UPF1 - UPF1

UPF1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2GJK, 2ГК6, 2ГК7, 2IYK, 2WJV, 2WJY, 2XZO, 2XZP
Идентификаторы
Псевдонимы	UPF1, HNORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, РНК-геликаза и АТФаза, РНК-геликаза UPF1 и АТФаза
Внешние идентификаторы	OMIM: 601430 MGI: 107995 ГомолоГен: 2185 Генные карты: UPF1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 19 (человек)[1] Группа 19п13.11 Начинать 18,831,938 бп[1] Конец 18,868,236 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 B3.3 | 8 34,15 см Начинать 70,331,525 бп[2] Конец 70,353,278 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • Связывание ДНК • связывание теломерной ДНК • связывание ионов цинка • связывание хроматина • связывание ионов металлов • GO: 0001948 связывание с белками • гидролазная активность • Связывание АТФ • GO: 0008026 геликазная активность • Связывание РНК Сотовый компонент • цитозоль • П-боди • комплекс экзон-экзонный переход • надсплицеосомальный комплекс • нуклеоплазма • хроматин • ядерная хромосома, теломерная область • цитоплазма • ядро клетки Биологический процесс • регулирование прекращения перевода • поддержание теломер посредством полуконсервативной репликации • положительная регуляция катаболического процесса мРНК • экспорт мРНК из ядра • Репликация ДНК • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК • клеточный ответ на интерлейкин-1 • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, зависимый от эндонуклеолитического расщепления распад • катаболический процесс мРНК гистонов • дозовая компенсация за счет инактивации Х-хромосомы • клеточный ответ на липополисахарид • 3'-UTR-опосредованная дестабилизация мРНК • Ремонт ДНК • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК, нонсенс-опосредованный распад • регуляция поддержания теломер • фазовый переход клеточного цикла • GO: 0022415 вирусный процесс Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5976	19704
Ансамбль	ENSG00000005007	ENSMUSG00000058301
UniProt	Q92900	Q9EPU0
RefSeq (мРНК)	NM_002911 NM_001297549	NM_001122829 NM_030680
RefSeq (белок)	NP_001284478 NP_002902 NP_001284478.1	NP_001116301 NP_109605
Расположение (UCSC)	Chr 19: 18.83 - 18.87 Мб	Chr 8: 70.33 - 70.35 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Регулятор бессмысленных расшифровок 1 это белок что у людей кодируется UPF1 ген.^[5][6]

Функция

Этот ген кодирует белок, который является частью мультипротеинового комплекса после сплайсинга, комплекс экзонов, участвует в обоих мРНК ядерный экспорт и мРНК наблюдение. Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это запускает NMD для разрушения мРНК, содержащей преждевременные стоп-кодоны. Этот белок находится как в цитоплазма и ядро ячейки.^[7] Когда трансляция заканчивается, он взаимодействует с белком, который является функциональным гомологом дрожжевого Upf2p, чтобы вызвать декапирование мРНК. Для этого гена было отмечено использование множественных сайтов полиаденилирования.^[8]

Взаимодействия

UPF1 был показан взаимодействовать с:

• DCP1A,^[9]
• DCP2,^[9][10]
• SMG1,^[11]
• UPF2,^{[10][11][12][13][14]}
• UPF3A,^[11][12][14] и
• UPF3B.^[10][12][14]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000005007 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000058301 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Perlick HA, Medghalchi SM, Spencer FA, Kendzior RJ Jr, Dietz HC (ноябрь 1996 г.). «Ортологи млекопитающих дрожжевого регулятора стабильности нонсенс-транскрипта». Proc Natl Acad Sci U S A. 93 (20): 10928–32. Дои:10.1073 / пнас.93.20.10928. ЧВК  38260. PMID  8855285.
6. Applequist SE, Selg M, Raman C, Jack HM (март 1997 г.). «Клонирование и характеристика HUPF1, человеческого гомолога нонсенс-уменьшающего мРНК белка UPF1 Saccharomyces cerevisiae». Нуклеиновые кислоты Res. 25 (4): 814–21. Дои:10.1093 / nar / 25.4.814. ЧВК  146496. PMID  9064659.
7. Сингх А.К., Чоудхури С.Р., Де С., Чжан Дж., Киссан С., Двиведи В. и др. (Март 2019 г.). Певица RH, Мэнли JL (ред.). «РНК-геликаза UPF1 ассоциируется с мРНК котранскрипционно и требуется для высвобождения мРНК из локусов генов». eLife. 8: e41444. Дои:10.7554 / eLife.41444. PMID  30907728.
8. "Ген Entrez: UPF1 UPF1 регулятор гомолога бессмысленных транскриптов (дрожжи)".
9. Lykke-Andersen J (2002). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf в нонсенс-опосредованном распаде». Мол. Клетка. Биол. 22 (23): 8114–21. Дои:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ЧВК  134073. PMID  12417715.
10. Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Мол. Клетка. 12 (3): 675–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00349-6. PMID  14527413.
11. Ямасита А., Охниши Т., Кашима И., Тая Ю., Оно С. (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК». Genes Dev. 15 (17): 2215–28. Дои:10.1101 / gad.913001. ЧВК  312771. PMID  11544179.
12. Шелл Т., Кехер Т., Вильм М., Серафин Б., Кулозик А.Е., Хентце М.В. (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ЧВК  1223536. PMID  12723973.
13. Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, Noensie EN, Dietz HC (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и бессмысленными комплексами наблюдения». Мол. Клетка. Биол. 20 (23): 8944–57. Дои:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. ЧВК  86549. PMID  11073994.
14. Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2000). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминального кодона». Клетка. 103 (7): 1121–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID  11163187. S2CID  18417600.

