ДГЛЮСИ - DGLUCY

ДГЛЮСИ
Идентификаторы
Псевдонимы	ДГЛЮСИ, C14orf159, открытая рамка считывания 159 хромосомы 14, D-глутаматциклаза
Внешние идентификаторы	MGI: 2444813 ГомолоГен: 11798 Генные карты: ДГЛЮСИ
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 14 (человек)[1] Группа 14q32.11 Начинать 91,060,333 бп[1] Конец 91,225,632 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 12 (мышь)[2] Группа 12 | 12 E Начинать 100,779,057 бп[2] Конец 100,896,981 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Активность D-глутаматциклазы • лиазная активность • молекулярная функция Сотовый компонент • митохондрия • митохондриальный матрикс • клеточный компонент Биологический процесс • метаболический процесс глутамата • биологический процесс Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	80017	217830
Ансамбль	ENSG00000133943	ENSMUSG00000021185
UniProt	Q7Z3D6	Q8BH86
RefSeq (мРНК)	NM_024952 NM_001102366 NM_001102367 NM_001102368 NM_001102369 NM_001286470 NM_001286471 NM_001286472 NM_001286473 NM_001358310 NM_001358311 NM_001358312	NM_145448 NM_001361017 NM_001361020 NM_001361023
RefSeq (белок)	NP_001095836 NP_001095837 NP_001095838 NP_001095839 NP_001273399 NP_001273400 NP_001273401 NP_001273402 NP_079228 NP_001345239 NP_001345240 NP_001345241	NP_663423 NP_001347946 NP_001347949 NP_001347952
Расположение (UCSC)	Chr 14: 91.06 - 91.23 Мб	Chr 12: 100,78 - 100,9 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

DGLUCY (D-глутаматциклаза) это белок что у людей кодируется ДГЛЮСИ ген.^[5]

Ортологи

Человеческий ген, DGLUCY, высоко консервативен у млекопитающих и птиц.^[6] Ортологи полученные с помощью поисков BLAST и BLAT показывают, что последовательность мРНК DGLUCY человека является консервативной с идентичностью последовательности 98% в шимпанзе, 88% в мышей, и 81% в утконос и курица.^[7][8] В следующей таблице содержится список ортологов, собранных в результате поиска BLAST. Выравнивание последовательностей выполняли с использованием blastn для определения идентичности последовательностей, баллов и значений Е между мРНК варианта 1 человека c14orf159 и его ортологами.

Ортологи-мРНК C14orf159 человека

Род и виды	Распространенное имя	Регистрационный номер NCBI	Длина последовательности (п.о.)	Идентичность последовательности	Счет	E-значение
Homo sapiens	Человек	NM_001102366	3164	100%		0
Пан троглодиты	Шимпанзе	XM_510121	2974	98%	4281	0
Mus musculus	Мышь	NM_145448	3231	88%	495	0
Орниторинхус анатинус	Утконос	XM_00154336.1	1962	81%	217	0
Gallus gallus	Курица	XM_421319	3389	81	50	0

Было обнаружено, что белок, который кодирует человеческий ген DGLUCY, является высококонсервативным среди млекопитающих, птиц, амфибий, рыб, оболочки, книдарийцы, и иглокожие. Однако белковые ортологи в нематоды, членистоногие, грибы, простейшие, растения, бактерии или архея. Грибы и бактерии содержат консервативный домен DUF1445, который обнаружен в человеческом c14orf159 и его ортологах. Поиски BLAST и BLAT были использованы для поиска ортологов белка c14orf159. В следующей таблице перечислены белковые ортологи для человеческого белка с идентичностью последовательностей, сходством последовательностей, баллами и значениями E, полученными из сравнения последовательностей blastp.^[9]

Человеческий C14orf159 Ортологи-белок

Род и виды	Распространенное имя	Регистрационный номер NCBI	Длина последовательности аминокислот	Идентичность последовательности	Сходство последовательностей	Счет	E-значение
Homo sapiens	Человек	NP_001095839.1	564	100%	100%		0
Пан троглодиты	Шимпанзе	XP_510121.2	724	557/621 (89%)	561/621 (90%)	1109	0
Ailuropoda melanoleuca	Панда	EFB15996.1	585	413/585 (70%)	461/585 (78%)	824	0
Раттус норвегикус	Крыса	XP_343096.2	618	423/618 (68%)	470/618 (76%)	774	0
Mus musculus	Мышь	NP_663423.2	617	414/623 (66%)	468/621 (75%)	796	0
Equus caballus	Лошадь	XP_001916913.1	581	390/585 (66%)	433/585 (74%)	728	6E-115
Орниторинхус анатинус	Утконос	XP_001514386.1	653	358/628 (57%)	443/628 (70%)	696	0
Gallus gallus	Курица	XP_421319.2	617	330/614 (53%)	414/614 (67%)	630	0
Xenopus tropicalis	Западная когтистая лягушка	CAJ82045.1	616	302/611 (49%)	399/611 (65%)	582	1E-170
Данио Рерио	Данио	AAI244131.1	621	284/607 (46%)	386/607 (63%)	530	6E-155
Branchiostoma floridae	Ланцетник	XP_002612376.1	615	237/611 (38%)	334/611 (54%)	397	6E-115
Циона кишечника	Ваза-оболочка	XP_001173256	486	161/501 (32%)	241/501 (48%)	244	5E-69
Стронгилоцентротус пурпуратус	Калифорнийский фиолетовый морской еж	XP_782739.1	631	9/33 (27%)	15/33 (45%)	320	5E-87
Nematostella vectensis	Звездочка морского анемона	XP_001637867	529	134/501 (26%)	211/501 (42%)	120	1E-31

