Ризобий - Rhizobium

Эта статья о роде бактерий. Общий термин, включающий виды других родов, см. Ризобия.

Ризобий
Штамм Rhizobium tropici BR816 на агаре TY.JPG
Rhizobium tropici на пластина с агаром.
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Протеобактерии
Учебный класс:
Alphaproteobacteria
Заказ:
Ризобиальные
Семья:
Rhizobiaceae
Род:
Ризобий

Франк 1889
Типовой вид
Rhizobium leguminosarum
Разновидность[1]

См. Текст.

Ризобий это род из Грамотрицательный почва бактерии который исправить азот. Ризобий виды образуют эндосимбиотический азотфиксирующий ассоциация с корнями бобовые и Параспония.

Бактерии колонизируют растительные клетки внутри корневые узелки, где они превращают атмосферный азот в аммиак используя фермент нитрогеназа а затем обеспечить азотсодержащие органические соединения, такие как глутамин или же уреиды к заводу. Растение, в свою очередь, обеспечивает бактерии органические соединения сделан фотосинтез.[2] Эти взаимовыгодные отношения характерны для всех ризобия, из которых род Ризобий это типичный пример.

Таксон включает в себя в основном роды Агробактерии Conn 1942 и Аллоризобий следуя фелогенетическим исследованиям с конца 1990-х до начала 2000-х годов, когда было показано, что два рода не очень отличаются от Ризобий. Непонятный результат заключается в том, что Agrobacterium tumefaciens, сейчас же Rhizobium radiobacter, остается типовым видом Агробактерии.[3] Разделение родов под Rhizobiaceae остается жидким.

История

Мартинус Бейеринк был первым, кто изолировал и культивировал микроорганизм из клубеньков бобовых в 1888 году. Он назвал его Bacillus radicicola, который теперь помещен в Руководство Берджи по детерминантной бактериологии под родом Ризобий.

Исследование

Ризобий формирует симбиотические отношения с некоторыми растениями, такими как бобовые, фиксируя азот из воздуха в аммиак, которое действует как естественное удобрение для растений. Текущее исследование проводится Служба сельскохозяйственных исследований микробиологи, чтобы открыть способ использования РизобийБиологическая азотфиксация. Это исследование включает генетическое картирование различных видов ризобий с соответствующими им симбиотическими видами растений, такими как люцерна или соя. Цель исследования - повысить продуктивность растений без использования удобрений.[4]

В молекулярной биологии Ризобий также был идентифицирован как загрязнитель реагентов набора для экстракции ДНК и систем сверхчистой воды, что может привести к его ошибочному отображению в микробиоте или наборах метагеномных данных.[5] Присутствие азотфиксирующих бактерий в качестве загрязнителей может быть связано с использованием газообразного азота в производстве сверхчистой воды для подавления роста микробов в резервуарах для хранения.[6]

Разновидность

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN) [1] и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI)[17]а филогения основана на высвобождении LTP на основе 16S рРНК 106 посредством Проект "Живое дерево всех видов".[18]

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Rhizobium lusitanum Вальверде и другие. 2006

 
 

Rhizobium rhizogenes (Райкер и другие. 1930) Молодой и другие. 2001

 
 

Agrobacterium rubi Хильдебранд 1940

 
 
 
 

Rhizobium multihospitium Хан и другие. 2008

 
 

Rhizobium tropici Мартинес-Ромеро и другие. 1991

 
 
 

Rhizobium miluonense Гу и другие. 2008

 
 
 
 

Rhizobium leguminosarum (Фрэнк 1879 г.) Фрэнк 1889 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Рамирес-Бахена и другие. 2008[19]

 
 
 
 
 

Ризобиум эндофитикум Лопес-Лопес и другие. 2011

 
 

Ризобиум тибетикум Hou и другие. 2009

 
 
 

Rhizobium etli Сеговия и другие. 1993

 
 
 
 

Ризобиум писи Рамирес-Бахена и другие. 2008

 
 
 

Rhizobium phaseoli Дангерд 1926 г. (утвержденные списки 1980 г.) исправить. Рамирес-Бахена и другие. 2008

 
 

Rhizobium fabae Тиан и другие. 2008

 
 
 

Rhizobium hainanense Чен и другие. 1997

 
 
 
 

Arthrobacter viscosus Гасдорф и другие. 1965[20]

 
 

Rhizobium alamii Berge и другие. 2009

 
 

Rhizobium mesosinicum Линь и другие. 2009

 
 
 
 

Rhizobium sullae Сквартини и другие. 2002

 
 
 

Rhizobium indigoferae Вэй и другие. 2002

 
 
 

Rhizobium gallicum Amarger и другие. 1997

 
 

Rhizobium yanglingense Загар и другие. 2001

 
 
 

Rhizobium mongolense Ван Беркум и другие. 1998

 
 

Rhizobium oryzae Пэн и другие. 2008

 
 
 

Rhizobium loessense Вэй и другие. 2003

 
 
 

Rhizobium tubonense Чжан и другие. 2011

 
 
 
 
 
 

Rhizobium cellulosilyticum Гарсия-Фрайле и другие. 2007

 
 

Rhizobium soli Юн и другие. 2010

 
 
 
 

Neorhizobium galegae Линдстрем 1989

 
 

Neorhizobium vignae Ren и другие. 2011

 
 
 
 

Neorhizobium huautlense Ван и другие. 1998

 
 

Neorhizobium alkalisoli Лу и другие. 2009

 
 
 

