Штрих-кодирование ДНК при оценке диеты - DNA barcoding in diet assessment

Штрих-кодирование ДНК при оценке диеты это использование Штрих-кодирование ДНК проанализировать рацион питания организмов.[1][2] и далее обнаруживать и описывать их трофические взаимодействия.[3][4] Этот подход основан на идентификации потребленных разновидность по характеристике ДНК присутствует в диетических образцах,[5] например отдельные остатки пищи, срыгивания, образцы кишечника и фекалий, гомогенизированное тело организма-хозяина, цель исследования диеты (например, со всем телом насекомые[6]).

В Секвенирование ДНК подход, который следует принять, зависит от рацион питания широта целевого потребителя. Для организмов, питающихся одним или несколькими видами, традиционный Секвенирование по Сэнгеру методы могут быть использованы. За многоядный виды с продуктами питания, которые труднее идентифицировать, можно определить все потребляемые виды, используя Методология NGS.[7]

В штрих-код маркеры используемые для амплификации будут отличаться в зависимости от диеты целевого организма. За травоядное животное диеты, стандартный штрих-код ДНК места будет существенно отличаться в зависимости от растения таксономический уровень.[8] Следовательно, для выявления ткань растения в таксономическом семья или же род уровень, маркеры rbcL и trn-L-интрон используются, которые отличаются от локусов ИТС2, matK, trnH-psbA (некодирующий межгенный спейсер), используемый для идентификации продуктов питания по роду и разновидность уровень.[9] Что касается добычи животных, наиболее широко используемыми маркерами штрих-кода ДНК для определения рациона являются митохондриальная цитокром С-оксидаза (COI ) и цитохром b (cytb ).[10] Когда диета широкая и разнообразная, Метабаркодирование ДНК используется для идентификации большинства потребляемых предметов.[11]

Преимущества

Основное преимущество использования штрих-кодирования ДНК при оценке рациона - это возможность обеспечить высокое таксономическое разрешение потребляемых видов.[12] Действительно, по сравнению с традиционным морфологическим анализом, штрих-кодирование ДНК позволяет более надежно разделить близкородственные таксоны, снижая наблюдаемую систематическую ошибку.[13][14] Кроме того, штрих-кодирование ДНК позволяет обнаруживать мягкие и хорошо переваренные предметы, не распознаваемые посредством морфологической идентификации.[15] Например, Паукообразные питаются предварительно переваренными телами насекомых или других мелких животных, и содержимое их желудков слишком разложено и морфологически не распознается с использованием традиционных методов, таких как микроскопия.[16]

При исследовании рациона травоядных животных метабаркодирование ДНК позволяет обнаруживать хорошо перевариваемые растения с большим количеством идентифицированных таксонов по сравнению с микрогистология и макроскопический анализ.[17][18] Например, Nichols et al. (2016) подчеркнули таксономическую точность метабаркодирования на рубец содержание, при этом в среднем 90% ДНК-последовательностей идентифицируются на уровне рода или вида по сравнению с 75% фрагментов растений, распознаваемых с помощью макроскопии. Morevoer, еще одно эмпирически проверенное преимущество метабаркодирования по сравнению с традиционными трудоемкими методами, предполагает более высокую экономическую эффективность.[19] Наконец, благодаря прекрасному разрешению штрих-кодирование ДНК представляет собой важный инструмент в управление дикой природой определить пищевые привычки вымирающие виды и животные, которые могут нанести вред окружающей среде кормлением.[20]

Вызовы

С помощью штрих-кодирования ДНК невозможно получить информацию о поле или возрасте жертвы, что может иметь решающее значение. Это ограничение в любом случае можно преодолеть с помощью дополнительного шага анализа, используя микросателлитный полиморфизм и Амплификация Y-хромосомы.[21][22] Более того, ДНК предоставляет подробную информацию о самых последних событиях (например, 24–48 часов), но не может обеспечить более длительную перспективу питания, если не проводится непрерывный отбор образцов.[23] Дополнительно при использовании универсальные праймеры которые амплифицируют области «штрих-кода» из широкого диапазона видов пищи, амплифицируемая ДНК хозяина может значительно превосходить по количеству присутствие ДНК жертвы, что затрудняет обнаружение добычи. Однако стратегия предотвращения хоста Амплификация ДНК может быть добавлением специфичного для хищника блокирующий праймер.[24][25] [26] Действительно, блокирующие праймеры для подавления амплификации ДНК хищников позволяют амплификацию других групп позвоночных и производят ампликон смеси, состоящие преимущественно из пищевой ДНК.[27][28]

