C11orf16 - C11orf16

C11orf16
Идентификаторы
Псевдонимы	C11orf16, хромосома 11 открытая рамка считывания 16
Внешние идентификаторы	MGI: 1928824 ГомолоГен: 49631 Генные карты: C11orf16
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11п15.4 Начинать 8,920,076 бп[1] Конец 8,933,006 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 7 (мышь)[2] Группа 7 | 7 E3 Начинать 109,712,181 бп[2] Конец 109,723,850 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	56673	57355
Ансамбль	ENSG00000176029	ENSMUSG00000031022
UniProt	Q9NQ32	Q9JJR6
RefSeq (мРНК)	NM_020643	NM_001040700 NM_020609
RefSeq (белок)	NP_065694	NP_001035790
Расположение (UCSC)	Chr 11: 8.92 - 8.93 Мб	Chr 7: 109,71 - 109,72 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Джин C11orf16, хромосома 11 открытая рамка считывания 16, является белок у людей это кодируется C11orf16 ген.^[5][6] Он имеет 7 экзонов и размер 467 аминокислот.

Ген

Место расположения

Ген C11orf16 расположен на хромосоме 11 (p15.4), начиная с 8 920 076 пар оснований и заканчивая 8 933 006 пар оснований.

Джин соседство

Ген ASCL3 и AKIP1 соседние гены C11orf16 на хромосоме 11.

Выражение

Человек

Ген не имеет высокой экспрессии во всех тканях тела. Процентильный ранг в выборке выше в поджелудочной железе, яичнике и аппендиксе.

Экспрессия C11orf16 в сайтах человеческого тела, извлеченных из профиля NCBI GEO

Мышиный мозг

Несмотря на то, что ген не имеет значительной высокой экспрессии в мозг мыши, он наиболее выражен в среднем мозге, изокортексе, обонятельных областях и продолговатом мозге.

Факторы транскрипции

Некоторые факторы транскрипции, которые имеют более высокое матричное сходство, - это Kruppel-подобный белок 219 цинкового пальца, белок 263 цинкового пальца, ZKSCAN12 (белок цинкового пальца с доменами 12 KRAB и SCAN), хорион-специфический фактор транскрипции GCMa и белок, связывающий Ras-чувствительный элемент. 1.^[7]

мРНК

Изоформа

Предсказанный вариант транскрипта X1 C11orf16 имеет длину 2386 п.н. и имеет регистрационный номер NCBI XM_017018013.1.^[8]

Гомология

Паралоги

Нет паралоги были найдены для гена C11orf16 через NCBI ВЗРЫВ.

Ортологи

Описание	Распространенное имя	Идентификатор вступления в NCBI	Обложка запроса	Значение E	Личность	Дата расхождения (MYA)
Homo sapiens	Человек	NP_065694.2	100 %	0	100%	Нет данных
Pongo abelii	Суматранский орангутанг	PNJ24628	84%	0	95%	15.2
Aotus nancymaae	Ночная обезьяна Нэнси Ма	XP_012312127.1	88%	0	84%	42.6
Шиншилла ланигера	Длиннохвостая шиншилла	XP_013367496.1	97%	0	68%	88
Equus przewalskii	Лошадь Пржевальского	XP_008512245.1	98%	0	73%	94
Cervus elaphus hippelaphus	Среднеевропейский благородный олень	OWK17675.1	99%	0	67%	94
Hipposideros armiger	Большая круглая летучая мышь	XP_019511755.1	99%	0	65%	94
Neomonachus schauinslandi	Гавайский тюлень-монах	XP_021541375.1	99%	0	66%	94
Липоты вексиллифер	Байджи	XP_007459933.1	98%	0	68%	94
Myotis brandtii	Летучая мышь Брандта	XP_005874017.1	98%	1e-174	67%	94
Chelonia mydas	Зеленая морская черепаха	XP_007057171.1	83%	1e-57	37%	320
Balearica Regulorum gibbericeps	Венценосный журавль	XP_010311948.1	70%	6e-5	40%	320

Сохранение

Ген C11orf16 законсервирован у многих видов животных, включая млекопитающих, птиц и рептилий.

Множественное выравнивание последовательностей показывает сохранение гена C11orf16.

Протеин

Молекулярный вес

Прогнозируемая молекулярная масса белка, кодируемого C11orf16, составляет 51 килодальтон.^[9][10]

Домены и мотивы

Было обнаружено несколько белковых доменов и мотивов, включая CHD5-подобный белок, тирозинкиназу. сайт фосфорилирования, сайт фосфорилирования протеинкиназы C, сайт N-миристоилирования, сайт фосфорилирования казеинкиназы II и сайт фосфорилирования cGMP-зависимой протеинкиназы.^[11] На картинке указано расположение мотивов.

Предсказанные мотивы C11orf16 показаны цветами соответствующих аминокислот.

Вторичная структура

По прогнозам, белок будет состоять из 21,2% альфа-спираль, 15,2% удлиненной пряди и 63% случайный катушки.

Вторичная структура белка C11orf16

Посттрансляционные модификации

Нет трансмембранных спиралей,^[12] потенциальные сайты модификации GPI или ТМ-белки. Было семь предсказанных сайтов сумоилирования,^[13] цитаты множественного фосфорилирования, большинство из которых являются неспецифическими,^[14] и девять сайтов гликозилирования.^[15]

Посттрансляционная модификация белка C11orf16^[16]

Предиктор субклеточной локализации

Предполагается, что белок будет локализован в ядре с вероятностью 47,8%; митохондрии с вероятностью 26,1%.^[17]

Белковое взаимодействие

Белки C1orf105 (открытая рамка считывания 105 хромосомы 1), PWWP2A, и SMYD1 (SET и MYND домен, содержащий 1), как было обнаружено, взаимодействуют с C11orf16.^[18]

Клиническое значение

Ассоциация болезней

Белок, кодируемый геном C11orf16, также имеет 19,61% идентичности последовательности с опухолевый супрессор p53 -связывающий белок, предполагающий, что этот ген может быть вовлечен в процесс подавления опухоли.^[19]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000176029 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031022 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Amid C, Bahr A, Mujica A, Sampson N, Bikar SE, Winterpacht A, Zabel B, Hankeln T, Schmidt ER (август 2001 г.). «Сравнительное геномное секвенирование обнаруживает поразительно сходную архитектуру консервативной синтенической области на хромосоме 11p15.3 человека (включая ген ST5) и хромосоме 7 мыши». Cytogenet Cell Genet. 93 (3–4): 284–90. Дои:10.1159/000056999. PMID  11528127. S2CID  27611036.
6. "Ген Энтреза: C11orf16 хромосома 11 открытая рамка считывания 16".
7. «Геноматикс».
8. «Нуклеотид NCBI».
9. "Expasy".
10. «Сигма-антитела».
11. "Сканер мотивов".
12. «ТМХММ».
13. «СУМОплот».
14. «НетФос».
15. "YingOYang".
16. "Проттер".
17. «ПСОРТII».^{[постоянная мертвая ссылка ]}
18. "Нить".
19. «ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ». Архивировано из оригинал на 2018-05-07. Получено 2018-05-06.

внешняя ссылка

• Человек C11orf16 расположение генома и C11orf16 страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.
• C11orf16 информация о Генные Карты

дальнейшее чтение

• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.