Юэн Бирни - Ewan Birney

Юэн Бирни

CBE ФРС FMedSci
Д-р Юэн Бирни FRS.jpg
Юэн Бирни в Королевское общество день приема в Лондоне, июль 2014 г.
Родившийся
Джон Фредерик Уильям Бирни[1][2][3]

(1972-12-06) 6 декабря 1972 года (48 лет)[4][5][6][7]
Paddington, Лондон[6]
Другие именаЮэн Бирни
Джон Бирни[8]
ОбразованиеИтонский колледж
Альма-матер
Известен
Супруг (а)
Ячменный лейкок
​
(м. 2003)​
[6][12]
ДетиДва[6]
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисВыравнивание последовательностей в биоинформатике  (2000)
ДокторантРичард Дурбин[18]
Влияния
Интернет сайтEwanbirney.com

Джон Фредерик Уильям Бирни CBE ФРС FMedSci[21][22] (родился 6 декабря 1972 г.)[23][4][6][7] является совместным директором с Рольф Апвайлер из Европейский институт биоинформатики (EBI),[24][25][26] в Hinxton, Кембриджшир и заместитель генерального директора Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL).[27] Он также служит неисполнительный директор из Геномика Англия,[28] председатель Глобальный альянс за геномику и здоровье (GA4GH)[29][30] и почетный профессор из биоинформатика на Кембриджский университет.[31] Бирни внес значительный вклад в геномика, благодаря его разработке инновационных биоинформатика и вычислительная биология инструменты.[13] Он ранее[требуется разъяснение ] служил ассоциированный член факультета на Wellcome Trust Sanger Institute.[32]

Образование

Бирни получил образование в Итонский колледж как Ученый Оппидана.[6][33] Перед поступлением в университет Бирни закончил академический отпуск стажировка в Лаборатория Колд-Спринг-Харбор под руководством Джеймс Уотсон[7][20] и Адриан Крайнер.[20][34][35]

Бирни завершил свое Бакалавр искусств степень в области Биохимия на Оксфордский университет в 1996 году, где он был студентом Баллиол Колледж, Оксфорд.[6][7][36] Он завершил свой кандидат наук на Институт Сэнгера, под руководством Ричард Дурбин[18] в то время как он был аспирантом в Колледж Святого Иоанна, Кембридж.[37] Его докторское исследование использовало динамическое программирование,[38] конечные автоматы и вероятностные автоматы за выравнивание последовательностей.[18]

Когда он был студентом, он закончил стажировки в офисе Мэр Балтимора а также в финансовые услуги на оценка опционов для Швейцарская банковская корпорация.[33][20][когда? ]

Исследования и карьера

С 2000 по 2003 год Бирни организовал научная ставка и лотерея известный как GeneSweep,[39][9] для сообщества геномиков, делая ставки на оценки общего количества генов (и некодирующая ДНК[40]) в геноме человека.[20][41][42]

Бирни - один из основателей Браузер генома ансамбля и других базах данных, и сыграл роль в определении последовательности Человеческий геном в 2000 г. и анализ функции генома в КОДИРОВАТЬ проект.[42][43] Он сыграл роль в аннотировании последовательностей генома человека,[44] мышь[45] курица[46] и несколько других организмов. Его исследовательская группа специализируется на вычислительная геномика и межличностные различия в человеческих и других животные.[12][24][26][40][47][48][49][50][51][52]

Бирни известен своей ролью в КОДИРОВАТЬ консорциум.[17][42][53][54][55][56][57] До проекта ENCODE Бирни участвовал в создании ряда широко используемых биоинформатика и вычислительная биология инструменты, либо напрямую (PairWise,[58] GeneWise,[59] GenomeWise,[60]) или в сотрудничестве со студентами и постдоки, например Реабилитировать[61] (с Гаем Слейтером), Энредо (Хавьер Эрреро[62]), Орех пекан (Бенедикт Патен[63]), Бархатный сборщик (Даниэль Зербино[64]) и CRAM (Маркус Хси-Ян Фриц,[65] Раско Лейнонен[66] и Вадим Залунин). Бирни также участвовал в нескольких других проектах, включая Pfam[67] база данных, ИнтерПро,[68] BioPerl,[69][70] и HMMER[71] и Проект базы данных генома ансамбля.[72]

