ПАТРИК - PATRIC

ПАТРИК^[1] (Центр интеграции ресурсов Pathosystems) является Бактериальный Ресурсный центр по биоинформатике, информационная система, разработанная для поддержки работы сообщества биомедицинских исследователей по бактериальным инфекционным заболеваниям путем интеграции важной информации о патогенах с обширными данными и инструментами анализа. PATRIC уточняет и оттачивает объем доступных бактериальных филогеномных данных из многочисленных источников специально для бактериологического сообщества, чтобы сэкономить время и силы биологов при проведении сравнительных анализов. Свободно доступная платформа PATRIC предоставляет биологам интерфейс для поиска данных и информации и проведения комплексных сравнительных геномных и других анализов в рамках единого окна. PATRIC, проект отдела киберинфраструктуры Технологического института штата Вирджиния, финансируется Национальными институтами аллергии и инфекционных заболеваний (НИАИД ), компонент Национальных институтов здравоохранения (Национальные институты здравоохранения США ).

Что предлагает PATRIC

Согласованные аннотации по всем секвенированным видам бактерий из GenBank.
Аннотируйте свой бактериальный геном бесплатно менее чем за 24 часа с помощью того же Сервис аннотаций RAST который используется в PATRIC.
Поиск данных и информации

Выполните глобальный поиск PATRIC или выполните расширенный поиск на основе таксономии, названия гена, метки локуса, функции / семейства белков, путей, номеров EC, терминов GO, взаимодействий между хозяином и патогеном и т. Д.
Выполнить ВЗРЫВ поиск в базах данных BLAST, специфичных для плазмид, содержащих геномные последовательности или белки в PATRIC.
Выполните расширенный поиск литературы и интеллектуальный анализ текста методы идентификации генов, белков, болезней, лекарств, организмов и других представляющих интерес объектов.

Личное рабочее пространство, которое позволяет пользователям постоянно сохранять интересующие последовательности, собранные с PATRIC. Отсюда управляйте и анализируйте сохраненные данные в ваших настроенных группах.
Многочисленные сравнительный анализ и интерактивные визуализации, чтобы помочь исследователям обнаруживать эмерджентные свойства сложных систем. Экспортируемые последовательности и другие особенности данных, используемых для создания ваших пользовательских визуализаций.
Богатые интерактивные визуализации, которые поддерживают анализ, например, наблюдение с высоты птичьего полета на сохранение (или отсутствие такового) конкретных представляющих интерес генов, определение количества белков, выполняющих одну и ту же функцию в одном геноме, и идентификацию белков с несколькими гомологами или паралогами. через набор геномов.
Свободно доступные данные и результаты анализа, представленные в табличном, графическом и загружаемом форматах.

Политика публикации данных PATRIC

Бактериальные организмы, включенные в базу данных PATRIC

Инструменты и сравнительный анализ на PATRIC

Сортировщик семейства белков: Сравнивает семейства белков в близкородственных или различных группах геномов, визуализирует их с помощью интерактивных тепловых карт и генерирует несколько выравниваний последовательностей и филогенетические деревья для отдельных семей. Представление тепловой карты - это интерактивный инструмент визуализации, который обеспечивает обзор распределения белков в выбранном наборе геномов.
Сравнительные пути: Сравнивает последовательно аннотированные метаболические пути в тесно связанных или разнообразных группах геномов и визуализирует их с помощью интерактивных карт KEGG и тепловых карт. Представление тепловой карты - это интерактивный инструмент визуализации, который обеспечивает обзор распределения геномов по набору номеров EC в пределах выбранного пути.
Метаданные: Поддерживает поиск и обнаруживает интересующие геномы на основе различных комбинаций 61 различных полей метаданных. Например, все геномы, которые были изолированы от людей, геномы, связанные филогенезом, или геномы, связанные с образом жизни.
Сопоставление ID: Быстро сопоставляет идентификаторы PATRIC с идентификаторами из других известных внешних баз данных, таких как GenBank, RefSeq, UniProt и т. Д. В качестве альтернативы исследователи могут начать со списка идентификаторов внешних баз данных и сопоставить их с соответствующими функциями PATRIC.
Обозреватель генома и просмотрщик регионов сравнения: Визуализирует и сравнивает аннотации генома из нескольких источников и позволяет пользователям просматривать окрестности генов.
3D-структуры и данные экспериментов: Обеспечивает консолидированный и единообразный доступ к данным посредством сводок всех соответствующих наборов постгеномных данных, доступных в различных публичных репозиториях, таких как GEO, ArrayExpress, (бывшие) Proteomics Resource Centre, PRIDE, NCBI structure, IntAct и BIND.
Просмотр болезней: Представлены данные об инфекционных заболеваниях, вирулентности и вспышках, связанных с различными таксонами. Включает интерактивный график, представляющий взаимосвязи между патогенами, генами и заболеваниями, и карту болезней, на которой в режиме реального времени геолокации отчетов о связанных заболеваниях по всему миру.
ВЗРЫВ^[2]
РАСТ^[3] служба аннотации прокариотического генома
KLEIO^[4] расширенный инструмент поиска MedLine