Рекомендации

  1. ^ а б J.P. Euzéby. "Ризобий". Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Получено 2012-05-02.
  2. ^ Савада Х, Куикендалл Л.Д., Янг Дж. М. (2003). «Изменение представлений в систематике бактериальных азотфиксирующих симбионтов бобовых культур». J. Gen. Appl. Микробиол. 49 (3): 155–79. Дои:10.2323 / jgam.49.155. PMID  12949698.
  3. ^ Янг JM, Kuykendall LD, Martínez-Romero E, Kerr A, Sawada H (январь 2001 г.). "Пересмотр Rhizobium Frank 1889 с исправленным описанием рода и включением всех видов Agrobacterium Conn 1942 и Allorhizobium undicola de Lajudie et al. 1998 в качестве новых комбинаций: Rhizobium radiobacter, R. rhizogenes, R. rubi, R. undicola и R. vitis ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 51 (Чт 1): 89–103. Дои:10.1099/00207713-51-1-89. PMID  11211278.
  4. ^ «Чудесные коллекции микробов ускоряют открытия для защиты людей, растений и многого другого!». Сельскохозяйственные исследования. Министерство сельского хозяйства США. Январь 2010 г.. Получено 10 августа 2018.
  5. ^ Солтер, S; Кокс, М; Турек, Э; Калус, S; Куксон, Вт; Моффатт, М; Тернер, П; Parkhill, J; Ломан, N; Уокер, А (2014). «Загрязнение реагентов может критически повлиять на анализ микробиома на основе последовательностей». bioRxiv  10.1101/007187.
  6. ^ Кулаков, Л; Макалистер, М; Огден, К; Ларкин, М; О'Хэнлон, Дж. (2002). «Анализ бактерий, загрязняющих сверхчистую воду в промышленных системах». Прикладная и экологическая микробиология. 68 (4): 1548–1555. Дои:10.1128 / AEM.68.4.1548-1555.2002. ЧВК  123900. PMID  11916667.
  7. ^ ПРИМЕЧАНИЕ: этот штамм ранее назывался Blastobacter aggregatus.
  8. ^ ПРИМЕЧАНИЕ: этот вид ранее был известен как R. leguminosarum св. Phaseoli.
  9. ^ а б Amarger N, Macheret V, Laguerre G (1997). "Rhizobium gallicum sp. ноя и Rhizobium giardinii sp. ноя, с Phaseolus vulgaris узелки ". Int. J. Syst. Бактериол. 47 (4): 996–1006. Дои:10.1099/00207713-47-4-996. PMID  9336898.
  10. ^ а б c Сильва, Клаудиа; Винуэса, Пабло; Eguiarte, Luis E .; Соуза, Валерия; Мартинес-Ромеро, Эсперанса (2005). «Эволюционная генетика и биогеографическая структура Rhizobium gallicum sensu lato, широко распространенного бактериального симбионта различных бобовых культур». Молекулярная экология. 14 (13): 4033–4050. Дои:10.1111 / j.1365-294X.2005.02721.x. PMID  16262857.
  11. ^ Diange, E. A .; Ли, С. С. (2013). "Rhizobium halotolerans sp. nov., изолированный из почвы, загрязненной хлорэтиленами ». Современная микробиология. 66 (6): 599–605. Дои:10.1007 / s00284-013-0313-х. PMID  23377488.
  12. ^ а б Marek-Kozaczuk M, Leszcz A, Wielbo J, Wdowiak-Wróbel S, Skorupska A (2013). "Ризобиум писи св. Trifolii K3.22 укрытие кивок гены Rhizobium leguminosarum св. Trifolii кластер ». Syst. Appl. Микробиол. 36 (4): 252–8. Дои:10.1016 / j.syapm.2013.01.005. PMID  23507586.
  13. ^ Kesari, V .; Рамеш, А. М .; Ранган, Л. (2013). "Rhizobium pongamiae sp. ноя Из корневых узелков Pongamia pinnata ». BioMed Research International. 2013: 1–9. Дои:10.1155/2013/165198. ЧВК  3783817. PMID  24078904.
  14. ^ Сюй, Линь; Чжан, Юн; Дэн, Чжэн Шань; Чжао, Лян; Вэй, Сю Ли; Вэй, Ге Хонг (2013). "Ризобиум qilianshanense sp. nov., новый вид, выделенный из корневого клубенька *Oxytropis ochrocephala Бунге в Китае ». Антони ван Левенгук. 103 (3): 559–565. Дои:10.1007 / s10482-012-9840-x. PMID  23142858.
  15. ^ Турдахон М., Осман Г., Хамдун М., Юсуф К., Абдурехим З., Абайдулла Г., Абдукерим М., Фанг С., Рахман Э. (2012). "Rhizobium tarimense sp. ноя изолирован из почвы в древней реке Хиик в Синьцзяне, Китай ". Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 63 (Пт 7): 2424–9. Дои:10.1099 / ijs.0.042176-0. PMID  23203621.
  16. ^ Фанг Ван; Эн Тао Ван; Ли Хуан Ву; Синь Хуа Суй; Ин Ли-младший и Вэнь Синь Чен (2011). "Rhizobium vallis sp. nov., выделенный из клубеньков трех зернобобовых видов ». Int. J. Syst. Evol. Микробиол. 61 (11): 2582–2588. Дои:10.1099 / ijs.0.026484-0. PMID  21131504.
  17. ^ Сэйерс; и другие. "Ризобий/Агробактерии группа". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2012-05-02.
  18. ^ Проект "Живое дерево всех видов".«Выпуск 106 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2012-05-02.
  19. ^ Это типовой вид для рода.
  20. ^ Arthrobacter viscosus в настоящее время классифицируется в Micrococcaceae. Видеть Артробактер.

внешняя ссылка