Yfr2 - Yfr2

Yfr2 / Cyano-1
Циано-1-РНК.svg
Консенсусная вторичная структура РНК Yfr2 / Cyano-1. Обратите внимание, что Yfr2 содержит последовательность терминатора а Cyano-1 - нет. Этот рисунок взят из предыдущей публикации.[1]
Идентификаторы
СимволUnk
РфамRF01701
Прочие данные
РНК типГен; мРНК;
Домен (ы)Цианобактерии;
PDB структурыPDBe

Yfr2 (cYанобактериальный жбесполезный рNA-2[2] позже опубликовано как Циано-1 РНК-мотив)[1] это семья некодирующие РНК. Представители семейства Yrf2 идентифицированы почти у всех изученных видов цианобактерии. Семья была идентифицирована через биоинформатика скрининг опубликованных цианобактерий геномы,[3] ранее были сгруппированы в семейство Yfr2–5.[2][4]

Семейство мотивов РНК cyano-1 является синонимом Yfr2, хотя Cyano-1 не включает последовательность терминатора и Yfr2 делает.[1][2]

Функция этой нкРНК неизвестна,[3][4] хотя было высказано предположение, что члены семьи взаимодействуют с РНК цели через комплексы поцелуев, используя их высоко консервированный выставленный центральный элемент консенсуса (CSE: ИЮПАК 5'-RKT SGAAAC WHG GHM ASA M-3 ').[3] Более ранние исследования отметили сходство с проверка кворума нкРНК в Вибрион бактерии.[5]

Семейство можно разделить на две подгруппы, одна из которых находится в морской цианобактерии (например, Прохлорококк и Синехококк родов), а другой из пресная вода цианобактерии. Обе подгруппы имеют длину 63–100 нуклеотиды (гены морской подгруппы в среднем на 22% длиннее),[3] консервированный 5′ области и характеристической CSE Yfr2. Их второстепенные конструкции отличаются, однако, Yfr2 от морских пикоцианобактерий, имеющих дополнительный стержень петля.[3] Положение генов Yfr2 обычно не сохраняется,[2] но yfr2a ортологи были определены как находящиеся 3′ к гену 50S рибосомная субъединица ген rplL почти у всех изученных морских цианобактерий.[3] В роду Прохлорококк, Гены Yfr2 обнаруживаются рядом с Yfr10, и предполагалось возможное взаимодействие между двумя нкРНК.[6]

Первоначальное биоинформатическое сканирование, которое выявило yfr2, также выявило yfr1, а функциональная РНК который усиленный в течение стрессовые условия.[2] Семьи YFR идентифицированы до 21 года.[6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ а б c d е Axmann IM, Kensche P, Vogel J, Kohl S, Herzel H, Hess WR (2005). «Идентификация цианобактериальных некодирующих РНК с помощью сравнительного анализа генома». Геном Биол. 6 (9): R73. Дои:10.1186 / gb-2005-6-9-r73. ЧВК  1242208. PMID  16168080.
  3. ^ а б c d е ж Gierga G, Voss B, Hess WR (июль 2009 г.). «Семейство нкРНК Yfr2, группа многочисленных молекул РНК, широко консервативных у цианобактерий». РНК Биол. 6 (3): 222–227. Дои:10.4161 / rna.6.3.8921. PMID  19502815.
  4. ^ а б Сканлан Д. Д., Островски М., Мазард С. и др. (Июнь 2009 г.). «Экологическая геномика морских пикоцианобактерий». Microbiol. Мол. Биол. Rev. 73 (2): 249–299. Дои:10.1128 / MMBR.00035-08. ЧВК  2698417. PMID  19487728.
  5. ^ Ленц Д.Х., Мок К.С., Лилли Б.Н., Кулкарни Р.В., Вингрин Н.С., Басслер Б.Л. (июль 2004 г.). «Шаперон малой РНК Hfq и множественные малые РНК контролируют восприятие кворума у ​​Vibrio harveyi и Vibrio cholerae». Клетка. 118 (1): 69–82. Дои:10.1016 / j.cell.2004.06.009. PMID  15242645.
  6. ^ а б Steglich C, Futschik ME, Lindell D, Voss B, Chisholm SW, Hess WR (август 2008 г.). «Проблема регуляции у минимального фотоавтотрофа: некодирующие РНК в Prochlorococcus». PLoS Genet. 4 (8): e1000173. Дои:10.1371 / journal.pgen.1000173. ЧВК  2518516. PMID  18769676.

внешняя ссылка