Номенклатура символов для гликанов - Symbol Nomenclature For Glycans

Цветовой код моносахаридов в номенклатуре символов для гликанов (SNFG)

В Номенклатура символов для гликанов (ОЯТ)[1] это разработанный сообществом стандарт для описания простых моносахариды и сложный углеводы (гликаны ) с использованием различных геометрических фигур с цветовой кодировкой и определенных текстовых добавлений.[2][3] Он размещен Национальный центр биотехнологической информации на странице NCBI-Glycans.[4] Его курируют международные группы исследователей в этой области, которые вместе называются Группой обсуждения SNFG. Общая цель SNFG:

  1. Облегчить общение и презентации моносахаридов и гликанов для исследователей в области гликонаук, а также для ученых и студентов, менее знакомых с этой областью.
  2. Обеспечьте единообразное использование номенклатуры в литературе, что поможет обеспечить научную точность в журналах и онлайн-публикациях.
  3. Продолжить разработку SNFG и его приложений для более широкого использования научным сообществом.

Описание и примеры

SNFG состоит из таблицы, в которой представлены символы с цветовой кодировкой для различных моносахаридов, которые обычно встречаются в природе. Он также включает набор сносок, которые описывают правила визуализации гликанов, в том числе рекомендации по изменению базового набора символов, изображенных в таблице. Эти сноски разделены на 10 тем, которые содержат упрощенные рекомендации по: i. общее использование ОЯТ; II. CMYK / RGB цветовые коды; iii. цвета и формы символов; iv. кольцевые конфигурации; v. представление связи облигаций; vi. сиаловые кислоты; vii. гликановые модификации; viii. амино-замены; ix. обработка неоднозначных или частично определенных гликанов; и х. изображение негликановых сущностей с использованием визуализации SNFG. Более подробная информация доступна на главной странице SNFG,[1] который периодически обновляется дополнительными направлениями.

Избранные примеры использования ОЯТ

Моносахариды могут быть связаны вместе для описания сложных углеводных структур или гликаны. Более исчерпывающие случаи для млекопитающее виды, другие эукариоты, растения и микробы рассматриваются на главной странице SNFG.[1]

Программного обеспечения

Для поддержки реализации SNFG сообществом было разработано несколько программных инструментов, включая:

  1. ГликоГлиф: Инструмент для рисования и именования гликанов с открытым исходным кодом, который позволяет рисовать гликаны в формате SNFG с использованием графического пользовательского интерфейса или по именам в формате линейной номенклатуры CFG. При отрисовке структур приложение создает как линейное имя CFG, так и GlycoCT, который, в свою очередь, можно использовать для получения идентификационных номеров GlyTouCan для гликана.[5]
  2. 3D-SNFG: Для мультипликационного представления SNFG в атомарных моделях углеводов. Здесь моносахариды изображены в виде больших фигур или значков с центром в кольцах.[6]
  3. DrawGlycan-SNFG: для преобразования сжатых строк IUPAC для создания рисунков гликанов и гликопептидов. Фрагментация связи, гликановые дескрипторы и другие углеводные модификации могут быть включены с использованием строковых входов.[7]
  4. GlycanBuilder2: автономная версия GlycanBuilder, которая поддерживает расширенную номенклатуру SNFG.[8]
  5. Sugarsketcher: Интуитивно понятный веб-инструмент перетаскивания для рендеринга изображений SNFG.[9]

Номенклатура SNFG также была принята в качестве стандарта в основных базах данных и журналах в области биомедицинских наук.

История

В 1978 г. Стюарт Корнфельд и коллеги из Медицинской школы Вашингтонского университета представили систему для символического представления гликанов позвоночных.[10] Эта система приобрела популярность, когда она была реализована в качестве основного метода представления гликанов в учебнике NCBI Essentials of Glycobiology под редакцией Аджит Варки (Калифорнийский университет, Сан-Диего) и его коллеги.[11] В то время как в первом издании этого текста, опубликованном в 1999 г., использовались черно-белые символы, аналогичные системе Корнфельда, цвет был введен во втором издании текста (2009 г.). Преимущество цвета заключается в том, что теперь различные стереоизомеры моносахаридов можно было изобразить с использованием одной и той же формы, только с разными цветами. Система представления углеводов была принята и широко распространена многими, включая финансируемую NIGMS Консорциум функциональной гликомики, и поэтому часто упоминается как «Номенклатура CFG». Это цветовое представление было значительно расширено в третьем издании текста, чтобы включить 49 новых моносахаридов, которые появляются в основном у беспозвоночных, микробов и растений. В эту реализацию были включены материалы и рекомендации ряда ученых, помимо редакторов учебника Essentials, а выпуск расширенной системы символов гликанов был скоординирован с ИЮПАК Комитет по номенклатуре углеводов. Для долгосрочной разработки этой номенклатуры символов и стандартизации представления гликанов в гликонауках в 2015 году редакторы Essentials предложили официально назвать это представление SNFG («Номенклатура символов для гликанов»), а дальнейшую разработку поручить мировому сообществу. ученых. Чтобы способствовать этому развитию, каждый из символов моносахаридов SNFG был связан с PubChem записи в NCBI / NLM и специальный веб-сайт в NCBI для будущих обновлений SNFG.[1] Таким образом, разработкой SNFG в настоящее время занимается международное сообщество ученых, которое называется дискуссионной группой SNFG.

