Кориобактерии - Coriobacteriia

Кориобактерии
Научная классификация
Королевство:	Бактерии
Тип:	Актинобактерии
Учебный класс:	Кориобактерии König 2013 исправление. Gupta et al. 2013
Заказы и семьи
Кориобактерии Stackebrandt et al. 1997 исправление. Gupta et al. 2013 Атопобиацеи Gupta et al. 2013 Coriobacteriaceae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Gupta et al. 2013 Eggerthellales Gupta et al. 2013 Eggerthellaceae Gupta et al. 2013
Синонимы
Coriobacteridae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Zhi et al. 2009 г.

В Кориобактерии являются классом Грамположительный бактерии в Актинобактерии тип.^[1][2] Виды в этой группе неспорулирующий, строгий или факультативный анаэробы которые способны процветать в разнообразных экологических нишах.^[3][4][5][6] Гордонибактер виды - единственные представители, способные к подвижности посредством жгутики внутри класса. Несколько видов в классе Coriobacteriia были замешаны в заболеваниях человека различной степени тяжести. Атопобий, Olsenella, и Криптобактерии виды несут ответственность за инфекции полости рта человека, включая пародонтит, галитоз, и другие эндодонтический инфекции.^[7][8] Эггертелла виды были связаны с тяжелой кровью бактериемия и язвенный колит.^[9]

Таксономия

Класс Coriobacteriia в настоящее время состоит из 16 родов двух отрядов и трех семейств.^[10][11] Приказ Кориобактерии состоит из двух семейств, Coriobacteriaceae и Атопобиацеи. Семейство Coriobacteriaceae включает роды Коллинселла, Кориобактерии, Enorma, Парвибактер, и Сенегалимассилия, а Atopobiaceae содержат Атопобий и Olsenella. В Eggerthellales состоят из одного семейства (Eggerthellaceae) и остальных родов Coriobacteriia (Adlercreutzia , Asaccharobacter, Криптобактерии, Денитробактерии, Эггертелла, Enterorhabdus, Гордонибактер, Paraeggerthella, и Slackia ).

Молекулярные подписи и филогенетическое положение

Исторически все виды Coriobacteriia относились к одному отряду (Coriobacteriales) и одному семейству (Coriobacteriaceae).^{[1][12][13][14][15]} Эта точка зрения, однако, не отражала точных эволюционных взаимоотношений внутри класса. Современная таксономическая точка зрения оправдана наличием нескольких сохраненные индели подписи (CSI), которые были обнаружены в разных таксономических рангах.^[11] Эти CSI специфичны и представляют синапоморфный характеристики, которые можно использовать для различения групп внутри Coriobacteriia как на уровне семейства, так и на уровне порядка.^[16] Различие порядков внутри Coriobacteriia также подтверждается филогенетическим ветвлением дерева и последовательными характеристиками; члены, принадлежащие к Coriobacteriales, являются ферментирующими глюкозу сахаролитическими видами, в то время как отряд Eggerthellales включает виды, которые постоянно неспособны ферментировать глюкозу и являются асахаролитическими.^[1][2][11]

CSI также использовались для определения филогенетического положения Coriobacteriia среди всех бактерий, где они были обнаружены исключительно для всех видов в пределах класса, отделяя их от других Актинобактерии.^[11] Coriobacteriia - это ранняя ветвь в пределах филума актинобактерий.^[2][14][15] Глубокое разветвление класса привело к спорам о его принадлежности к типу и о том, является ли он настоящей группой актинобактерий.^[12][13][14] Было обнаружено, что CSI в виде вставки из одной аминокислоты в фермент дезоксиуридин-59-трифосфат (dUTP) нуклеотидогидролазе присущ всем членам Coriobacteriia, а также нескольким видам актинобактерий и отсутствует у всех других бактерий.^[11] Этот CSI недвусмысленно поддерживает членство Coriobacteriia в составе Actinobacteria.^[11][16]

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).^[10]

