TM6SF2 - TM6SF2
TM6SF2 трансмембранный ген 6 суперсемейства 2 человека, который кодирует белок с таким же названием. Этот ген иначе называют KIAA1926.[5] Его точное назначение в настоящее время неизвестно.
Место расположения
TM6SF2 расположен на хромосома 19 именно в локусе 19p13.3-p12. Он фланкирован SUGP1 (белок, содержащий домен SURP и G-Patch, который, как считается, играет роль в сплайсинге пре-мРНК. [5]) и HAPLN4 (гиалуронан и протеогликан, связывающий белок 4, который связывается с гиалуроновой кислотой и может участвовать в образовании внеклеточного матрикса. [5]) гены выше и ниже по течению соответственно.[6]
Эволюционные аспекты
Ортологи
TM6SF2 - умеренно консервативный ген. Ортологи существуют в нескольких типах, разошедшихся до беспозвоночных. 82 организма были идентифицированы как имеющие ортологи этого гена. Наиболее далекие ортологи TM6SF2 находятся у рыбок данио (Данио Рерио) и оленьего клеща (Ixodes scapularis).[6] Ниже представлена сводная таблица некоторых ортологов генов, полученных из базы данных NCBI.
| Научное название | Распространенное имя | Дата расхождения (MYA) | NCBI [6] инвентарный номер | Длина последовательности | Процент идентичности | Процент сходства |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Человек | 0 | NP_001001524.2 | 377 | 100 | 100 |
| Пан троглодиты | Шимпанзе | 6.3 | XP_001140342.2 | 377 | 99 | 99 |
| Mus musculus | Мышь | 92.3 | XP_003125904 | 378 | 79 | 87 |
| Ceratotherium simum simum | Южный белый носорог | 94.2 | XP_004422975.1 | 376 | 89 | 92 |
| Capra hircus | Козел | 94.2 | XP_005682141.1 | 343 | 89 | 86 |
| Myotis davidii | Мышиноухая летучая мышь | 94.2 | XP_006778388.1 | 338 | 86 | 91 |
| Mustela putorius furo | Домашний хорек | 94.2 | XP_004760922.1 | 376 | 84 | 89 |
| Vicugna pacos | Альпака | 94.2 | XP_006199087.1 | 376 | 84 | 89 |
| Обыкновенная волчанка | Собака | 94.2 | XP_852125.1 | 376 | 83 | 89 |
| Orcinus orca | Косатка | 94.2 | XP_004277546.1 | 376 | 82 | 88 |
| Bos taurus | Корова | 94.2 | XP_005208509.1 | 376 | 74 | 80 |
| Loxodonta africana | Африканский слон саванны | 98.7 | XP_003413566.1 | 377 | 90 | 93 |
| Аллигатор миссисипиенс | Американский аллигатор | 296 | XP_006271093.1 | 346 | 67 | 79 |
| Офиофаг ханна | Королевская кобра | 296 | ETE70999 | 292 | 25.3 | ? |
| Gallus gallus | Курица | 296 | XP_423447.3 | 374 | 62 | 74 |
| Falco peregrinus | Сапсан | 296 | XP_005244205.1 | 376 | 59 | 73 |
| Xenopus tropicalis | Западно-когтистая лягушка | 371.2 | XP_004760922.1 | 375 | 58 | 74 |
| Данио Рерио | Данио | 400.1 | NP_001074130 | 374 | 44.3 | ? |
| Latimeria chalumnae | Coelocanth | 414.9 | XP_005989673.1 | 327 | 63 | 75 |
| Ixodes scapularis | Олень клещ | 782.7 | XP_002406440.1 | 113 | 45.1 | ? |
Паралоги
TM6SF1 был идентифицирован как паралог TM6SF2 у человека [6] о которых мало что известно.
Гомологические домены
Домен с неизвестной функцией DUF2781 высококонсервативен среди гомологов. DUF2781 относится к pfam10914 семейство, которое включает в себя не охарактеризованные эукариотические белки, некоторые из которых являются мембранными белками [6]
мРНК
Продукт РНК имеет длину 1483 пары оснований и альтернативно сплайсируется с получением семи различных изоформы (альтернативные мРНК a - f с формой a являются наиболее распространенными) с различными комбинациями 10 идентифицированных экзонов.[7] МикроРНК miR-1343 связывается с сайтом 3 ’UTR, называемым 7mer-m8 (как предсказано TargetScan[8]).