Посттрансляционная модификация

Белковый продукт гена DGLUCY предсказывается^[5] и был найден^[10][11] быть перемещенный к митохондрия.

Посттрансляционные модификации предсказываются для белка DGLUCY. Все предсказанные сайты в человеческом DGLUCY сравнивали с ортологами с использованием множественного выравнивания последовательностей для определения вероятности модификации.^{[12][13][14][15][16]}

Регулирование

Рецептор эстрогена альфа, в присутствии эстрадиол, связывается с геном DGLUCY и, вероятно, регулирует его экспрессию.^[17]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000133943 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021185 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Ген Энтреза: C14orf159 хромосома 14 открытая рамка считывания 159".
6. ВЗРЫВ. NCBI. по состоянию на 19 апреля 2010 г. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
7. Веб-сайт UCSC Genome Browser, BLAT. по состоянию на 10 апреля 2010 г.
8. ВЗРЫВ. NCBI. по состоянию на 19 апреля 2010 г.
9. Blastp. NCBI. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
10. Мехрле А., Розенфельдер Х. "RZPD CloneID DKFZp686J0759". LifeDB: база данных для локализации, взаимодействия, функциональных анализов и экспрессии белков. Немецкий центр исследования рака.
11. Wiemann S, Arlt D, Huber W., Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Res. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК  528930. PMID  15489336.
12. Прогнозирование гликозилирования в протеоме человека и корреляция с функцией белка. Гупта, Р. и С. Брунак. Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу, 7: 310-322, 2002 <http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/ >.
13. Определение местонахождения белков в клетке с помощью TargetP, SignalP и связанных с ними инструментов Олоф Эмануэльссон, Сорен Брунак, Гуннар фон Хейне, Хенрик Нильсен, Nature Protocols 2, 953-971 (2007) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/.
14. Сканирование доступного протеома Dictyostelium discoideum на предмет O-связанных сайтов гликозилирования GlcNAc с использованием нейронных сетей. Р. Гупта, Э. Юнг, А.А. Гули, К. Уильямс, С. Брунак и Дж. Хансен. Гликобиология: 9 (10): 1009-22, 1999. http://www.cbs.dtu.dk/services/DictyOGlyc/.
15. Анализ и прогноз гликирования белков млекопитающих. Мортен Бо Йохансен, Ларс Кимер и Сорен Брунак Гликобиология, 16: 844-853, 2006 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGlycate/.
16. Сульфинатор. Инструменты Expasy. 2010 г. http://expasy.org/tools/sulfinator/.
17. Крикмор А.Л., Зиглер Ю.С., Боней Дж. Л., Нардулли А.М. (март 2007 г.). «Рецептор эстрогена α регулирует экспрессию гена кольцевого домена 1, связанного с раком груди 1 (BARD1), через интронную последовательность ДНК». Мол. Клетка. Эндокринол. 267 (1–2): 106–15. Дои:10.1016 / j.mce.2007.01.001. ЧВК  1933484. PMID  17275994.

внешняя ссылка

• Человек C14orf159 расположение генома и C14orf159 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Конструирование и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК с обогащением по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК  311072. PMID  11230166.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Кларк Х.Ф., Герни А.Л., Абая Э. и др. (2003). «Инициатива по открытию секретных белков (SPDI), широкомасштабное усилие по идентификации новых секретируемых человеком и трансмембранных белков: оценка биоинформатики». Genome Res. 13 (10): 2265–70. Дои:10.1101 / гр.1293003. ЧВК  403697. PMID  12975309.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Ченг Дж., Капранов П., Дренкоу Дж. И др. (2005). «Транскрипционные карты 10 хромосом человека с разрешением 5 нуклеотидов». Наука. 308 (5725): 1149–54. Bibcode:2005Наука ... 308.1149C. Дои:10.1126 / science.1108625. PMID  15790807.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D415–8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК  1347501. PMID  16381901.