Связанный с пузырьками мембранный белок 8 - Vesicle-associated membrane protein 8

VAMP8
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4WY4
Идентификаторы
Псевдонимы	VAMP8, EDB, VAMP-8, мембранный белок, связанный с везикулами 8
Внешние идентификаторы	OMIM: 603177 MGI: 1336882 ГомолоГен: 37846 Генные карты: VAMP8
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек)[1] Группа 2п11.2 Начните 85,561,562 бп[1] Конец 85,582,031 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Активность рецептора SNAP • GO: 0001948 связывание с белками • активность ингибитора хлоридных каналов • Привязка SNARE Сотовый компонент • цитоплазма • неотъемлемый компонент мембраны • переработка эндосомы • везикул • цитозоль • эндосома • мембрана ранней эндосомы • мембрана • секреторная мембрана гранул • мембрана поздней эндосомы • клеточная мембрана • гранула муцина • лизосомальная мембрана • Комплекс SNARE • ранняя эндосома • перинуклеарная область цитоплазмы • лизосома • внеклеточная экзосома • мембрана везикул, покрытая клатрином • мембрана фагоцитарных везикул • мембрана азурофильных гранул • специфическая гранулярная мембрана • переработка мембраны эндосомы • мембрана третичных гранул • синаптический пузырек Биологический процесс • пост-Гольджи-опосредованный везикулами транспорт • аутофагия • GO: 0000046 Созревание аутофагосомы • отрицательное регулирование секреции клеткой • транспорт белка • вирусное проникновение • слияние пузырьков • дегрануляция эозинофилов • везикулярный транспорт • секреция слизи • регулирование локализации белка на плазматической мембране • положительная регуляция секреции гистамина тучными клетками • процессинг антигена и презентация экзогенного пептидного антигена через MHC класса I, TAP-зависимый • стыковка мембраны аутофагосомы • дегрануляция нейтрофилов • мембранная организация • регуляция молекулярной функции • транспорт Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	8673	22320
Ансамбль	ENSG00000118640	ENSMUSG00000050732
UniProt	Q9BV40	O70404
RefSeq (мРНК)	NM_003761	NM_016794
RefSeq (белок)	NP_003752	NP_058074
Расположение (UCSC)	Chr 2: 85,56 - 85,58 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	[3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Связанный с пузырьками мембранный белок 8 это белок что у людей кодируется VAMP8 ген.^[4][5][6]

Синаптобревины / ВАМП, синтаксины и 25 кДа синаптосомно-связанный белок SNAP25 являются основными компонентами белкового комплекса, участвующего в стыковке и / или слиянии синаптических везикул с пресинаптической мембраной. Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства мембранных белков, ассоциированных с пузырьками (VAMP) / синаптобревинов. Он связан с перинуклеарными везикулярными структурами раннего эндоцитарного компартмента. Было обнаружено, что VAMP8 специфически взаимодействует с растворимым белком прикрепления NSF (альфа-SNAP), скорее всего, через VAMP8-содержащий комплекс SNARE.^[6] Фосфорилирование VAMP8 внутри консервативного SNARE-домена может подавлять слияние везикул.^[7]