Рекомендации

  1. ^ а б c d «Номенклатура символов гликанов (SNFG) - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 19 августа 2019.
  2. ^ Варки, А; Каммингс, РД; Аэби, М; Пакер, штат Нью-Хэмпшир; Seeberger, PH; Esko, JD; Стэнли, П.; Hart, G; Дарвилл, А; Киношита, Т; Престегард, JJ; Schnaar, RL; Заморозить, HH; Marth, JD; Бертоцци, CR; Etzler, ME; Франк, М; Vliegenthart, JF; Lütteke, T; Perez, S; Болтон, Э; Радд, П; Полсон, Дж; Канехиса, М; Тукач, П; Аоки-Киношита, KF; Dell, A; Наримацу, H; Йорк, Вт; Танигучи, N; Корнфельд, S (декабрь 2015 г.). «Номенклатура символов для графических представлений гликанов». Гликобиология. 25 (12): 1323–4. Дои:10.1093 / glycob / cwv091. ЧВК  4643639. PMID  26543186.
  3. ^ Ниламегам, S; Аоки-Киношита, К; Болтон, Э; Франк, М; Лисачек, Ф; Lütteke, T; О'Бойл, Н. Пакер, Н; Стэнли, П.; Тукач, П; Варки, А; Вудс, RJ; Дискуссия SNFG, группа. (11 июня 2019 г.). «Обновления в рекомендациях по номенклатуре символов для гликанов (SNFG)». Гликобиология. 29 (9): 620–624. Дои:10.1093 / glycob / cwz045. ЧВК  7335484. PMID  31184695.
  4. ^ «NCBI-Гликаны». ncbi.nlm.nih.gov. Получено 19 августа 2019.
  5. ^ Mehta, AY; Каммингс, Р. Д. (14 марта 2020 г.). «GlycoGlyph: приложение для визуализации, рисования и именования гликанов». Биоинформатика (Оксфорд, Англия). Дои:10.1093 / биоинформатика / btaa190. PMID  32170934.
  6. ^ Thieker, DF; Hadden, JA; Шультен, К; Вудс, Р. Дж. (Август 2016 г.). «Трехмерная реализация номенклатуры символов для графического представления гликанов». Гликобиология. 26 (8): 786–7. Дои:10.1093 / glycob / cww076. ЧВК  5018049. PMID  27514939.
  7. ^ Cheng, K; Чжоу, Y; Neelamegies, S (15 марта 2017 г.). «DrawGlycan-SNFG: надежный инструмент для визуализации гликанов и гликопептидов с информацией о фрагментации». Гликобиология. 27 (3): 200–205. Дои:10.1093 / glycob / cww115. ЧВК  6410959. PMID  28177454.
  8. ^ Цучия, S; Аоки, НП; Синмачи, D; Мацубара, М; Ямада, я; Аоки-Киношита, К.Ф. Наримацу, Х (5 июня 2017 г.). «Реализация GlycanBuilder для отрисовки разнообразных неоднозначных гликанов». Исследование углеводов. 445: 104–116. Дои:10.1016 / j.carres.2017.04.015. PMID  28525772.
  9. ^ Alocci, D; Сучанкова, П; Коста, Р; Горы, Н; Мариетоз, Дж; Варжекова, РС; Тукач, П; Лисачек, Ф (5 декабря 2018 г.). «SugarSketcher: быстрое и интуитивно понятное онлайн-рисование гликанов». Молекулы (Базель, Швейцария). 23 (12): 3206. Дои:10.3390 / молекул 23123206. ЧВК  6320881. PMID  30563078.
  10. ^ Корнфельд, S; Ложь; Табас, I (10 ноября 1978 г.). "Синтез олигосахаридов сложного типа. II. Характеристика промежуточных продуктов обработки в синтезе сложных олигосахаридных единиц белка G вируса везикулярного стоматита". Журнал биологической химии. 253 (21): 7771–8. PMID  212435.
  11. ^ "Основы гликобиологии, 3-е изд.". Лабораторный пресс Колд Спринг-Харбор. 2015 г.. Получено 19 августа 2019.

внешняя ссылка