Хламидофила - Chlamydophila

Хламидофила
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Хламидии
Учебный класс:
Хламидии
Заказ:
Хламидиоз
Семья:
Хламидийные
Род:
Хламидофила
Разновидность[1]

Хламидофила является спорным бактериальный род принадлежность к семье Хламидийные,[2] порядок Хламидиоз, класс / тип Хламидии.

Таксономия

Смотрите также: Chlamydia psittaci § Таксономия

Все Хламидии анаэробные бактерии с двухфазным жизненным циклом развития, который зависит от внутриклеточного роста эукариотический клетки-хозяева.

Хламидофила был признан рядом ученых в 1999 г.,[3] с шестью видами в Хламидофила и три в первоначальном роду, Хламидиоз. Это было сразу видно, как спорные.[4] В 2015 г. Хламидофила виды были реклассифицированы как Хламидиоз.[4] История классификации и реклассификации следующая.

Ранние критерии дифференциации видов хламидий не всегда работали хорошо. Например, в то время род С. psittaci отличался от C. trachomatis к сульфадиазин устойчивость, хотя не все штаммы идентифицированы как С. psittaci в то время были стойкими, и C. pneumoniae был классифицирован по внешнему виду под электронная микроскопия (EM) и его способность инфицировать людей, хотя внешний вид EM может отличаться от одной исследовательской группы к другой, и многие из этих видов инфицировали людей.

Систематический таксономия установлен для хламидий в 1999 г. Реассоциация ДНК-ДНК, 16S и 23S рибосомная РНК сходство генов, кластеризация сходства последовательностей белок кодирующие гены и геном размер как критерий классификации. Поддерживающие критерии, такие как антиген обнаружение[5] гликоген окрашивание, ассоциация хозяев и морфология EM также использовались в зависимости от применимости и доступности.

Сравнительный геномный анализ в 2006 году выявил ряд сигнатурных белков, которые уникально присутствовали у видов из родов. Хламидиоз и Хламидофила, что поддерживало различимость Хламидофила.[6] Эта точка зрения была поставлена ​​под сомнение тремя годами позже новыми методами анализа всего генома, что привело к предложению «воссоединить Хламидийные в один род, Хламидиоз".[7] К 2010-м годам эта реклассификация «не была полностью принята или принята»[8] среди микробиологов, что "привело к возврату к единственному первоначальному роду Хламидиоз, который теперь охватывает все 9 видов, включая Chlamydia psittaci."[8] По состоянию на 2013 год Хламидофила все еще упоминается в некоторых базах данных, но вызывает споры.[9] Слияние рода Хламидофила вернуться в род Хламидиоз сейчас общепринято.[10][11][12][13]

Хламидофила дифференциация

По мнению авторов исследования 1999 г., иметь в виду Реассоциация ДНК-ДНК различение различий Хламидофила из Хламидиоз составляет 10,1%, принятое значение для разделения по родам. Хотя 16S рибосомная РНК генные последовательности этих двух генов идентичны почти на 95%, в отличие от других ранее установленных родов, авторы считают сходство менее 95% только руководством для создания новых родов в семьях хламидий. В исследовании авторы использовали сходство мест кодирования генов белков и рибосомных РНК в геноме (кластеры генов), чтобы помочь различить Хламидофила из Хламидиоз. Также полнометражный 23S рибосомная РНК гены видов двух родов были идентичны менее чем на 95%.

Некоторые молекулярные критерии, позволяющие отличить роды Chlamydiaceae
РодПриблизительный размер генома (миллион пар оснований ДНК)Обнаруживаемый гликогенКоличество рибосомных оперонов
Хламидофила1.2Нет1
Хламидиоз1.0да2

Разновидность

Такие отличия, как морфология ЭМ, устойчивость к антибиотикам, и внехромосомная плазмида обычно имеют видоспецифические характеристики.

