SMARCE1 - SMARCE1

SMARCE1
Идентификаторы
Псевдонимы	SMARCE1, BAF57, CSS5, связанный с SWI / SNF, связанный с матрицей, актин-зависимый регулятор хроматина, подсемейство e, член 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 603111 MGI: 1927347 ГомолоГен: 37727 Генные карты: SMARCE1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 17 (человек)[1] Группа 17q21.2 Начните 40,624,962 бп[1] Конец 40,648,654 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 | 11 Д Начните 99,209,047 бп[2] Конец 99,231,017 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • Связывание ДНК • связывание с N-концом белка • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции • N-ацетилтрансферазная активность • связывание хроматина • GO: 0001948 связывание с белками • лиганд-зависимое связывание с ядерным рецептором • Связывание РНК • связывание нуклеосомной ДНК • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II Сотовый компонент • комплекс nBAF • Комплекс SWI / SNF • транскрипционный репрессорный комплекс • нуклеоплазма • ядерная хромосома • комплекс НПБАФ • ядерный хроматин • ядро клетки • макромолекулярный комплекс Биологический процесс • ремоделирование хроматина • нейрогенез • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • развитие нервной системы • АТФ-зависимое ремоделирование хроматина • разборка нуклеосом • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • ковалентная модификация хроматина • организация хроматина • позитивная регуляция транскрипции, основанной на нуклеиновых кислотах Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	6605	57376
Ансамбль	ENSG00000073584	ENSMUSG00000037935
UniProt	Q969G3	O54941
RefSeq (мРНК)	NM_003079	NM_020618
RefSeq (белок)	NP_003070 NP_003070.3	NP_065643
Расположение (UCSC)	Chr 17: 40,62 - 40,65 Мб	Chr 11: 99.21 - 99.23 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Связанный с SWI / SNF матрикс-зависимый актин-зависимый регулятор хроматина подсемейства E член 1 это белок что у людей кодируется SMARCE1 ген.^[5][6]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является частью большого АТФ-зависимого ремоделирование хроматина сложный SWI / SNF, который необходим для активации транскрипции генов, обычно репрессированных хроматином. Кодируемый белок, сам по себе или в комплексе SWI / SNF, может связываться с ДНК с 4-сторонним соединением, которая, как считается, имитирует топологию ДНК, когда она входит или выходит из нее. нуклеосома. Белок содержит ДНК-связывающий домен HMG, но нарушение этого домена не отменяет ДНК-связывающую или нуклеосомную активность комплекса SWI / SNF. В отличие от большинства белков комплекса SWI / SNF, этот белок не имеет дрожжевого аналога.^[6]

Взаимодействия

SMARCE1 был показан взаимодействовать с участием Рецептор эстрогена альфа,^[7] SMARCB1^[8][9] и SMARCA4.^[8][9]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000073584 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037935 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Ван В., Чи Т., Сюэ И, Чжоу С., Го А., Крэбтри Г. Р. (январь 1998 г.). «Архитектурное связывание ДНК с помощью высокоподвижной группы / кинезиноподобной субъединицы в комплексах млекопитающих, связанных с SWI / SNF». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (2): 492–8. Дои:10.1073 / пнас.95.2.492. ЧВК  18447. PMID  9435219.
6. «Ген Entrez: SMARCE1, связанный с SWI / SNF, связанный с матриксом, актин-зависимый регулятор хроматина, подсемейство e, член 1».
7. Беландия Б., Орфорд Р.Л., Херст ХК, Паркер М.Г. (август 2002 г.). «Нацеливание комплексов ремоделирования хроматина SWI / SNF на эстроген-чувствительные гены». Журнал EMBO. 21 (15): 4094–103. Дои:10.1093 / emboj / cdf412. ЧВК  126156. PMID  12145209.
8. Ван В., Коте Дж., Сюэ Й., Чжоу С., Хавари П.А., Биггар С.Р., Мухардт С., Калпана Г.В., Гофф С.П., Янив М., Уоркман Дж.Л., Крэбтри Г.Р. «Очистка и биохимическая гетерогенность комплекса SWI-SNF млекопитающих». Журнал EMBO. 15 (19): 5370–82. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. ЧВК  452280. PMID  8895581.
9. Чжао К., Ван В., Рандо О.Дж., Сюэ И., Свидерек К., Куо А., Крэбтри Г.Р. (ноябрь 1998 г.). «Быстрое и фосфоинозитол-зависимое связывание SWI / SNF-подобного комплекса BAF с хроматином после передачи сигналов рецептора Т-лимфоцитов». Ячейка. 95 (5): 625–36. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81633-5. PMID  9845365. S2CID  3184211.