По состоянию на 2015 год, Исследовательская группа Бирни специализируется на геномный алгоритмы и изучение межличностных различий как у людей, так и у других видов. Под его руководством несколько аспирантов.[73] и постдокторанты которые работали в его лаборатории.[74][75][76][77][65][78][79][63][80][81][82][83][84] Его исследование финансировалось Совет по исследованиям биотехнологии и биологических наук (BBSRC), Совет медицинских исследований (MRC)[85] то Национальный институт исследования генома человека (NHGRI),[3] то Wellcome Trust и Евросоюз.[86]

Бирни работает консультантом Oxford Nanopore Technologies[87] и в научно-консультативном совете Earlham Institute (ранее TGAC) в Норвиче.[88][89]

Награды и награды

В 2002 году Бирни был назван одним из Обзор технологий MIT TR100 100 лучших новаторов мира в возрасте до 35 лет.[90] В 2003 году он дал инаугурационную Лекция Фрэнсиса Крика на Королевское общество:[13] В 2005 году он был награжден Приз Овертона посредством Международное общество вычислительной биологии (ISCB) за его защиту Открытый исходный код биоинформатика, вклад в сообщество BioPerl и руководство проектом аннотации генома Ensembl ..[14] В 2005 году Бирни был награжден Премия Бенджамина Франклина в области биоинформатики:[91]

По словам его номинантов, Бирни был значительной силой в области открытого исходного кода в биоинформатике и науке. Он был решительным сторонником того, чтобы информация о геноме была общедоступной. Его работа соруководителем проекта Ensembl позволила сделать высококачественные аннотации генома бесплатно доступными через Интернет, что предотвратило создание классовой системы лабораторий, которые могут и не могут позволить себе оплачивать подписку на частные данные. Проект усердно работал над тем, чтобы сделать данные доступными различными способами, чтобы сделать их доступными и легко доступными для добычи полезных ископаемых. Проект Ensembl с самого начала был открытым, что позволило исследователям и корпорациям повторно использовать и расширять программную систему. Бирни был сторонником открытая наука также. Вместе с Шон Эдди, он раскритиковал решение журналов разрешить публикацию статей без одновременного опубликования данных о последовательности генома. Он также является автором свободно доступного пакета инструментов Wise, которые являются важными частями конвейеров аннотации генома. Он является одним из руководителей открытого набора инструментов для биоинформатики Bioperl, а также соучредителем и в настоящее время является президентом Фонд открытой биоинформатики, организация, поддерживающая разработку нескольких наборов инструментов для биоинформатики.

Бирни был удостоен членства в Европейская организация молекулярной биологии (EMBO)[15] в 2012[16] и избрал Член Королевского общества (FRS) в 2014 г..[2][13] Его свидетельство об избрании и кандидатуре гласит:[21]

Юэн стал влиятельным лицом в области геномики благодаря своим инновациям в области анализа генома. алгоритмический и интегративный анализ. Он написал первую стойкую к ошибкам, осведомленность о сварке выравнивание белков программа, используемая для анализа генома человека и последующего анализа; он был соавтором одного из первых и наиболее широко используемых ассемблеры для краткого чтения. С точки зрения интеграция данных, Юэн провел анализ во многих геномных консорциумах, в частности КОДИРОВАТЬ, ведущая интеграция многих геномных анализов; например, делая надежные прогнозы из усилители, промоутеры, и их интеграция с регионами, связанными с заболеванием. Он также стал соавтором многих широко используемых ресурсов по биоинформатике.

