MvirDB - MvirDB - Wikipedia

MvirDB
Содержание
ОписаниеБаза данных токсинов, факторов вирулентности и генов устойчивости к антибиотикам
Типы данных
захвачен		Токсины, факторы вирулентности и гены устойчивости к антибиотикам
ОрганизмыБактерии
Контакт
Основное цитированиеPMID  17090593
Доступ
Интернет сайтmvirdb.llnl.gov
Разное
Закладки
сущности		да

В молекулярная биология, MvirDB общедоступный база данных который хранит информацию о токсины, факторы вирулентности и устойчивость к антибиотикам гены.[1] Источники, которые эта база данных использует для ДНК и белок информация включает: Tox-Prot,[2] СКОРПИОН,[3] Факторы вирулентности PRINTS,[4][5] VFDB,[6] TVFac, островитянин,[7] АРГО[8] и VIDA.[9] База данных предоставляет ВЗРЫВ инструмент, который позволяет пользователю запрашивать их последовательность по всем ДНК и белок последовательности в MvirDB. Информация о факторы вирулентности можно получить с помощью предоставленного инструмента браузера. После использования инструмента браузера результаты возвращаются в виде удобочитаемой таблицы, которая организована по возрастанию E-значений, каждое из которых имеет гиперссылку на соответствующую страницу. MvirDB реализован в Oracle 10g реляционная база данных.[1]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Zhou, C.E .; Smith, J .; Lam, M .; Земля, А .; Дайер, M.D .; Слезак, Т. (2007-01-03). «MvirDB - микробная база данных белковых токсинов, факторов вирулентности и генов устойчивости к антибиотикам для приложений биозащиты». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (База данных): D391 – D394. Дои:10.1093 / nar / gkl791. ISSN  0305-1048. ЧВК  1669772. PMID  17090593.
  2. ^ Юнго, Флоренция; Байрох, Амос (март 2005 г.). «Tox-Prot, программа аннотации токсиновых белков в базе знаний о белках Swiss-Prot». Токсикон. 45 (3): 293–301. Дои:10.1016 / j.toxicon.2004.10.018. ISSN  0041-0101.
  3. ^ Srinivasan, K.N .; Gopalakrishnakone, P .; Tan, P.T .; Chew, K.C .; Cheng, B .; Kini, R.M .; Koh, J.L.Y .; Seah, S.H .; Брусич, В. (январь 2002 г.). "СКОРПИОН, молекулярная база данных токсинов скорпионов". Токсикон. 40 (1): 23–31. Дои:10.1016 / s0041-0101 (01) 00182-9. ISSN  0041-0101.
  4. ^ "Именной указатель Том 15, №1, 2008 г.". Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии. 15 (1): 65. 2008. Дои:10.1159/000121450. ISSN  1464-1801.
  5. ^ Attwood, Teresa K .; Брэдли, Пол М .; Голтон, Анна; Уныло, Нил; Митчелл, Александр Л .; Моултон, Джорджина (2005-04-15), "База данных отпечатков пальцев PRINTS: функциональные и эволюционные приложения", Энциклопедия генетики, геномики, протеомики и биоинформатики, John Wiley & Sons, Ltd, Дои:10.1002 / 047001153x.g306301, ISBN  047001153X
  6. ^ Чен, Л. (2004-12-17). «VFDB: справочная база данных по факторам вирулентности бактерий». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (Проблема с базой данных): D325 – D328. Дои:10.1093 / нар / gki008. ISSN  1362-4962. ЧВК  539962. PMID  15608208.
  7. ^ Мантри, Ю. (2004-01-01). «Островитянин: база данных об интегративных островах в геномах прокариот, связанных интегразах и особенностях их участков ДНК». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (90001): 55D – 58. Дои:10.1093 / нар / gkh059. ISSN  1362-4962. ЧВК  308793. PMID  14681358.
  8. ^ Скария, Радость; Чандрамули, Умамахесваран; Верма, Санджай Кумар (01.02.2005). "Antibiotic Resistance Genes Online (ARGO): База данных по генам устойчивости к ванкомицину и β-лактаму". Биоинформация. 1 (1): 5–7. Дои:10.6026/97320630001005. ISSN  0973-8894. PMID  17597841.
  9. ^ Йейтс, С .; Lees, J .; Reid, A .; Kellam, P .; Martin, N .; Лю, X .; Оренго, К. (23 декабря 2007 г.). «Gene3D: комплексная структурная и функциональная аннотация геномов». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (База данных): D414 – D418. Дои:10.1093 / нар / гкм1019. ISSN  0305-1048.