Онтология тканей BRENDA - BRENDA tissue ontology

Онтология тканей BRENDA (BTO)
Database.png
Содержание
Описаниеонтология всех организмов для фермент источники.
Контакт
Основное цитированиеPMID  21030441
Дата выхода2003
Доступ
Интернет сайтhttp://www.brenda-enzymes.org/ontology.php?ontology_id=3

В BTO[1] (BRENDA Тпроблема Онаука ) представляет собой комплексную структурированную энциклопедия. Он содержит термины, классификации и определения ткани, органы, анатомические структуры, части растений, клеточные культуры, типы клеток, и Сотовые линии организмов всех таксономических групп (животные, растения, грибок, простейшие ) в качестве источников ферментов. Информация связана с функциональными данными в БРЕНДА ("BRaunschweig ENzyme DAtabase")[2] фермент информационная система.

BTO - один из первых тканеспецифичных онтологии в Науки о жизни, не ограничиваясь конкретным организмом или определенной группой организмов, обеспечивая удобный доступ к широкому спектру информации о тканях и типах клеток. Базы данных, такие как Служба поиска онтологий или ses, например Реестр MIRIAM или из EBI-EMBL, то TissueDistributionDB, в том числе Библиотека синонимов тканей из Немецкий центр исследования рака (DKFZ) в Гейдельберге или Биопортал платформа Национальный центр биомедицинской онтологии в Стэнфорде, США, полагаются на BTO и внедряют энциклопедию в качестве важного хранилища информации в свою соответствующую платформу.

BTO позволяет пользователям из медицинские исследования и фармацевтические науки искать вхождение и гистологический обнаружение в тканях связанных с заболеванием ферментов, которые играют важную роль в диагноз, терапии и разработка лекарств. В биохимия и биотехнология Тканевые термины, специфичные для организма, связанные с функциональными данными ферментов, являются важным ресурсом для понимания метаболизма и регуляции в науках о жизни. Онтологии представляют собой системы классификации, которые предоставляют контролируемые и структурированные словари.[3] Это важные инструменты для иллюстрации и увязки эволюционных корреляций.

Разработка BTO началась в 2003 году с целью связать данные о биохимических и молекулярно-биологических ферментах BRENDA с ​​иерархической и стандартизированной коллекцией терминов, специфичных для тканей. Данные и информация о функциональных ферментах в BRENDA были вручную аннотированы и структурированы экспертами в области биохимии, биологии и химии. К октябрю 2019 года BTO содержало более 6042 термина, связанных с 5173 синонимами и 5074 определениями. Термины классифицируются по общим категориям, правилам и форматам Консорциума генных онтологий (GO,[4]), организованный как ориентированный ациклический граф (DAG) создан с использованием Открытый исходный код OBO-Edit.[5] Все термины с каждого уровня напрямую связаны с данными по ферментам в BRENDA. BTO - подходящий инструмент для различения различных ферментов, которые экспрессируются тканеспецифическим образом.

Содержание и особенности

BTO использует исчерпывающие данные по ферментам из информационной системы по ферментам BRENDA. В настоящее время (октябрь 2019 г.) в BRENDA хранится 112 200 данных, специфичных для ферментов, организмов, тканей из более чем 11 000 белков. Эти записи были вручную аннотированы из более чем 150 000 различных литературных источников. Все термины в BTO оцениваются и классифицируются в соответствии с форматом OBO и связаны определенными отношениями. Каждый термин представляет собой отдельную запись в онтологии и автоматически присваивается уникальному идентификатору BTO (BTO-ID). BTO-ID служат в качестве стабильных номеров доступа для создания перекрестных ссылок на дополнительные внешние биохимические базы данных. Дополнительные термины, относящиеся к тканям и типам клеток, из внешних баз данных (т.е. UniProt ) интегрированы в BTO.

