REEP5 - REEP5

REEP5
Идентификаторы
Псевдонимы	REEP5, C5orf18, D5S346, DP1, TB2, YOP1, Yip2e, рецепторный дополнительный белок 5, POB16
Внешние идентификаторы	OMIM: 125265 MGI: 1270152 ГомолоГен: 68479 Генные карты: REEP5
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 5 (человек)[1] Группа 5q22.2 Начинать 112,876,385 бп[1] Конец 112,922,289 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 18 (мышь)[2] Группа 18 | 18 B1 Начинать 34,344,885 бп[2] Конец 34,374,070 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • молекулярная функция Сотовый компонент • неотъемлемый компонент мембраны • мембрана • эндоплазматический ретикулум • сеть канальцев эндоплазматического ретикулума Биологический процесс • биологический процесс Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	7905	13476
Ансамбль	ENSG00000129625	ENSMUSG00000005873
UniProt	Q00765	Q60870
RefSeq (мРНК)	NM_005669	NM_007874
RefSeq (белок)	NP_005660	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 5: 112,88 - 112,92 Мб	Chr 18: 34.34 - 34.37 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок 5, усиливающий экспрессию рецепторов это белок что в люди кодируется REEP5 ген.^[5][6][7]Белок, усиливающий экспрессию рецепторов, - это белок, кодируемый у людей геном REEP5.

Ген

REEP5 расположен на хромосоме 5 между парами оснований с 112876385 до 112922289 на минусовой цепи.^[8] Ген включает пять экзонов.^[8] Гены DCP2 и SRP19 расположены выше и ниже REEP5 у человека.^[9]

Протеин

Белок является членом семейства REEP, которые обычно способствуют внутриклеточному перемещению через изменения в эндоплазматическом ретикулуме, и которые обладают способностью усиливать активность рецепторов, связанных с G-белком.^[10] Человеческий белок имеет длину 189 аминокислот, содержит две трансмембранные области и одну названную область - TB2_DP1_HVA22,^[11] Масса белка до модификации составляет 21,5 кДал.^[12] По сравнению с коллекцией белков человека SwissProt, REEP5 состоит из нормального процентного содержания всех аминокислот.^[12] За исключением длинного отрезка электрически нейтральных аминокислот, никаких существенных закономерностей не наблюдается.^[12] Вторая изоформа существует у человека и имеет длину 131 аминокислоту в результате изменения после 117-й аминокислоты.^[13] Большая часть пятого экзона не включена.

Белковая топология человеческого белка REEP5, предсказанная PROTTER

Регулирование

Уровень гена

Выражение ткани

REEP5 экспрессируется в ряде тканей на относительно высоком уровне, по крайней мере, 20 чтений на килобазу транскрипта, на миллион отображенных считываний, появляющихся в тканях надпочечников, жира, желчного пузыря, сердца, почек, простаты, легких и мочевого пузыря.^[14] Экспрессия еще более повышена в тканях мозга и щитовидной железы.^[14]

Данные секвенирования РНК HPA для REEP5 показывают высокую экспрессию в головном мозге и щитовидной железе.

Факторы транскрипции

Фактор роста нервов / EGR - это фактор транскрипции с потенциальным сайтом связывания в промоторе REEP5, который способствует нейрональной пластичности и, следовательно, потенциально обеспечивает объяснение повышенных уровней белка 5, усиливающего экспрессию рецепторов, в головном мозге.^[15]

Кроме того, два фактора транскрипции, связанные с развитием и функцией сердца, имеют возможные сайты связывания в промоторе. Блок транскрипции 20 (TBX20) связан с развитием сердца, а дефицит белка связан с плохой функцией сердца у взрослых мышей и смертью младенцев до беременности.^[16] MyoD - это миогенный регулятор, который был обнаружен в эмбриональных сердцах некоторых птиц в клетках Пуркинье, которые связаны с сократительной функцией.

Уровень протеина

На субклеточном уровне REEP5 экспрессируется в эндоплазматический ретикулум.^[17] Здесь его локализует иммунохимическое окрашивание.^[18]

Номер посттрансляционные модификации предсказаны с помощью вычислений у людей и близких ортологов. Было предсказано ацетилирование второй аминокислоты.^[19] Фосфорилирование 150-й аминокислоты предсказано у людей, мышей и кур.^[20] O-GlcNac Также прогнозируются добавления на сайтах 128, 188 и 189.^[21] Сайты сумоилирования предсказаны для аминокислот 147, 175, 186 и 187.^[22] Расщепление пропептида было обнаружено по аминокислоте 11.^[23] Гликирование было предсказано для аминокислот 16, 117, 164, 186 и 187.^[24]

