Alphaproteobacteria - Alphaproteobacteria

Alphaproteobacteria
Просвечивающая электронная микрофотография Вольбахия внутри клетки насекомых. Кредит:Публичная научная библиотека / Скотт О'Нил
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Протеобактерии
Учебный класс:	Alphaproteobacteria Гаррити и другие. 2006
Подклассы
Magnetococcidae Магнитококки Magnetococcaceae Магнетококк маринус Базилинский и другие. 2012 Риккетсиды Риккетсиалес Анаплазматические Midichloriaceae Риккетсовые Pelagibacterales (подгруппы I – V)[1] Caulobacteridae Holosporales Caulobacterales Caulobacteraceae Parvularculales Parvularculaceae Ризобиальные Aurantimonadaceae Bartonellaceae Beijerinckiaceae Bradyrhizobiaceae Бруцеллевые Cohaesibacteraceae Breoghania Гальего и другие. 2011[2] Hyphomicrobiaceae Метилобактерии Метилоцистовые Филлобактерии Rhizobiaceae Rhodobiaceae Xanthobacteraceae Ризобиальные incertae sedis Hartmannibacter Суарес и другие. 2014[3] Nordella Ла Скола и другие. 2004[4][5] Rhodobacterales Rhodobacteraceae Родоспириллы Acetobacteraceae Rhodospirillaceae Geminicoccaceae Geminicoccus Foesel и другие. 2008[6] несколько родоспирилл incertae sedis,[7] е. грамм.: Reyranella massiliensis Pagnier и другие. 2011[8] Elioraea tepidiphila Альбукерке и другие. 2008 (син. Рония тепидофила)[9][10] Sneathiellales Sneathiellaceae Sphingomonadales Erythrobacteraceae Sphingomonadaceae Килониеллалес Килониелла, Копримонас, Родовибрио, и Пелагибиус[7] Кордиимонадалес Кордиимонас и Родоталий[7] Эйлатимонас Парамасивам и другие. 2013[11] Заказы incertae sedis Micropepsales Харбисон и другие. 2017 Micropepsaceae Ризомикробий Уэки и другие. 2010[12] Роды incertae sedis Phreatobacter Тот и другие. 2014 исправление. Ли и другие. 2017 Micavibrio Ламбина и другие. 1989 [Vibrio] adapatus и [V.] циклозиты Muir и другие. 1990 Фурвибактер Ли и другие. 2007 Polymorphum gilvum Цай 2010 Subaequorebacter tamlense Ли 2006[13] Tuberoidobacter mutans Никитин 1983 г.[14][15][16]

Alphaproteobacteria это учебный класс из бактерии в филюм Протеобактерии (Смотрите также бактериальная таксономия ).^[17] Его члены очень разнообразны и имеют мало общего, но, тем не менее, имеют общего предка. Как все Протеобактерии, его членами являются грамотрицательный и некоторые из его внутриклеточных паразитических членов лишены пептидогликан и, следовательно, являются граммовой переменной.^[17][18]

Характеристики

Alphaproteobacteria - это разнообразный таксон, состоящий из нескольких фототрофный родов, несколько родов метаболизируют C1-соединения (например, Метилобактерии виды), симбионты растений (например, Ризобий виды), эндосимбионты членистоногих (Вольбахия ) и внутриклеточные патогены (например Риккетсия ). Более того, класс включает (как вымерший член) протомитохондрия, бактерия, которая была поглощена эукариотическим предком и дала начало митохондрии, которые являются органеллами в эукариотических клетках (см. эндосимбиотическая теория ).^[7] Технологический интерес представляет собой Rhizobium radiobacter (ранее Agrobacterium tumefaciens): ученые часто используют этот вид для переноса чужеродной ДНК в геномы растений.^[19] Аэробные аноксигенные фототрофные бактерии, Такие как Пелагибактер убик, представляют собой широко распространенные альфа-протеобактерии, которые могут составлять более 10% микробного сообщества открытого океана.

