Гемматимонадетес - Gemmatimonadetes

Гемматимонадетес
Научная классификация
Домен:	Бактерии
(без рейтинга):	Группа FCB
Тип:	Гемматимонадетес Zhang et al. 2003 г.
Классы
Гемматимонадетес Лонгимикробия
Синонимы
Гемматимонадота Whitman et al. 2018 г.

Гемматимонадеты (или Гемматимонадота) являются филюм из бактерии создан в 2003 г. Тип включает два класса Gemmatimonadetes и Longimicrobia.

Разновидность

Типовой вид Gemmatimonas aurantiaca штамм Т-27^Т был изолирован от активного ила в системе очистки сточных вод в 2003 году.^[1] Это грамотрицательная бактерия, способная расти как за счет аэробного, так и анаэробного дыхания.^[2]

Второй культивируемый вид был Gemmatirosa kalamazoonensis ген. nov., sp. ноя штамм KBS708, который был выделен из органически обработанной сельскохозяйственной почвы в Мичигане, США.^[3]

Третий культивируемый вид Gemmatimonas phototrophica штамм AP64^Т был изолирован из мелководного пресноводного пустынного озера Tiān é hú (Лебединое озеро) в Северном Китае.^[4] Уникальной особенностью этого организма является наличие реакционных центров бактериального фотосинтеза. Вероятно, он приобрел гены аноксигенного фотосинтеза через горизонтальный перенос генов. G. phototrophica - факультативный фотогетеротрофный организм. Для роста ему требуется органический субстрат, но он может получать дополнительную энергию для своего метаболизма от света.^[5]

Longimicrobium terrae Штамм CB-286315T был выделен из образца почвы типичной средиземноморской лесной экосистемы, расположенной в Гранаде, Испания. Из-за этого большого филогенетического расстояния от других культивируемых гемматимонад он основал новый класс под названием Longimicrobia.^[6]

Распределение в окружающей среде

Данные независимых от культуры исследований показывают, что Gemmatimonadetes широко распространены во многих естественных средах обитания. Они составляют около 2% почвенных бактериальных сообществ и были определены как один из девяти основных типов, встречающихся в почвах; тем не менее, в настоящее время существует только шесть культивированных изолятов.^[7] Gemmatimonadetes были обнаружены в различных засушливых почвах, таких как луга, прерии и пастбища, а также в эвтрофных озерных отложениях и альпийских почвах. Этот широкий спектр сред, в которых были обнаружены Gemmatimonadetes, предполагает адаптацию к низкой влажности почвы.^[8] Проведенное исследование показало, что распределение Gemmatimonadetes в почве, как правило, больше зависит от наличия влаги, чем от агрегации, укрепляя убеждение в том, что представители этого типа предпочитают более сухие почвы.^[9] Меньшие количества были также обнаружены в различных водных средах, таких как пресные воды и отложения.

Таксономия

В настоящее время принятая таксономия основана на Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (ЛСПН),^[10] Национальный центр биотехнологической информации^[11] и Проект "Живое дерево всех видов".^[12]

• Тип Гемматимонадетес Zhang et al. 2003 г. [Gemmatimonadota Whitman et al. 2018]
  • Учебный класс Лонгимикробия Паскуаль и др. 2016 г.
    • Заказ Longimicrobiales Паскуаль и др. 2016 г.
      • Семья Longimicrobiaceae Паскуаль и др. 2016 г.
        • Род Лонгимикробий Паскуаль и др. 2016 г.
          • Разновидность Longimicrobium terrae Паскуаль и др. 2016 г.
  • Учебный класс Гемматимонадетес Zhang et al. 2003 г.
    • Заказ Gemmatimonadales Zhang et al. 2003 г.
      • Семья Gemmatimonadaceae Zhang et al. 2003 г.
        • Род Гемматироса DeBruyn et al. 2013
          • Разновидность Gemmatirosa kalamazoonesis DeBruyn et al. 2013
        • Род Гемматимонас Zhang et al. 2003 исправление. Zeng et al. 2015 г.
          • Разновидность G. phototrophica Zeng et al. 2015 г.
          • Разновидность G. aurantiaca Zhang et al. 2003 исправление. Zeng et al. 2015 г.

