CCDC47 - CCDC47

CCDC47
Идентификаторы
ПсевдонимыCCDC47, MSTP041, GK001, домен coiled-coil, содержащий 47, THNS
Внешние идентификаторыOMIM: 618260 MGI: 1914413 ГомолоГен: 41351 Генные карты: CCDC47
Расположение гена (человек)
Хромосома 17 (человек)
Chr.Хромосома 17 (человек)[1]
Хромосома 17 (человек)
Геномное расположение CCDC47
Геномное расположение CCDC47
Группа17q23.3Начинать63,745,255 бп[1]
Конец63,776,351 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

57003

67163

Ансамбль

ENSG00000108588

ENSMUSG00000078622

UniProt

Q96A33

Q9D024

RefSeq (мРНК)

NM_020198

NM_026009

RefSeq (белок)

NP_064583

NP_080285

Расположение (UCSC)Chr 17: 63,75 - 63,78 Мбн / д
PubMed поиск[2][3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Спиральный домен 47 (CCDC47) это ген, расположенный на хромосома человека 17, в частности, локус 17q23.3, который кодирует белок CCDC47. У гена есть несколько псевдонимов, включая GK001 и MSTP041. Сам белок содержит домены спиральной спирали, суперсемейство SEEEED, домен неизвестной функции (DUF1682) и трансмембранный домен. Функция белка неизвестна, но было высказано предположение, что CCDC47 участвует в гомеостазе ионов кальция и реакции перегрузки эндоплазматического ретикулума.[4]

Ген

Сам ген CCDC47 расположен на минусовой цепи хромосома человека 17 и содержит 13 экзон сайтов сплайсинга и 14 различных интроны. После удаления экзонов длина гена составляет 3445 пар оснований. Нет доказательств для микро РНК или псевдогены. Ген не имеет различных изоформы существует только вариант транскрипции 1X.

Геномное расположение CCDC47 в 17q23.3[5]

Протеин

Структура

Белок, кодируемый CCDC47, имеет длину 483 аминокислоты и содержит как сигнальный пептид и трансмембранный домен. Он богат отрицательно заряженными аминокислотами, такими как аспарагиновая кислота и глютаминовая кислота придавая ему кислый изоэлектрическая точка из 4,56.[6] Белок также богат метионин. В целом он весит 55,9 кДал, что сохраняется с помощью различных ортологов. CCDC47 также содержит суперсемейство SEEEED и домен неизвестной функции 1682 (DUF1682). Суперсемейство SEEEED представляет собой короткую область низкой сложности, которая состоит в основном из серина. Семейство обычно лежит на белках субъединицы 3 бета-1 адапторного комплекса клатрина.[7] Точная функция DUF 1682 неясна, но один член семейства был описан как специфический для адипоцитов белок.[8]

PHYRE смог с достоверностью 76,1% предсказать структуру С-конца CCDC47 по аминокислотам 396-473. Эта структура альфа-спирали изображена выше.

Есть два предсказанных дисульфидные связи в структуре CCDC47 цистеины от 209 до 214 и цистеины от 215 до 283 соответственно.[9] С-концевая часть белка сильно заряжена и ее вторичная структура прогнозируется, что это альфа спираль область, край.[10] Эта область также содержит домены спиральной спирали, которые представляют собой структурные мотивы, в которых 2-7 альфа-спиралей скручены вместе и впоследствии участвуют в биологической экспрессии. Эти домены обычно следуют схеме HxxHCxC, где H - гидрофобная аминокислота, C - заряженная аминокислота, а x - любая аминокислота.[11] Многие аминокислотные последовательности, следующие этому паттерну, видны в С-концевой области CCDC47, где представлена ​​самая высокая консервативность через ортологи.

Белковая конструкция CCDC47, включая сигнальный пептид, суперсемейство SEEEED, трансмембранный домен и DUF1682.

Регулирование и перевод

CCDC47 регулируется промотором GXP43413.[12] Длина промотора составляет 819 пар оснований, и он очень консервативен у млекопитающих. Консервативные сайты связывания у млекопитающих, которые расположены на этом промоторе, включают ядерный респираторный фактор 1 (NFR1), белок, связывающий цАМФ-чувствительный элемент (CREB), семейство PAR b ZIP и фактор транскрипции Sp4. NRF1 кодирует белок, который гомодимеризует и активирует экспрессию ключевых метаболических генов. CREB связывается с элементами ответа цАМФ, тем самым увеличивая или уменьшая транскрипцию нижестоящих генов.[13] в то время как семейство PAR b ZIP участвует в регуляции циркадные ритмы.[14]Что касается мРНК, перевод начинается с базовой пары 337 и заканчивается 1728. Существует сильная стержень петля расположен в области 5 'UTR от оснований 289-318, которая, вероятно, участвует в регуляции мРНК из-за ее непосредственной близости к стартовый кодон.[15]

Сотовая связь

Считается, что конечный белок транслируется из эндоплазматического ретикулума в цитоплазму клетки. Белок закреплен в мембране ER в трансмембранном домене, расположенном от аминокислот 137 до 165.[16] Часть белка, которая распространяется в цитозоль прогнозируется высокий фосфорилированный поскольку сайты фосфорилирования белка сохраняются в ортологах костных рыб.[17] Исследования показали, что CCDC47 выражается в ответе на перегрузку ER, что делает эту близость к ER важной.[18]

Пост-переводная модификация

Помимо высоких уровней фосфорилирование Как видно из CCDC47, три сайта сульфинирования предсказываются и сохраняются у млекопитающих, рептилий и птиц, но не у рыб, амфибий или беспозвоночных.[19] Пять потенциальных сумоилирование участки также видны и сохраняются до костных рыб.[20] Здесь нет гликозилирование белка, так как не прогнозируется его распространение во внеклеточную часть клетки.