Гомология

Паралоги

REEP5 имеет пять паралогов у человека; REEP1, REEP2, REEP3, REEP4 и REEP^[25]

REEP5 Паралоги человека

Имя паралога	Регистрационный номер	Идентичность последовательности	Ожидаемые миллионы лет с момента расхождения
REEP6	NP_612402.1	54%	563.16
REEP4	AAH50622	25%	1325.64
REEP1	NP_001303894.1	24.6%	1341.62
REEP3	AAT70686.1	22.7%	1421.20
REEP2	NP_057690.2	15.6%	1792.58

Ортологи

REEP5 имеет ортологи столь же далекие от человека, как Symbiodinium microadriacticum, простейший вид.^[25] Идентичность последовательностей у позвоночных высока, но значительно снижается за пределами этой группы. Область DP1 / TB2 / HVA22 хорошо консервативна по сравнению с двумя трансмембранными областями.

Избранные ортологи

Организм	Дата дивергенции (миллионы лет назад)	Таксономическая группа	Порядковый номер доступа	Идентичность последовательности	электронная стоимость
Homo Sapiens	NA	Млекопитающие	NP_005660.4	100%	NA
Mus musculus	89	Млекопитающие	N_031900.3	93.7%	4x10^−134
Данио Рерио	433	Актиноптеригии	NP_956352.1	72.0%	7x10^−104
Дрозофилия меланаогастер	736	Насекомое	NP_001188928.1	38.2%	9x10^−57
Джаминия розовая	1017	Эксбазидиомицеты	XP_025360265	31.9%	5x10^−40
Rhodotorula graminis WP1	1105	Микроботриомицеты	XP_018269688.1	31.2%	7x10^−35
Цитрус уншиу	1275	Магнолиопсида	Гей51937.1	25.2%	4x10^−26
Symbiodinium microadriacticum	1552	Dinophyceae	OLQ12882.1	16.2%	5x10^−16

Скорость эволюции

Скорость эволюции белка REEP5 умеренно высока, она находится между цитохромом с и фибриногеном альфа. Ожидается, что нейтральные мутации будут происходить примерно раз в миллион лет.

График, показывающий скорость эволюции REEP5 по сравнению с цитохромом C и фибриногеном альфа

Взаимодействующие партнеры

REEP5 взаимодействует с рядом белков, включая регулятор передачи сигналов G-белка 2, который был обнаружен с помощью гибридизации дрожжей 2. RGS2 играет роль в 2 путях передачи сигналов G-белка и сокращении гладких мышечных тканей. Дерлин 2 (Derl2) взаимодействует с REEP5, что определяется коиммунопреципитацией антител, и разрушает неправильно свернутые гликопротеины в эндоплазматическом ретикулуме.^[26] Холинергический рецептор Muscarinic 5 был обнаружен как взаимодействующий с помощью реконструкции убиквитина.^[27] CHRM5 связывает ацетилхолин и может влиять на функцию центральной и периферической нервной системы.^[28]

Регулятор передачи сигналов G-белка 2 также был обнаружен с помощью дрожжевой гибридизации 2 и является регулятором рецептора G-белка, который может участвовать в сокращении гладких сосудистых мышц.^[27][29]

Четыре белка были экспериментально обнаружены в нескольких работах.^[30] Три из них, атластин GTPase 1, атластин GTPase 2 и цинковый палец FYVE-типа, содержащий 27, связаны со структурированием эндоплазматического ретикулума (в частности, канальцев), развитием аксонов или ростом нейронов.^[17][31] Четвертый - REEP6, который отвечает за транспортировку рецепторов к поверхности клетки, а также за регулирование структуры эндоплазматического ретикулума.^[32]

SARS-CoV-2

REEP5 - один из многих белков человека, который взаимодействует с SARS-CoV-2. В частности, белок коронавируса P0DTC5, который появляется в промежуточном компартменте между эндоплазматическим ретикулумом и аппаратом Гольджи, взаимодействует с REEP5. P0DTC5 - это белок оболочки вируса, который имеет решающее значение для морфогенеза вируса, что делает возможным то, что REEP5 каким-то образом связан с упаковкой или высвобождением вируса из клеток человека.^[33]

Клиническое значение

Исследования связали REEP5 с несколькими заболеваниями и расстройствами.

