Silicibacter pomeroyi - Silicibacter pomeroyi - Wikipedia

Silicibacter pomeroyi
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Протеобактерии
Учебный класс:
Alphaproteobacteria
Заказ:
Rhodobacterales
Семья:
Rhodobacteraceae
Род:
Силицибактер
Разновидность:
Silicibacter pomeroyi

González et al. 2003 г.

Silicibacter pomeroyi это разновидность Грамотрицательный, стержнеобразная, аэробная диметилсульфониопропионат -деметилирование бактерия. Типовой штамм - DSS-3.Т (= ATCC 700808Т = DSM 15171Т).[1] Muramatsu et al. 2007 год считается объединяющим Силицибактер с Ruegeria однако виды, относящиеся к первому роду, считаются фенотипически достаточно разными, чтобы оправдать их текущее таксономическое положение.[2] Его геном секвенирован.[3]

Открытие

Silicibacter pomeroyi был обнаружен у побережья восточных Соединенных Штатов в лаборатории Мэри Энн Моран, доктора философии.[4] в Университете Джорджии.

S. pomeroyi был назван в честь Лоуренса «Ларри» Помероя, морского микробиолога-эколога, который в 1974 году установил, что морские бактерии играть существенную и ключевую роль в пищевая сеть океана динамика.[5] Помрой был также исследователем в Университете Джорджии.

Геном

Геном Silicibacter pomeroyi Типовой штамм (DSS-3) был завершен в 2004 г. Длина генома составляет 4 109 442 пары оснований с мегаплазмидой длиной 491 611 пар оснований.[6]

Экология

Silicibacter pomeroyi это прибрежная океаническая бактерия из рода бактерий, обычно считающихся экологическими «универсальными».[6] Относительно большой геном S. pomeroyi, по сравнению с другими видами морских бактерий, поддерживает эту концепцию. В соответствии с этим, S.pomeroyi обладает универсальной способностью утилизировать и связывать углерод и энергию.[7]

S. pomeroyi также имеет способность деградировать диметилсульфониопропионат (DMSP), серосодержащий осмолит водорослей и используют серу для синтеза серосодержащих аминокислот. Хотя многие морские бактерии способны разлагать DMSP, гены и белки, используемые для этого, долгие годы были недоступны исследователям. Это было в S. pomeroyi что Говард и его коллеги открыли первый ген, разрушающий DMSP.[8] Этот ген (dmdA)[8] кодирует белок (DmdA), который удаляет метильную группу (-CH3) из DMSP. С тех пор белок DmdA был дополнительно охарактеризован с помощью S. pomeroyi,[9] а также транскрипционный ответ dmdA ген на присутствие DMSP[10] и разнообразие последовательности dmdA ген.[11] Этот процесс деметилирования является первым шагом на столь востребованном пути деметилирования при деградации DMSP у морских бактерий. После открытия dmdA гена, последовательность гена была использована для установления того, что более половины морских бактерий, включая бактерии как открытого океана, так и прибрежные, способны деметилировать DMSP.[12]

После открытия пути деметилирования деградации DMSP в S. pomeroyiбыл открыт альтернативный путь деградации DMSP, при котором DMSP расщепляется пополам вместо деметилирования, процесс, на который также способен S. pomeroyi.[13]