Термины подразделяются на 4 основные категории (подграфы):

  • животное
  • растение
  • грибок
  • другие источники

Дальнейшие уровни определены под основными категориями (= узлами), классифицируя «родительский», «дочерний» и «внук», все связанные через определенные отношения (= ребра).

  • is_a (например, волокно скелетных мышц is_a мышечное волокно)
  • part_of (например, мышечное волокно part_of мышцы)
  • развивается / происходит из мышечных волокон (например, миома-клетка развивается / происходит из мышечных волокон)
  • related_to (описание более общих отношений между терминами, которые не охватываются другими)

Большинство терминов явно связаны с конкретными организмами, органами, тканями или типами клеток. Однако существует несколько идентичных обозначений тканей как у растений, так и у животных, например «Эпидермис». Чтобы различать эти тканевые термины и правильно классифицировать их в BTO для растительных тканей, перед термином ставится префикс «растение», например «Эпидермис растений».

Более 80% терминов, относящихся к тканям, имеют определения, которые описывают значение и контекст. Эти определения взяты из медицинских словарей и баз данных клеточных линий (Словарь Вебстера, ДСМЗ ).

Доступность

Записи в BTO обновляются два раза в год как часть основного обновления BRENDA. Он доступен на сайте BRENDA в категории «Онтология Explorer ». Термины источника фермента можно найти через форму запроса BTO. В результате пользователь получает список номеров EC, которые напрямую связаны с информацией о ферментах BRENDA. Также возможен поиск через форму поиска BRENDA «Исходная ткань» («Классический вид»). На странице результатов отображаются все ферменты, выделенные или обнаруженные в искомом термине ткани, напрямую связанные с BTO.

BTO и BRENDA свободно доступны для академических пользователей. Его можно бесплатно скачать через «Онтология Explorer »На сайте BRENDA или в формате OBO из«Обофаундри ”.

Литературные ссылки

  1. ^ Гремсе, М., Чанг, А., Шомбург, И., Гроте, А., Шеер, М., Эбелинг, К., Шомбург, Д. (2011): «BRENDA Tissue Ontology (BTO): первая всеобъемлющая онтология всех организмов для источников ферментов “, Nucleic Acids Res., 39 (выпуск базы данных): D507 – D513
  2. ^ Шомбург, И., Чанг, А., Плачек, С., Зенген, К., Ротер. М., Ланг, М., Мунаретто, К., Улас, С., Стельцер, М., Гроте, А., Шеер, М., Шомбург, Д. (2013): «BRENDA в 2013 г .: интегрированные реакции, кинетические данные, данные о ферментативной функции, улучшенная классификация болезней: новые возможности и содержание в BRENDA “, Nucleic Acids Res., 41 (выпуск базы данных): D764 – D772
  3. ^ Шомбург, И., Чанг, А., Шомбург, Д. (2014): «Стандартизация в энзимологии - интеграция данных в мировую информационную систему по ферментам BRENDA “, Перспективы в науке, 1: 15–23
  4. ^ Ронкалья П., Мартоне М.Е., Хилл Д.П., Берардини Т.З., Фулджер Р.Э., Имам Ф.Т., Драбкин Х., Мунгалл К.Дж., Ломакс Дж. (2013): «Онтология клеточных компонентов Gene Ontology (GO): интеграция с SAO (Subcellular Anatomy Ontology) и другими недавними разработками “, J. Biomed. Семантика, 4: 20
  5. ^ Смит, Б., Эшбернер, М., Росс, К., Бард, Дж., Баг, В., Цеустерс, В., Голдберг, Л.Дж., Эйлбек, К., Ирландия, А., Мунгалл, К.Дж .; Консорциум ОБИ, Леонтис, Н., Рокка-Серра, П., Руттенберг, А., Сансоне, С.А., Шойерманн, Р.Х., Шах, Н., Ветцель, П.Л., Льюис, С. (2010): «The OBO Foundry: скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных “, Nat.Biotechnol., 25: 1251–1255

Ссылки