae     Анцилобактер Радж 1983     Старкея Келли и другие. 2000         Ксантобактер Вигель и другие. 1978     Азорхизобиум Дрейфус и другие. 1988           Метилобактерии   Метилобактерии Метилобактерии Патт и другие. 1976 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Грин и Боусфилд 1983     Микровирга Кансо и Патель 2003       Beijerinckiaceae       Метилокапса Дедыш и другие. 2002     Метилоцелла Дедыш и другие. 2000 исправить. Dunfield и другие. 2003       Beijerinckia Derx 1950       Метилоферула Воробьев и другие. 2011     Метилоцистовые   Метилозин (бывший Whittenbury и другие. 1970) Боуман и другие. 1993     Метилоцистис (бывший Whittenbury и другие. 1970) Боуман и другие. 1993 исправить. Дедыш и другие. 2007               Hyphomicrobiaceae  pro parte Гифомикробий Штутцер и Хартлеб 1899   «Rhodomicrobiaceae»[d] Родомикробий Духоу и Дуглас 1949 (Утвержденные списки 1980) исправить. Имхофф и другие. 1984       Rhodobiaceae Parvibaculum Schleheck и другие. 2004       Меганема Томсен и другие. 2006[e]       Сфингомонады Ябуучи и другие. 1990 исправить. Ябуучи и другие. 1999 (аутгруппа )     Магнитоспириллы Schleifer et al. 1992 г. (внешняя группа)

Естественная генетическая трансформация

Естественная генетическая трансформация был зарегистрирован как минимум у трех видов Rhizobiales: Agrobacterium tumefaciens,^[13] Methylobacterium organophilum,^[14] и Bradyrhizobium japonicum.^[15] Естественная генетическая трансформация - это половой процесс, включающий передачу ДНК от одной бактериальной клетки к другой через промежуточную среду и интеграцию донорной последовательности в геном реципиента посредством гомологичная рекомбинация.

Смотрите также

• Lar1

Примечания

1. Кукумибактер, Мариталия, и Пелагибактерии в настоящее время включены в Hyphomicrobiaceae.
2. Плеоморфомонады в настоящее время входит в Метилоцистовые.
3. Kaistia в настоящее время входит в Rhizobiaceae.
4. Родомикробий в настоящее время входит в Hyphomicrobiaceae.
5. Меганема в настоящее время входит в Метилобактерии.

