Воздействие растворителя - Solvent exposure

Воздействие растворителя происходит, когда химический, материал или человек вступает в контакт с растворитель. Химические вещества могут быть растворены в растворителях, таких материалах, как полимеры могут химически разлагаться растворителями, и у людей могут развиваться определенные недуги от воздействия растворителей как органических, так и неорганических.

Некоторые распространенные растворители включают ацетон, метанол, тетрагидрофуран, диметилсульфоксид, и воды среди бесчисленного множества других.

В биологии воздействие растворителя из аминокислота в белок измеряет, насколько аминокислота доступна для растворитель (обычно воды ) вокруг белка. Вообще говоря, гидрофобный аминокислоты будут похоронены внутри белка и, таким образом, защищены от растворителя, в то время как гидрофильный аминокислоты будут находиться близко к поверхности и, таким образом, будут подвержены действию растворителя. Однако, как и во многих биологических правилах, распространены исключения, и часто обнаруживается, что гидрофильные остатки скрыты в природной структуре и наоборот.

Воздействие растворителей можно численно описать несколькими способами, наиболее популярными из которых являются: доступная площадь поверхности и относительная доступная площадь поверхности. Другие меры, например:

• Контактный телефон: число соседей аминокислоты в сфере вокруг аминокислоты.
• Глубина остатка: расстояние аминокислоты до молекулярной поверхности.
• Экспозиция полусферы: число соседей аминокислоты в пределах двух полусфер вокруг аминокислоты.

Рекомендации

Ли Б., Ричардс Ф. (1971) Интерпретация белковых структур: оценка статической доступности. J. Mol. Биол. 55: 379-400

Грир Дж., Буш Б. (1978) Макромолекулярная форма и карты поверхности путем исключения растворителя. Proc. Natl. Акад. Sci. США 75: 303-307.

Коннолли М. (1983) Доступные для растворителей поверхности белков и нуклеиновых кислот. Наука 221: 709-713

Чакраварти С., Варадараджан Р. (1999) Глубина остатка: новый параметр для анализа структуры и стабильности белка.. Сгиб структуры. Des. 7: 723-732.

Пинтар А, Каруго О, Понгор С. (2003) Глубина атома в структуре и функции белка. Trends Biochem. Sci. 28: 593-597.

Хамелрик Т. (2005) У аминокислоты есть две стороны: новая двухмерная мера позволяет по-другому взглянуть на воздействие растворителя.. Proteins Struct. Func. Bioinf. 59: 38-48.