В 2014 году Бирни был награжден Почетный доктор наук (DSc) степень от Лондонский университет Брунеля.[92] В 2015 году Бирни был избран Член Академии медицинских наук (FMedSci).[22] Бирни был назначен Командор Ордена Британской Империи (CBE) в Новогодние награды 2019.[93][8]

Личная жизнь

Бирни вышла замуж за Барли Лэйкока в 2003 году.[12] и имеет двоих детей.[6]

Рекомендации

  1. ^ Анон (4 ноября 1993 г.). "Джон Фредерик Уильям Бирни". Вестник Оксфордского университета. Oxford University Press. 124 (4305). Архивировано из оригинал 16 июня 2015 г.
  2. ^ а б Анон (2015). "Товарищество Королевского общества 1660-2015". Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинал 15 октября 2015 г.
  3. ^ а б Юэна Бирни ORCID  0000-0001-8314-8497
  4. ^ а б Анон (2017). "Итак, я Юэн Бирни" (PDF). genome.gov. Национальный институт исследования генома человека. Архивировано из оригинал (PDF) 4 июля 2017 г.
  5. ^ Анон (2016). «Джон Фредерик Уильям БИРНИ, Eagle Genomics Limited». Лондон: Дом компаний. Архивировано из оригинал 25 апреля 2016 г.
  6. ^ а б c d е ж грамм час Анон (2015). "Бирни, доктор Джон Фредерик Уильям, (Юэн)". Кто есть кто. ukwhoswho.com (онлайн Oxford University Press ред.). A&C Black, отпечаток Bloomsbury Publishing plc. Дои:10.1093 / ww / 9780199540884.013.U281970. (подписка или Членство в публичной библиотеке Великобритании требуется)
  7. ^ а б c d Хопкин, Карен (июнь 2005 г.). "Принеси мне свои геномы: история Юэна Бирни". Ученый. 19 (11): 60. Архивировано с оригинал 31 марта 2012 г.. Получено 2011-06-10.
  8. ^ а б Анон (2018). "Джон БИРНИ: профессор Джон Фредерик Уильям БИРНИ F.R.S." thegazette.co.uk. Лондон: Лондонская газета. Архивировано из оригинал 28 декабря 2019 г.
  9. ^ а б Пенниси, Э. (2003). «Геном человека: небольшое число побеждает в GeneSweep Pool». Наука. 300 (5625): 1484b – 1484. Дои:10.1126 / science.300.5625.1484b. ISSN  0036-8075. PMID  12791949. S2CID  82493401. закрытый доступ
  10. ^ Консорциум проектов ENCODE; Бирни Э; Стаматояннопулос Ж.А.; Dutta A; Guigó R; Gingeras TR; Маргулис EH; Weng Z; Снайдер М; Dermitzakis ET; и другие. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007Натура.447..799Б. Дои:10.1038 / природа05874. ЧВК  2212820. PMID  17571346.
  11. ^ Хаббард, Т.; Barker, D .; Бирни, Э.; Cameron, G .; Chen, Y .; Clark, L .; Cox, T .; Cuff, J .; Curwen, V .; Вниз, Т .; Durbin, R .; Eyras, E .; Gilbert, J .; Hammond, M .; Huminiecki, L .; Kasprzyk, A .; Lehvaslaiho, H .; Lijnzaad, P .; Melsopp, C .; Mongin, E .; Pettett, R .; Pocock, M .; Potter, S .; Rust, A .; Schmidt, E .; Searle, S .; Слейтер, G .; Smith, J .; Spooner, W .; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 38–41. Дои:10.1093 / nar / 30.1.38. ЧВК  99161. PMID  11752248.
  12. ^ а б c Пенниси, Элизабет (2012). "Профиль Юэна Бирни: большой болтун Genomics". Наука. 337 (6099): 1167–1169. Дои:10.1126 / science.337.6099.1167. PMID  22955814.
  13. ^ а б c d Анон (2014). "Д-р Юэн Бирни FMedSci FRS". Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинал 17 ноября 2015 г. Одно или несколько предыдущих предложений включают текст с веб-сайта royalsociety.org, где:

