Rhizobiaceae - Rhizobiaceae

Rhizobiaceae
Agrobacterium tumefaciens как он начинает заражать морковную клетку
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Протеобактерии
Класс:	Alphaproteobacteria
Заказ:	Ризобиальные
Семья:	Rhizobiaceae Конн 1938
Роды[3]
Агробактерии (Смит и Таунсенд 1907 г.) Конн 1942 г. Аллоризобий де Лажуди и другие. 1998 Carbophilus Мейер и другие. 1994 Цицерибактер Катираван и другие. 2013 Ensifer Касида 1982 Kaistia Я и другие. 2005 Неоризобиум Мусави и другие. 2015[1] Параризобий Мусави и другие. 2015[1] Псевдоризобиум Kimes и другие. 2015[2] Ризобий Франк 1889 Шинелла An и другие. 2006 Sinorhizobium Чен и другие. 1988 Candidatus Либерибактер Jagoueix и другие. 1994

В Rhizobiaceae это семья протеобактерии состоит из нескольких подгрупп, которые усиливают и препятствуют развитию растений.^[4] Некоторые бактерии этого семейства используются для питания растений и вместе составляют ризобия. Другие бактерии, такие как Agrobacterium tumefaciens и A. rhizogenes серьезно изменяют развитие растений в их способности вызывать образование галлов кроны или волосистых корней на стебле.^[4] Семья веками интересовала ученых своей способностью ассоциироваться с растениями и изменять развитие растений.^[4] Rhizobiaceae, как и все протеобактерии, Грамотрицательный. Они есть аэробный, а клетки обычно имеют палочковидную форму.^[5] Многие виды Rhizobiaceae являются диазотрофы которые способны исправить азот и есть симбиотический с корнями растений.

Отношении Агробактерии

Агробактерии был признан связанным с Ризобий.^[6] Доказательства, подтверждающие ассоциацию, были получены путем филогенетических выводов, основанных на анализе последовательности 16S рДНК, показывающего, что роды не могут быть выделены как отдельные монофилетические клады.^[6]

Проблема Агробактерии и другие роды, относящиеся к Ризобий еще не решен, так как некоторые новые филогенетические данные предполагают, что субклады все еще могут быть созданы.^[7][8]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN)^[3] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI),^[9]а филогения основана на высвобождении LTP на основе 16S рРНК 106 посредством Проект "Живое дерево всех видов" ^[10]

Rhizobium lusitanum Вальверде и другие. 2006     Rhizobium rhizogenes (Райкер и другие. 1930) Молодой и другие. 2001[14]     Agrobacterium rubi Хильдебранд 1940         Rhizobium multihospitium Хан и другие. 2008     Rhizobium tropici Мартинес-Ромеро и другие. 1991       Rhizobium miluonense Гу и другие. 2008         Rhizobium leguminosarum (Фрэнк 1879 г.) Фрэнк 1889 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Рамирес-Бахена и другие. 2008[11]           Ризобиум эндофитикум Лопес-Лопес и другие. 2011     Ризобиум тибетикум Hou и другие. 2009       Rhizobium etli Сеговия и другие. 1993         Ризобиум писи Рамирес-Бахена и другие. 2008       Rhizobium phaseoli Дангерд 1926 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Рамирес-Бахена и другие. 2008     Rhizobium fabae Тиан и другие. 2008       Rhizobium hainanense Чен и другие. 1997         Arthrobacter viscosus Гасдорф и другие. 1965[19]     Rhizobium alamii Berge и другие. 2009     Rhizobium mesosinicum Линь и другие. 2009         Rhizobium sullae Сквартини и другие. 2002       Rhizobium indigoferae Вэй и другие. 2002       Rhizobium gallicum Amarger и другие. 1997     Rhizobium yanglingense Загар и другие. 2001       Rhizobium mongolense Ван Беркум и другие. 1998     Rhizobium oryzae Пэн и другие. 2008       Rhizobium loessense Вэй и другие. 2003       Rhizobium tubonense Чжан и другие. 2011             Rhizobium cellulosilyticum Гарсия-Фрайле и другие. 2007     Rhizobium soli Юн и другие. 2010         Neorhizobium galegae Линдстрём 1989     Neorhizobium vignae Ren и другие. 2011         Neorhizobium huautlense Ван и другие. 1998     Neorhizobium alkalisoli Лу и другие. 2009                       Aureimonas altamirensis (Хурадо и другие. 2006) Рэтсэк и другие. 2011[11][12][13]     Aureimonas frigidaquae (Ким и другие. 2008) Рэтсэк и другие. 2011[12][13]       Aureimonas ureilytica (Weon и другие. 2007) Ратсэк и другие. 2011[12][13]       Aurantimonas coralicida Деннер и другие. 2003 исправить. Ратсэк и другие. 2011.[11][12]       Фульвимарина пелаги Чо и Джованнони 2003 исправить. Ратсак и другие. 2011[11][12]       Martelella mediterranea Rivas et al. 2005 г.[11][12]       Allorhizobium undicola (де Лажуди и другие. 1998) Молодой и другие. 2001[14]       Allorhizobium vitis (Офел и Керр, 1990) Янг и другие. 2001[14]         Allorhizobium borbori Чжан и другие. 2011             Beijerinckia fluminensis Дёберейнер и Рушель 1958[15]     Agrobacterium larrymoorei Бузар и Джонс 2001       Agrobacterium radiobacter Бейеринк и ван Делден 1902[16]         Rhizobium selenitireducens Корриг. Охотник и другие. 2008     Rhizobium rosettiformans Каур и другие. 2011           Rhizobium daejeonense Quan и другие. 2005           Ризобиум агрегатум (Хирш и Мюллер, 1986) Каур и другие. 2011     Pararhizobium capsulatum Хирш и Мюллер 1986[17]       Pararhizobium giardinii Amarger и другие. 1997                     Ensifer mexicanus Льорет и другие. 2011     Ensifer terangae (Де Лажуди и другие. 1994) Молодой 2003[18]       Энсифер сахели (Де Лажуди и другие. 1994) Молодой 2003[18]       Ensifer kostiensis (Ник и другие. 1999) Молодой 2003[18]       Ensifer kummerowiae (Вэй и другие. 2002) Молодой 2003[18]       Энсифер Фреди (Шолла и Элкан 1984) Молодые 2003[18]     Sinorhizobium americanum Корриг. Толедо и другие. 2004         Ensifer arboris (Ник и другие. 1999) Молодой 2003[18]     Ensifer garamanticus Мерабет и другие. 2010       Ensifer meliloti (Dangeard 1926) Молодой 2003[18]     Ensifer numidicus Мерабет и другие. 2010         Ensifer adhaerens Касида 1982[11]