Эволюция и геномика

Есть некоторые разногласия по поводу филогения из заказы, особенно из-за расположения Pelagibacterales, но в целом есть некоторый консенсус. Разногласия происходят из-за большой разницы в содержании генов (например оптимизация генома в Пелагибактер убик) и большая разница в GC-богатстве^{[жаргон ]} между членами нескольких орденов.^[7] Конкретно, Pelagibacterales, Риккетсиалес и Holosporales содержат виды с геномами, богатыми AT.^{[жаргон ]} Утверждалось^{[кем? ]} что это может быть случай конвергентная эволюция это приведет к искусственной кластеризации.^[20][21][22] Однако некоторые исследования расходятся во мнениях.^{[7][23][24][25]}

Кроме того, было обнаружено, что GC-содержание рибосомная РНК (традиционный филогенетический маркер для прокариот) мало отражает GC-содержание генома. Одним из примеров этой нетипичной декорреляции содержания GC рибосом с филогенезом является то, что члены группы Holosporales имеют гораздо более высокое содержание GC в рибосомах, чем представители Pelagibacterales и Риккетсиалес, даже при том, что они более тесно связаны с видами с высоким геномным содержанием GC, чем с представителями последних двух порядков.^[7]

Класс Alphaproteobacteria делится на три подклассы Magnetococcidae, Риккетсиды и Caulobacteridae.^[7] В базальный группа Magnetococcidae, который состоит из большого разнообразия магнитотактические бактерии, но описан только один, Магнетококк маринус.^[26] В Риккетсиды состоит из внутриклеточных Риккетсиалес и свободная жизнь Pelagibacterales. В Caulobacteridae состоит из Holosporales, Родоспириллы, Sphingomonadales, Rhodobacterales, Caulobacterales, Килониеллалес, Кордиимонадалес, Parvularculales и Sneathiellales.

Сравнительный анализ секвенированные геномы также привели к открытию многих консервированный вставки-удаления (инделки) в широко распространенных белках и цельных белках (т.е. сигнатурные белки ), которые являются отличительными характеристиками всех Alphaproteobacteria, или их различные основные порядки (а именно. Ризобиальные, Rhodobacterales, Родоспириллы, Риккетсиалес, Sphingomonadales и Caulobacterales) и семьи (а именно. Риккетсовые, Анаплазматические, Rhodospirillaceae, Acetobacteraceae, Bradyrhiozobiaceae, Бруцеллевые и Bartonellaceae).

Эти молекулярные сигнатуры предоставляют новые средства для ограничения этих таксономических групп и для идентификации / отнесения новых видов к этим группам.^[27] Филогенетический анализ и консервативные индели в большом количестве других белков свидетельствуют о том, что Alphaproteobacteria ответвились позже, чем большинство других типов и классов бактерий, за исключением Бетапротеобактерии и Гаммапротеобактерии.^[28][29]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) ^[18] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)^[30] а филогения основана на 16S рРНК -на основе LTP Release 106, автор: Проект "Все виды живого дерева" ^[31]

?Aquaspirillum polymorphum ♠ (Уильямс и Риттенберг, 1957) Хайлемон и другие. 1973     ?Фурвибактер ♠ Ли и другие. 2007     ?Kopriimonas byunsanensis ♠ Квон и другие. 2005     ?Магнетококк маринус Базилинский и другие. 2012 (в прессе)     ?Micavibrio aeruginosavorus ♠ Ламбина и другие. 1983     ?Polymorphum gilvum ♠ Цай 2010     ?Reyranella massiliensis Pagnier и другие. 2011     ?Рония тепидофила ♠     ?Subaequorebacter tamlense ♠ Ли 2006     ?Tuberoidobacter mutans ♠     ?Вибрион адаптатус Muir и другие. 1990     ?Вибриоциклозиты Muir и другие. 1990     Родовибрио       Rhodospirillaceae 2         Тистрелла       Rhodospirillaceae 3       Rhodospirillaceae 4       Defluviicoccus vanus Maszenan et al. 2005 г.       Элиорея тепидифила Альбукерке и др. 2008 г.     Acetobacteraceae                 Риккетсиалес [вкл. Митохондрия ]       Sneathiella       Sphingomonadaceae [вкл. Erythrobacteraceae, Caulobacter leidyi, Астиккакаулис ]         Салексигены родоталий (Дрюс 1982) Имхофф и другие. 1998     Кордиимонас         Rhodospirillaceae 1 [вкл. Розеоспирилл парвум, Килониелла ламинария, Terasakiella pusilla ]     Ризобиальные [вкл. Caulobacteraceae, Rhodobacteraceae, Parvularcula ]

Примечания:
♠ Штаммы, обнаруженные на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI), но не указаны в Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (ЛСПН).