Виды в Хламидофила включены:

Рекомендации

  1. ^ J.P. Euzéby. «Хламидофила». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре. Получено 2011-06-11.
  2. ^ Хламидофила в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
  3. ^ Эверетт К.Д., Буш Р.М., Андерсен А.А. (апрель 1999 г.). "Исправленное описание отряда Chlamydiales, предложение Parachlamydiaceae fam. Nov. И Simkaniaceae fam. Nov., Каждое из которых содержит один монотипический род, пересмотренная таксономия семейства Chlamydiaceae, включая новый род и пять новых видов, и стандарты для идентификации организмы ". Международный журнал систематической бактериологии. 49 Pt 2 (2): 415–40. Дои:10.1099/00207713-49-2-415. PMID  10319462.[постоянная мертвая ссылка ]
  4. ^ а б Parte, A.C. «Хламидиоз». LPSN.
  5. ^ Буш Р.М., Эверетт К.Д. (январь 2001 г.). «Молекулярная эволюция Chlamydiaceae». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 51 (Pt 1): 203–20. Дои:10.1099/00207713-51-1-203. PMID  11211261.[постоянная мертвая ссылка ]
  6. ^ Гриффитс Э., Вентреска М.С., Гупта Р.С. (январь 2006 г.). «BLAST-скрининг геномов хламидий для выявления сигнатурных белков, уникальных для групп видов Chlamydiales, Chlamydiaceae, Chlamydophila и Chlamydia». BMC Genomics. 7: 14. Дои:10.1186/1471-2164-7-14. ЧВК  1403754. PMID  16436211.
  7. ^ Стивенс Р.С., Майерс Дж., Эппингер М., Бавойл П.М. (март 2009 г.). «Дивергенция без разницы: филогенетика и систематика хламидий решены». FEMS Иммунология и медицинская микробиология. 55 (2): 115–9. Дои:10.1111 / j.1574-695X.2008.00516.x. PMID  19281563.
  8. ^ а б Balsamo G, Maxted AM, Midla JW, Murphy JM, Wohrle R, Edling TM и др. (Сентябрь 2017 г.). «Сборник мер по борьбе с инфекцией Chlamydia psittaci среди людей (пситтакоз) и домашних птиц (птичий хламидиоз), 2017» (PDF). Журнал птичьей медицины и хирургии. 31 (3): 262–282. Дои:10.1647/217-265. PMID  28891690.
  9. ^ «Хламидии / группа хламидофил». База данных таксономии NCBI. Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США. Получено 2013-03-26. Учитывая спорный характер проблемы, база данных таксономии NCBI сохраняет названия обоих родов для использования подателями.
  10. ^ Bavoil P, Kaltenboeck B, Greub G (март 2013 г.). «In Chlamydia veritas». Патогены и болезни. 67 (2): 89–90. Дои:10.1111 / 2049-632X.12026. PMID  23620152.
  11. ^ Бахманн Н.Л., Полкингхорн А., Тиммс П. (август 2014 г.). «Геномика хламидий: новое понимание биологии хламидий». Тенденции в микробиологии. 22 (8): 464–72. Дои:10.1016 / j.tim.2014.04.013. PMID  24882432.
  12. ^ Sachse K, Bavoil PM, Kaltenboeck B., Stephens RS, Kuo CC, Rosselló-Móra R, Horn M (март 2015 г.). «Поправка к семейству Chlamydiaceae: предложение единого рода Chlamydia для включения всех признанных в настоящее время видов». Систематическая и прикладная микробиология. 38 (2): 99–103. Дои:10.1016 / j.syapm.2014.12.004. HDL:10261/123714. PMID  25618261.
  13. ^ Борель Н., Полкингхорн А., Поспишил А. (май 2018 г.). «Обзор хламидийных заболеваний животных: все еще проблема для патологов?». Ветеринарная патология. 55 (3): 374–390. Дои:10.1177/0300985817751218. PMID  29310550.

внешняя ссылка

  • Хламидофила геномы и связанную информацию на ПАТРИК Ресурсный центр по биоинформатике, финансируемый НИАИД
  • Таксономическое описание прокариот, Руководство Берджи по систематической бактериологии, второе издание, выпуск 1.0, апрель c. [1]