Несмотря на улучшение оценки рациона с помощью штрих-кодирования ДНК, вторичное потребление (добыча, паразиты и т. Д.) По-прежнему является мешающим фактором. Фактически, некоторая вторичная жертва может привести к анализу как первичная добыча, что приведет к появлению предвзятость. Однако из-за гораздо более низкого общего биомасса а на более высоком уровне деградации ДНК вторичной жертвы может составлять лишь незначительную часть восстановленных последовательностей по сравнению с первичной добычей.[29]

Количественная интерпретация результатов штрих-кодирования ДНК непроста.[30] Были попытки использовать количество последовательности извлечены для оценки количества видов жертв в составе рациона (например, кишечник, фекалии). Например, если волк съел больше лося, чем кабан, в его кишечнике должно быть больше ДНК лося, и, таким образом, будет восстановлено больше лосейных последовательностей. Несмотря на доказательства общей корреляции между порядковым номером и биомассой, фактические оценки этого метода оказались безуспешными.[31][32] Это можно объяснить тем, что ткани изначально содержат разную плотность ДНК и могут по-разному перевариваться.[33]

Примеры

Млекопитающие

Млекопитающие диета широко изучается с помощью штрих-кодирования ДНК и метабаркодирования. Некоторые различия в методологии могут наблюдаться в зависимости от стратегии кормления целевого вида млекопитающих, т.е. травоядное животное, плотоядное животное, или же всеядный.

ДНК травоядных млекопитающих обычно извлекается из образцов фекалий.[34][35][36][37] или же рубец содержимое, полученное от убитых на дороге или животных, убитых во время обычной охоты.[38] В штрих-кодировании ДНК трнПодход L можно использовать для идентификации видов растений с помощью очень коротких, но информативных фрагмент из хлоропластная ДНК (Петля Р6 петли хлоропласт trnL (UAA) интрон ).[39] Потенциально это приложение применимо ко всем травоядным видам, питающимся покрытосеменные и голосеменные[39] В качестве альтернативы трнL подход, маркеры rbcL, ИТС2, matK, trnH-psbA может использоваться для увеличения видов растений.

При изучении мелких травоядных животных с загадочным образом жизни, таких как полевки и лемминги, ДНК-штрих-кодирование съеденных растений может быть важным инструментом, дающим точную картину использования пищи.[40] Кроме того, высокое разрешение идентификации растений, полученное с помощью штрих-кодирования ДНК, позволяет исследователям понять изменения в составе рациона с течением времени и вариабельность среди людей, как это наблюдается в альпийская серна (Рупикапра рупикапра).[41] В период с октября по ноябрь, анализируя состав фекалий с помощью штрих-кодирования ДНК, альпийская серна показала изменение в предпочтениях в диете. Кроме того, в течение каждого месяца среди людей наблюдались разные категории диеты.[42]

Фекалии волка (Canis lupus), собранные в Швеции
Фекалии волка (Canis lupus), собранные в Швеции

Для хищников использование неинвазивный подходы имеют решающее значение, особенно при работе с неуловимыми и вымирающие виды. Оценка рациона с помощью штрих-кодирования ДНК фекалий может иметь большую эффективность при обнаружении видов добычи по сравнению с традиционным анализом рациона, который в основном основан на морфологической идентификации непереваренных твердых остатков в фекалиях.[43] Оценка разнообразия рациона позвоночных леопардовый кот (Prionailurus bengalensis) в Пакистане, Shehzad et al. (2012) идентифицировали в общей сложности 18 таксонов добычи, используя штрих-кодирование ДНК на фекалиях. Сообщалось о восьми различных таксонах птиц, в то время как предыдущие исследования, основанные на традиционных методах, не выявили каких-либо видов птиц в рационе леопардовой кошки.[44] Другой пример - использование штрих-кодирования ДНК для идентификации мягких останков добычи в содержимом желудков хищников, например серые тюлени (Halichoerus grypus) и морские свиньи (Phocoena phocoena).[45]