Акваспирилл теперь считается принадлежащим к Бетапротеобактерии. Более новое дерево, основанное на 16S и 23S рРНК (и других данных), предоставлено Ферла. и другие. (2013) следующим образом:

Схема филогении рибосомных РНК Alphaproteobacteria

Magnetococcidae      Магнетококк маринус       Caulobacteridae        Родоспириллы, Sphingomonadales,   Rhodobacteraceae, Ризобиальные, так далее.       Holosporales       Риккетсиды      Pelagibacterales      Pelagibacteraceae        Пелагибактер       Подгруппы Ib, II, IIIa, IIIb, IV и V       Риккетсиалес        Прото-митохондрии       Анаплазматические            Эрлихия       Анаплазма         Вольбахия         Neorickettsia         Midichloriaceae        Мидихлория       Риккетсовые        Риккетсия       Orientia

Кладограмма Rickettsidae была выведена Ферла. и другие. [7] из сравнения 16S + 23S последовательности рибосомной РНК.

Была опубликована обновленная филогения альфа-протеобактерий, в которой положение митохондрий еще не ясно. ^[32]

Естественная генетическая трансформация

Хотя было сообщено только о нескольких исследованиях естественная генетическая трансформация в Alphaproteobacteria, этот процесс был описан в Agrobacterium tumefaciens,^[33] Methylobacterium organophilum,^[34] и Bradyrhizobium japonicum.^[35] Естественная генетическая трансформация - это половой процесс с участием Перенос ДНК от одной бактериальной клетки к другой через промежуточную среду, а также интеграцию донорной последовательности в геном реципиента путем гомологичная рекомбинация.

