RBM9 - RBM9

"FOX-2" перенаправляется сюда. Для использования в других целях см. Лиса 2.

RBFOX2
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2CQ3
Идентификаторы
Псевдонимы	RBFOX2, FOX2, Fox-2, HNRBP2, HRNBP2, RBM9, RTA, dJ106I20.3, fxh, РНК-связывающий белок, гомолог fox-1 2, РНК-связывающий гомолог fox-1 2
Внешние идентификаторы	OMIM: 612149 MGI: 1933973 ГомолоГен: 49375 Генные карты: RBFOX2
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 22 (человек)[1] Группа 22q12.3 Начните 35,738,736 бп[1] Конец 36,028,824 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 15 (мышь)[2] Группа 15 | 15 D3 Начните 77,078,990 бп[2] Конец 77,307,004 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность • связывание фактора транскрипции • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК • связывание нуклеиновой кислоты • связывание мРНК Сотовый компонент • ядро клетки • нуклеоплазма • цитоплазма • цитозоль Биологический процесс • нервно-мышечный процесс, контролирующий баланс • морфогенез дендритов • обработка мРНК • регуляция альтернативного сплайсинга мРНК через сплайсосомы • развитие нервной системы • регуляция сплайсинга РНК • регулирование пролиферации клеток • Сплайсинг РНК • миграция клеток Пуркинье, управляемая радиальной глией • регуляция дефинитивной дифференцировки эритроцитов • Метаболический процесс РНК • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • сигнальный путь внутриклеточного рецептора эстрогена • сигнальный путь рецептора фактора роста фибробластов Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	23543	93686
Ансамбль	ENSG00000277564 ENSG00000100320	ENSMUSG00000033565
UniProt	O43251	Q8BP71
RefSeq (мРНК)	NM_001031695 NM_001082576 NM_001082577 NM_001082578 NM_001082579 NM_014309 NM_001349982 NM_001349983 NM_001349989 NM_001349990 NM_001349991 NM_001349992 NM_001349994 NM_001349995 NM_001349996 NM_001349997 NM_001349998 NM_001349999	NM_001110827 NM_001110828 NM_001110829 NM_001110830 NM_001286417 NM_001286418 NM_001286419 NM_053104 NM_175387 NM_001358770 NM_001358771 NM_001358772
RefSeq (белок)	NP_001026865 NP_001076045 NP_001076046 NP_001076047 NP_001076048 NP_055124 NP_001336911 NP_001336912 NP_001336918 NP_001336919 NP_001336920 NP_001336921 NP_001336923 NP_001336924 NP_001336925 NP_001336926 NP_001336927 NP_001336928	NP_001104297 NP_001104298 NP_001104299 NP_001104300 NP_001273346 NP_001273347 NP_001273348 NP_444334 NP_780596 NP_001345699 NP_001345700 NP_001345701
Расположение (UCSC)	Chr 22: 35.74 - 36.03 Мб	Chr 15: 77.08 - 77.31 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

РНК-связывающий мотив белка 9 (RBM9), также известный как Rbfox2, это белок который у человека кодируется RBM9 ген.^[5]

Функция

Rbfox2 - один из нескольких генов человека, похожих на C. elegans ген Fox-1. Этот ген кодирует белок, связывающий РНК, который считается ключевым регулятором альтернативное сращивание в нервной системе и других типах клеток. Rbfox2 и родственный белок Rbfox1 связываются с консервативными (U) GCAUG-мотивами РНК в интронах, смежных со многими альтернативно сплайсированными экзонами, и способствует включению или исключению альтернативного экзона в зрелых транскриптах.^[6][7] Белок также взаимодействует с фактором транскрипции рецептора 1 эстрогена и регулирует транскрипционную активность рецептора 1 эстрогена. Для этого гена было обнаружено множество вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.^[5]

Rbfox2, как определено с помощью CLIP-seq, связывается рядом с альтернативно сплайсированными экзонами и регулирует включение или исключение экзонов во время альтернативного сплайсинга путем связывания в интронах либо ниже (включение), либо выше (пропуск экзонов) экзонов. Его присутствие важно для выживания стволовых клеток, а нокдауны Rbfox2 активируют маркеры для апоптоз.^[8]