Метабаркодирование ДНК меняет правила игры при изучении сложных диет, таких как всеядные хищники, питающиеся множеством различных видов растений и животных.[46][47] Эта методология не требует знаний о пище, потребляемой животными в среде обитания, которую они занимают.[48] В исследовании на бурый медведь (Ursus arctos) диета, метабаркодирование ДНК позволило точно реконструировать широкий спектр таксономически различных элементов, присутствующих в образцах фекалий, собранных в полевых условиях.[49]

Птицы

Рыбы

Членистоногие

Смотрите также

Ссылка

  1. ^ Кинг Р.А., Рид Д.С., Трауготт М., Саймондсон В.О. (февраль 2008 г.). «Молекулярный анализ хищничества: обзор лучших практик для подходов на основе ДНК». Молекулярная экология. 17 (4): 947–63. Дои:10.1111 / j.1365-294X.2007.03613.x. PMID  18208490.
  2. ^ Помпанон Ф., Дигл Б. Э., Симондсон В. О., Браун Д. С., Джарман С. Н., Таберлет П. (апрель 2012 г.). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения». Молекулярная экология. 21 (8): 1931–50. Дои:10.1111 / j.1365-294X.2011.05403.x. PMID  22171763.
  3. ^ Шеппард С.К., Харвуд Д.Д. (октябрь 2005 г.). «Достижения в молекулярной экологии: отслеживание трофических связей через пищевые сети хищник-жертва». Функциональная экология. 19 (5): 751–762. Дои:10.1111 / j.1365-2435.2005.01041.x.
  4. ^ Кресс В.Дж., Гарсия-Робледо К., Уриарте М., Эриксон Д.Л. (январь 2015 г.). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции. 30 (1): 25–35. Дои:10.1016 / j.tree.2014.10.008. PMID  25468359.
  5. ^ Помпанон Ф., Дигл Б. Э., Симондсон В. О., Браун Д. С., Джарман С. Н., Таберлет П. (апрель 2012 г.). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения». Молекулярная экология. 21 (8): 1931–50. Дои:10.1111 / j.1365-294x.2011.05403.x. PMID  22171763.
  6. ^ Харвуд Дж. Д., Десне Н., Ю Х. Дж., Роули Д. Л., Гринстоун М. Х., Обрики Дж. Дж., О'Нил Р. Дж. (Октябрь 2007 г.). «Отслеживание роли альтернативной добычи в хищничестве соевой тли Orius insidiosus: молекулярный подход». Молекулярная экология. 16 (20): 4390–400. Дои:10.1111 / j.1365-294x.2007.03482.x. PMID  17784913.
  7. ^ Помпанон Ф., Дигл Б. Э., Симондсон В. О., Браун Д. С., Джарман С. Н., Таберлет П. (апрель 2012 г.). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения». Молекулярная экология. 21 (8): 1931–50. Дои:10.1111 / j.1365-294x.2011.05403.x. PMID  22171763.
  8. ^ Кресс В.Дж., Гарсия-Робледо К., Уриарте М., Эриксон Д.Л. (январь 2015 г.). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции. 30 (1): 25–35. Дои:10.1016 / j.tree.2014.10.008. PMID  25468359.
  9. ^ Кресс В.Дж., Гарсия-Робледо К., Уриарте М., Эриксон Д.Л. (январь 2015 г.). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции. 30 (1): 25–35. Дои:10.1016 / j.tree.2014.10.008. PMID  25468359.
  10. ^ Тобе СС, Китченер А., Линакр А (декабрь 2009 г.). «Цитохром b или субъединица I цитохром с оксидазы для идентификации видов млекопитающих - ответ на дискуссию». Forensic Science International: Серия дополнений по генетике. 2 (1): 306–307. Дои:10.1016 / j.fsigss.2009.08.053. ISSN  1875-1768.