О подразделении Cyberinfrastructure Division и VBI

В Отдел киберинфраструктуры в VBI разрабатывает методы, инфраструктуру и ресурсы, которые помогают делать научные открытия в области исследования инфекционных заболеваний и других областей исследований. Группа применяет принципы киберинфраструктуры для интеграции данных, вычислительной инфраструктуры и людей. Подразделение CyberInfrastructure разработало множество общедоступных ресурсов для тщательно отобранных, разнообразных молекулярных и литературных данных по различным системам инфекционных заболеваний, а также внедрило процессы, системы и базы данных, необходимые для их поддержки. Он также проводит исследования, применяя свои методы и данные, чтобы делать новые открытия.

В Институт биоинформатики Вирджинии (VBI) в Технологическом институте Вирджинии имеет исследовательскую платформу, посвященную пониманию «болезненного треугольника» взаимодействия хозяина-патогена-окружающей среды у растений, людей и других животных. Успешно направляя инновации в трансдисциплинарные подходы, сочетающие информационные технологии и биологию, исследователи VBI решают некоторые из ключевых проблем сегодняшнего дня в биомедицине, окружающей среде и науках о растениях.

Смотрите также

внешняя ссылка

Официальный веб-сайт
Ресурсные центры по биоинформатике Страница NIAID с описанием целей и деятельности BRC
Патогенный портал Хаб-сайт для пяти BRC; предоставляет сводную информацию по всем BRC

[1] Гиллеспи Дж. Дж., Ваттам А. Р., Каммер С. А. и др. (Ноябрь 2011 г.). «PATRIC: комплексный ресурс по бактериальной биоинформатике с акцентом на патогенные виды человека». Инфекция и иммунитет. 79 (11): 4286–98. Дои:10.1128 / IAI.00207-11. ЧВК 3257917. PMID 21896772.

[Altschul1990-2] Альтшул С.Ф., Гиш В., Миллер В., Майерс Е. В., Липман Д. Д. (1990). «Базовый инструмент поиска местного выравнивания» (PDF). Дж Мол Биол. 215 (3): 403–410. Дои:10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2. PMID 2231712. Архивировано из оригинал (PDF) на 2010-10-13.

[3] Азиз, РК; Бартельс, Д; Best, AA; ДеДжонг, М; Disz, T; Эдвардс, РА; Formsma, К; Гердес, S; Стекло, ЭМ; Кубал, Майкл; Мейер, Фолкер; Олсен, Гэри Дж; Олсон, Роберт; Остерман, Андрей Л; Овербек, Росс А; Макнил, Лесли К.; Паарманн, Даниэль; Пациан, Тобиас; Паррелло, Брюс; Пуш, Гордон Д.; Райх, Клаудиа; Стивенс, Рик; Васиева Ольга; Вонштейн, Вероника; Вилке, Андреас; Загнитко, Ольга (2008). «Сервер RAST: быстрые аннотации с использованием технологии подсистем». BMC Genomics. 9: 75. Дои:10.1186/1471-2164-9-75. ЧВК 2265698. PMID 18261238.

[4] К. Нобата; П. Коттер; Н. Окадзаки; Б. Ри; Ю. Сасаки; Ю. Цуруока; Дж. Цуджи; С. Ананиаду (2008). «Kleio: информационно-поисковая система с расширенными знаниями для биологии» (PDF). Proc. 31-й Ежегодной Международной конференции ACM SIGIR: 787–788. Архивировано из оригинал (PDF) на 2011-07-17. Получено 2010-09-13.

[1]

[2]

[3]

[4]