При раке толстой кишки экспрессия REEP5 увеличивает активность CXCR1, рецептора белка, который способствует росту и распространению раковых клеток. Исследователи обнаружили, что недостаточная экспрессия REEP5 снижает эффективность CXRC1 и снижает способность клеток рака легких метастазировать.^[10] Это обеспечивает как потенциальную мишень для лечения рака, так и дополнительные доказательства того, что REEP5 выполняет функцию белка, повышающего активность других рецепторных белков. Другой тип рака, связанный с REEP5, - это рак толстой кишки, при котором белок обычно взаимодействует и нейтрализует HCCR1, белок, который в противном случае мешал бы P53 и способствуют прогрессированию рака.^[34]

REEP5 также был связан с сердечными заболеваниями, и исследования этой связи показали, что он помогает организовать соединительный саркоплазматический ретикулум в миоцитах. REEP5 выравнивает соединительный SR с Т-канальцами, что способствует эффективному высвобождению ионов кальция. Когда функция белка нарушается, соединение становится смещенным, и высвобождение ионов кальция становится менее эффективным. Учитывая важность ионов кальция для мышечных сокращений, которые приводят в действие сердце, нацеливание на REEP5 может стать терапевтическим вариантом при некоторых расстройствах.^[35]

Кроме того, есть некоторые статистические данные, связывающие определенные SNP, обнаруженные в мРНК REEP5, с большим депрессивным расстройством.^[36] Однако биологический механизм не был подтвержден, и исследование рассматривало только ограниченную популяцию.^[36]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000129625 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005873 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Кларк AJ, Metherell LA, Cheetham ME, Huebner A (декабрь 2005 г.). «Унаследованная нечувствительность к АКТГ проливает свет на механизмы действия АКТГ». Тенденции в эндокринологии и метаболизме. 16 (10): 451–7. Дои:10.1016 / j.tem.2005.10.006. PMID  16271481. S2CID  27450434.
6. Сайто Х., Кубота М., Робертс Р. В., Чи К., Мацунами Х. (ноябрь 2004 г.). «Члены семейства RTP индуцируют функциональную экспрессию пахучих рецепторов млекопитающих». Клетка. 119 (5): 679–91. Дои:10.1016 / j.cell.2004.11.021. PMID  15550249. S2CID  13555927.
7. «Ген Entrez: дополнительный белок 5 рецептора REEP5».
8. «Дополнительный белок 5 рецептора REEP5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-30.
9. "Human hg38 chr5: 112 865 773-113 003 301 UCSC Genome Browser v401". genome.ucsc.edu. Получено 2020-07-31.
10. Park CR, You DJ, Park S, Mander S, Jang DE, Yeom SC и др. (Декабрь 2016 г.). «Дополнительные белки REEP5 и REEP6 улучшают клеточные ответы, опосредованные CXCR1, и прогрессирование рака легких». Научные отчеты. 6: 39041. Дои:10.1038 / srep39041. ЧВК  5155276. PMID  27966653.
11. «белок 5 [Homo sapiens], усиливающий экспрессию рецептора - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-06-22.
12. «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2020-07-31.
13. ^ "UniProtKB - Q00765 (REEP5_HUMAN)". UniProt. 2020-06-17. Получено 2020-07-30.
14. "Экспрессия гена REEP5 - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-30.
15. Левковиц Ю., Барабан Дж. М. (май 2002 г.). «Доминантно-отрицательный ингибитор Egr блокирует индуцированный фактором роста нервов разрастание нейритов путем подавления активации c-Jun: роль комплекса Egr / c-Jun». Журнал неврологии. 22 (10): 3845–54. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.22-10-03845.2002. ЧВК  6757642. PMID  12019303.
16. Стеннард Ф.А., Коста М.В., Лай Д., Бибен С., Фуртадо М.Б., Соллоуэй М.Дж. и др. (Май 2005 г.). «Мышиный фактор транскрипции T-box Tbx20 действует как репрессор во время развития сердца и необходим для целостности, функционирования и адаптации сердца взрослых». Разработка. 132 (10): 2451–62. Дои:10.1242 / dev.01799. PMID  15843414.
17. Чанг Дж., Ли С., Блэкстоун С. (сентябрь 2013 г.). «Протрудин связывает атластины и белки, формирующие эндоплазматический ретикулум, и регулирует формирование сети». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 110 (37): 14954–9. Дои:10.1073 / pnas.1307391110. ЧВК  3773775. PMID  23969831.
18. «REEP5] Первичные антитела». www.thermofisher.com. Получено 2020-07-31.
19. «Сервер NetAcet 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
20. "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
21. "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
22. «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия». sumosp.biocuckoo.org. Получено 2020-08-01.
23. «Сервер ProP 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
24. "Сервер NetGlycate 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
25. «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-31.
26. Ода Й, Окада Т., Йошида Х., Кауфман Р.Дж., Нагата К., Мори К. (январь 2006 г.). «Derlin-2 и Derlin-3 регулируются ответом на развернутый белок млекопитающих и необходимы для ER-ассоциированной деградации». Журнал клеточной биологии. 172 (3): 383–93. Дои:10.1083 / jcb.200507057. ЧВК  2063648. PMID  16449189.
27. «База данных Molecular INTeraction - основной ресурс ELIXIR». Получено 2020-08-02.
28. «Холинергический рецептор мускаринового 5 CHRM5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-02.
29. «Регулятор RGS2 передачи сигналов G-белка 2 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-02.
30. "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk. Получено 2020-08-02.
31. «ZFYVE27 цинковый палец FYVE-типа, содержащий 27 [Homo sapiens (человек)] - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-02.
32. Справка, Дом генетики. «Ген REEP6». Справочник по генетике. Получено 2020-08-02.
33. «ИнтерПро». www.ebi.ac.uk. Получено 2020-08-02.
34. Shin SM, Chung YJ, Oh ST, Jeon HM, Hwang LJ, Namkoong H и др. (Июнь 2006 г.). «Взаимодействующая с HCCR-1 молекула», удаленная в полипозе 1, «играет роль супрессора опухолей в канцерогенезе толстой кишки». Гастроэнтерология. 130 (7): 2074–86. Дои:10.1053 / j.gastro.2006.03.055. PMID  16762630.
35. Яо Л., Се Д., Гэн Л., Ши Д., Хуанг Дж., Ву И и др. (Февраль 2018). «REEP5 (рецепторный дополнительный белок 5) действует как скульптор мембраны саркоплазматической ретикулума для модуляции сердечной функции». Журнал Американской кардиологической ассоциации. 7 (3): e007205. Дои:10.1161 / JAHA.117.007205. ЧВК  5850239. PMID  29431104.
36. Ян З, Ма Х, Ван И, Ван Дж, Сян Б., Ву Дж и др. (2012-09-01). «Связь полиморфизмов генов APC и REEP5 с большим депрессивным расстройством и ответом на лечение антидепрессантами в популяции ханьских китайцев». Психиатрия больницы общего профиля. 34 (5): 571–7. Дои:10.1016 / j.genhosppsych.2012.05.015. PMID  22795047.