Взаимодействия

Было показано, что ассоциированный с пузырьками мембранный белок 8 взаимодействовать с участием STX4,^[8][9] SNAP23,^[8][10] STX1A,^[11] STX8^[12] и STX7.^[12][13]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000118640 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. Буй Т.Д., Вонг С.Х., Лу Л., Хонг В. (февраль 1999 г.). «Эндобревин отображается на хромосоме 2 человека и хромосоме 6 мыши». Геномика. 54 (3): 579–80. Дои:10.1006 / geno.1998.5596. PMID  9878266.
5. Wong SH, Zhang T, Xu Y, Subramaniam VN, Griffiths G, Hong W. (июль 1998 г.). «Эндобревин, новый синаптобревин / VAMP-подобный белок, преимущественно связанный с ранней эндосомой». Клетка Mol Biol. 9 (6): 1549–63. Дои:10.1091 / mbc.9.6.1549. ЧВК  25382. PMID  9614193.
6. «Ген Entrez: мембранный белок 8, ассоциированный с пузырьками VAMP8 (эндобревин)».
7. Malmersjö S, Di Palma S, Diao J, Lai Y, Pfuetzner RA, Wang AL, McMahon MA, Hayer A, Porteus M, Bodenmiller B, Brunger AT, Meyer T (июль 2016 г.). «Фосфорилирование остатков внутри комплекса SNARE подавляет слияние секреторных везикул». EMBO Журнал. 35 (16): 1721–1843. Дои:10.15252 / embj.201694071. ЧВК  5010044. PMID  27402227.
8. Paumet, F; Ле Мао Дж; Мартин С; Галли Т; Дэвид Б; Пустая буква U; Роа М. (июнь 2000 г.). «Растворимые рецепторы белка прикрепления NSF (SNAREs) в тучных клетках RBL-2H3: функциональная роль синтаксина 4 в экзоцитозе и идентификация секреторного компартмента, содержащего мембранный белок 8, связанный с везикулами». J. Immunol. 164 (11): 5850–7. Дои:10.4049 / jimmunol.164.11.5850. ISSN  0022-1767. PMID  10820264.
9. Полгар, Янош; Чунг Сул-Хи; Рид Гай Л. (август 2002 г.). «Связанный с пузырьками мембранный белок 3 (VAMP-3) и VAMP-8 присутствуют в тромбоцитах человека и необходимы для секреции гранул». Кровь. 100 (3): 1081–3. Дои:10.1182 / blood.V100.3.1081. ISSN  0006-4971. PMID  12130530.
10. Имаи, Аканэ; Нашида Томоко; Йоши Сумио; Шимомура Хироми (август 2003 г.). «Внутриклеточная локализация белков SNARE в ацинарных клетках околоушной железы крысы: комплексы SNARE на апикальной плазматической мембране». Arch. Оральный Биол. 48 (8): 597–604. Дои:10.1016 / S0003-9969 (03) 00116-X. ISSN  0003-9969. PMID  12828989.
11. Нагамацу, S; Накамичи Y; Watanabe T; Matsushima S; Yamaguchi S; Ni J; Итагаки E; Исида Х (январь 2001 г.). «Локализация целлабревина-родственного пептида, эндобревина, в ранней эндосоме бета-клеток поджелудочной железы и его физиологическая функция в экзоэндоцитозе секреторных гранул». J. Cell Sci. 114 (Пт 1): 219–227. ISSN  0021-9533. PMID  11112705.
12. Антонин, W; Холройд С; Fasshauer D; Pabst S; Фон Моллар G F; Ян Р. (декабрь 2000 г.). «Комплекс SNARE, опосредующий слияние поздних эндосом, определяет консервативные свойства структуры и функции SNARE». EMBO J. 19 (23): 6453–64. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6453. ISSN  0261-4189. ЧВК  305878. PMID  11101518.
13. Wade, N; Брайант Н. Дж .; Коннолли Л. М.; Симпсон Р. Дж .; Luzio JP; Piper R C; Джеймс Д. Э. (июнь 2001 г.). «Комплексы синтаксина 7 с взаимодействующим с хвостом Vps10p мыши 1b, синтаксином 6, ассоциированным с пузырьками мембранным белком (VAMP) 8 и VAMP7 в клетках меланомы b16». J. Biol. Chem. 276 (23): 19820–7. Дои:10.1074 / jbc.M010838200. ISSN  0021-9258. PMID  11278762.