Смотрите также

• Список бактериальных заказов

Рекомендации

1. Чжан Х., Секигучи Й., Ханада С., Хугенгольц П., Ким Х., Камагата Ю., Накамура К. (2003). "Gemmatimonas aurantiaca gen. Nov., Sp. Nov., Грамотрицательный, аэробный, накапливающий полифосфат микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. Nov.". Int J Syst Evol Microbiol. 53 (Pt 4): 1155–63. Дои:10.1099 / ijs.0.02520-0. PMID  12892144.
2. Такаичи, S; Маока, Т; Такасаки, К; Ханада, S (2009). "Каротиноиды Gemmatimonas aurantiaca (Гемматимонадетес): идентификация нового каротиноида, дезоксиосциллол 2-рамнозида, и предполагаемый путь биосинтеза ослолола 2,2'-дирхамнозида ». Микробиология. 156 (3): 757–763. Дои:10.1099 / микрофон.0.034249-0. PMID  19959572.
3. DeBruyn J.M .; Fawaz M.N .; Peacock, A.D .; Dunlap J.R .; Nixon L.T .; Купер К.Э .; Радосевич М. (2013). "Gemmatirosa kalamazoonesis ген. nov., sp. nov., член редко культивируемого бактериального филума Gemmatimonadetes ». J Gen Appl Microbiol. 59: 305–312.
4. Zeng Y .; Селянин В .; Лукеш М .; Дин Дж .; Кафтан Д .; Feng F .; Коближек М. (2015). "Характеристика микроаэрофильных бактерий, содержащих бактериохлорофилл а. Gemmatimonas phototrophica sp. nov., и исправленные описания рода Гемматимонас и Gemmatimonas aurantiaca". Int J Syst Evol Microbiol. 65: 2410–2419.
5. Zeng Y .; Feng F .; Medová H .; Дин Дж .; Коближек М. (2014). «Функциональные фотосинтетические реакционные центры 2 типа, обнаруженные в редком бактериальном типе Gemmatimonadetes». Proc Natl Acad Sci USA. 111: 7795–7800.
6. Pascual J .; García-López M .; Билли Г.Ф .; Жениллу О. (2016). "Longimicrobium terrae ген. nov., sp. nov., новая олиготрофная бактерия недостаточно представленного типа Gemmatimonadetes, выделенная через систему миниатюрных диффузионных камер ». Int J Syst Evol Microbiol. 66: 1976–1985.
7. Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская работа, Университет Теннесси: vi.
8. ДеБрюн, Дж; Никсон, Л; Фаваз, М; Джонсон, М; Радосевич, М (2011). «Глобальная биогеография и количественная сезонная динамика Гемматимонадетес в почве ». Appl. Environ. Микробиол. 77 (17): 6295–300. Дои:10.1128 / AEM.05005-11. ЧВК  3165389. PMID  21764958.
9. Фаваз, Мариам (2013). «Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв». Магистерская работа, Университет Теннесси: vi.
10. J.P. Euzéby. «Гемматимонадетес». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре (LPSN). Получено 2016-03-20.
11. Сэйерс; и другие. «Гемматимонадетес». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2016-03-20.
12. «Релиз 123 LTP на основе 16S рРНК (полное дерево)» (PDF). Комплексная база данных рибосомных РНК Silva. Получено 2016-03-20.

внешняя ссылка

• Краткая систематика
• Фаваз, М. Н. (2013). Выявление экологической роли Gemmatimonadetes посредством культивирования и молекулярного анализа сельскохозяйственных почв. 44-60. Краткий обзор филума.