APOBEC3F - APOBEC3F

APOBEC3F
Доступные конструкции PDB Поиск Human UniProt: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3WUS, 4IOU, 4J4J, 5HX5, 5HX4
Идентификаторы
Псевдонимы	APOBEC3F, A3F, ARP8, BK150C2.4.MRNA, KA6, мРНК аполипопротеина B редактирующий фермент каталитическая субъединица 3F
Внешние идентификаторы	OMIM: 608993 ГомолоГен: 105867 Генные карты: APOBEC3F
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 22 (человек)[1] Группа 22q13.1 Начните 39,040,604 бп[1] Конец 39,055,972 бп[1]
Генная онтология Молекулярная функция • активность цитидиндезаминазы • связывание ионов цинка • связывание ионов металлов • гидролазная активность, действующая на углерод-азотные (но не пептидные) связи в циклических амидинах • GO: 0001948 связывание с белками • каталитическая активность • Связывание РНК • гидролазная активность • идентичное связывание с белками Сотовый компонент • цитоплазма • П-боди • комплекс ферментов редактирования мРНК аполипопротеина B • ядро клетки • рибонуклеопротеин Биологический процесс • отрицательное регулирование транспозиции • отрицательная регуляция вирусного процесса • иммунная система • базовое преобразование или редактирование замены • отрицательная регуляция репликации вирусного генома • защитный ответ на вирус • Дезаминирование цитозина ДНК • Деметилирование ДНК • врожденная иммунная система • отрицательная регуляция репликации одноцепочечной вирусной РНК через промежуточное соединение двухцепочечной ДНК • положительное регулирование защитного ответа на вирус со стороны хозяина • дезаминирование цитидина • редактирование цитидина в уридин Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	200316	н / д
Ансамбль	ENSG00000128394	н / д
UniProt	Q8IUX4	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_001006666 NM_145298	н / д
RefSeq (белок)	NP_001006667 NP_660341	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 22: 39.04 - 39.06 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

ДНК dC-> dU-редактирующий фермент APOBEC-3F это белок что у людей кодируется APOBEC3F ген.^[3][4][5]

Этот ген является членом цитидин дезаминаза генная семья. Это один из семи родственных генов или псевдогены найдено в кластер, считается результатом дупликация гена, на хромосома 22. Члены кластера кодируют белки, которые структурно и функционально связаны с C-U РНК -редактирование цитидин дезаминазы APOBEC1. Считается, что белки могут редактировать РНК. ферменты и играть роль в росте или контроль клеточного цикла. Альтернативно сращивание стенограмма варианты кодирования разные изоформы были идентифицированы.^[5]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000128394 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. Джармуз А., Честер А., Бейлисс Дж., Гисборн Дж., Данхэм И., Скотт Дж., Наваратнам Н. (февраль 2002 г.). «Антропоид-специфический локус орфанных C to U ферментов, редактирующих РНК, на хромосоме 22». Геномика. 79 (3): 285–96. Дои:10.1006 / geno.2002.6718. PMID  11863358.
4. Холмс Р.К., Конинг Ф.А., Епископ К.Н., Малим М.Х. (январь 2007 г.). «APOBEC3F может ингибировать накопление продуктов обратной транскрипции ВИЧ-1 в отсутствие гипермутации. Сравнение с APOBEC3G». J Biol Chem. 282 (4): 2587–95. Дои:10.1074 / jbc.M607298200. PMID  17121840.
5. «Ген Entrez: фермент редактирования мРНК аполипопротеина B APOBEC3F, каталитический полипептидоподобный 3F».