дальнейшее чтение

• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Фассхауэр Д., Антонин В., Маргиттай М. и др. (1999). «Смешанные и неродственные комплексы SNARE. Характеристика сборки и биофизических свойств». J. Biol. Chem. 274 (22): 15440–6. Дои:10.1074 / jbc.274.22.15440. PMID  10336434.
• Ким П.К., Холлербах С., Тримбл В.С. и др. (2000). «Идентификация сигнала нацеливания на эндоплазматический ретикулум в мембранных белках, ассоциированных с пузырьками». J. Biol. Chem. 274 (52): 36876–82. Дои:10.1074 / jbc.274.52.36876. PMID  10601239.
• Paumet F, Le Mao J, Martin S и др. (2000). «Растворимые рецепторы белка прикрепления NSF (SNAREs) в тучных клетках RBL-2H3: функциональная роль синтаксина 4 в экзоцитозе и идентификация секреторного компартмента, содержащего мембранный белок 8, связанный с везикулами». J. Immunol. 164 (11): 5850–7. Дои:10.4049 / jimmunol.164.11.5850. PMID  10820264.
• Антонин В., Холройд С., Тикканен Р. и др. (2000). «R-SNARE Endobrevin / VAMP-8 обеспечивает гомотипическое слияние ранних эндосом и поздних эндосом». Мол. Биол. Ячейка. 11 (10): 3289–98. Дои:10.1091 / mbc.11.10.3289. ЧВК  14992. PMID  11029036.
• Антонин В., Холройд С., Фасшауэр Д. и др. (2001). «Комплекс SNARE, опосредующий слияние поздних эндосом, определяет консервативные свойства структуры и функции SNARE». EMBO J. 19 (23): 6453–64. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6453. ЧВК  305878. PMID  11101518.
• Нагамацу С., Накамичи Ю., Ватанабе Т. и др. (2001). «Локализация целлабревина-родственного пептида, эндобревина, в ранней эндосоме бета-клеток поджелудочной железы и его физиологическая функция в экзоэндоцитозе секреторных гранул». J. Cell Sci. 114 (Пт 1): 219–227. PMID  11112705.
• Уэйд Н., Брайант Н. Дж., Коннолли Л. М. и др. (2001). «Комплексы синтаксина 7 с взаимодействующим с хвостом Vps10p мыши 1b, синтаксином 6, ассоциированным с пузырьками мембранным белком (VAMP) 8 и VAMP7 в клетках меланомы b16». J. Biol. Chem. 276 (23): 19820–7. Дои:10.1074 / jbc.M010838200. PMID  11278762.
• Антонин В., Фасшауэр Д., Беккер С. и др. (2002). «Кристаллическая структура эндосомного комплекса SNARE раскрывает общие структурные принципы всех SNARE». Nat. Struct. Биол. 9 (2): 107–11. Дои:10.1038 / nsb746. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-F459-F. PMID  11786915. S2CID  17724790.
• Полгар Дж., Чунг С.Х., Рид Г.Л. (2002). «Связанный с пузырьками мембранный белок 3 (VAMP-3) и VAMP-8 присутствуют в тромбоцитах человека и необходимы для секреции гранул». Кровь. 100 (3): 1081–3. Дои:10.1182 / blood.V100.3.1081. PMID  12130530.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Имаи А, Нашида Т, Йоши С, Шимомура Х (2003). «Внутриклеточная локализация белков SNARE в ацинарных клетках околоушной железы крысы: комплексы SNARE на апикальной плазматической мембране». Arch. Оральный Биол. 48 (8): 597–604. Дои:10.1016 / S0003-9969 (03) 00116-X. PMID  12828989.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Hillier LW, Graves TA, Fulton RS и др. (2005). «Создание и аннотирование последовательностей ДНК хромосом 2 и 4 человека». Природа. 434 (7034): 724–31. Bibcode:2005Натура.434..724H. Дои:10.1038 / природа03466. PMID  15815621.
• Бринкман Дж. Ф., Оттенхайм С. П., де Йонг Л. А. и др. (2006). «VAMP5 и VAMP8, скорее всего, не участвуют в первичной открытоугольной глаукоме». Мол. Vis. 11: 582–6. PMID  16110299.
• Оиси Ю., Аракава Т., Танимура А. и др. (2007). «Роль VAMP-2, VAMP-7 и VAMP-8 в конститутивном экзоцитозе из клеток HSY». Histochem. Cell Biol. 125 (3): 273–81. Дои:10.1007 / s00418-005-0068-у. PMID  16195891. S2CID  10541252.
• Шиффман Д., Роуленд С.М., Луи Дж. З. и др. (2006). «Варианты генов VAMP8 и HNRPUL1 связаны с ранним началом инфаркта миокарда». Артериосклер. Тромб. Васк. Биол. 26 (7): 1613–8. Дои:10.1161 / 01.ATV.0000226543.77214.e4. PMID  16690874.