Рибопереключатель тетрагидрофолата - Tetrahydrofolate riboswitch

Рибопереключатель тетрагидрофолата
THF-riboswitch.svg
Консенсусная вторичная структура тетрагидрофолатных (ТГФ) рибопереключателей
Идентификаторы
СимволРибопереключатель THF
РфамRF01831
Прочие данные
РНК типRiboswitch
Домен (ы)Clostridiales, Лактобациллы
PDB структурыPDBe

Рибопереключатели с тетрагидрофолатом являются классом гомологичный РНК в определенных бактерии это связывает тетрагидрофолат (THF).[1] Он почти исключительно расположен в вероятных 5 'непереведенные регионы из белок -кодирование гены, и известно, что большинство этих генов кодируют либо фолиевая кислота транспортеры или же ферменты участвует в фолиевой кислоте метаболизм. По этим причинам был сделан вывод, что РНК функционируют как рибопереключатели. Рибопереключатели ТГФ встречаются во множестве Фирмикуты в частности заказы Clostridiales и Лактобациллы и, реже, в других линиях бактерий. Рибопереключатель THF был одной из многих консервативных структур РНК, обнаруженных в проекте, основанном на сравнительной геномике.[2] Трехмерная структура тетрагидрофолатного рибопереключателя была определена отдельными группами с помощью рентгеновской кристаллографии.[3][4] Эти структуры были помещены в Банк данных белков под номерами 3SD1 и 3SUX, а другие записи содержат варианты.

Рекомендации

  1. ^ Эймс Т.Д., Родионов Д.А., Вайнберг З., Брейкер Р.Р. (июль 2010 г.). «Класс эубактериальных рибопереключателей, которые распознают кофермент тетрагидрофолат». Chem. Биол. 17 (7): 681–685. Дои:10.1016 / j.chembiol.2010.05.020. ЧВК  3417113. PMID  20659680.
  2. ^ Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК  2864571. PMID  20230605.
  3. ^ Хуанг Л., Ишибе-Мураками С., Патель Д. Д., Серганов А. (сентябрь 2011 г.). «Дальнодействующие взаимодействия псевдоузлов диктуют регуляторный ответ в тетрагидрофолатном рибопереключателе». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 108 (36): 14801–14806. Дои:10.1073 / pnas.1111701108. ЧВК  3169164. PMID  21873197.
  4. ^ Trausch JJ, Ceres P, Reyes FE, Batey RT (октябрь 2011 г.). «Структура рибопереключателя, чувствительного к тетрагидрофолатам, выявляет два сайта связывания лиганда в одном аптамере». Структура. 19 (10): 1413–1423. Дои:10.1016 / j.str.2011.06.019. ЧВК  3196276. PMID  21906956.

внешняя ссылка