    Весь текст, опубликованный под заголовком «Биография» на страницах профиля участника, доступен в разделе Международная лицензия Creative Commons Attribution 4.0. --«Положения, условия и политика Королевского общества». Архивировано 25 сентября 2015 года.. Получено 9 марта 2016.CS1 maint: BOT: статус исходного URL-адреса неизвестен (связь)

  14. ^ а б "Информационный бюллетень ISCB 8-2. Д-р Юэн Бирни назван лауреатом премии Овертона 2005 года!". Архивировано из оригинал 22 октября 2015 г.
  15. ^ а б "Карманный справочник EMBO" (PDF). Европейская организация молекулярной биологии. Архивировано из оригинал 16 марта 2015 г.
  16. ^ а б Анон (2012). "ЧЛЕН EMBO: Юэн Бирни". people.embo.org. Гейдельберг: Европейская организация молекулярной биологии.
  17. ^ а б c d Юэн Бирни публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  18. ^ а б c Бирни, Эван (2000). Выравнивание последовательностей в биоинформатике (PDF) (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  894597337. EThOS  uk.bl.ethos.621653. В архиве (PDF) из оригинала на 9 июля 2019 г.. Получено 19 ноября 2017.
  19. ^ а б Бирни, Юэн (2014). "Домашняя страница Юэна Бирни". ebi.ac.uk. Европейский институт биоинформатики. Архивировано из оригинал 30 декабря 2014 г.
  20. ^ а б c d е Аль-Халили, Джим (2013). "Life Scientific, Юэн Бирни". bbc.co.uk. BBC.
  21. ^ а б «Свидетельство об избрании ЕС / 2014/06: Юэн Бирни, ФРС». Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинал 9 июля 2019 г.
  22. ^ а б Анон (2015). "Д-р Юэн Бирни, FRS FMedSci". acmedsci.ac.uk. Лондон: Академия медицинских наук. Архивировано из оригинал 6 июля 2015 г.
  23. ^ Сборник устной истории NHGRI: интервью с Эваном Бирни на YouTube
  24. ^ а б Юэн Бирни публикации из Европа PubMed Central
  25. ^ Паркхилл, Дж.; Бирни, Э; Керси, П. (2010). «Геномная информационная инфраструктура после наводнения». Геномная биология. 11 (7): 402. Дои:10.1186 / gb-2010-11-7-402. ЧВК  2926780. PMID  20670392.
  26. ^ а б Келлис, М; Уолд, B; Снайдер, М. П .; Bernstein, B.E .; Кундаже, А; Маринов, Г. К .; Ward, L.D .; Бирни, Э; Crawford, G.E .; Деккер, Дж; Данхэм, я; Ельницкий, Л.Л .; Farnham, P.J .; Feingold, E. A .; Герштейн, М; Giddings, M.C .; Гилберт, Д. М .; Gingeras, T. R .; Green, E.D .; Guigo, R; Хаббард, Т; Кент, Дж; Lieb, J.D .; Myers, R.M .; Пазин, М. Дж .; Рен, В; Stamatoyannopoulos, J. A .; Weng, Z; White, K. P .; Хардисон, Р. К. (2014). «Определение функциональных элементов ДНК в геноме человека». Труды Национальной академии наук. 111 (17): 6131–6138. Bibcode:2014ПНАС..111.6131К. Дои:10.1073 / pnas.1318948111. ЧВК  4035993. PMID  24753594.
  27. ^ Слышал, Эдит (2020). «Реструктуризация высшего руководства». embl.org. Гейдельберг: Европейская лаборатория молекулярной биологии.
