BH11960 - BH11960
 | Эта статья не цитировать любой источники. (Август 2019 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
Bartonella henselae гипотетический белок 11960 (BH11960) кодируется BH11960 ген. Этот гипотетический белок сохраняется во всех Бартонелла виды, чьи геномы были упорядочены на сегодняшний день и выделены на рисунке ниже.
Характеристики
| Нуклеотиды | 2085 |
| Аминокислоты | 934 |
| Позиция на геном | 1328993-1331797 |
| Молекулярный вес | 104093.4 |
| Мотивы | Аэротолерантность N-клемма регулятора (E-value 5.3e-17) |
| Изоэлектрическая точка | 9.23 |
| Состав АА | 14.2% лейцин |
| По оценкам период полураспада | > 10 часов в Кишечная палочка, in vivo, 30 часов у млекопитающих ретикулоциты |
| Индекс нестабильности | 41.68 нестабильный |
«Гипотетический белок BH11960 (Bartonella henselaei str. Houston-1»). [1].
Функция
Функция белка BH11960 неизвестна. Однако предполагается, что его функция участвует в преобразование сигнала который регулирует аэротолерантность в сочетании с другими генами в своем кластере. Доказательства такой функции следующие:
- Наличие PRKEL сигнальный пептид домен в N-конец белка на всех ортологи.
- Присутствие белка семейства MoxR-AAA в четырех кластер генов который, как предполагается, послужит сопровождающий.
- Гипотеза: сигнальный пептид PRKEL позволяет расщеплять N-концевой регулятор аэротолерантности, который высвобождается в цитоплазма и складывается взаимодействующим шапероном. Этот расщепленный и модифицированный белок служит сенсором для кислород концентрация изменяется и может продолжать взаимодействовать с другими частями клетки, чтобы вызвать механизм ответа.
Белковая последовательность
Важность этого белка заключается в начале последовательности и представлена в концептуальном переводе ниже. Этот регион содержит мотив аэротолерантности, трансмембранный гидрофобный сегмент выделен желтым цветом, а область высокой сохранности представлена во всех исследованных ортологах. Кроме того, в этой области присутствует белок сигнального пептида, который обеспечивает транспорт белка.
На основе анализ последовательности выполняемый программой PSortB, этот белок находится в цитоплазматическая мембрана этого грамотрицательные бактерии и содержит двойной трансмембранный домен.
Джин соседство
Кластер из четырех генов BH11940, BH11950, BH11960 и BH11970 - это все белки с неизвестной функцией, транскрибируемые на чувственная нить и закодирован тем же промоутер. Промотор повсеместно консервативен у других видов Bartonella и содержит Коробка ТАТА.BH11960 - самый крупный из четырех белков.
Bartonella henselae: BH11960 ». База данных KEGG. [2].
Гомологи
| Род / Вид | Имя Гена | Регистрационный номер | Длина последовательности | Сходство последовательностей |
|---|---|---|---|---|
| Bartonella henselae | Гипотетический белок | BX897699.1 | 2805nt / 934aa | 100 |
| Бартонелла кинтана | Гипотетический белок | BX897700.1 | 2805nt / 934aa | 91 |
| Bartonella grahamii | Регулятор транскрипции | CP001562.1 | 2799nt / 932aa | 87 |
| Bartonella tribocorum | Аланил-тРНК синтетаза | AM260525.1 | 2799nt / 932aa | 87 |
| Methylobacterium nodulans | Гипотетический белок | YP_002500318.1 | 2820nt / 939aa | 53 |
| Nitrobacter hamburgensis | Двойная трансмембранная область как | YP_578448.1 | 2817nt / 938aa | 53 |
| Hyphomicrobium denitrificans | Консервированный гипотетический белок | ZP_05374729.1 | 2973nt / 990aa | 53 |
| Rhodopseudomonas palustris | Двойная трансмембранная область как | YP_568432.1 | 2826nt / 941aa | 54 |
| Hoeflea phototrophica | Двойная трансмембранная область как | YP_002289983.1 | 1832nt / 943aa | 55 |
| Oceanicola batsensis | гипотетический белок OB2597_11306 | ZP_00998791.1 | 2771nt / 923aa | 48 |
дальнейшее чтение
- Aslmark, C.M., et al. 2004. Переносимый вшами патоген человека Bartonella Quintana является геномным производным зоонозного агента Bartonella henselae. Прокламации Национальной академии наук. 26: 9716-9721.