SPDEF - SPDEF

SPDEF
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2DKX
Идентификаторы
Псевдонимы	SPDEF, PDEF, bA375E1.3, точечный домен SAM, содержащий фактор транскрипции ETS
Внешние идентификаторы	OMIM: 608144 MGI: 1353422 ГомолоГен: 8231 Генные карты: SPDEF
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 6 (человек)[1] Группа 6п21.31 Начните 34,537,802 бп[1] Конец 34,556,333 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 | 17 A3.3 Начните 27,714,352 бп[2] Конец 27,728,955 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • Связывание ДНК • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • последовательное связывание ДНК • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II Сотовый компонент • ядро клетки Биологический процесс • развитие многоклеточного организма • дифференциация клеток • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательная регуляция обязательств клеточной судьбы • дифференцировка бокаловидных клеток легких • развитие кишечных эпителиальных клеток • транскрипция, ДНК-шаблон • позитивная регуляция обязательств клеточной судьбы • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция апоптотического процесса • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	25803	30051
Ансамбль	ENSG00000124664	ENSMUSG00000024215
UniProt	O95238	Q9WTP3
RefSeq (мРНК)	NM_001252294 NM_012391	NM_013891 NM_001357728
RefSeq (белок)	NP_001239223 NP_036523	NP_038919 NP_001344657
Расположение (UCSC)	Chr 6: 34,54 - 34,56 Мб	Chr 17: 27.71 - 27.73 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор транскрипции Ets, содержащий точечный домен SAM это белок что у людей кодируется SPDEF ген.^[5][6][7]

PDEF представляет собой фактор транскрипции ETS, экспрессируемый в эпителиальных клетках простаты. Он действует как андроген-независимый трансактиватор экспрессии PSA (MIM 176820). [Поставляется OMIM]^[7]

Взаимодействия

SPDEF был показан взаимодействовать с участием NKX3-1.^[8]

В протеинкиназа CK2 было показано, что он контролирует стабильность PDEF.^[9]Необходим для дифференциации легочного и кишечного бокаловидные клетки.

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000124664 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024215 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Oettgen P; Палец E; Солнце Z; Акбарали Ю. Thamrongsak U; Boltax J; Grall F; Dube A; Weiss A; Коричневый L; Quinn G; Kas K; Endress G; Kunsch C; Либерманн Т.А. (февраль 2000 г.). «PDEF, новый фактор транскрипции ets, специфичный для эпителия предстательной железы, взаимодействует с рецептором андрогена и активирует экспрессию гена специфического антигена простаты». J Biol Chem. 275 (2): 1216–25. Дои:10.1074 / jbc.275.2.1216. PMID  10625666.
6. Johannessen JV; Finseth I (июль 1983 г.). «Электронные микрофотографии за пять минут». Ультраструктура Патол. 4 (1): 97–100. Дои:10.3109/01913128309140576. PMID  6857767.
7. «Ген Entrez: заостренный домен SPDEF SAM, содержащий фактор транскрипции ets».
8. Чен, Хуэй; Нанди Асит К; Ли Сян; Биберих Чарльз Дж (январь 2002 г.). «NKX-3.1 взаимодействует с Ets-фактором простаты и регулирует активность промотора PSA». Рак Res. Соединенные Штаты. 62 (2): 338–40. ISSN  0008-5472. PMID  11809674.
9. Чисхолм, Кристина; Падманабхан Ахут; Гуань Бинь; Ли Сян; Калра Симран; Биберих Чарльз Дж (2010). «Протеинкиназа СК2 регулирует стабильность Ets-фактора простаты». Открытый журнал рака. Bentham Science. 3: 109–115. Дои:10.2174/1874079001003010109.http://www.benthamscience.com/open/tocj/articles/V003/SI0022TOCJ/109TOCJ.pdf