  28. ^ Анон (2016). «Профессор Юэн Бирни назначен членом Совета по геномике Англии». genomicsengland.co.uk. Геномика Англии. Архивировано из оригинал 11 июля 2017 г.
  29. ^ Юэн Бирни на Twitter Отредактируйте это в Викиданных
  30. ^ Бирни, Юэн (2017). "О Юэне Бирни". ewanbirney.com. Архивировано из оригинал 1 декабря 2017 г.. Получено 19 ноября 2017.
  31. ^ Анон (12 декабря 2014 г.). «Почетные профессора». Репортер Кембриджского университета. Кембриджский университет. CXLV (5). Архивировано из оригинал 15 марта 2015 г.
  32. ^ Анон (2015). «Факультет Сангера». Wellcome Trust Институт Сэнгера. Архивировано из оригинал 16 марта 2015 г.
  33. ^ а б Анон (2015). "Доктор Юэн Бирни FRS". thescientific23.com. Архивировано из оригинал 6 июля 2015 г.
  34. ^ Бирни, Э.; Kumar, S .; Крайнер, А. (1992). «Предполагаемый гомолог U2AF65 в S. Cerevisiae». Исследования нуклеиновых кислот. 20 (17): 4663. Дои:10.1093 / nar / 20.17.4663. ЧВК  334203. PMID  1408772.
  35. ^ Бирни, Юэн (10 февраля 2013 г.). «Ученые и их эмоции: плюсы ... и минусы: вычислительный биолог описывает восторг от достижения прорыва - и горе, которое не делает этого, - в то время как трое других ученых рассказывают нам, как их работа влияет на их эмоции». theguardian.com. Лондон: Наблюдатель.
  36. ^ Анон (2012). «Возраст генома, Эван Бирни в Floreat Domus». balliol.ox.ac.uk. Газета Баллиол Колледж. Архивировано из оригинал 24 февраля 2012 г.
  37. ^ Смаглик, Пол (2012). «Поворотный момент: Юэн Бирни». Природа. 482 (7383): 123–728. Дои:10.1038 / nj7383-123a.
  38. ^ Бирни, Юэн; Дурбин, Ричард (1997). «Dynamite: гибкий язык генерации кода для методов динамического программирования, используемых при сравнении последовательностей». Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 5: 56–64. PMID  9322016.
  39. ^ Пирсон, Хелен (2003). «Генетики напрасно играют в числа». Природа. 423 (6940): 576. Bibcode:2003Натура.423..576П. Дои:10.1038 / 423576a. ISSN  0028-0836. PMID  12789304. S2CID  54588944.
  40. ^ а б Холл, Стивен С. (2012). «Путешествие в генетический недра. То, что когда-то было известно как мусорная ДНК, оказалось скрытым сокровищем, - говорит компьютерный биолог Юэн Бирни». Scientific American. 307 (4): 80–82, 84. Дои:10.1038 / Scientificamerican1012-80. PMID  23029896.
  41. ^ Pertea, M .; Зальцберг, С.Л. (2010). «Между курицей и виноградом: оценка количества человеческих генов». Геномная биология. 11 (5): 206. Дои:10.1186 / gb-2010-11-5-206. ЧВК  2898077. PMID  20441615.
  42. ^ а б c Граур, Д.; Zheng, Y .; Цена, шт .; Азеведо, Р. Б. Р .; Zufall, R.A .; Эльхайк, Э. (2013). «О бессмертии телевизоров:« функция »в геноме человека согласно безэволюционному Евангелию ENCODE». Геномная биология и эволюция. 5 (3): 578–590. Дои:10.1093 / gbe / evt028. ЧВК  3622293. PMID  23431001.
  43. ^ «ENCODE: Энциклопедия элементов ДНК» на YouTube