Рекомендации

1. Гроте Дж., Трэш Дж. К., Хаггетт М. Дж., Ландри З. К., Карини П., Джованнони С. Дж., Раппе М. С. (2012). «Оптимизация и сохранение основного генома среди сильно расходящихся членов клады SAR11». мБио. 3 (5): e00252-12. Дои:10,1128 / mBio.00252-12. ЧВК  3448164. PMID  22991429.
2. Breoghania, on: Браузер таксономии NCBI
3. Hartmannibacter, on: Браузер таксономии NCBI
4. Ла Скола Б., Баррасси Л., Рауль Д. (2004). "Новая альфа-протеобактерия, Nordella oligomobilis ген. nov., sp. nov., выделенные с использованием совместных культур амеб ". Исследования в области микробиологии. 155 (1): 47–51. Дои:10.1016 / j.resmic.2003.09.012.
5. Nordella, on: NCBI Taxonomy Browser]
6. Geminicoccus, on: Браузер таксономии NCBI
7. Ферла МП, Трэш Дж. К., Джованнони С. Дж., Патрик В. М. (2013). «Новые основанные на генах рРНК филогении Alphaproteobacteria дают представление об основных группах, митохондриальном происхождении и филогенетической нестабильности». PLOS One. 8 (12): e83383. Дои:10.1371 / journal.pone.0083383. ЧВК  3859672. PMID  24349502.
8. Рейранелла, on: Браузер таксономии NCBI
9. Elioraea tepidiphila (ВИД), on: Таксономия UniProt
10. Elioraea tepidiphila, on: NCBI Taxonomy Broeser
11. Эйлатимонас, on: Браузер таксономии NCBI
12. Ризомикробий, on: Браузер таксономии NCBI
13. Subaequorebacter, on: Браузер таксономии NCBI
14. Достижения микробной физиологии, Vol. 24, Academic Press, 1983-07-12,ISBN  0-12-027724-7 , п. 111
15. Tuberoidobacter, on: Таксономия IniProt
16. Tuberoidobacter, on: Браузер таксономии NCBI
17. Бреннер, Дон Дж .; Krieg, Noel R .; Стейли, Джеймс Т. (26 июля 2005 г.) [1984 (Уильямс и Уилкинс)]. Джордж М. Гаррити (ред.). Протеобактерии. Руководство Берджи по систематической бактериологии. 2C (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 1388. ISBN  978-0-387-24145-6. Британская библиотека № GBA561951.
18. J.P. Euzéby. «Альфопротеобактерии». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (ЛПСН). Архивировано из оригинал на 2013-01-27. Получено 2011-11-17.
19. Чилтон MD, Драммонд MH, Мерио DJ, Sciaky D, Монтойя А.Л., Гордон MP, Нестер EW (1977). «Стабильное включение плазмидной ДНК в клетки высших растений: молекулярная основа туморогенеза краун-галла». Клетка. 11 (2): 263–71. Дои:10.1016/0092-8674(77)90043-5. PMID  890735.
20. Родригес-Эспелета Н., Embley TM (2012). «Группа альфа-протеобактерий SAR11 не связана с происхождением митохондрий». PLOS ONE. 7 (1): e30520. Дои:10.1371 / journal.pone.0030520. ЧВК  3264578. PMID  22291975.
21. Виклунд Дж., Эттема Т. Дж., Андерссон С. Г. (февраль 2012 г.). «Независимая редукция генома и филогенетическая переклассификация океанической клады SAR11». Мол Биол Эвол. 29 (2): 599–615. Дои:10.1093 / molbev / msr203. PMID  21900598.
22. Виклунд Дж, Мартейн Дж, Эттема Т.Дж., Андерссон С.Г. (2013). «Сравнительное и филогеномное свидетельство того, что альфа-протеобактерия HIMB59 не является членом океанической клады SAR11». PLOS ONE. 8 (11): e78858. Дои:10.1371 / journal.pone.0078858. ЧВК  3815206. PMID  24223857.
23. Георгиадес К., Мадуи М.А., Ле П, Роберт С., Рауль Д. (2011). «Филогеномный анализ Odyssella thessalonicensis подтверждает общее происхождение митохондрий Rickettsiales, Pelagibacter ubique и Reclimonas americana». PLOS ONE. 6 (9): e24857. Дои:10.1371 / journal.pone.0024857. ЧВК  3177885. PMID  21957463.
24. Трэш Дж. К., Бойд А., Хаггетт М. Дж., Гроте Дж., Карини П., Йодер Р. Дж., Робертсе Б., Спатафора Дж. В., Раппе М.С., Джованнони С.Дж. (2011). «Филогеномное свидетельство общего предка митохондрий и клады SAR11». Научный представитель. 1: 13. Дои:10.1038 / srep00013. ЧВК  3216501. PMID  22355532.
25. Уильямс КП, Собрал Б.В., Дикерман А.В. (июль 2007 г.). «Прочное дерево видов для альфа-протеобактерий». Журнал бактериологии. 189 (13): 4578–86. Дои:10.1128 / JB.00269-07. ЧВК  1913456. PMID  17483224.
26. Базилински Д.А., Уильямс Т.Дж., Лефевр К.Т., Берг Р.Дж., Чжан С.Л., Баузер С.С., Дин А.Дж., Беверидж Т.Дж. (2012). "Magnetococcus marinus ген. nov., sp. nov., морская магнитотаксическая бактерия, представляющая новую линию (Magnetococcaceae fam. ноя .; Магнитококки орд. ноя) в основании Alphaproteobacteria". Int J Syst Evol Microbiol. 63: 801–808. Дои:10.1099 / ijs.0.038927-0. PMID  22581902.
27. Гупта Р.С. (2005). «Белковые сигнатуры, характерные для Alphaproteobacteria и ее подгрупп, и модель эволюции альфа-протеобактерий». Crit Rev Microbiol. 31 (2): 135. Дои:10.1080/10408410590922393. PMID  15986834.
28. Гупта Р.С. (2000). «Филогения протеобактерий: отношения к другим типам эубактерий и эукариотам». FEMS Microbiol. Rev. 24 (4): 367–402. Дои:10.1111 / j.1574-6976.2000.tb00547.x. PMID  10978543.
29. Gupta R.S .; Сниз П.Х.А. (2007). «Применение подхода совместимости символов к обобщенным данным молекулярной последовательности: порядок ветвления протеобактериальных подразделений». J. Mol. Evol. 64 (1): 90–100. Дои:10.1007 / s00239-006-0082-2. PMID  17160641.
30. Сэйерс; и другие. «Альфопротеобактерии». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2011-06-05.
31. Проект "Все виды живого дерева".«Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2011-11-17.
32. Роджер, Эндрю Дж .; Муньос-Гомес, Серджио А .; Камикава, Рёма (01.11.2017). «Происхождение и разнообразие митохондрий». Текущая биология. 27 (21): R1177 – R1192. Дои:10.1016 / j.cub.2017.09.015. ISSN  0960-9822.
33. Деманеш С., Кей Э, Гурбьер Ф, Симоне П. (2001). "Естественное преобразование Pseudomonas fluorescens и Agrobacterium tumefaciens в почве ». Appl. Environ. Микробиол. 67 (6): 2617–21. Дои:10.1128 / AEM.67.6.2617-2621.2001. ЧВК  92915. PMID  11375171.
34. О'Коннор М, Вопат А, Хэнсон Р.С. (1977). "Генетическая трансформация в Methylobacterium organophilum". J. Gen. Microbiol. 98 (1): 265–72. Дои:10.1099/00221287-98-1-265. PMID  401866.
35. Райна Дж. Л., Моди В. В. (1972). «Связывание и превращение дезоксирибонуклеата в Rhizobium jpaonicum". J. Bacteriol. 111 (2): 356–60. ЧВК  251290. PMID  4538250.

внешняя ссылка

• Alphaproteobacteria в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
• Веб-страница бактериальной (прокариотической) филогении: Alpha Proteobacteria.