дальнейшее чтение

• Лэнс V (1976). "Исследования годового репродуктивного цикла самок кобры, Naja naja. Сезонные колебания в плазме неорганических ионов". Сравнительная биохимия и физиология A. 53 (3): 285–9. Дои:10.1016 / S0300-9629 (76) 80037-0. PMID  2437.
• Yamada N; Tamai Y; Миямото H; Нодзаки М (2000). «Клонирование и экспрессия мышиного гена Pse, кодирующего нового члена семьи Ets». Ген. 241 (2): 267–74. Дои:10.1016 / S0378-1119 (99) 00484-9. PMID  10675039.
• Chen H; Нанди АК; Li X; Биберих CJ (2002). «NKX-3.1 взаимодействует с Ets-фактором простаты и регулирует активность промотора PSA». Рак Res. 62 (2): 338–40. PMID  11809674.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Томпсон Х. Г., Харрис Дж. У., Уолд Б. Дж. И др. (2003). «Сверхэкспрессия p62 в опухолях молочной железы и регуляция Ets-фактором простаты в клетках рака молочной железы». Онкоген. 22 (15): 2322–33. Дои:10.1038 / sj.onc.1206325. PMID  12700667.
• Фельдман Р.Дж., Семенченко В.И., Гаед М. и др. (2003). «Экспрессия Pdef при раке груди человека коррелирует с инвазивным потенциалом и измененной экспрессией генов». Рак Res. 63 (15): 4626–31. PMID  12907642.
• Мунгалл А.Дж., Палмер С.А., Симс С.К. и др. (2003). «Последовательность ДНК и анализ хромосомы 6 человека». Природа. 425 (6960): 805–11. Bibcode:2003Натура.425..805М. Дои:10.1038 / природа02055. PMID  14574404.
• Гадерсохи А., Одунси К., Леле С. и др. (2004). «Фактор транскрипции Ets, полученный из простаты, демонстрирует лучшую ассоциацию с опухолью, чем другие молекулы, связанные с раком». Онкол. Представитель. 11 (2): 453–8. Дои:10.3892 / или 11.2.453. PMID  14719083.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Chen H; Биберих CJ (2005). «Структурный и функциональный анализ доменов, опосредующих взаимодействие между NKX-3.1 и PDEF». J. Cell. Биохим. 94 (1): 168–77. Дои:10.1002 / jcb.20297. PMID  15523673. S2CID  46494570.
• Ван И, Фенг Л., Саид М. и др. (2005). «Анализ кристаллической структуры 2.0A комплекса белок-ДНК человеческого PDEF Ets домена, связанного с регуляторным сайтом специфического антигена простаты». Биохимия. 44 (19): 7095–106. Дои:10.1021 / bi047352t. PMID  15882048.
• Фаулер М., Боразанси Э., МакГи Л. и др. (2006). «RUNX1 (AML-1) и RUNX2 (AML-3) взаимодействуют с производным от простаты фактором Ets для активации транскрипции из вышележащей регуляторной области PSA». J. Cell. Биохим. 97 (1): 1–17. Дои:10.1002 / jcb.20664. PMID  16237704. S2CID  20541109.
• Gunawardane RN, Sgroi DC, Wrobel CN, et al. (2006). «Новая роль PDEF в миграции и инвазии эпителиальных клеток». Рак Res. 65 (24): 11572–80. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-05-1196. ЧВК  2919290. PMID  16357167.
• Rodabaugh KJ, Mhawech-Fauceglia P, Groth J, et al. (2007). «Фактор Ets, полученный из простаты, сверхэкспрессируется в серозных эпителиальных опухолях яичников». Int. J. Gynecol. Патол. 26 (1): 10–5. Дои:10.1097 / 01.pgp.0000225386.41244.bd. PMID  17197890. S2CID  25880565.
• Park KS, Korfhagen TR, Bruno MD, et al. (2007). «SPDEF регулирует гиперплазию бокаловидных клеток в эпителии дыхательных путей». J. Clin. Вкладывать деньги. 117 (4): 978–88. Дои:10.1172 / JCI29176. ЧВК  1810569. PMID  17347682.