YTHDC1 - YTHDC1

YTHDC1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2ЮД, 4R3H, 4R3I
Идентификаторы
Псевдонимы	YTHDC1, YT521, YT521-B, домен YTH, содержащий 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 617283 MGI: 2443713 ГомолоГен: 15796 Генные карты: YTHDC1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 4 (человек)[1] Группа 4q13.2 Начните 68,310,387 бп[1] Конец 68,350,089 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 5 (мышь)[2] Группа 5 | 5 E1 Начните 86,804,221 бп[2] Конец 86,836,659 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК • Связывание с N6-метиладенозин-содержащей РНК Сотовый компонент • ядро клетки • ядерное пятнышко • клеточная мембрана • нуклеоплазма Биологический процесс • обработка мРНК • Выбор сайта сплайсинга мРНК • Сплайсинг РНК • регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы • экспорт мРНК из ядра • дозовая компенсация за счет инактивации Х-хромосомы • посттранскрипционная регуляция экспрессии генов Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	91746	231386
Ансамбль	ENSG00000275272 ENSG00000083896	ENSMUSG00000035851
UniProt	Q96MU7	E9Q5K9
RefSeq (мРНК)	NM_001031732 NM_133370 NM_001330698	NM_177680 NM_001347375 NM_001347376 NM_001359907 NM_001359908
RefSeq (белок)	NP_001026902 NP_001317627 NP_588611	NP_001334304 NP_001334305 NP_808348 NP_001346836 NP_001346837
Расположение (UCSC)	Chr 4: 68.31 - 68.35 Мб	Chr 5: 86,8 - 86,84 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок, содержащий домен YTH 1 это белок что у людей кодируется YTHDC1 ген.^[5][6][7] YTHDC1 представляет собой ядерный белок, участвующий в выборе сайта сплайсинга, который локализуется в тельцах YT; динамические субядерные компартменты, которые сначала появляются в начале S-фазы клеточного цикла и рассеиваются во время митоза.^[8]

Взаимодействия

YTHDC1 был показан взаимодействовать с участием:

• Abl ген,^[9]
• C-src тирозинкиназа,^[9]
• Emerin,^[10]
• KHDRBS1.^[6] и
• Метадгерин ^[11]

Роль в болезни

Альтернативный сплайсинг изменяется при ряде заболеваний и особенно актуален для рака.

Рак

YTHDC1, как было показано, сплайсирует транскрипты мРНК, которые имеют онкологическое значение, регулируя функции опухоли, такие как связанная с гипоксией фактор роста эндотелия сосудов (VEGF), Связанное с повреждением ДНК рак груди 1 (BRCA1) и гормональный драйвер роста; то рецептор прогестерона (PGR).^[12][13]

При раке простаты YTHDC1 также взаимодействует с белком метадгерин, кодируемый онкогеном MTDH, влияющий на альтернативный сплайсинг генов, связанных с опухолью, таких как CD44.^[11][14]

Смотрите также

N⁶-Метиладенозин

использованная литература

1. ENSG00000083896 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000275272, ENSG00000083896 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035851 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Стоилов П., Рафальская И., Штамм С. (октябрь 2002 г.). «YTH: новый домен в ядерных белках». Тенденции Biochem Sci. 27 (10): 495–7. Дои:10.1016 / S0968-0004 (02) 02189-8. PMID  12368078.
6. Hartmann AM, Nayler O, Schwaiger FW, Obermeier A, Stamm S (декабрь 1999 г.). «Взаимодействие и совместная локализация Sam68 со сплайсинговым фактором YT521-B в ядерных точках регулируется киназой семейства Src p59 (fyn)». Клетка Mol Biol. 10 (11): 3909–26. Дои:10.1091 / mbc.10.11.3909. ЧВК  25688. PMID  10564280.
7. "Entrez Gene: YTHDC1 YTH домен, содержащий 1".
8. Nayler, O .; Hartmann, A.M .; Штамм, С. (4 сентября 2000 г.). «Белок YT521-B с повторами ER находится в новом субядерном компартменте». Журнал клеточной биологии. 150 (5): 949–962. Дои:10.1083 / jcb.150.5.949. ISSN  0021-9525. ЧВК  2175241. PMID  10973987.
9. Рафальска И., Чжан З., Бендерска Н., Вольф Х., Хартманн А.М., Брак-Вернер Р., Штамм С. (август 2004 г.). «Внутриядерная локализация и функция YT521-B регулируются фосфорилированием тирозина». Гм. Мол. Genet. 13 (15): 1535–49. Дои:10,1093 / hmg / ddh167. PMID  15175272.
10. Wilkinson FL, Holaska JM, Zhang Z, Sharma A, Manilal S, Holt I, Stamm S, Wilson KL, Morris GE (июнь 2003 г.). «Emerin взаимодействует in vitro с фактором, связанным со сплайсингом, YT521-B». Евро. J. Biochem. 270 (11): 2459–66. Дои:10.1046 / j.1432-1033.2003.03617.x. PMID  12755701.
11. Лакстон, Хейли Дж .; Симпсон, Бенджамин С .; Миллс, Ян Дж .; Brindle, Nicola R .; Ахмед, Зеба; Ставринидес, Василис; Хиви, Сьюзен; Штамм, Стефан; Уитакер, Хейли С. (23.08.2019). «Онкоген Метадгерин взаимодействует с известными белками сплайсинга YTHDC1, Sam68 и T-STAR и играет новую роль в альтернативном сплайсинге мРНК». Рак. 11 (9): 1233. Дои:10.3390 / Cancers11091233. ISSN  2072-6694. ЧВК  6770463. PMID  31450747.
12. Хиршфельд, Марк; Чжан, Бо; Джегер, Маркус; Штамм, Стефан; Эрбес, Талия; Майер, Себастьян; Тонг, Сяовэнь; Стикелер, Эльмар (ноябрь 2014 г.). «Гипоксия-зависимый паттерн экспрессии мРНК фактора сплайсинга YT521 и его влияние на экспрессию онкологических важных генов-мишеней». Молекулярный канцерогенез. 53 (11): 883–892. Дои:10.1002 / mc.22045. ISSN  1098-2744. PMID  23765422. S2CID  35669580.
13. Чжан, Бо; Шао, Сяовэнь; Чжоу, Цзяньхун; Цю, Цзинь; Ву, Йи; Чэн, Цзяцзин (21.08.2015). «YT521 способствует метастазам рака эндометрия путем дифференциального сплайсинга фактора роста эндотелия сосудов А». Биология опухоли. 37 (12): 15543–15549. Дои:10.1007 / s13277-015-3908-у. ISSN  1423-0380. PMID  26289848. S2CID  11257001.
14. Ю, Бён Квон; Эмдад, Луни; Су, Цзао-чжун; Вильянуэва, Аугусто; Чан, Дерек Ю.; Mukhopadhyay, Nitai D .; Миллс, Алан Скотт; Ваксман, Сэмюэл; Фишер, Роберт А.; Llovet, Josep M .; Фишер, Пол Б. (март 2009 г.). «Ген-1 с повышенным содержанием астроцитов регулирует развитие и прогрессирование гепатоцеллюлярной карциномы». Журнал клинических исследований. 119 (3): 465–477. Дои:10.1172 / JCI36460. ISSN  1558-8238. ЧВК  2648696. PMID  19221438.