  44. ^ Ландер, Э.С.; Linton, M .; Birren, B .; Nusbaum, C .; Zody, C .; Болдуин, Дж .; Девон, К .; Dewar, K .; Дойл, М .; Fitzhugh, W .; Funke, R .; Gage, D .; Harris, K .; Heaford, A .; Howland, J .; Kann, L .; Lehoczky, J .; Levine, R .; McEwan, P .; McKernan, K .; Meldrim, J .; Месиров, Дж. П .; Миранда, С .; Моррис, В .; Naylor, J .; Raymond, C .; Rosetti, M .; Santos, R .; Шеридан, А .; и другие. (Февраль 2001 г.). "Начальная последовательность и анализ человеческого генома" (PDF). Природа. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001Натура.409..860л. Дои:10.1038/35057062. ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  45. ^ Chinwalla, A. T .; Waterston, L.L .; Lindblad-Toh, K.D .; Birney, G.A .; Роджерс, Л. А .; Abril, R. S .; Agarwal, T. A .; Agarwala, L.W .; Ainscough, E. R .; Alexandersson, J. D .; An, T. L .; Antonarakis, W. E .; Attwood, J. O .; Baertsch, M.N .; Bailey, K. H .; Barlow, C.S .; Beck, T. C .; Берри, В .; Birren, J .; Bloom, E .; Bork, R.H .; Botcherby, M. C .; Bray, R.K .; Brent, S.P .; Brown, P .; Brown, E .; Bult, B .; Burton, T .; Батлер, Д.Г .; и другие. (2002). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Природа. 420 (6915): 520–562. Bibcode:2002 Натур. 420..520Вт. Дои:10.1038 / природа01262. PMID  12466850.
  46. ^ Eyras, E .; Reymond, A .; Castelo, R .; Пока, Дж. М .; Camara, F .; Flicek, P .; Huckle, E.J .; Parra, G .; Штейнберг, Д. Д .; Wyss, C .; Rogers, J .; Antonarakis, S.E .; Birney, E .; Guigo, R .; Брент, М. Р. (2005). «Обнаружение генов в геноме курицы». BMC Bioinformatics. 6: 131. Дои:10.1186/1471-2105-6-131. ЧВК  1174864. PMID  15924626.
  47. ^ "Колледж Черчилля: Биографии: Юэн Бирни". chu.cam.ac.uk. Архивировано из оригинал 3 апреля 2011 г.
  48. ^ Goldman, N .; Bertone, P .; Chen, S .; Дессимоз, К.; Leproust, E.M .; Sipos, B .; Бирни, Э. (2013). «На пути к практичному, емкому, не требующему обслуживания хранилищу информации в синтезированной ДНК». Природа. 494 (7435): 77–80. Bibcode:2013Натура 494 ... 77Г. Дои:10.1038 / природа11875. ЧВК  3672958. PMID  23354052.
  49. ^ «Интервью с Эваном Бирни, основным докладчиком на конференции O'Reilly's Bioinformatics Technology Conference». oreilly.com. O'Reilly Media. Архивировано из оригинал 27 мая 2015 г.
  50. ^ Юэн Бирни публикации, проиндексированные Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  51. ^ Jupp, S; Мэлоун, Дж; Боллеман, Дж; Брандизи, М; Дэвис, М; Гарсия, L; Голтон, А; Gehant, S; Laibe, C; Редащи, Н; Wimalaratne, S.M .; Мартин, М; Le Novère, N; Паркинсон, H; Бирни, Э; Дженкинсон, А. М. (2014). «Платформа EBI RDF: связанные открытые данные для наук о жизни». Биоинформатика. 30 (9): 1338–9. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt765. ЧВК  3998127. PMID  24413672.
