PeroxiBase - PeroxiBase - Wikipedia

Логотип PeroxiBase

В PeroxiBase база данных создана на Женевский университет (Швейцария ) в конце 2003 года двумя биологами растений, специализирующимися на изучении растений пероксидазы. Сначала он был ограничен пероксидазами класса III (пероксидазы растений), а затем был расширен, чтобы включить все возможные гемовые и негемные последовательности белков пероксидазы. Многие исследователи и биоинформатики из Женевского университета объединили свои усилия для разработки базы данных и быстрого увеличения числа последовательностей пероксидазы. С 2005 года база данных принимает внешние взносы, которые проверяются кураторами PeroxiBase. Большинство гем и негем пероксидаза последовательности теперь можно найти в PeroxiBase.[1]

База данных размещена на Швейцарский институт биоинформатики.

Последовательности пероксидазы взяты из других общедоступных баз данных (NCBI, ТИГР, База знаний UniProt: все используемые базы данных перечислены в PeroxiBase) либо в виде уже существующих аннотированных последовательностей, либо из необработанных данных (проекты полного геномного секвенирования).

Цели PeroxiBase

  • Для публичного (некоммерческого) предоставления научному сообществу централизованной платформы для перегруппировки информации о последовательностях пероксидазы. Возможные применения: более быстрый поиск последовательности, филогенетический анализ, определение профиля экспрессии
  • Чтобы вручную повторно аннотировать существующие последовательности (автоматическое аннотирование иногда приводит к неверным прогнозам)
  • Для получения новых последовательностей, которые еще не доступны в других базах данных: неаннотированные геномы, внешние вклады от групп секвенирования

Рекомендации

  1. ^ Passardi F; Theiler G; Замоцкий М; Cosio C; Rouhier N; Teixera F; Margis-Pinheiro M; Иоаннидис V; Penel C; Falquet L; Дананд К. (июнь 2007 г.). «PeroxiBase: база данных пероксидазы». Фитохимия. 68: 1605–11. Дои:10.1016 / j.phytochem.2007.04.005. PMID  17544465.

внешняя ссылка