Выражение

Микрочип Паттерны тканевой экспрессии из GEO были проанализированы и показали, что CCDC47, по-видимому, повсеместно экспрессируется на умеренных уровнях во многих различных тканях человека.[21] Хотя белок экспрессируется повсеместно, самые высокие уровни экспрессии наблюдаются в нейрональных тканях, таких как верхний шейный ганглий, миндалины мозга и ресничный узел. Повышенное выражение также наблюдается в щитовидная железа и клетки CD34 +.

Гомология

CCDC47 не знает паралоги с помощью текстовых запросов, BLAST и BLAT. У гена много ортологи вплоть до беспозвоночных, таких как C. elegans и является высококонсервативным у млекопитающих с процентной идентичностью более 95%. CCDC47 был секвенирован в широкой таксономии организмов, включая млекопитающих, птиц, рептилий, амфибий, костистых рыб и беспозвоночных. Как и ожидалось, процентная идентичность человеческого CCDC47 определенному ортологу снижается с увеличением количества лет расхождения. Гомологичные гены CCDC47 также присутствуют у комаров, грибов, арабидопсиса и азиатского риса. Эти гомологи содержат тот же DUF1682, что и в CCDC47.

Ортологи CCDC47
Род

Разновидность

Общее название организмаРасхождение с

Люди (MYA)[22]

NCBI белок

Регистрационный номер

Идентичность последовательности

к людям[23]

Длина последовательности

(AA)

Mus musculusМышь92.3NP_080285.297.90%483
Myotis davidiiМышиноухая летучая мышь94.2XP_006776781.197.50%483
Элефантулус ЭдвардаСлоновая землеройка98.7XP_006886355.195.00%483
Аллигатор миссисипиенсисАмериканский аллигатор296XP_006271625.191.00%482
Falco CherrugБалобан296XP_005439470.190.10%482
Офиофаг ханнаКоролевская кобра296ETE7395578.90%516
Xenopus laevis Африканская когтистая лягушка371.2NP_001087058.178.70%489
Данио РериоЗебра Рыба400.1NP_001004551.176.20%486
Latimeria chalumnaeЛатимерия414.9XP_00599466.383.50%478
Saccoglossus kowalevskiiЖелудь червь661.2XP_00682210850.50%496
Pediculus humanus corporisЧеловеческие вши782.7XP_00242435946.10%447
Ациртосифон пизонТля782.7NP_00116214743.50%449
Caenorhabditis elegansАскариды937.5NP_497788.135.10%442

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000108588 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «AceView». NCBI. Получено 1 марта 2014.[постоянная мертвая ссылка ]
  5. ^ "Спиральный домен CCDC47, содержащий 47". NCBI. Получено 3 марта 2014.
  6. ^ «САПС Анаисис». Инструментальные средства SDSC. Получено 14 апреля 2014.
  7. ^ "NCBI BLAST". Национальный центр биотехнологической информации. Получено 7 марта 2014.[постоянная мертвая ссылка ]
  8. ^ "Генкарты". Сборник человеческих генов. Получено 7 марта 2014.
  9. ^ «Сульфинатор». ExPASy. Получено 7 апреля 2014.
  10. ^ "Программное обеспечение для распознавания белков PHYRE 2". Получено 14 апреля 2014.
  11. ^ Мейсон Дж. М., Арндт К. М. (2004). «Спиральные домены: стабильность, специфичность и биологические последствия». ChemBioChem. 5 (2): 170–6. Дои:10.1002 / cbic.200300781. PMID  14760737. S2CID  39252601.
  12. ^ "Эльдорадо". Геноматикс. Получено 3 апреля 2014.[постоянная мертвая ссылка ]
  13. ^ «Протеин один». Факторы транскрипции. Архивировано из оригинал на 2014-06-05. Получено 29 марта 2014.
  14. ^ "Протеиновый центр, семейство PAR b ZIP". Получено 28 марта, 2014.
  15. ^ "Веб-сервер mfold". Получено 3 апреля 2014.
  16. ^ «Сервер фильтров ДАС-ТМ». ExPASy. Получено 17 апреля 2014.
  17. ^ "NetPhos Server 2.0". ExPASy. Получено 20 апреля 2014.
  18. ^ Вигери, Натали; Пикард, Флора; Привет, Габби; Руссель, Бальбин; Барбе, Пьер; Iacovoni, Jason S .; Валле, Карин; Ланген, Доминик; Сарис, Вим Х. М. (2012). «Множественные эффекты краткосрочного лечения дексаметазоном на человеческие скелетные мышцы и жировую ткань». Физиологическая геномика. 44 (2): 141–151. Дои:10.1152 / физиолгеномика.00032.2011. ISSN  1094-8341. PMID  22108209.
  19. ^ «Сульфинатор». ExPASy. Получено 20 апреля 2014.
  20. ^ «СумопЛОТ». ExPASy. Получено 20 апреля 2014.[постоянная мертвая ссылка ]
  21. ^ «Профили GEO». NCBI. Получено 20 марта 2014.
  22. ^ «Дерево времени: шкала времени жизни». Получено 13 марта 2014.
  23. ^ "ВЗРЫВ". NCBI. Получено 13 марта 2014.

внешняя ссылка