внешние ссылки

• Человек APOBEC3F расположение генома и APOBEC3F страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Ведекинд JE, Dance GS, Соуден MP, Смит HC (2003). «Редактирование матричной РНК у млекопитающих: новые члены семьи APOBEC ищут роли в семейном бизнесе». Тенденции Genet. 19 (4): 207–16. Дои:10.1016 / S0168-9525 (03) 00054-4. PMID  12683974.
• Франка Р., Спадари С., Мага Г. (2006). «Дезаминазы APOBEC как клеточные противовирусные факторы: новый естественный механизм защиты хозяина». Med. Sci. Монит. 12 (5): RA92–8. PMID  16641889.
• Прашар Ю., Вайсман С.М. (1996). «Анализ дифференциальной экспрессии генов путем отображения 3'-концевых рестрикционных фрагментов кДНК». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 93 (2): 659–63. Bibcode:1996ПНАС ... 93..659П. Дои:10.1073 / пнас.93.2.659. ЧВК  40108. PMID  8570611.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Данэм И., Шимицу Н., Роу Б.А. и др. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека». Природа. 402 (6761): 489–95. Bibcode:1999Натура.402..489D. Дои:10.1038/990031. PMID  10591208.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Чжэн Ю.Х., Ирвин Д., Куросу Т. и др. (2004). «APOBEC3F человека является еще одним фактором хозяина, который блокирует репликацию вируса иммунодефицита человека типа 1». Дж. Вирол. 78 (11): 6073–6. Дои:10.1128 / JVI.78.11.6073-6076.2004. ЧВК  415831. PMID  15141007.
• Wiegand HL, Doehle BP, Bogerd HP, Cullen BR (2004). «Второй антиретровирусный фактор человека, APOBEC3F, подавляется белками Vif ВИЧ-1 и ВИЧ-2». EMBO J. 23 (12): 2451–8. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600246. ЧВК  423288. PMID  15152192.
• Liddament MT, Brown WL, Schumacher AJ, Harris RS (2004). «Свойства APOBEC3F и предпочтения гипермутации указывают на активность против ВИЧ-1 in vivo». Curr. Биол. 14 (15): 1385–91. Дои:10.1016 / j.cub.2004.06.050. PMID  15296757.
• Коллинз Дж. Э., Райт К. Л., Эдвардс К. А. и др. (2005). «Основанный на аннотации генома подход к клонированию ORFeome человека». Геном Биол. 5 (10): R84. Дои:10.1186 / gb-2004-5-10-r84. ЧВК  545604. PMID  15461802.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Haché G, Liddament MT, Harris RS (2005). «Специфичность ретровирусной гипермутации APOBEC3F и APOBEC3G регулируется С-концевым доменом цитозиндезаминазы ДНК». J. Biol. Chem. 280 (12): 10920–4. Дои:10.1074 / jbc.M500382200. PMID  15647250.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Зенну V, Bieniasz PD (2006). «Сравнительный анализ антиретровирусной активности APOBEC3G и APOBEC3F от приматов». Вирусология. 349 (1): 31–40. Дои:10.1016 / j.virol.2005.12.035. PMID  16460778.
• Тиан Ч., Ю X, Чжан В. и др. (2006). «Дифференциальная потребность в консервативных триптофанах в вирусе иммунодефицита человека типа 1 Vif для селективного подавления APOBEC3G и APOBEC3F». Дж. Вирол. 80 (6): 3112–5. Дои:10.1128 / JVI.80.6.3112-3115.2006. ЧВК  1395459. PMID  16501124.
• Стенглейн, доктор медицины, Харрис, Р.С. (2006). «APOBEC3B и APOBEC3F ингибируют ретротранспозицию L1 с помощью независимого от дезаминирования механизма ДНК». J. Biol. Chem. 281 (25): 16837–41. Дои:10.1074 / jbc.M602367200. PMID  16648136.
• Вичроски MJ, Робб GB, Rana TM (2006). "Факторы рестрикции человеческого ретровируса APOBEC3G и APOBEC3F локализуются в телах, обрабатывающих мРНК". PLoS Pathog. 2 (5): e41. Дои:10.1371 / journal.ppat.0020041. ЧВК  1458959. PMID  16699599.