Шаблоны складывания
Области 5 'и 3' UTR мРНК показывают некоторые стержень петля формирование для стабильности. Большая часть этой химии, по-видимому, происходит в 5'-области, которая имеет три стволовых петли, по сравнению с 3'-областью только с одной.[9]
Экзоны и интроны
Есть десять разных экзоны а выраженные зависят от того, как протекает альтернативная сварка. Есть четыре альтернативы полиаденилирование сайты присутствуют.[7]
Регион промоутера
Промотор для этого гена расположен выше по течению и охватывает основания с 19383923 по 19384700 (длиной 778 п.н.) на минусовой цепи хромосомы 19. Существует несколько факторы транскрипции способны связываться с этой областью промотора, включая лагерь белок, связывающий чувствительный элемент, SMAD3, KLF3, EGR1, SOX /SRY, PAX2 /PAX5[10] также были идентифицированы две области SNP.[11] Факторы транскрипции, которые предположительно связываются с промотором TM6SF2, предполагают, что этот белок в меньшей степени участвует в росте и регуляции опухолей, а также в определении пола.
Протеин
Белок TM6SF2 содержит 377 аминокислот и имеет размер 42,554 Да с изоэлектрической точкой около 7,7.[12]
Домены и мотивы
Существует домен с неизвестной функцией, DUF2781 (семейство pfam10914), охватывающий аминокислоты с 218 по 359 на С-конце белка.[6]Есть девять трансмембранный регионы в этом белке. Первый содержит сигнальный пептид, который в конечном итоге расщепляется после локализации белка в ER. Конечная последовательность KHHQ представляет собой сигнал удерживания в эндоплазматическом ретикулуме.[13]
Вторичная структура
Несколько альфа спирали а бета-нити образуются зрелым белком, имеющим до тринадцати спиралей (включая трансмембранные спирали) и пятнадцать бета-листы предсказано.[14]
Структура 3 ° и 4 °
Боковые группы белка в этом белке не обязательно взаимодействуют таким образом, чтобы образовывать третичные и четвертичные структуры. Предполагается, что присутствующие цистеины не образуют стабильные дисульфидные связи.[15]
Посттрансляционные модификации
Происходят две основные посттрансляционные модификации; фосфорилирование на сайтах тирозина, серина и триптофана и на двух сайтах сумоилирования с низкой вероятностью.[16]
Паттерны выражения
У людей экспрессия TM6SF2 была документально подтверждена на взрослой стадии только в кишечнике и печени в умеренных количествах, а также в эмбриональной ткани и яичниках на низких уровнях. Другие источники указывают на экспрессию в головном мозге, легких, яичках, желудке, сердце, толстой кишке, почках и жировой ткани.[17]
Исследования субклеточной локализации белка с помощью конфокальной микроскопии продемонстрировали, что TM6SF2 локализуется в эндоплазматическом ретикулуме и промежуточном компартменте ER-Golgi клеток печени человека.[18]
Белковые взаимодействия
До сих пор не было установлено никаких известных межбелковых взаимодействий.[19][20][21]
Клиническое значение
В исследовании, в котором использовались готовые наборы для прогнозирования отторжения сердечного аллотрансплантата с использованием только периферической крови, отторжение трансплантата было связано со снижением уровней экспрессии TM6SF2 наряду с другими генами.[22]
А вариант Ген TM6SF2 вызывает восприимчивость к неалкогольная жировая болезнь печени из-за нарушения выработки липопротеинов очень низкой плотности (ЛПОНП) 14.[23]
TM6SF2 ингибирование было связано со сниженной секрецией липопротеинов, богатых ТГ (TRL), и с увеличением клеточной концентрации ТГ и содержания липидных капель, тогда как TM6SF2 сверхэкспрессия снижает стеатоз клеток печени. TM6SF2 является регулятором метаболизма жиров в печени, оказывая противоположное воздействие на секрецию TRL и содержание липидных капель в печени.[18]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000213996 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000036151 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б c Веб-сайт GeneCards® The Human Database Compendium https://www.genecards.org/
- ^ а б c d е ж Национальный центр биотехнологической информации, веб-сайт Национальной медицинской библиотеки США https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- ^ а б Национальный центр биотехнологической информации, веб-сайт Национальной медицинской библиотеки США. Программа AceView.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/IEB/Research/Acembly/
- ^ Agarwal V, Bell GW, Nam JW, Bartel DP (август 2015 г.). «Предсказание эффективных сайтов-мишеней микроРНК в мРНК млекопитающих». eLife. 4: e05005. Дои:10.7554 / eLife.05005. ЧВК 4532895. PMID 26267216.