  11. ^ Якубавичюте Э., Бергстрём У., Эклёф Дж. С., Хенель К., Бурлат С. Дж. (Октябрь 2017 г.). «Метабаркодирование ДНК выявляет разнообразное питание трехиглой колюшки в прибрежной экосистеме». PLOS ONE. 12 (10): e0186929. Bibcode:2017PLoSO..1286929J. Дои:10.1371 / journal.pone.0186929. ЧВК  5653352. PMID  29059215.
  12. ^ Гарник С., Барбоза П.С., Уокер Дж. В. (июль 2018 г.). «Оценка методов на животных, используемых для оценки и мониторинга состава рациона пастбищных травоядных животных». Экология и менеджмент пастбищных угодий. 71 (4): 449–457. Дои:10.1016 / j.rama.2018.03.003.
  13. ^ Сантос Т., Фонсека С., Баррос Т., Годиньо Р., Бастос-Сильвейра С., Бандейра В., Роча Р.Г. (2015-05-20). «Использование содержимого желудка для анализа диеты плотоядных животных с помощью штрих-кодирования ДНК». Биология дикой природы на практике. 11 (1). Дои:10.2461 / wbp.2015.11.4.
  14. ^ Валентини А., Помпанон Ф, Таберлет П. (февраль 2009 г.). «Штрих-кодирование ДНК для экологов». Тенденции в экологии и эволюции. 24 (2): 110–7. Дои:10.1016 / j.tree.2008.09.011. PMID  19100655.
  15. ^ Пиньол Дж., Сан-Андрес В., Клэр Э.Л., Мир Дж., Симондсон В.О. (январь 2014 г.). «Прагматический подход к анализу рационов универсальных хищников: использование секвенирования следующего поколения без блокирующих зондов» (PDF). Ресурсы по молекулярной экологии. 14 (1): 18–26. Дои:10.1111/1755-0998.12156. PMID  23957910.
  16. ^ Агусти Н., Шейлер С.П., Харвуд Д.Д., Воган И.П., Сандерленд К.Д., Саймондсон В.О. (2003). «Коллембола как альтернативная добыча пауков в пахотных экосистемах: обнаружение добычи у хищников с использованием молекулярных маркеров». Молекулярная экология. 12 (12): 3467–3475. Дои:10.1046 / j.1365-294X.2003.02014.x. PMID  14629361.
  17. ^ Николс Р., Окессон М., Кьелландер П. (июнь 2016 г.). «Оценка диеты на основе содержимого рубца: сравнение метабаркодирования ДНК и макроскопии». PLOS ONE. 11 (6): e0157977. Bibcode:2016PLoSO..1157977N. Дои:10.1371 / journal.pone.0157977. ЧВК  4913902. PMID  27322387.
  18. ^ Сойнинен Э.М., Валентини А., Куассак Э., Микель С., Гилли Л., Брохманн С., Бристинг А.К., Сонстебё Дж. Х., Имс РА, Йоккоз Н.Г., Таберлет П. (август 2009 г.). «Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных смесей растений». Границы зоологии. 6 (1): 16. Дои:10.1186/1742-9994-6-16. ЧВК  2736939. PMID  19695081.
  19. ^ Штейн Э.Д., Мартинес М.К., Стайлз С., Миллер П.Е., Захаров Э.В. (апрель 2014 г.). Казираги М (ред.). «Действительно ли штрих-кодирование ДНК дешевле и быстрее, чем традиционные морфологические методы: результаты обзора усилий по биооценке пресной воды в Соединенных Штатах?». PLOS ONE. 9 (4): e95525. Bibcode:2014PLoSO ... 995525S. Дои:10.1371 / journal.pone.0095525. ЧВК  3995707. PMID  24755838.
  20. ^ Андо Х, Фуджи С., Каванабе М., Ао И, Иноуэ Т., Такенака А. (октябрь 2018 г.). «Оценка загрязнения растений в анализе диеты с метабаркодированием травоядных». Научные отчеты. 8 (1): 15563. Bibcode:2018НатСР ... 815563A. Дои:10.1038 / s41598-018-32845-w. ЧВК  6197254. PMID  30349088.