дальнейшее чтение

• Имаи Ю., Мацуо Н., Огава С., Тохьяма М., Такаги Т. (1998). «Клонирование гена YT521 для нового белка, связанного со сплайсингом РНК, индуцированного гипоксией / реоксигенацией». Brain Res. Мол. Мозг Res. 53 (1–2): 33–40. Дои:10.1016 / S0169-328X (97) 00262-3. PMID  9473574.
• Найлер О., Хартманн А.М., Штамм С. (2000). «Белок YT521-B с повторами ER находится в новом субядерном компартменте». J. Cell Biol. 150 (5): 949–62. Дои:10.1083 / jcb.150.5.949. ЧВК  2175241. PMID  10973987.
• Стосс О., Ольбрих М., Хартманн А.М., Кениг Х., Меммотт Дж., Андредис А., Штамм С. (2001). «Белок семейства STAR / GSG rSLM-2 регулирует выбор альтернативных сайтов сплайсинга». J. Biol. Chem. 276 (12): 8665–73. Дои:10.1074 / jbc.M006851200. PMID  11118435.
• Нагасе Т., Кикуно Р., Охара О. (2002). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XXII. Полные последовательности 50 новых клонов кДНК, которые кодируют большие белки». ДНК Res. 8 (6): 319–27. Дои:10.1093 / днарес / 8.6.319. PMID  11853319.
• Wilkinson FL, Holaska JM, Zhang Z, Sharma A, Manilal S, Holt I, Stamm S, Wilson KL, Morris GE (2003). «Emerin взаимодействует in vitro с фактором, связанным со сплайсингом, YT521-B». Евро. J. Biochem. 270 (11): 2459–66. Дои:10.1046 / j.1432-1033.2003.03617.x. PMID  12755701.
• Рафальска И., Чжан З., Бендерска Н., Вольф Х., Хартманн А.М., Брак-Вернер Р., Штамм С. (2005). «Внутриядерная локализация и функция YT521-B регулируются фосфорилированием тирозина». Гм. Мол. Genet. 13 (15): 1535–49. Дои:10,1093 / hmg / ddh167. PMID  15175272.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д., Элиас Дж. Э., Виллен Дж., Ли Дж., Кон М. А., Кантли Л. К., Гиги С. П. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Стосс О., Новятлева Т., Генчева М., Ольбрич М., Бендерская Н., Штамм С. (2005). «p59 (fyn) -опосредованное фосфорилирование регулирует активность тканеспецифического фактора сплайсинга rSLM-1». Мол. Cell. Неврологи. 27 (1): 8–21. Дои:10.1016 / j.mcn.2004.04.011. PMID  15345239. S2CID  31339890.
• Кимура К., Вакамацу А., Судзуки Ю., Ота Т., Нисикава Т., Ямасита Р., Ямамото Дж., Секин М., Цуритани К., Вакагури Х., Исии С., Сугияма Т., Сайто К., Исоно Ю., Ирие Р., Кушида Н., Йонеяма Т. , Otsuka R, Kanda K, Yokoi T, Kondo H, Wagatsuma M, Murakawa K, Ishida S, Ishibashi T, Takahashi-Fujii A, Tanase T, Nagai K, Kikuchi H, Nakai K, Isogai T, Sugano S (2006) . «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Nousiainen M, Silljé HH, Sauer G, Nigg EA, Körner R (2006). «Фосфопротеомный анализ митотического веретена человека». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 103 (14): 5391–6. Bibcode:2006PNAS..103.5391N. Дои:10.1073 / pnas.0507066103. ЧВК  1459365. PMID  16565220.
• Босолей С.А., Виллен Дж., Гербер С.А., Раш Дж., Гиги С.П. (2006). «Вероятностный подход к высокопроизводительному анализу фосфорилирования белков и локализации сайтов». Nat. Биотехнология. 24 (10): 1285–92. Дои:10.1038 / nbt1240. PMID  16964243. S2CID  14294292.
• Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мацек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.