дальнейшее чтение

• Кинзлер К.В., Нильберт М.К., Су Л.К., Фогельштейн Б., Брайан Т.М., Леви Д.Б. и др. (Август 1991 г.). «Идентификация генов локуса FAP из хромосомы 5q21». Наука. 253 (5020): 661–5. Дои:10.1126 / science.1651562. PMID  1651562.
• Nishisho I, Nakamura Y, Miyoshi Y, Miki Y, Ando H, Horii A и др. (Август 1991 г.). «Мутации генов хромосомы 5q21 у пациентов с FAP и колоректальным раком». Наука. 253 (5020): 665–9. Дои:10.1126 / science.1651563. PMID  1651563.
• Спирио Л., Джослин Г., Нельсон Л., Лепперт М., Уайт Р. (ноябрь 1991 г.). «Повтор CA на 30-70 КБ ниже гена аденоматозного полипоза кишечной палочки (APC)». Исследования нуклеиновых кислот. 19 (22): 6348. Дои:10.1093 / nar / 19.22.6348. ЧВК  329171. PMID  1659692.
• Джослин Г., Карлсон М., Тливерис А., Альбертсен Х., Гельберт Л., Самовиц В. и др. (Август 1991 г.). «Идентификация делеционных мутаций и трех новых генов в локусе семейного полипоза». Клетка. 66 (3): 601–13. Дои:10.1016/0092-8674(81)90022-2. PMID  1678319. S2CID  33965913.
• Prieschl EE, Pendl GG, Harrer NE, Baumruker T (март 1996 г.). «Мышиный гомолог TB2 / DP1, гена локуса семейного аденоматозного полипоза (FAP)». Ген. 169 (2): 215–8. Дои:10.1016/0378-1119(95)00827-6. PMID  8647449.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю., Ота Т., Нисикава Т., Ямасита Р. и др. (Январь 2006 г.). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Геномные исследования. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Shin SM, Chung YJ, Oh ST, Jeon HM, Hwang LJ, Namkoong H и др. (Июнь 2006 г.). «Молекула, взаимодействующая с HCCR-1», удаленная в полипозе 1, «играет роль супрессора опухолей в канцерогенезе толстой кишки». Гастроэнтерология. 130 (7): 2074–86. Дои:10.1053 / j.gastro.2006.03.055. PMID  16762630.