  21. ^ Гриффитс Р., Тивари Б. (декабрь 1993 г.). «Праймеры для дифференциальной амплификации гена Y области, определяющей пол, у ряда видов млекопитающих». Молекулярная экология. 2 (6): 405–6. Дои:10.1111 / j.1365-294x.1993.tb00034.x. PMID  8162230.
  22. ^ Таберлет П., Луйкарт Г. (сентябрь 1999 г.). «Неинвазивный генетический отбор и индивидуальная идентификация». Биологический журнал Линнеевского общества. 68 (1–2): 41–55. Дои:10.1111 / j.1095-8312.1999.tb01157.x. ISSN  0024-4066.
  23. ^ Томсен П.Ф., Килгаст Дж., Иверсен Л.Л., Мёллер П.Р., Расмуссен М., Виллерслев Э. (август 2012 г.). «Обнаружение разнообразной морской фауны рыб с использованием ДНК окружающей среды из проб морской воды». PLOS ONE. 7 (8): e41732. Bibcode:2012PLoSO ... 741732T. Дои:10.1371 / journal.pone.0041732. ЧВК  3430657. PMID  22952584.
  24. ^ Вестхейм Х., Ярман С.Н. (июль 2008 г.). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах - тематическое исследование ДНК жертвы в желудках антарктического криля». Границы зоологии. 5 (1): 12. Дои:10.1186/1742-9994-5-12. ЧВК  2517594. PMID  18638418.
  25. ^ Шехзад В., Риаз Т., Наваз М.А., Микель К., Пуайо С., Шах С.А., Помпанон Ф., Куассак Е., Таберле П. (апрель 2012 г.). «Анализ рациона хищников на основе секвенирования следующего поколения: применение к леопардовому коту (Prionailurus bengalensis) в Пакистане». Молекулярная экология. 21 (8): 1951–65. Дои:10.1111 / j.1365-294x.2011.05424.x. PMID  22250784.
  26. ^ Джарман С. Н., Макиннес Дж. К., Фокс С., Полановски А. М., Мартик Дж., Дигл Б. Э., Саутвелл С., Эммерсон Л. (декабрь 2013 г.). "Мониторинг рациона популяции пингвинов Адели путем анализа пищевой ДНК в помете". PLOS ONE. 8 (12): e82227. Bibcode:2013PLoSO ... 882227J. Дои:10.1371 / journal.pone.0082227. ЧВК  3864945. PMID  24358158.
  27. ^ Вестхейм Х., Ярман С.Н. (июль 2008 г.). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах - тематическое исследование ДНК жертвы в желудках антарктического криля». Границы зоологии. 5 (1): 12. Дои:10.1186/1742-9994-5-12. ЧВК  2517594. PMID  18638418.
  28. ^ Вестхейм Х, Дигл Б. Э., Джарман С. Н. (октябрь 2010 г.). «Применение блокирующих олигонуклеотидов для улучшения отношения сигнал / шум в ПЦР». Протоколы ПЦР. Методы молекулярной биологии. 687. Humana Press. С. 265–74. Дои:10.1007/978-1-60761-944-4_19. ISBN  9781607619437. PMID  20967615.
  29. ^ Якубавичюте Э., Бергстрём У., Эклёф Дж. С., Хенель К., Бурлат С. Дж. (2017-10-23). «Метабаркодирование ДНК выявляет разнообразное питание трехиглой колюшки в прибрежной экосистеме». PLOS ONE. 12 (10): e0186929. Bibcode:2017PLoSO..1286929J. Дои:10.1371 / journal.pone.0186929. ЧВК  5653352. PMID  29059215.
  30. ^ Валентини А., Помпанон Ф, Таберлет П. (февраль 2009 г.). «Штрих-кодирование ДНК для экологов». Тенденции в экологии и эволюции. 24 (2): 110–7. Дои:10.1016 / j.tree.2008.09.011. PMID  19100655.
  31. ^ Помпанон Ф., Дигл Б. Э., Симондсон В. О., Браун Д. С., Джарман С. Н., Таберлет П. (апрель 2012 г.). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения». Молекулярная экология. 21 (8): 1931–50. Дои:10.1111 / j.1365-294x.2011.05403.x. PMID  22171763.
