Дэвид Бейкер (биохимик) - David Baker (biochemist)

Для других людей по имени Дэвид Бейкер см. Дэвид Бейкер (значения).
Дэвид Бейкер
Дэвид Бейкер на саммите Spark Plug Mountain, Вашингтон, 31 июля 2013 г.
Дэвид Бейкер на саммите Spark Plug Mountain, Вашингтон, 31 июля 2013 г.
Родившийся (1962-10-06) 6 октября 1962 г. (58 лет)
Альма-матер
Известен
Супруг (а)Ханнеле Руохола-Бейкер
Награды
Научная карьера
Полякомпьютерный биолог
Учреждения
ДокторантРэнди Шекман
Другие научные консультантыДэвид Агард
ДокторантыРичард Бонно
Другие известные студентыБрайан Кульман, Таня Кортемме
Интернет сайтwww.bakerlab.org

Дэвид Бейкер (родился 6 октября 1962 года в Сиэтле, штат Вашингтон.[нужна цитата ]) - американец биохимик и компьютерный биолог кто первым изобрел методы предсказывать и дизайн то трехмерные конструкции из белки. Он является профессором биохимии Генриетты и Обри Дэвис, а также адъюнкт-профессором геномных наук, биоинженерии, химической инженерии, информатики и физики в Вашингтонский университет. Он является директором Rosetta Commons, консорциума лабораторий и исследователей, которые разрабатывают программное обеспечение для прогнозирования и проектирования биомолекулярной структуры. Он является Медицинский институт Говарда Хьюза следователь и член Национальная академия наук США.[3][4][5][6][7][8][9][чрезмерное цитирование ] Он также является директором Вашингтонского университета. Институт дизайна белков.[10]

Жизнь

Бейкер закончил аспирантуру по биохимии в Калифорнийский университет в Беркли в лаборатории Рэнди Шекман, где он работал преимущественно над транспортом белка и торговлей дрожжи. Он работал над докторской диссертацией с Дэвид Агард из Калифорнийский университет в Сан-Франциско.

За свою работу по сворачиванию белков Бейкер получил Международную премию Саклера в области биофизики в 2008 году.[11] а на 2021 год Премия за прорыв в области наук о жизни.[12]

Бейкер был избран членом Американская академия искусств и наук в 2009.[13] Он женат на Ханнеле Руохола-Бейкер, еще один биохимик из UW. У них двое детей.

Карьера

Группа Бейкера разработала алгоритм Розетты для ab initio предсказание структуры белка, который был расширен до распределенных вычислений проект называется Rosetta @ Home[14][15] и Сложите его.[16][17] Проект направлен на создание структурных моделей для белковые комплексы а также отдельные полипептидные цепи. Группа специализируется на CASP эксперимент по прогнозированию структуры с использованием ab initio методы, включая как ручные, так и автоматизированные варианты протокола Rosetta.[18][19]

Члены его группы активны в области белковый дизайн;[20] они известны созданием белка, известного как Top7, с совершенно новой складкой.[5]

Хотя в первую очередь он известен разработкой методов компьютерного прогнозирования структуры и функции белков, он также заинтересован в использовании вычислительных методов для экспериментальной оценки биологии; его лаборатория поддерживает активную группу экспериментальной биохимии.

Появления

В декабре 2018 года Бейкер выступил на конференции «Антител-инженерия и терапия» в г. Сан-Диего, Калифорния.[21]

В апреле 2019 года Бейкер выступил с докладом на TED под названием «5 проблем, которые мы могли бы решить, создав новые белки» на TED2019 в Ванкувер, Канада.[22]

