Канал субстрата - Substrate channeling

Канал субстрата это прохождение промежуточного продукта метаболизма одного фермент непосредственно к другому ферменту или активный сайт без выхода его в раствор. Когда несколько последовательных ферментов канала метаболического пути находятся между собой, это называется метаболон. Ченнелинг может сделать метаболический путь более быстрым и эффективным, чем если бы ферменты были распределены случайным образом в цитозоль, или предотвратить выпуск нестабильных промежуточных продуктов.[1] Он также может защитить промежуточный продукт от потребления конкурирующими реакциями, катализируемыми другими ферментами.

Направление может происходить несколькими способами. Одна возможность, которая возникает в пируватдегидрогеназный комплекс, заключается в том, что подложка прикрепляется к гибкому рычагу, который перемещается между несколькими активными участками (маловероятно).[2] Другая возможность состоит в том, что два активных центра соединяются туннелем через белок и субстрат, движущийся через туннель; это видно в триптофансинтаза.[1] Третья возможность заключается в том, что заряженная область на поверхности фермента действует как путь или «электростатический путь» для направления субстрата, имеющего противоположный заряд, от одного активного сайта к другому. Это видно в бифункциональном ферменте дигидрофолатредуктаза -тимидилатсинтаза.[3] Сообщалось также о канализации аминоацил-тРНК для синтеза белка in vivo.[4]

Наличие канала в структуре фермента - довольно распространенная особенность, так как более 68% ферментов имеют каналы доступа к активным сайтам.[5] Каналы ферментов можно идентифицировать и охарактеризовать по MOLEonline программного обеспечения.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Хуанг X, Холден HM, Raushel FM (2001). «Каналирование субстратов и промежуточных продуктов в ферментативно-катализируемых реакциях». Анну. Преподобный Biochem. 70: 149–80. Дои:10.1146 / annurev.biochem.70.1.149. PMID  11395405.
  2. ^ Перхам Р.Н. (2000). «Качающиеся рычаги и качающиеся домены в многофункциональных ферментах: каталитические машины для многоступенчатых реакций». Анну. Преподобный Biochem. 69: 961–1004. Дои:10.1146 / annurev.biochem.69.1.961. PMID  10966480.
  3. ^ Майлз Э. У., Ри С., Дэвис Д. Р. (апрель 1999 г.). «Молекулярные основы субстратного каналирования». J. Biol. Chem. 274 (18): 12193–6. Дои:10.1074 / jbc.274.18.12193. PMID  10212181.
  4. ^ Негруцкий Б.С.; Дойчер М.П. (1991). «Направление аминоацил-тРНК для синтеза белка in vivo». Proc. Natl. Акад. Sci. Соединенные Штаты Америки. 88 (11): 4991–5. Дои:10.1073 / pnas.88.11.4991. ЧВК  51793. PMID  2052582.
  5. ^ Правда Л .; Берка К .; Свободова Варекова Р; Banas P .; Ласковски Р.А .; Koca J .; Отепка М. (2014). «Анатомия ферментных каналов». BMC Bioinformatics. 15: 379. Дои:10.1186 / s12859-014-0379-x. ЧВК  4245731. PMID  25403510.