• Заказ Кориобактерии Stackebrandt et al. 1997 исправление. Gupta et al. 2013
  • Семья Атопобиацеи Gupta et al. 2013
    • Род Атопобий Коллинз и Уоллбэнкс 1993
      • Атопобиум дельты Cools et al. 2014 г.
      • Атопобиум фоссор (Бэйли и Лав, 1986) Кагеяма, Бенно и Накасе, 1999
      • Атопобиум минутный (Хаудрой и др., 1937) Коллинз и Уоллбэнкс, 1993 г.
      • Атопобиум парвулум (Weinberg, Nativelle & Prevot 1937) Коллинз и Уоллбэнкс 1993
      • Атопобиум римский (Олсен и др., 1991) Коллинз и Уоллбэнкс, 1993 г.
      • Атопобиум влагалище Родригес Джовита и др. 1999 г.
    • Род Olsenella Dewhirst et al. 2001 исправление. Kraatz et al. 2011 г.
      • Olsenella profusa Dewhirst et al. 2001 исправление. Краатц, Уоллес и Свенссон, 2011 г.
      • Olsenella scatoligenes Ли и др. 2015 г.
      • Olsenella uli (Olsen et al. 1991) Dewhirst et al. 2001 исправление. Краатц, Уоллес и Свенссон, 2011 г.
      • Olsenella umbonata Краатц, Уоллес и Свенссон, 2011 г.
  • Семья Coriobacteriaceae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Gupta et al. 2013
    • Род Коллинселла Кагеяма и др. 1999 исправление. Кагеяма и Бенно 2000
      • Collinsella aerofaciens (Эггерт, 1935) Кагеяма, Бенно и Накасе, 1999
      • Коллинселла кишечная Кагеяма и Бенно 2000
      • Collinsella stercoris Кагеяма и Бенно 2000
      • Collinsella tanakaei Нагаи, Ватанабэ и Моротоми 2010
    • Род Кориобактерии Хаас и Кониг 1988
      • Coriobacterium glomerans Хаас и Кониг 1988
    • Род Enorma Mishra et al. 2013
      • Enorma massiliensis Mishra et al. 2013
    • Род Парвибактер Clavel et al. 2013
      • Parvibacter caecicola Clavel et al. 2013
    • Род Сенегалимассилия корриг. Lagier et al. 2014 г.
      • Сенегалимассилия анаэробия корриг. Lagier et al. 2014 г.
• Заказ Eggerthellales Gupta et al. 2013
  • Семья Eggerthellaceae Gupta et al. 2013
    • Род Adlercreutzia Maruo et al. 2008 г.
      • Adlercreutzia equolifaciens Maruo et al. 2008 г.
    • Род Asaccharobacter Minamida et al. 2008 г.
      • Asaccharobacter celatus Minamida et al. 2008 г.
    • Род Криптобактерии Накадзава и др. 1999 г.
      • Cryptobacterium curtum Накадзава и др. 1999 г.
    • Род Денитробактерии Андерсон и др. 2000 г.
      • Denitrobacterium detoxificans Андерсон и др. 2000 г.
    • Род Эггертелла Wade et al. 1999 исправление. Würdemann et al. 2009 г.
      • Эггертелла лента (Eggerth 1935) Wade et al. 1999 исправление. Maruo et al. 2008 г.
      • Eggerthella sinensis Lau et al. 2006 исправление. Maruo et al. 2008 г.
    • Род Enterorhabdus Clavel et al. 2009 исправление. Clavel et al. 2010 г.
      • Enterorhabdus caecimuris Clavel et al. 2010 г.
      • Enterorhabdus mucosicola Clavel et al. 2009 г.
    • Род Гордонибактер Wurdemann et al. 2009 г.
      • Gordonibacter faecihominis Jin et al. 2015 г.
      • Gordonibacter pamelaeae Wurdemann et al. 2009 г.
      • Gordonibacter urolithinfaciens Selma et al. 2014 г.
    • Род Paraeggerthella Wurdemann et al. 2009 г.
      • Paraeggerthella hongkongensis (Lau et al. 2006) Wurdemann et al. 2009 г.
    • Род Slackia Wade et al. 1999 исправление. Нагаи, Ватанабэ и Моротоми 2010
      • Slackia equolifaciens Jin et al. 2010 г.
      • Slackia exigua (Poco et al. 1996) Wade et al. 1999 г.
      • Slackia faecicanis Lawson et al. 2005 г.
      • Slackia heliotrinireducens (Ланиган, 1983) Уэйд и др. 1999 г.
      • Slackia isoflavoniconvertens Мэттис, Блаут и Браун, 2009 г.
      • Slackia piriformis Нагаи, Ватанабэ и Моротоми 2010

