RTCB - RTCB

RTCB
Идентификаторы
Псевдонимы	RTCB, C22orf28, DJ149A16.6, FAAP, HSPC117, РНК 2 ', 3'-циклический фосфат и 5'-ОН лигаза
Внешние идентификаторы	OMIM: 613901 MGI: 106379 ГомолоГен: 36344 Генные карты: RTCB
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 22 (человек)[1] Группа 22q12.3 Начинать 32,387,582 бп[1] Конец 32,412,248 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 10 (мышь)[2] Группа 10 C1 | 10 41,81 см Начинать 85,938,637 бп[2] Конец 85,957,823 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • связывание винкулина • связывание нуклеотидов • Активность РНК-лигазы (АТФ) • активность лигазы • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание АТФ • РНК-лигазная активность • связывание ионов металлов • Связывание РНК Сотовый компонент • цитоплазма • тРНК-сплайсинговый лигазный комплекс • ядерная оболочка • мембрана эндоплазматического ретикулума • ядро клетки • нуклеоплазма • цитозоль • внутриклеточная мембраносвязанная органелла Биологический процесс • Обработка РНК • Сплайсинг тРНК посредством эндонуклеолитического расщепления и лигирования • обработка тРНК • Лигирование экзона тРНК с использованием 2 ', 3' циклического фосфата 5'-экзона в качестве источника связующего фосфата • внутриутробное эмбриональное развитие • плацентация Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	51493	28088
Ансамбль	ENSG00000100220	ENSMUSG00000001783
UniProt	Q9Y3I0	Q99LF4
RefSeq (мРНК)	NM_014306	NM_145422
RefSeq (белок)	NP_055121	NP_663397
Расположение (UCSC)	Chr 22: 32.39 - 32.41 Мб	Chr 10: 85.94 - 85.96 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

РНК 2 ', 3'-циклический фосфат и 5'-ОН лигаза это белок что у человека кодируется RTCB ген.^[5] Он находится в стрессовая гранула ячеек.^[6]

Структура

По состоянию на июнь 2019 г.^{[Обновить]}, кристаллическая структура человеческого RTCB неизвестна, но доступны модели гомологии, построенные на основе других лигаз семейства RtcB (Швейцарская модель: Q9Y3I0). Структура Pyrococcus horikoshii RtcB, который использует GTP вместо ATP, показывает два марганца (Mn²⁺) кофакторы и механизм, включающий ковалентно связанный промежуточный продукт GTP-гистидин-RtcB. Участвующий остаток, H404, консервативен в RTCB человека как H428.^[7]

Функция

Семейство белков

лигаза сплайсинга тРНК RtcB
Идентификаторы
Символ	RTCB
Pfam	PF01139
ИнтерПро	IPR001233
PROSITE	PS01288
CATH	1uc2
SCOP2	1uc2 / Объем / СУПФАМ
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

RTCB принадлежит к семейству RTCB. АТФ-зависимые РНК-лигазы, названный в честь одноименного белка в Кишечная палочка. Бактериальный RtcB действует как тРНК-лигаза, присоединяясь к разорванным стеблевым петлям в случае повреждения.^[8] Он также способен катализировать сплайсинг РНК.^[9]

Эукариотические гомологи RtcB, включая белок RTCB человека, участвуют в лигазном комплексе сплайсинга тРНК.^[10]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000100220 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000001783 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: РНК 2 ', 3'-циклический фосфат и 5'-ОН лигаза». Получено 2019-06-06.
6. Джайн С., Уилер-младший, Уолтерс Р.В., Агравал А., Барсик А., Паркер Р. (январь 2016 г.). «Гранулы стресса, модулируемые АТФазой, содержат разнообразный протеом и субструктуру». Клетка. 164 (3): 487–98. Дои:10.1016 / j.cell.2015.12.038. ЧВК  4733397. PMID  26777405.
7. Десаи К.К., Бингман К.А., Филлипс Г.Н., Рейнс Р.Т. (апрель 2013 г.). «Структуры неканонической РНК-лигазы RtcB раскрывают механизм гуанилилирования гистидина». Биохимия. 52 (15): 2518–25. Дои:10.1021 / bi4002375. ЧВК  3670941. PMID  23560983.
8. Танака Н., Шуман С. (март 2011 г.). «RtcB представляет собой РНК-лигазный компонент оперона репарации РНК Escherichia coli». Журнал биологической химии. 286 (10): 7727–31. Дои:10.1074 / jbc.C111.219022. ЧВК  3048659. PMID  21224389.
9. Танака Н., Мейнеке Б., Шуман С. (сентябрь 2011 г.). «RtcB, новая РНК-лигаза, может катализировать сплайсинг тРНК и сплайсинг мРНК HAC1 in vivo». Журнал биологической химии. 286 (35): 30253–7. Дои:10.1074 / jbc.C111.274597. ЧВК  3162383. PMID  21757685.
10. Попов Дж., Энглерт М., Вайтцер С., Шлейфер А., Межва Б., Мехтлер К. и др. (Февраль 2011 г.). «HSPC117 является важной субъединицей лигазного комплекса для сплайсинга тРНК человека». Наука. 331 (6018): 760–4. Дои:10.1126 / science.1197847. HDL:11858 / 00-001M-0000-0011-5682-B. PMID  21311021.

дальнейшее чтение

• Перес-Гонсалес А., Пасо А., Навахас Р., Сиордия С., Родригес-Франдсен А., Ньето А. (2014). «hCLE / C14orf166 связывается с DDX1-HSPC117-FAM98B в новом транскрипционно-зависимом челночном транспортном комплексе РНК». PLOS ONE. 9 (3): e90957. Дои:10.1371 / journal.pone.0090957. ЧВК  3946611. PMID  24608264.
• Ма Х, Ци М.Ю., Чжан Х, Чжан ИЛ, Ван Л, Ли ЗК и др. (Июнь 2014 г.). «HSPC117 регулируется эпигенетической модификацией и участвует в миграции клеток JEG-3». Международный журнал молекулярных наук. 15 (6): 10936–49. Дои:10.3390 / ijms150610936. ЧВК  4100190. PMID  24941254.
• Юркин Дж., Хенкель Т., Нильсен А.Ф., Минних М., Попов Дж., Кауфманн Т. и др. (Декабрь 2014 г.). «Комплекс тРНК-лигаза млекопитающих опосредует сплайсинг мРНК XBP1 и контролирует секрецию антител в плазматических клетках». Журнал EMBO. 33 (24): 2922–36. Дои:10.15252 / embj.201490332. ЧВК  4282640. PMID  25378478.

внешняя ссылка

• MetaCyc: CPLX-9136: Homo sapiens тРНК-сплайсинговый лигазный комплекс (ИДТИ: 0072669 )