APOBEC3D - APOBEC3D

APOBEC3D
Идентификаторы
Псевдонимы	APOBEC3D, A3D, APOBEC3DE, APOBEC3E, ARP6, фермент, редактирующий мРНК аполипопротеина B, каталитическая субъединица 3D
Внешние идентификаторы	OMIM: 609900 ГомолоГен: 122788 Генные карты: APOBEC3D
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 22 (человек)[1] Группа 22q13.1 Начинать 39,021,113 бп[1] Конец 39,033,277 бп[1]
Генная онтология Молекулярная функция • гидролазная активность, действующая на углерод-азотные (но не пептидные) связи в циклических амидинах • связывание ионов цинка • каталитическая активность • гидролазная активность • связывание ионов металлов • Связывание РНК • активность цитидиндезаминазы Сотовый компонент • цитоплазма • П-боди • ядро клетки Биологический процесс • отрицательное регулирование транспозиции • врожденная иммунная система • защитный ответ на вирус • Дезаминирование цитозина ДНК • отрицательная регуляция репликации одноцепочечной вирусной РНК через промежуточное соединение двухцепочечной ДНК • иммунная система • дезаминирование цитидина • редактирование цитидина в уридин • Деметилирование ДНК Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	140564	н / д
Ансамбль	ENSG00000243811	н / д
UniProt	B2CML4	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_152426 NM_001363781	н / д
RefSeq (белок)	NP_689639 NP_001350710	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 22: 39.02 - 39.03 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Вероятный ДНК dC-> dU-редактирующий фермент APOBEC-3D это белок что у людей кодируется APOBEC3D ген.^[3][4]

Этот ген является членом цитидин дезаминаза генная семья. Это один из семи родственных генов или псевдогены найдено в кластер, считается результатом дупликация гена, на хромосома 22. Члены кластера кодируют белки, которые структурно и функционально связаны с цитидиндезаминазой, редактирующей РНК от C до U. APOBEC1 и подавлять ретровирусы, Такие как ВИЧ, к дезаминирующий цитозин остатки в зарождающийся ретровирусная кДНК.^[4]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000243811 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. Джармуз А., Честер А., Бейлисс Дж., Гисборн Дж., Данхэм И., Скотт Дж., Наваратнам Н. (февраль 2002 г.). «Антропоид-специфический локус орфанных C to U ферментов, редактирующих РНК, на хромосоме 22». Геномика. 79 (3): 285–96. Дои:10.1006 / geno.2002.6718. PMID  11863358.
4. «Ген Entrez: фермент редактирования мРНК аполипопротеина B APOBEC3D, каталитический полипептидоподобный 3D (предположительно)».

внешняя ссылка

• Человек APOBEC3D расположение генома и APOBEC3D страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Ведекинд JE, Dance GS, Соуден MP, Смит HC (2003). «Редактирование матричной РНК у млекопитающих: новые члены семьи APOBEC ищут роли в семейном бизнесе». Тенденции Genet. 19 (4): 207–16. Дои:10.1016 / S0168-9525 (03) 00054-4. PMID  12683974.
• Харрис RS, Liddament MT (2004). «Ограничение ретровирусов белками APOBEC». Nat. Преп. Иммунол. 4 (11): 868–77. Дои:10.1038 / nri1489. PMID  15516966.
• Данэм И., Шимицу Н., Роу Б.А. и др. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека». Природа. 402 (6761): 489–95. Дои:10.1038/990031. PMID  10591208.
• Диас Нето Э., Корреа Р.Г., Верджовски-Алмейда С. и др. (2000). «Секвенирование человеческого транскриптома с использованием тегов последовательности, экспрессируемой ORF». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (7): 3491–6. Дои:10.1073 / pnas.97.7.3491. ЧВК  16267. PMID  10737800.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Мариани Р., Чен Д., Шрёфельбауэр Б. и др. (2003). «Видоспецифическое исключение APOBEC3G из вирионов ВИЧ-1 с помощью Vif». Клетка. 114 (1): 21–31. Дои:10.1016 / S0092-8674 (03) 00515-4. PMID  12859895.
• Сойер С.Л., Эмерман М., Малик Х.С. (2006). «Древняя адаптивная эволюция антивирусного фермента редактирования ДНК приматов APOBEC3G». PLoS Biol. 2 (9): E275. Дои:10.1371 / journal.pbio.0020275. ЧВК  479043. PMID  15269786.
• Коллинз Дж. Э., Райт К. Л., Эдвардс К. А. и др. (2005). «Основанный на аннотации генома подход к клонированию ORFeome человека». Геном Биол. 5 (10): R84. Дои:10.1186 / gb-2004-5-10-r84. ЧВК  545604. PMID  15461802.
• Данг Y, Ван X, Эссельман WJ, Чжэн YH (2006). «Идентификация APOBEC3DE как другого антиретровирусного фактора из семейства APOBEC человека». Дж. Вирол. 80 (21): 10522–33. Дои:10.1128 / JVI.01123-06. ЧВК  1641744. PMID  16920826.
• Киномото М., Канно Т., Шимура М. и др. (2007). «Все белки семейства APOBEC3 по-разному ингибируют ретротранспозицию LINE-1». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (9): 2955–64. Дои:10.1093 / нар / гкм181. ЧВК  1888823. PMID  17439959.