Рекомендации

  1. ^ "Дэвид Бейкер". Фонд Арнольда и Мейбл Бекман. Архивировано из оригинал 2 августа 2018 г.. Получено 1 августа 2018.
  2. ^ «Институт дизайна белков получил финансирование в размере 45 миллионов долларов от проекта TED Audacious». 2019-04-17.
  3. ^ Винсент, Дж. Дж .; Tai, C.H .; Сатьянараяна, Б.К .; Ли, Б. (2005). «Оценка прогнозов CASP6 для новых и почти новых целей сворачивания». Белки: структура, функции и биоинформатика. 61: 67–83. Дои:10.1002 / prot.20722. PMID  16187347. S2CID  45079036.
  4. ^ Bradley, P .; Malmström, L .; Qian, B .; Schonbrun, J .; Chivian, D .; Kim, D.E .; Meiler, J .; Мисура, К. М. С .; Бейкер, Д. (2005). «Бесплатное моделирование с Rosetta в CASP6». Белки: структура, функции и биоинформатика. 61: 128–134. Дои:10.1002 / prot.20729. PMID  16187354. S2CID  36366681.
  5. ^ а б Кульман, Брайан; Дантас, Гаутам; Иретон, Грегори С .; Варани, Габриэле; Стоддард, Барри Л .; Бейкер, Дэвид (21 ноября 2003 г.). «Дизайн новой глобулярной белковой складки с точностью до атомного уровня». Наука. 302 (5649): 1364–1368. Bibcode:2003Наука ... 302.1364K. Дои:10.1126 / science.1089427. PMID  14631033. S2CID  1939390.
  6. ^ Gray, J .; Moughon, S .; Wang, C .; Schueler-Furman, O .; Kuhlman, B .; Rohl, C .; Бейкер, Д. (2003). «Белковая стыковка с одновременной оптимизацией смещения твердого тела и конформации боковой цепи». Журнал молекулярной биологии. 331 (1): 281–299. Дои:10.1016 / S0022-2836 (03) 00670-3. PMID  12875852.
  7. ^ Bonneau, R .; Tsai, J .; Ruczinski, I .; Chivian, D .; Rohl, C .; Strauss, C.E.M .; Бейкер, Д. (2001). «Розетта в CASP4: прогресс в предсказании структуры белка ab initio». Белки: структура, функции и генетика. 45: 119–126. CiteSeerX  10.1.1.15.7244. Дои:10.1002 / prot.1170. PMID  11835488. S2CID  7731955.
  8. ^ Baker, D .; Hicke, L .; Rexach, M .; Schleyer, M .; Шекман, Р. (1988). «Восстановление зависимого от продукта гена SEC межкомпартментного белкового транспорта». Клетка. 54 (3): 335–344. Дои:10.1016/0092-8674(88)90196-1. PMID  3293799. S2CID  11810869.
  9. ^ Baker, D .; Wuestehube, L .; Шекман, Р .; Botstein, D .; Сегев, Н. (1990). «GTP-связывающий белок Ypt1 и Ca2 + функционируют независимо в реакции внеклеточного транспорта белка». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 87 (1): 355–359. Bibcode:1990ПНАС ... 87..355Б. Дои:10.1073 / pnas.87.1.355. ЧВК  53262. PMID  2104983.
  10. ^ «UW создает Институт дизайна белков - Институт дизайна белков». Получено 2019-01-14.
  11. ^ Лейла Грей (24 ноября 2008 г.). «Биохимик из Вашингтонского университета Дэвид Бейкер получит Международную премию Саклера в области биофизики в 2008 году за открытия в области сворачивания белков». Вашингтонский университет. Получено 29 апреля, 2013.
  12. ^ Премия за прорыв в области наук о жизни 2021 г.
  13. ^ "Книга членов, 1780-2010: Глава B" (PDF). Американская академия искусств и наук. Получено 5 мая 2011.
  14. ^ Кастильо, Оскар; Мелин, Патрисия; Kacprzyk, Janusz, ред. (2018). Нечеткое логическое дополнение нейронных и оптимизационных алгоритмов: теоретические аспекты и реальные приложения. Springer. п. 455. ISBN  9783319710075. Получено 2 августа 2018.
  15. ^ Бонно, Ричард; Ручински, Инго; Цай, Джерри; Бейкер, Дэвид (август 2002 г.). «Порядок контактов и ab initio предсказание структуры белка». Белковая наука. 11 (8): 1937–1944. Дои:10.1110 / пс. 3790102. ЧВК  2373674. PMID  12142448.
  16. ^ Рука, Э. (2010). «Гражданская наука: сила народа». Природа. 466 (7307): 685–687. Дои:10.1038 / 466685a. PMID  20686547.
  17. ^ Купер, С .; Khatib, F .; Treuille, A .; Barbero, J .; Lee, J .; Beenen, M .; Ливер-Фэй, А .; Baker, D .; Попович, З .; Игроки, Ф. (2010). «Прогнозирование структуры белков с помощью многопользовательской онлайн-игры». Природа. 466 (7307): 756–760. Bibcode:2010Натура.466..756C. Дои:10.1038 / природа09304. ЧВК  2956414. PMID  20686574.
  18. ^ Dimaio, F .; Terwilliger, T. C .; Рид, Р. Дж.; Wlodawer, A .; Oberdorfer, G .; Вагнер, У .; Валков, Э .; Алон, А .; Fass, D .; Axelrod, H.L .; Das, D .; Воробьев, С. М .; Iwaï, H .; Поккулури, П. Р .; Бейкер, Д. (2011). «Улучшенная молекулярная замена за счет оптимизации структуры белка с учетом плотности и энергии». Природа. 473 (7348): 540–3. Bibcode:2011Натура.473..540D. Дои:10.1038 / природа09964. ЧВК  3365536. PMID  21532589.
  19. ^ Qian, B .; Raman, S .; Das, R .; Bradley, P .; Маккой, А. Дж .; Рид, Р. Дж.; Бейкер, Д. (2007). «Предсказание структуры высокого разрешения и проблема кристаллографической фазы». Природа. 450 (7167): 259–64. Bibcode:2007Натура.450..259Q. Дои:10.1038 / природа06249. ЧВК  2504711. PMID  17934447.
  20. ^ Циммер, Карл (26 декабря 2017 г.). «Ученые разрабатывают кустарные белки для вашего тела». Нью-Йорк Таймс. Получено 2 августа 2018.
  21. ^ "Разработка антител и терапия".
  22. ^ «5 проблем, которые мы могли бы решить, создав новые белки».

внешняя ссылка