дальнейшее чтение

• Аззалин CM, Лингнер Дж (2006). «Двойная жизнь UPF1 в путях стабильности РНК и ДНК». Клеточный цикл. 5 (14): 1496–8. Дои:10.4161 / cc.5.14.3093. PMID  16861888.
• Хорикоши М., Секимидзу К., Натори С. (1984). «Анализ стимулирующего фактора РНК-полимеразы II в комплексе инициации и элонгации». J. Biol. Chem. 259 (1): 608–11. PMID  6200476.
• Нагасе Т., Секи Н., Исикава К. и др. (1997). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. VI. Кодирующие последовательности 80 новых генов (KIAA0201-KIAA0280), выведенные путем анализа клонов кДНК из линии клеток KG-1 и мозга». ДНК Res. 3 (5): 321–9, 341–54. Дои:10.1093 / днарес / 3.5.321. PMID  9039502.
• Чаплински К., Руис-Эчеваррия М.Дж., Паушкин С.В. и др. (1998). «Комплекс наблюдения взаимодействует с факторами высвобождения трансляции для усиления терминации и деградации аберрантных мРНК». Genes Dev. 12 (11): 1665–77. Дои:10.1101 / gad.12.11.1665. ЧВК  316864. PMID  9620853.
• Пейдж М.Ф., Карр Б., Андерс К.Р. и др. (1999). "SMG-2 представляет собой фосфорилированный белок, необходимый для наблюдения за мРНК у Caenorhabditis elegans и связанный с Upf1p дрожжей". Мол. Клетка. Биол. 19 (9): 5943–51. Дои:10.1128 / MCB.19.9.5943. ЧВК  84455. PMID  10454541.
• Бхаттачарья А., Чаплински К., Трифиллис П. и др. (2000). «Характеристика биохимических свойств продукта гена Upf1 человека, который участвует в нонсенс-опосредованном распаде мРНК». РНК. 6 (9): 1226–35. Дои:10.1017 / S1355838200000546. ЧВК  1369996. PMID  10999600.
• Mendell JT, Medghalchi SM, Lake RG, et al. (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и комплексами бессмысленного наблюдения». Мол. Клетка. Биол. 20 (23): 8944–57. Дои:10.1128 / MCB.20.23.8944-8957.2000. ЧВК  86549. PMID  11073994.
• Серин Дж., Герсаппе А., Блэк Дж. Д. и др. (2001). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов к белку Upf2 Saccharomyces cerevisiae и белку Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)». Мол. Клетка. Биол. 21 (1): 209–23. Дои:10.1128 / MCB.21.1.209-223.2001. ЧВК  88795. PMID  11113196.
• Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада при связывании ниже терминационного кодона». Клетка. 103 (7): 1121–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00214-2. PMID  11163187. S2CID  18417600.
• Деннинг Дж., Джеймисон Л., Макват Л. Е. и др. (2001). «Клонирование новой киназы, связанной с фосфатидилинозитолкиназой: характеристика белка наблюдения РНК SMG-1 человека». J. Biol. Chem. 276 (25): 22709–14. Дои:10.1074 / jbc.C100144200. PMID  11331269.
• Ямасита А., Охниши Т., Кашима И. и др. (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, ассоциируется с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК». Genes Dev. 15 (17): 2215–28. Дои:10.1101 / gad.913001. ЧВК  312771. PMID  11544179.
• Lykke-Andersen J, Shu MD, Steitz JA (2001). «Связь положения экзон-экзонных соединений с аппаратом наблюдения мРНК с помощью белка RNPS1». Наука. 293 (5536): 1836–9. Дои:10.1126 / science.1062786. PMID  11546874. S2CID  389385.
• Карастро Л.М., Тан С.К., Селг М. и др. (2002). «Идентификация дельта-геликазы как гомолога HUPF1 крупного рогатого скота: демонстрация взаимодействия с третьей субъединицей ДНК-полимеразы дельта». Нуклеиновые кислоты Res. 30 (10): 2232–43. Дои:10.1093 / nar / 30.10.2232. ЧВК  115286. PMID  12000843.
• Mendell JT, ap Rhys CM, Dietz HC (2002). «Разделение ролей для rent1 / hUpf1 в измененном сплайсинге и распаде бессмысленных транскриптов». Наука. 298 (5592): 419–22. Дои:10.1126 / science.1074428. PMID  12228722. S2CID  46447414.
• Ликке-Андерсен Дж (2003). «Идентификация человеческого комплекса декапирования, связанного с белками hUpf, при бессмысленном распаде». Мол. Клетка. Биол. 22 (23): 8114–21. Дои:10.1128 / MCB.22.23.8114-8121.2002. ЧВК  134073. PMID  12417715.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Чиу С.Ю., Серин Г., Охара О, Макват Л.Е. (2003). «Характеристика человеческого Smg5 / 7a: белка, сходного с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который функционирует в дефосфорилировании Upf1». РНК. 9 (1): 77–87. Дои:10.1261 / rna.2137903. ЧВК  1370372. PMID  12554878.
• Шелл Т., Кохер Т., Вильм М. и др. (2003). «Комплексы между опосредованным нонсенсом фактором пути распада мРНК человеческий upf1 (белок сдвига рамки 1 вверх) и основными факторами распада мРНК, опосредованными нонсенсом, в клетках HeLa». Biochem. J. 373 (Pt 3): 775–83. Дои:10.1042 / BJ20021920. ЧВК  1223536. PMID  12723973.