Смотрите также

• Альтернативная сварка
• РНК-связывающий белок

Рекомендации

1. ENSG00000100320 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000277564, ENSG00000100320 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033565 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: белок 9 РНК-связывающего мотива RBM9».
6. Джин, Ю. (17 февраля 2003 г.). «РНК-связывающий белок Fox-1 позвоночных регулирует тканеспецифический сплайсинг через пентануклеотид GCAUG». Журнал EMBO. 22 (4): 905–912. Дои:10.1093 / emboj / cdg089. ISSN  1460-2075. ЧВК  145449. PMID  12574126.
7. Понтье, Жюли Л .; Шлюпен, Кристина; Чен, Вэйго; Lersch, Robert A .; Джи, Шерри Л .; Hou, Victor C .; Ло, Энни Дж .; Коротко, Сара А .; Chasis, Joel A .; Винкельманн, Джон С .; Конбой, Джон Г. (14 марта 2006 г.). «Фактор сплайсинга Fox-2 связывается с консервативным мотивом интрона, способствуя включению альтернативного экзона 16 белка 4.1R». Журнал биологической химии. 281 (18): 12468–12474. Дои:10.1074 / jbc.m511556200. ISSN  0021-9258. PMID  16537540.
8. Yeo GW, Coufal NG, Liang TY, Peng GE, Fu XD, Gage FH (февраль 2009 г.). «РНК-код регулятора сплайсинга FOX2, выявленный путем картирования взаимодействий РНК-белок в стволовых клетках». Структурная и молекулярная биология природы. 16 (2): 130–137. Дои:10.1038 / nsmb.1545. ЧВК  2735254. PMID  19136955.

дальнейшее чтение

• Данэм И., Шимицу Н., Роу Б.А. и др. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека». Природа. 402 (6761): 489–495. Дои:10.1038/990031. PMID  10591208.
• Либерман А.П., Фридлих Д.Л., Хармисон Г. и др. (2001). "Андрогены регулируют гомологи генов определения пола беспозвоночных tra-2 и fox-1 у млекопитающих". Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 282 (2): 499–506. Дои:10.1006 / bbrc.2001.4617. PMID  11401487.
• Норрис Дж. Д., Фанат Д., Шерк А., Макдоннелл Д. П. (2002). «Отрицательный корегулятор для ER человека». Мол. Эндокринол. 16 (3): 459–468. Дои:10.1210 / me.16.3.459. PMID  11875103.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–16903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Коллинз Дж. Э., Говард М. Е., Коул К. Г. и др. (2003). «Переоценка аннотации человеческого гена: анализ второго поколения хромосомы 22». Genome Res. 13 (1): 27–36. Дои:10.1101 / гр.695703. ЧВК  430954. PMID  12529303.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–45. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Коллинз Дж. Э., Райт К. Л., Эдвардс К. А. и др. (2005). «Основанный на аннотации генома подход к клонированию ORFeome человека». Геном Биол. 5 (10): R84. Дои:10.1186 / gb-2004-5-10-r84. ЧВК  545604. PMID  15461802.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–1178. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514.
• Андервуд Дж. Г., Бутц П. Л., Догерти Дж. Д. и др. (2005). «Гомологи белка Fox-1 Caenorhabditis elegans являются регуляторами сплайсинга нейронов у млекопитающих». Мол. Клетка. Биол. 25 (22): 10005–10016. Дои:10.1128 / MCB.25.22.10005-10016.2005. ЧВК  1280273. PMID  16260614.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Понтье Дж. Л., Шлюпен С., Чен В. и др. (2006). «Фактор сплайсинга Fox-2 связывается с консервативным мотивом интрона, способствуя включению протеина 4.1R, альтернативного экзону 16». J. Biol. Chem. 281 (18): 12468–12474. Дои:10.1074 / jbc.M511556200. PMID  16537540.
• Лим Дж., Хао Т., Шоу С. и др. (2006). «Сеть белок-белкового взаимодействия для унаследованных атаксий человека и нарушений дегенерации клеток Пуркинье». Клетка. 125 (4): 801–814. Дои:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID  16713569.

внешняя ссылка

• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: O43251 (РНК-связывающий белок fox-1, гомолог 2) на PDBe-KB.