дальнейшее чтение

• Мартенс Дж. А., Уинстон Ф. (апрель 2003 г.). «Последние достижения в понимании ремоделирования хроматина с помощью комплексов Swi / Snf». Текущее мнение в области генетики и развития. 13 (2): 136–42. Дои:10.1016 / S0959-437X (03) 00022-4. PMID  12672490.
• Ван В., Коте Дж., Сюэ Й., Чжоу С., Хавари П.А., Биггар С.Р., Мухардт С., Калпана Г.В., Гофф С.П., Янив М., Уоркман Дж.Л., Крэбтри Г.Р. «Очистка и биохимическая гетерогенность комплекса SWI-SNF млекопитающих». Журнал EMBO. 15 (19): 5370–82. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00921.x. ЧВК  452280. PMID  8895581.
• Чо Х, Орфанид Г, Сан Х, Ян X Дж, Огрызко В., Лис Э, Накатани Й, Рейнберг Д. (сентябрь 1998 г.). «Комплекс человеческой РНК-полимеразы II, содержащий факторы, изменяющие структуру хроматина». Молекулярная и клеточная биология. 18 (9): 5355–63. Дои:10.1128 / MCB.18.9.5355. ЧВК  109120. PMID  9710619.
• Фелан ML, Sif S, Narlikar GJ, Kingston RE (февраль 1999 г.). «Реконструкция основного комплекса ремоделирования хроматина из субъединиц SWI / SNF». Молекулярная клетка. 3 (2): 247–53. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80315-9. PMID  10078207.
• Xue Y, Canman JC, Lee CS, Nie Z, Yang D, Moreno GT, Young MK, Salmon ED, Wang W (ноябрь 2000 г.). «Ремоделирующий хроматин SWI / SNF-B комплекс человека связан с дрожжевым rsc и локализуется на кинетохорах митотических хромосом». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (24): 13015–20. Дои:10.1073 / pnas.240208597. ЧВК  27170. PMID  11078522.
• Decristofaro MF, Betz BL, Rorie CJ, Reisman DN, Wang W, Weissman BE (январь 2001 г.). «Характеристика экспрессии белка SWI / SNF в линиях клеток рака груди человека и других злокачественных новообразованиях». Журнал клеточной физиологии. 186 (1): 136–45. Дои:10.1002 / 1097-4652 (200101) 186: 1 <136 :: AID-JCP1010> 3.0.CO; 2-4. PMID  11147808.
• Симпсон Дж. С., Велленройтер Р., Поустка А., Пепперкок Р., Виманн С. (сентябрь 2000 г.). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO отчеты. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК  1083732. PMID  11256614.
• Като Х., Тьернберг А., Чжан В., Крутчинский А. Н., Ан В., Такеучи Т., Оцуки Ю., Сугано С., де Бруейн Д. Р., Чайт Б. Т., Рёдер Р. Г. (февраль 2002 г.). «SYT связывается с человеческими комплексами SNF / SWI, а С-концевой регион его партнера по слиянию SSX1 нацелен на гистоны». Журнал биологической химии. 277 (7): 5498–505. Дои:10.1074 / jbc.M108702200. PMID  11734557.
• Chi TH, Wan M, Zhao K, Taniuchi I., Chen L, Littman DR, Crabtree GR (июль 2002 г.). «Взаимная регуляция экспрессии CD4 / CD8 с помощью SWI / SNF-подобных комплексов BAF». Природа. 418 (6894): 195–9. Дои:10.1038 / природа00876. PMID  12110891. S2CID  4406140.
• Беландия Б., Орфорд Р.Л., Херст ХК, Паркер М.Г. (август 2002 г.). «Нацеливание комплексов ремоделирования хроматина SWI / SNF на эстроген-чувствительные гены». Журнал EMBO. 21 (15): 4094–103. Дои:10.1093 / emboj / cdf412. ЧВК  126156. PMID  12145209.
• Battaglioli E, Andrés ME, Rose DW, Chenoweth JG, Rosenfeld MG, Anderson ME, Mandel G (октябрь 2002 г.). «Репрессия REST нейронных генов требует компонентов комплекса hSWI.SNF». Журнал биологической химии. 277 (43): 41038–45. Дои:10.1074 / jbc.M205691200. PMID  12192000.
• Бейкер К.М., Вэй Г., Шаффнер А.Е., Островски М.С. (май 2003 г.). «Ets-2 и компоненты SWI / SNF млекопитающих образуют репрессорный комплекс, который негативно регулирует промотор BRCA1». Журнал биологической химии. 278 (20): 17876–84. Дои:10.1074 / jbc.M209480200. PMID  12637547.
• Китагава Х, Фудзики Р., Йошимура К., Мезаки И, Уэмацу Й, Мацуи Д., Огава С., Унно К., Окубо М, Токита А, Накагава Т, Ито Т, Ишими И, Нагасава Х, Мацумото Т, Янагисава Дж, Като С. (Июнь 2003 г.). «Комплекс WINAC, ремоделирующий хроматин, нацеливается на ядерный рецептор на промоторы и нарушается при синдроме Вильямса». Ячейка. 113 (7): 905–17. Дои:10.1016 / S0092-8674 (03) 00436-7. PMID  12837248.
• Сяо П.В., Фрайер СиДжей, Троттер К.В., Ван В., Арчер Т.К. (сентябрь 2003 г.). «BAF60a опосредует критические взаимодействия между ядерными рецепторами и комплексом ремоделирования хроматина BRG1 для трансактивации». Молекулярная и клеточная биология. 23 (17): 6210–20. Дои:10.1128 / MCB.23.17.6210-6220.2003. ЧВК  180928. PMID  12917342.
• Ву К., Боттацци М.Э., де ла Фуэнте С., Дэн Л., Гитлин С.Д., Маддукури А., Дадгар С., Ли Х., Вертес А., Пумфери А., Кашанчи Ф. (январь 2004 г.). «Белковый профиль налогово-ассоциированных комплексов». Журнал биологической химии. 279 (1): 495–508. Дои:10.1074 / jbc.M310069200. PMID  14530271.
• Миллар JK, Christie S, Porteous DJ (ноябрь 2003 г.). «Дрожжевые двухгибридные скрины задействуют DISC1 в развитии и функционировании мозга». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 311 (4): 1019–25. Дои:10.1016 / j.bbrc.2003.10.101. PMID  14623284.