Рекомендации

  1. ^ Гонсалес, Дж. М. (2003). «Silicibacter pomeroyi sp. Nov. И Roseovarius nubinhibens sp. Nov., Диметилсульфониопропионат-деметилирующие бактерии из морской среды». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 53 (5): 1261–1269. Дои:10.1099 / ijs.0.02491-0. ISSN  1466-5026. PMID  13130004.
  2. ^ МУРАМАЦУ (Ю.), УЧИНО (Ю.), КАСАЙ (Г.), СУЗУКИ (К.) и НАКАГАВА (Ю.): Ruegeria mobilissp. nov., член группы Alphaproteobacteria, выделенной в Японии и Палау. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007,57, 1304-1309.
  3. ^ Моран, Мэри Энн; Бьюкен, Элисон; González, José M .; Гейдельберг, Джон Ф .; Уитмен, Уильям Б.; Kiene, Ronald P .; Хенриксен, Джеймс Р .; Кинг, Гэри М .; Белас, Роберт; Фукуа, глина; Бринкач, Лорен; Льюис, Мэтт; Джохри, Шивани; Уивер, Брюс; Пай, Грейс; Эйзен, Джонатан А .; Рахе, Елисей; Шелдон, Уэйд М .; Е, Венинг; Миллер, Тодд Р .; Карлтон, Джейн; Rasko, David A .; Полсен, Ян Т .; Рен, Цинху; Догерти, Шон С.; Дебой, Роберт Т .; Додсон, Роберт Дж .; Дуркин, А. Скотт; Мадупу, Рамана; Нельсон, Уильям С .; Салливан, Стивен А .; Rosovitz, M. J .; Haft, Daniel H .; Селенгут, Джереми; Уорд, Наоми (2004). «Последовательность генома Silicibacter pomeroyi показывает адаптацию к морской среде». Природа. 432 (7019): 910–913. Bibcode:2004Натура.432..910М. Дои:10.1038 / природа03170. ISSN  0028-0836. PMID  15602564.
  4. ^ «Лаборатория Морана». moranresearch.uga.edu. Получено 2016-07-29.
  5. ^ Помрой, Лоуренс Р. (1974-09-01). "Пищевая сеть океана, меняющаяся парадигма". Бионаука. 24 (9): 499–504. Дои:10.2307/1296885. ISSN  0006-3568. JSTOR  1296885.
  6. ^ а б Моран, Мэри Энн; Бьюкен, Элисон; González, José M .; Гейдельберг, Джон Ф .; Уитмен, Уильям Б.; Kiene, Ronald P .; Хенриксен, Джеймс Р .; Кинг, Гэри М .; Белас, Роберт (2004-12-16). «Последовательность генома Silicibacter pomeroyi показывает адаптацию к морской среде». Природа. 432 (7019): 910–913. Bibcode:2004Натура.432..910М. Дои:10.1038 / природа03170. ISSN  0028-0836. PMID  15602564.
  7. ^ Ньютон, Райан Дж .; Гриффин, Лаура Э .; Боулз, Кэти М .; Мейле, Кристоф; Гиффорд, Скотт; Гивенс, Кэрри Э .; Ховард, Эринн С .; Король, Эрик; Окли, Клинтон А. (01.06.2010). «Геномные характеристики универсальной морской бактериальной линии». Журнал ISME. 4 (6): 784–798. Дои:10.1038 / ismej.2009.150. ISSN  1751-7362. PMID  20072162.
  8. ^ а б Ховард, Эринн С .; Хенриксен, Джеймс Р .; Бьюкен, Элисон; Райш, Крис Р .; Бюргманн, Гельмут; Валлийский, Рори; Е, Венинг; González, José M .; Мейс, Кимберли (27 октября 2006 г.). «Бактериальные таксоны, ограничивающие приток серы из океана». Наука. 314 (5799): 649–652. Bibcode:2006Научный ... 314..649H. Дои:10.1126 / наука.1130657. ISSN  0036-8075. PMID  17068264.
  9. ^ Райш, Крис Р .; Моран, Мэри Энн; Уитмен, Уильям Б. (2008-12-01). «Диметилсульфониопропионат-зависимая деметилаза (DmdA) из Pelagibacter ubique и Silicibacter pomeroyi». Журнал бактериологии. 190 (24): 8018–8024. Дои:10.1128 / JB.00770-08. ISSN  1098-5530. ЧВК  2593244. PMID  18849431.
  10. ^ Бюргманн, Гельмут; Ховард, Эринн С .; Е, Венинг; Сунь, Фэн; Солнце, Шулей; Напирала, Сара; Моран, Мэри Энн (2007-11-01). «Транскрипционный ответ Silicibacter pomeroyi DSS-3 на диметилсульфониопропионат (DMSP)». Экологическая микробиология. 9 (11): 2742–2755. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2007.01386.x. ISSN  1462-2920. PMID  17922758.
  11. ^ Varaljay, Vanessa A .; Ховард, Эринн С .; Солнце, Шулей; Моран, Мэри Энн (2010-01-15). «Глубокое секвенирование диметилсульфониопропионат-деградирующего гена (dmdA) с использованием пар праймеров для ПЦР, разработанных на основе морских метагеномных данных». Прикладная и экологическая микробиология. 76 (2): 609–617. Дои:10.1128 / AEM.01258-09. ISSN  0099-2240. ЧВК  2805212. PMID  19948858.
  12. ^ Ховард, Эринн С .; Солнце, Шулей; Бирс, Эрин Дж .; Моран, Мэри Энн (2008-09-01). «Обильные и разнообразные бактерии, участвующие в деградации DMSP в морских поверхностных водах». Экологическая микробиология. 10 (9): 2397–2410. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2008.01665.x. ISSN  1462-2920. PMID  18510552.
  13. ^ Тодд, Джонатан Д.; Роджерс, Рэйчел; Ли, Ю Го; Векслер, Маргарет; Бонд, Филип Л .; Вс, лей; Curson, Эндрю Р. Дж .; Малин, Гилл; Стейнке, Майкл (2007-02-02). «Структурные и регулирующие гены, необходимые для производства газового диметилсульфида в бактериях». Наука. 315 (5812): 666–669. Bibcode:2007Наука ... 315..666Т. Дои:10.1126 / science.1135370. ISSN  0036-8075. PMID  17272727.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка