Ресурсные центры по биоинформатике - Bioinformatics Resource Centers

В Ресурсные центры по биоинформатике (BRC) группа из пяти На базе Интернета исследовательские центры создана в 2004 г. и финансируется NIAID ( Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний.)[1] BRC были созданы в ответ на угрозы, исходящие от новых и вновь возникающих патогены, особенно Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) Патогены категорий A, B и C,[2] и их потенциальное использование в биотерроризм. Намерение NIAID финансировать эти биоинформатика Центры призваны помочь исследователям, участвующим в экспериментальной характеристике таких патогенов и формировании наркотики, вакцина, или диагностические инструменты для борьбы с ними.

Основные цели BRC заключаются в следующем:

1) Создать комплексную базы данных достоверных, актуальных биоинформатических данных (генетический, протеомный, биохимический, или же микробиологический ) связанные с интересующими патогенами;
2) Обеспечить исследователям легкий доступ к этим данным посредством поиска и извлечения данных в Интернете. пользовательские интерфейсы;
3) Предоставить исследователям актуальные, современные вычислительные инструменты для биоинформатического анализа этих данных.

Пять BRC поддерживаются различными учреждениями, как государственными, так и частными, на всей территории Соединенные Штаты Америки и Канада. Каждый BRC фокусируется на отдельной группе патогенов. В Портал патогенов служит общим хранилищем и предоставляет сводную информацию о BRC и ссылки на них.

Ресурсные центры по биоинформатике
ИмяИмя AcronoУчаствующие организацииКоличество охваченных организмовОхваченные организмы (категория CDC)
Ресурсы базы данных эукариотических патогеновEuPathDBПенсильванский университет

Университет Джорджии

45 в 13 родахКритидия (Другой)

Криптоспоридиум (В)
Энцефалитозоон (Группа I)
Entamoeba (В)
Энтероцитозоон (Группа I)
Лямблии (В)
Лейшмания (Другой)
Neospora (Другой)
Плазмодий (Другой)
Theileria (Другой)
Токсоплазма (В)
Трихомонада (Другой)
Трипаносома (Другой)

База данных исследований гриппаIRDNorthrop Grumman Информационные технологии

Институт Дж. Крейга Вентера
Vecna ​​Technologies

1Вирус гриппа (грипп) (C)
Центр интеграции ресурсов PathoSystemsПАТРИКИнститут биоинформатики Вирджинии

Чикагский университет
Национальный центр интеллектуального анализа текста

22 родаБациллы (А)

Бартонелла (Группа I)
Borrelia (Группа I)
Brucella (В)
Burkholderia (В)
Campylobacter (В)
Хламидофила (В)
Clostridium (А)
Coxiella (В)
Эрлихия (Группа I)
Эшерихия (В)
Францизелла (А)
Helicobacter (Группа I)
Листерия (В)
Микобактерии (С)
Риккетсия (ДО Н.Э)
Сальмонелла (В)
Шигелла (В)
Стафилококк (В)
Вибрион (В)
Иерсиния (А, Б)
Другой Бактерии

База данных и ресурсы для анализа вирусных патогеновViPRNorthrop Grumman Информационные технологии

Институт Дж. Крейга Вентера
Vecna ​​Technologies

13 семейArenaviridae (А)

Bunyaviridae (А)
Filoviridae (А)
Flaviviridae (А)
Поксвириды (А)
Caliciviridae (В)
Togaviridae (В)
Гепатит А вирус (B)
Coronaviridae (С)
Paramyxoviridae (С)
Лиссавирус (С)
Гепатит E
Herpesviridae
Reoviridae

VectorBaseVBУниверситет Нотр-Дам

Европейский институт биоинформатики
Имперский колледж Лондон

30Anopheles gambiae (Другой)

Анофелес виды (x16) (Другое)
Aedes aegypti (Другой)
Биомфалария глабрата (Другой)
Culex quinquefasciatus (Другой)
Глоссина виды (x5) (Другое)
Ixodes scapularis (Другой)
Lutzomyia longipalpis (Другой)
Musca domestica (Другой)
Pediculus humanus (Другой)
Phlebotomus papatasi (Другой)

Портал патогеновниктоИнститут биоинформатики ВирджинииДанные для 13 видов:

Экспрессия гена, протеомика

Вакцина (Другой)

Вариола (А)
Оспа обезьян (А)
Коронавирус (С)
Бруцелла абортус (В)
бацилла сибирской язвы (А)
Сальмонелла тифимуриум (В)
Yersinia pestis (А)
Холерный вибрион (В)
Криптоспоридиум парвум (В)
Toxoplasma gondii (В)
Homo sapiens (Другой)
Mus musculus (Другой)

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Обзор, Ресурсные центры по биоинформатике В архиве 15 мая 2008 г. Wayback Machine, Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), 10 января 2008 г.
  2. ^ CDC Биотеррористические агенты и болезни (по категориям) В архиве 2014-07-22 в Wayback Machine, Центры по контролю и профилактике заболеваний (Министерство здравоохранения и социальных служб), по состоянию на 8 июля 2008 г.

внешняя ссылка