Рекомендации

1. Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (1 января 2003 г.). Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М. (ред.). «Таксономический конспект для семей». Рефераты NamesforLife. Дои:10.1601 / tx.30673.
2. База данных SILVA, выпуск 132. Дата обращения 18.05.2018. Видеть
   • Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken J, Schweer T, Yarza P, Peplies J, Glöckner FO. (2013). «Проект базы данных генов рибосомной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты». Нуклеиновые кислоты Res. 41 (База данных): D590 – D596. Дои:10.1093 / нар / gks1219. ЧВК  3531112. PMID  23193283.
   • Ярза П., Йилмаз П., Прюсс Э, Глёкнер Ф.О., Людвиг В., Шлейфер К. Х., Уитман В. Б., Эузеби Дж., Аманн Р., Росселло-Мора Р. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Нат Рев Микробиол. 12 (9): 635–45. Дои:10.1038 / nrmicro3330. HDL:10261/123763. PMID  25118885.
3. Бек, Д. А. С .; McTaggart, T. L .; Setboonsarng, U .; Воробьев, А .; Goodwin, L .; Шапиро, Н .; Woyke, T .; Калюжная, М.Г .; Lidstrom, M.E .; Чистосердова, Л. (2015). "Мультифилетическое происхождение метилотрофии в Alphaproteobacteria, на примере сравнительной геномики изолятов озера Вашингтон ". Экологическая микробиология. 17 (3): 547–54. Дои:10.1111/1462-2920.12736. PMID  25683159.
4. Бао З, Сато Й, Фудзимура Р., Охта Х. (2014). "Алсбактер металлидуранс ген. nov., sp. nov., устойчивые к таллию почвенные бактерии из отряда Rhizobiales ». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 64 (Pt 3): 775–780. Дои:10.1099 / ijs.0.054783-0. PMID  24221990.
5. Зеэви бен Йосеф Д., Бен-Дов Э., Кушмаро А. (2008). "Коралловый аморф ген. nov., sp. nov., морская бактерия, выделенная из слизи кораллов, относящаяся к отряду Rhizobiales ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 58 (12): 2704–2709. Дои:10.1099 / ijs.0.65462-0. PMID  19060044.
6. Йи Б., Эртли Дж. Э., Фуэрст Дж. А., Стейли Дж. Т.. (2010). "Реклассификация полифилетического рода Простекомикробий образовать два новых рода, Васильева ген. ноя и Баулдия ген. ноя с четырьмя новыми комбинациями: Васильева энгидра гребень. ноя., Васильева мишустиния гребень. ноя., Bauldia consociata гребень. ноя и Bauldia litoralis гребень. ноя ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 60 (Pt 12): 2960–2966. Дои:10.1099 / ijs.0.018234-0. ЧВК  3052453. PMID  20118292.
7. Порошина М.Н., Троценко Ю.А., Доронина Н.В. (2015). "Methylobrevis pamukkalensis ген. nov., sp. nov., галотолерантный ограниченный факультативный метилотроф, выделенный из соленой воды ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 65 (4): 1321–1327. Дои:10.1099 / ijs.0.000105. PMID  25667389.
8. Такеучи М., Катаяма Т., Ямагиши Т., Ханада С., Тамаки Х., Камагата Ю., Осима К., Хаттори М., Марумо К., Недачи М., Маэда Х, Сува Й, Саката С. (2014). "Methyloceanibacter caenitepidi ген. nov., sp. nov., факультативно метилотрофная бактерия, выделенная из морских отложений вблизи гидротермального источника ». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 64 (Pt 2): 462–468. Дои:10.1099 / ijs.0.053397-0. PMID  24096357.
9. Доронина Н.В., Порошина М.Н., Капаруллина Е.Н., Ежов В.А., Троценко Ю.А. (2013). "Метилолигелла halotolerans ген. nov., sp. ноя и Метилолигелла соликамскенсис sp. nov., две непигментированные галотолерантные облигатно-метилотрофные бактерии, выделенные из солевых сред Урала ». Syst. Appl. Микробиол. 36 (3): 148–154. Дои:10.1016 / j.syapm.2012.12.001. PMID  23351489.
10. J.P. Euzéby. «Proteobacteria (прокрутите вниз для Rhizobiales)». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре. Архивировано из оригинал на 2013-01-27. Получено 2012-05-02.
11. "Ризобиалес". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 2012-05-02.
12. Рухнул с дерева, построенного ПАТРИК В архиве 2016-03-15 в Wayback Machine. Дата доступа: 02.05.2012.
13. Деманеш С., Кей Э, Гурбьер Ф, Симоне П. (2001). "Естественное преобразование Pseudomonas fluorescens и Agrobacterium tumefaciens в почве ». Appl. Environ. Микробиол. 67 (6): 2617–21. Дои:10.1128 / AEM.67.6.2617-2621.2001. ЧВК  92915. PMID  11375171.
14. О'Коннор М, Вопат А, Хэнсон Р.С. (1977). "Генетическая трансформация в Methylobacterium organophilum". J. Gen. Microbiol. 98 (1): 265–72. Дои:10.1099/00221287-98-1-265. PMID  401866.
15. Райна Дж. Л., Моди В. В. (1972). «Связывание и превращение дезоксирибонуклеата в Rhizobium japonicum". J. Bacteriol. 111 (2): 356–60. Дои:10.1128 / JB.111.2.356-360.1972. ЧВК  251290. PMID  4538250.

дальнейшее чтение

• Kuykendall, L.D., Dazzo, F.B. 2005 г. Аллоризобий. В Бреннер, Криг, Стейли и Гэррити (редакторы), Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-й. Ред., Т. 2, Springer, New York, NY, pp. 345–346.
• Куйкендалл, Л. Д. Род 2005 г. Азорхизобиум. В Бреннер, Криг, Стейли и Гэррити (редакторы), Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, протеобактерии, часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-й. Ред., Т. 2, Springer, New York, NY, стр. 505–506.
• Куйкендалл, Л. 2005. Род Брадиризобиум, семейство Bradyrhizobiaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Springer – Verlag, New York, NY, стр. 438–443.
• Chen, W. X., E.T. Ван, Л.Д. Куйкендалл. 2005. Род Мезоризобий, Семейство Photobacteriaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Springer – Verlag, New York, NY, стр. 403–408.,
• Kuykendall, L.D., J.M. Young, E. Martínez-Romero, A. Kerr и H. Sawada. 2005. Род Ризобий, сильно расходящийся род в пересмотренном семействе Rhizobiaceae. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-е издание, 2-й том. Джордж Гаррити, (ред.) Спрингер-Верлаг, Нью-Йорк, Нью-Йорк, стр. 324–340.