Рекомендации

1. Людвиг, В., Эйзебай, Дж., Шуман, П., Бусс, Х. Дж., Трухильо, М. Э., Кампфер, П. и Уитман, В. Б. (2012). Дорожная карта филума актинобактерий. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии, стр. 1–28. Ред. М. Гудфеллоу, П. Кампфер, Х. Дж. Буссе, М. Э. Трухильо, К. Сузуки, В. Людвиг и В. Б. Уитман. Springer-: Нью-Йорк
2. Клавель Т., Лепаж П. и Шарье К. (2014). Семейство Coriobacteriaceae. В: Прокариоты, стр. 201-238. Springer-: Берлин Гейдельберг
3. Stackebrandt E, Zeytun A, Lapidus A и др. (2013). «Полная последовательность генома штамма типа Coriobacterium glomerans (PW2 (T)) из средней кишки Pyrrhocoris apterus L. (красный солдатик)». Стенд Genomic Sci. 8 (1): 15–25. Дои:10.4056 / sigs.3507020. ЧВК  3739169. PMID  23961308.
4. Накадзава Ф., Поко С.Е., Икеда Т., Сато М., Калфас С., Сундквист Г., Хосино Э. (1999). «Cryptobacterium curtum gen. Nov., Sp. Nov., Новый род грамположительных анаэробных палочек, выделенных из полостей рта человека». Int J Syst Bacteriol. 49 (Pt 3): 1193–200. Дои:10.1099/00207713-49-3-1193. PMID  10425779.
5. Вюрдеманн Д., Тиндалл Б.Дж., Пукалл Р. и др. (2009). «Gordonibacter pamelaeae gen. Nov., Sp. Nov., Новый представитель Coriobacteriaceae, выделенный от пациента с болезнью Крона, и реклассификация Eggerthella hongkongensis Lau et al. 2006 г. как Paraeggerthella hongkongensis gen. Nov., Comb. Nov.». Int J Syst Bacteriol. 59 (Pt 6): 1405–15. Дои:10.1099 / ijs.0.005900-0. PMID  19502325.
6. Мавромматис К., Пукалл Р., Роде С. и др. (2009). «Полная последовательность генома штамма типа Cryptobacterium curtum (12-3)». Стенд Genomic Sci. 1 (2): 93–100. Дои:10.4056 / sigs.12260. ЧВК  3035227. PMID  21304644.
7. Коупленд А., Сикорски Дж., Лапидус А. и др. (2009). «Полная последовательность генома штамма типа Atopobium parvulum (IPP 1246)». Стенд Genomic Sci. 1 (2): 166–73. Дои:10.4056 / sigs.29547. ЧВК  3035223. PMID  21304653.
8. Гёкер М., Хельд Б., Лукас С. и др. (2010). «Полная последовательность генома штамма типа Olsenella uli (VPI D76D-27C)». Стенд Genomic Sci. 3 (1): 76–84. Дои:10.4056 / sigs.1082860. ЧВК  3035265. PMID  21304694.
9. Сондерс Э., Пукалл Р., Абт Б. и др. (2009). «Полная последовательность генома штамма типа Eggerthella lenta (IPP VPI 0255)». Стенд Genomic Sci. 1 (2): 174–82. Дои:10.4056 / sigs.33592. ЧВК  3035228. PMID  21304654.
10. Сэйерс; и другие. «Кориобактерии». Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2016-10-27.
11. Гупта Р.С., Чен В.Дж., Адеолу М., Чай И. (2010). "Молекулярные сигнатуры для класса Coriobacteriia и его различных клад; предложение о разделении класса Coriobacteriia на исправленный порядок Coriobacteriales, содержащий исправленное семейство Coriobacteriaceae и Atopobiaceae fam. Nov., И Eggerthellales ord. Nov., Содержащий семейство Eggerthellaceae fam. ноя ". Int J Syst Evol Microbiol. 63 (3): 3379–97. Дои:10.1099 / ijs.0.048371-0. PMID  23524353.
12. Гао Б., Гупта Р.С. (2005). «Консервативные индели в белковых последовательностях, которые характерны для филума актинобактерий». Int J Syst Evol Microbiol. 55 (Pt 6): 2401–2412. Дои:10.1099 / ijs.0.63785-0. PMID  16280504.
13. Гао Б., Параманатан Р., Гупта Р.С. (2006). «Сигнатурные белки, которые являются отличительными характеристиками актинобактерий и их подгрупп». Антони ван Левенгук. 90 (1): 69–91. Дои:10.1007 / s10482-006-9061-2. PMID  16670965. S2CID  25817892.
14. Гао Б., Гупта Р.С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные сигнатуры для основных клад филума актинобактерий». Микробиол Мол Биол Рев. 76 (1): 66–112. Дои:10.1128 / MMBR.05011-11. ЧВК  3294427. PMID  22390973.
15. Чжи XY, Ли WJ, Stackebrandt E (2009). «Обновление структуры и определения на основе последовательности гена 16S рРНК высших рангов класса Actinobacteria, с предложением двух новых подотрядов и четырех новых семейств и исправленных описаний существующих высших таксонов». Int J Syst Evol Microbiol. 59 (Pt 3): 589–608. Дои:10.1099 / ijs.0.65780-0. PMID  19244447.
16. Гупта Р.С. (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию». FEMS Microbiol Rev. 40 (4): 520–53. Дои:10.1093 / femsre / fuw011. PMID  27279642.