  32. ^ Пиньол Дж., Сан-Андрес В., Клэр Э.Л., Мир Дж., Симондсон В.О. (январь 2014 г.). «Прагматический подход к анализу рационов универсальных хищников: использование секвенирования следующего поколения без блокирующих зондов» (PDF). Ресурсы по молекулярной экологии. 14 (1): 18–26. Дои:10.1111/1755-0998.12156. PMID  23957910.
  33. ^ Дигл Б. Е., Кьярадия А., Макиннес Дж., Джарман С. Н. (2010-06-17). «Пиросеквенирование фекальной ДНК для определения диеты маленьких пингвинов: что входит, что выходит?». Сохранение генетики. 11 (5): 2039–2048. Дои:10.1007 / s10592-010-0096-6. ISSN  1566-0621. S2CID  19992150.
  34. ^ Ковальчик Р., Таберле П., Куассак Е., Валентини А., Микель С., Камински Т., Вуйчик Ю. М. (февраль 2011 г.). «Влияние хозяйственной практики на диету крупных травоядных - пример европейского зубра в Беловежской пуще (Польша)». Экология и управление лесами. 261 (4): 821–828. Дои:10.1016 / j.foreco.2010.11.026.
  35. ^ Сойнинен Э.М., Валентини А., Куассак Э., Микель С., Гилли Л., Брохманн С., Бристинг А.К., Сонстебё Дж. Х., Имс РА, Йоккоз Н.Г., Таберле П. (август 2009 г.). «Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных смесей растений». Границы зоологии. 6 (1): 16. Дои:10.1186/1742-9994-6-16. ЧВК  2736939. PMID  19695081.
  36. ^ Айт Баамран М.А., Шехзад В., Охамму А., Аббад А., Наими М., Куассак Е., Таберле П., Знари М. (27 апреля 2012 г.). «Оценка пищевых привычек марокканской газели доркас в М'Сабих Талаа, западная центральная часть Марокко, с использованием подхода trnL». PLOS ONE. 7 (4): e35643. Bibcode:2012PLoSO ... 735643A. Дои:10.1371 / journal.pone.0035643. ЧВК  3338736. PMID  22558187.
  37. ^ Риаз Т., Шехзад В., Виари А., Помпанон Ф, Таберле П., Куассак Е. (ноябрь 2011 г.). «ecoPrimers: вывод новых маркеров штрих-кода ДНК на основе анализа последовательности всего генома». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (21): e145. Дои:10.1093 / nar / gkr732. ЧВК  3241669. PMID  21930509.
  38. ^ Николс Р., Окессон М., Кьелландер П. (июнь 2016 г.). «Оценка диеты на основе содержимого рубца: сравнение метабаркодирования ДНК и макроскопии». PLOS ONE. 11 (6): e0157977. Bibcode:2016PLoSO..1157977N. Дои:10.1371 / journal.pone.0157977. ЧВК  4913902. PMID  27322387.
  39. ^ а б Валентини А., Микель С., Наваз М.А., Бельмен Е., Куассак Е., Помпанон Ф., Жилли Л., Круод С., Насчетти Г., Винкер П., Свенсон Дж. Э., Таберле П. (январь 2009 г.). «Новые перспективы в анализе диеты на основе штрих-кодирования ДНК и параллельного пиросеквенирования: подход trnL». Ресурсы по молекулярной экологии. 9 (1): 51–60. Дои:10.1111 / j.1755-0998.2008.02352.x. PMID  21564566.
  40. ^ Сойнинен Э.М., Валентини А., Куассак Э., Микель С., Гилли Л., Брохманн С., Бристинг А.К., Сонстебё Дж. Х., Имс РА, Йоккоз Н.Г., Таберле П. (август 2009 г.). «Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных смесей растений». Границы зоологии. 6 (1): 16. Дои:10.1186/1742-9994-6-16. ЧВК  2736939. PMID  19695081.