- ^ Веб-сервер mfold: 1995-2014, Майкл Цукер и Ник Маркхэм, © Политехнический институт Ренсселера. Организатор - Институт RNA, Колледж искусств и наук Государственного университета Нью-Йорка в Олбани.http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/RNA-Folding-Form
- ^ Программа Genomatix Gene2Promoter. http://www.genomatix.de/
- ^ Национальный центр биотехнологической информации, веб-сайт Национальной медицинской библиотеки США. SNP: программа GeneView.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
- ^ Интернет-программа San Diego Super Computer (SDSC) Biology Workbench. Программа оценки белка SAPS.http://workbench.sdsc.edu/
- ^ Петерсен Т.Н., Брунак С., фон Хейне Г., Нильсен Н. (сентябрь 2011 г.). «SignalP 4.0: отличия сигнальных пептидов от трансмембранных областей». Методы природы. 8 (10): 785–6. Дои:10.1038 / nmeth.1701. PMID 21959131. S2CID 16509924.
- ^ Интернет-программа San Diego Super Computer (SDSC) Biology Workbench. Программа CHOFAS.
- ^ Программа DISULFIND: Черони, А. Пассерини, А. Вулло и П. Фраскони. DISULFIND: сервер прогнозирования состояния дисульфидной связи и связи с цистеином, Nucleic Acids Research, 34 (выпуск веб-сервера): W177 - W181, 2006.http://disulfind.dsi.unifi.it/
- ^ Портал ресурсов по биоинформатике ExPASy. Инструмент протеомики. http://expasy.org/proteomics
- ^ Национальный центр биотехнологической информации, веб-сайт Национальной медицинской библиотеки США. Профили GEO.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles
- ^ а б Mahdessian H, Taxiarchis A, Popov S, Silveira A, Franco-Cereceda A, Hamsten A, Eriksson P, van't Hooft F (июнь 2014 г.). «TM6SF2 - регулятор жирового обмена в печени, влияющий на секрецию триглицеридов и содержание липидных капель в печени». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 111 (24): 8913–8. Дои:10.1073 / pnas.1323785111. ЧВК 4066487. PMID 24927523.
- ^ Программа MINT «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2006-05-06. Получено 2011-05-09.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
- ^ Программа IntAct http://www.ebi.ac.uk/intact/
- ^ Программа STRING http://string.embl.de/
- ^ Патентное бюро США. Предикторы отторжения трансплантата определяются профилированием экспрессии генов в периферической крови. Номер публикации; US8053182 B2. Тип публикации; Грант. Номер заявления; США 10 / 587,569. Номер РСТ; PCT / US2005 / 002697. Дата публикации; 8 ноября 2011 г. Изобретатели; Томас Каппола, Джонатан А. Эпштейн.
- ^ Козлитина Дж., Смагрис Э., Стендер С., Нордестгаард Б.Г., Чжоу Х.Х., Тибьорг-Хансен А., Фогт Т.Ф., Хоббс Х.Х., Коэн Дж.С. (апрель 2014 г.). «Исследование ассоциации в масштабе всего экзома выявляет вариант TM6SF2, который дает предрасположенность к неалкогольной жировой болезни печени». Природа Генетика. 46 (4): 352–6. Дои:10.1038 / нг.2901. ЧВК 3969786. PMID 24531328.