Рекомендации

1. Мусави С.А., Виллемс А., Несме X, де Лажуди П., Линдстрем К. (2015). "Пересмотренная филогения Rhizobiaceae: предложение о разграничении Параризобий ген. nov., и 13 новых сочетаний видов ». Syst Appl Microbiol. 38 (2): 84–90. Дои:10.1016 / j.syapm.2014.12.003. PMID  25595870.
2. Кимес Н. Э., Лопес-Перес М., Флорес-Феликс Д. Д., Рамирес-Бахена М. Х., Игуаль Д. М., Пейкс А., Родригес-Валера Ф, Веласкес Э. (2015). "Pseudorhizobium pelagicum ген. nov., sp. ноя изолирован от пелагической зоны Средиземного моря ». Syst Appl Microbiol. 38 (5): 293–299. Дои:10.1016 / j.syapm.2015.05.003. PMID  26078205.
3. J.P. Euzéby. «Proteobacteria (прокрутите вниз для Rhizobiaceae)». LPSN. Архивировано из оригинал на 2013-01-27. Получено 2012-05-02.
4. Spaink, Herman P .; Кондороси, Адам; Хойкаас, Пол (2012-12-06). Rhizobiaceae: молекулярная биология модельных бактерий, ассоциированных с растениями. Springer Science & Business Media. ISBN  9789401150606.
5. Гаррити, Джордж М .; Бреннер, Дон Дж .; Krieg, Noel R .; Стейли, Джеймс Т. (ред.) (2005). Руководство Берджи по систематической бактериологии, Том 2: Протеобактерии, Часть C: Альфа-, Бета-, Дельта- и Эпсилонпротеобактерии. Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. ISBN  978-0-387-24145-6.
6. Young, J.M .; Kuykendall, L.D .; Martínez-Romero, E .; Kerr, A .; Савада, Х. (01.01.2003). «Классификация и номенклатура Agrobacterium и Rhizobium - ответ Фарранду и др. (2003)». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 53 (5): 1689–1695. Дои:10.1099 / ijs.0.02762-0. PMID  13130069.
7. Мусави С.А., Эстерман Дж., Уолберг Н., Несме Х, Лавир С., Фиал Л., Паулин Л., де Лажуди П., Линдстрем К. (2014). "Филогения Ризобий–Аллоризобий–Агробактерии clade поддерживает определение Неоризобиум ген. ноя ". Syst Appl Microbiol. 37 (3): 208–15. Дои:10.1016 / j.syapm.2013.12.007. PMID  24581678.
8. Мусави С.А., Виллемс А., Несме X, де Лажуди П., Линдстрем К. (2015). "Пересмотренная филогения Rhizobiaceae: предложение о разграничении Параризобий ген. nov., и 13 новых сочетаний видов ». Syst Appl Microbiol. 38 (2): 84–90. Дои:10.1016 / j.syapm.2014.12.003. PMID  25595870.
9. Сэйерс; и другие. "Rhizobiaceae". База данных таксономии NCBI. Получено 2012-05-02.
10. Проект "Живое дерево всех видов".«Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). SILVA RDB. Получено 2012-05-02.
11. Это типовой вид для рода.
12. Виды, встречающиеся в родах Аурантимонас, Ауреймонас, Фульвимарина, и Мартелелла все в настоящее время классифицируются в Aurantimonadaceae.
13. Вид в роду Ауреймонас ранее относились к роду Аурантимонас.
14. Эти виды ранее относились к роду Агробактерии.
15. Beijerinckia fluminensis в настоящее время классифицируется в Beijerinckiaceae.
16. Это включает в себя Agrobacterium tumefaciens (Смит и Таунсенд 1907 г.) Конн 1942 г.
17. Blastobacter capsulatus в настоящее время классифицируется в Bradyrhizobiaceae.
18. Эти виды ранее относились к роду Sinorhizobium.
19. Arthrobacter viscosus в настоящее время классифицируется в Micrococcaceae. Видеть Артробактер.