  41. ^ Райе Дж., Микель С., Куассак Е., Реджадж С., Луазон А., Таберле П. (23 ноября 2010 г.). «Новые данные о вариабельности рациона, выявленные с помощью штрих-кодирования ДНК и высокопроизводительного пиросеквенирования: диета из серны осенью в качестве примера». Экологические исследования. 26 (2): 265–276. Дои:10.1007 / s11284-010-0780-5. ISSN  0912-3814. S2CID  20754195.
  42. ^ Райе Дж., Микель С., Куассак Е., Реджадж С., Луазон А., Таберле П. (23 ноября 2010 г.). «Новые данные о вариабельности рациона, выявленные с помощью штрих-кодирования ДНК и высокопроизводительного пиросеквенирования: диета из серны осенью в качестве примера». Экологические исследования. 26 (2): 265–276. Дои:10.1007 / s11284-010-0780-5. ISSN  0912-3814. S2CID  20754195.
  43. ^ Шехзад В., Риаз Т., Наваз М.А., Микель К., Пуайо С., Шах С.А., Помпанон Ф., Куассак Е., Таберле П. (апрель 2012 г.). «Анализ рациона хищников на основе секвенирования следующего поколения: применение к леопардовому коту (Prionailurus bengalensis) в Пакистане». Молекулярная экология. 21 (8): 1951–65. Дои:10.1111 / j.1365-294x.2011.05424.x. PMID  22250784.
  44. ^ Шехзад В., Риаз Т., Наваз М.А., Микель К., Пуайо С., Шах С.А., Помпанон Ф., Куассак Е., Таберле П. (апрель 2012 г.). «Анализ рациона хищников на основе секвенирования следующего поколения: применение к леопардовому коту (Prionailurus bengalensis) в Пакистане». Молекулярная экология. 21 (8): 1951–65. Дои:10.1111 / j.1365-294x.2011.05424.x. PMID  22250784.
  45. ^ Мехуст Э., Альфонси Э., Ле Менек П., Хассани С., Юнг Дж.Л. (19 ноября 2014 г.). «Штрих-кодирование ДНК для идентификации мягких остатков добычи в содержимом желудков серых тюленей (Halichoerus grypus) и морских свиней (Phocoena phocoena)». Исследования морской биологии. 11 (4): 385–395. Дои:10.1080/17451000.2014.943240. ISSN  1745-1000. S2CID  83991013.
  46. ^ Де Барба М., Микель С., Бойер Ф., Мерсье С., Риу Д., Куассак Е., Таберле П. (март 2014 г.). «Мультиплексирование метабаркодирования ДНК и проверка точности данных для оценки диеты: применение к всеядной диете». Ресурсы по молекулярной экологии. 14 (2): 306–23. Дои:10.1111/1755-0998.12188. PMID  24128180.
  47. ^ Clare EL, Fraser EE, Braid HE, Fenton MB, Hebert PD (июнь 2009 г.). «Виды в меню универсального хищника, восточной красной летучей мыши (Lasiurus borealis): использование молекулярного подхода для обнаружения добычи членистоногих». Молекулярная экология. 18 (11): 2532–42. Дои:10.1111 / j.1365-294x.2009.04184.x. PMID  19457192.
  48. ^ Де Барба М., Микель С., Бойер Ф., Мерсье С., Риу Д., Куассак Е., Таберле П. (март 2014 г.). «Мультиплексирование метабаркодирования ДНК и проверка точности данных для оценки диеты: применение к всеядной диете». Ресурсы по молекулярной экологии. 14 (2): 306–23. Дои:10.1111/1755-0998.12188. PMID  24128180.
  49. ^ Де Барба М., Микель С., Бойер Ф., Мерсье С., Риу Д., Куассак Е., Таберле П. (март 2014 г.). «Мультиплексирование метабаркодирования ДНК и проверка точности данных для оценки диеты: применение к всеядной диете». Ресурсы по молекулярной экологии. 14 (2): 306–23. Дои:10.1111/1755-0998.12188. PMID  24128180.