PhyloXML - PhyloXML

PhyloXML
Расширения имени файла.phyloxml
Тип интернет-СМИтекст / x-phyloxml + xml
РазработанМира В Хан и Кристиан М. Змасек
изначальный выпуск27 октября 2009 г. (11 лет назад) (2009-10-27)
Тип форматафилогенетические деревья
Расширен сXML
Открытый формат ?да
Интернет сайтфилоксмл.org

PhyloXML является XML язык для анализа, обмена и хранения филогенетические деревья (или сети) и связанные данные.[1] Структура phyloXML описывается определением схемы XML (XSD ) язык.

Недостаток современных форматов описания филогенетических деревьев (таких как Nexus и Ньюик / Нью-Гэмпшир ) - это отсутствие стандартизированных средств для аннотирования узлов и ветвей дерева с помощью отдельных полей данных (которые в случае базового дерева видов могут быть: названия видов, длины ветвей и, возможно, несколько поддерживаемых значений). Хранение данных и обмен ими еще более обременительны в исследованиях, в которых деревья являются результатом некоторого согласования:

  • исследования генных функций (требуется аннотация узлов с таксономической информацией, а также названиями генов и, возможно, данными о дублировании генов)
  • эволюция взаимодействий паразит-хозяин (требуется аннотация узлов дерева с таксономической информацией как для хозяина, так и для паразита)
  • филогеографические исследования (требуется аннотация узлов дерева с таксономической и географической информацией)

Чтобы смягчить это, стали использоваться различные специальные форматы специального назначения (такие как Формат NHX, в котором основное внимание уделяется потребностям генных функций и филогеномных исследований).

Хорошо определенный формат XML решает эти проблемы в общем и расширяемом виде и обеспечивает взаимодействие между специализированным и универсальным программным обеспечением.

Пример программы для визуализации phyloXML: Археоптерикс.

Базовый пример phyloXML

<филоксмл xmlns: xsi ="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"  xsi: schemaLocation ="http://www.phyloxml.org http://www.phyloxml.org/1.10/phyloxml.xsd"   xmlns ="http://www.phyloxml.org">  <филогения укорененный ="истинный">    <name>пример из книги профессора Джо Фельзенштейна "Inferring Phylogenies"</name>    <description>MrBayes на основе выравнивания MAFFT</description>    <clade>      <клад branch_length ="0.06">        <уверенность type ="вероятность">0.88</confidence>        <клад branch_length ="0.102">          <name>А</name>        </clade>        <клад branch_length ="0.23">          <name>B</name>        </clade>      </clade>      <клад branch_length ="0.5">        <name>C</name>      </clade>    </clade>  </phylogeny></phyloxml>

Рекомендации

  1. ^ Хан, Мира В .; Змасек, Кристиан М. (2009). "phyloXML: XML для эволюционной биологии и сравнительной геномики". BMC Bioinformatics. Соединенное Королевство: BioMed Central. 10: 356. Дои:10.1186/1471-2105-10-356. ЧВК  2774328. PMID  19860910.

внешняя ссылка