Программное обеспечение для визуализации Sirius - Sirius visualization software
| Разработчики) | Суперкомпьютерный центр Сан-Диего |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 1.2 / 18 ноября 2008 г. |
| Операционная система | Кроссплатформенность: Windows, Linux, macOS |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | Проприетарный бесплатное ПО для академических, некоммерческих |
| Интернет сайт | Сириус |
Сириус это молекулярное моделирование и система анализа разработана в Суперкомпьютерный центр Сан-Диего. Sirius разработан с учетом требований продвинутых пользователей, выходящих за рамки простого отображения небольших молекулы и белки. Sirius поддерживает высококачественные интерактивные 3D графика, строение конструкции, отображение белок или ДНК первичные последовательности, доступ к удаленным источникам данных и визуализация молекулярная динамика траектории. Его можно использовать для научная визуализация и анализ, и химия и биология инструкция.
Ключевая особенность
Sirius поддерживает множество приложений с набором функций, включая:
- Построение и редактирование химических структур с использованием библиотеки фрагментов
- Белковая структура и выравнивание последовательностей
- Интерпретатор командной строки и поддержка сценариев полностью совместимы с существующими РасМол скрипты
- Полная поддержка молекулярная динамика визуализация траектории
- ВЗРЫВ искать прямо в Банк данных белков и Uniprot базы данных
- Возможность перемещать части загруженных данных при замораживании остальных
- Интерактивный расчет водородная связь, стерические коллизии, Сюжеты Рамачандрана
- Поддержка всех основных форматов структур и последовательностей
- В комплекте Пов-луч для создания фотореалистичных изображений
- Интегрированный выбор и раскраска отдельных компонентов визуализации
Sirius основан на коде молекулярной графики и структурах данных, разработанных как часть набора инструментов для молекулярной биологии.[1]
RasMol-совместимые скрипты
Sirius имеет интерпретатор командной строки, который можно использовать для быстрого управления внешним видом и ориентацией конструкции. Набор команд составлен по образцу РасМол, поэтому он полностью совместим с существующими скриптами. Добавленные команды, представленные в Sirius, обеспечивают поддержку управления несколькими структурами, загруженными одновременно, и обеспечивают более гибкий выбор.
Существующие сценарии RasMol можно импортировать и запускать в Sirius для создания высококачественных представлений закодированных молекулярных сцен. Поскольку RasMol использует систему координат, отличную от системы Sirius, внутреннее преобразование выполняется при импорте сценариев RasMol, поэтому любые изменения ориентации отображаются правильно. Однако любые вводимые вручную команды выполняются в соответствии с системой координат Сириуса.[2]
Sirius поддерживает несколько предопределенных наборов атомных остатков и цветовых схем, позволяет редактировать сценарии с помощью интерфейса командной панели, а логические операторы и скобки могут использоваться для создания сложных команд выбора.
Визуализация траекторий молекулярной динамики
Sirius содержит полнофункциональный компонент визуализации молекулярной динамики (МД). Он может читать выходные файлы из ЯНТАРЬ и Очарование моделирование, включая сжатые файлы и файлы AMBER out. RMSD изменения вдоль траектории могут быть рассчитаны с использованием определяемых пользователем подмножеств атомов и отображены на интерактивно обновляемом графике. Чтобы уменьшить требования к памяти, большие многофайловые модели могут загружаться в буферизованном режиме. Если моделирование включает изменения в белок сложить, Sirius можно настроить для отслеживания и пересчета отображаемых вторичная структура функции в реальном времени, что обеспечивает удобный способ наблюдать за преобразованиями конструкции. Полную траекторию или выбранные кадры можно экспортировать как QuickTime видео или набор Пов-луч снимки сцены, которые впоследствии можно преобразовать в высококачественный фильм.
Доступ и загрузка
Sirius бесплатно распространяется с веб-сайта проекта среди лиц, связанных с академическими и некоммерческими организациями.[3] Установщики собственных настольных приложений доступны для Windows, Linux, и macOS. Сайт проекта содержит не только загрузки, но и Sirius. справочная система, учебные пособия и скриншоты.
Смотрите также
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список систем молекулярной графики
- Редактор молекул
- Молекулярное моделирование
- Молекулярная графика
- Молекулярная динамика