  52. ^ Марти-Солано, М; Бирни, Э; Брил, А; Делла Паскуа, О. Китано, H; Монс, Б.; Ксенариос, I; Санс, Ф (2014). «Интегрированное управление знаниями для улучшения фармацевтических исследований и разработок». Обзоры природы Drug Discovery. 13 (4): 239–40. Дои:10.1038 / nrd4290. PMID  24687050. S2CID  20972353.
  53. ^ Келлис, М.; Wold, B .; Снайдер, М. П .; Bernstein, B.E .; Kundaje, A .; Маринов, Г. К .; Ward, L.D .; Birney, E .; Crawford, G.E .; Dekker, J .; Dunham, I .; Ельницкий, Л.Л .; Farnham, P.J .; Feingold, E. A .; Герштейн, М .; Giddings, M.C .; Гилберт, Д. М .; Gingeras, T. R .; Green, E.D .; Guigo, R .; Хаббард, Т .; Kent, J .; Lieb, J.D .; Myers, R.M .; Пазин, М. Дж .; Ren, B .; Stamatoyannopoulos, J .; Weng, Z .; White, K. P .; Хардисон, Р. К. (2014). «Ответ Брюнету и Дулиттлу: как отдельные эффекты, так и элементы причинно-следственной роли могут влиять на биологию человека и болезни». Труды Национальной академии наук. 111 (33): E3366. Bibcode:2014PNAS..111E3366K. Дои:10.1073 / pnas.1410434111. ISSN  0027-8424. ЧВК  4143047. PMID  25275169.
  54. ^ Бирни, Эван (2012). «Создание ENCODE: уроки для проектов с большими данными». Природа. 489 (7414): 49–51. Bibcode:2012Натура 489 ... 49Б. Дои:10.1038 / 489049a. PMID  22955613. S2CID  32178490.
  55. ^ Dunham, I .; Бернштейн, А .; Birney, S. F .; Dunham, P.J .; Green, C.A .; Gunter, F .; Snyder, C.B .; Frietze, S .; Harrow, J .; Kaul, R .; Хатун, Дж .; Lajoie, B.R .; Landt, S.G .; Lee, B.K .; Паули, Ф .; Rosenbloom, K. R .; Sabo, P .; Safi, A .; Sanyal, A .; Шореш, Н .; Саймон, Дж. М .; Песня, Л .; Trinklein, N.D .; Альтшулер, Р. С .; Birney, E .; Brown, J. B .; Cheng, C .; Джебали, С .; Донг, X .; и другие. (2012). «Интегрированная энциклопедия элементов ДНК в геноме человека». Природа. 489 (7414): 57–74. Bibcode:2012Натура 489 ... 57т. Дои:10.1038 / природа11247. ЧВК  3439153. PMID  22955616.
  56. ^ Консорциум проектов ENCODE (2011 г.). Беккер ПБ (ред.). «Руководство пользователя Энциклопедии элементов ДНК (ENCODE)». PLOS Биология. 9 (4): e1001046. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001046. ЧВК  3079585. PMID  21526222. открытый доступ
  57. ^ Юэн Бирни в DBLP Сервер библиографии Отредактируйте это в Викиданных
  58. ^ Бирни, Э.; Томпсон, Дж .; Гибсон, Т. (1996). «PairWise и SearchWise: поиск оптимального выравнивания при одновременном сравнении профиля белка со всеми рамками трансляции ДНК». Исследования нуклеиновых кислот. 24 (14): 2730–2739. Дои:10.1093 / nar / 24.14.2730. ЧВК  145991. PMID  8759004.
  59. ^ Бирни, Э.; Дурбин, Р. (2000). «Использование GeneWise в эксперименте с аннотациями дрозофилы». Геномные исследования. 10 (4): 547–548. Дои:10.1101 / гр.10.4.547. ЧВК  310858. PMID  10779496.
  60. ^ Бирни, Э.; Зажим, М .; Дурбин, Р. (2004). "GeneWise и Genomewise". Геномные исследования. 14 (5): 988–995. Дои:10.1101 / гр.1865504. ЧВК  479130. PMID  15123596.
  61. ^ Слейтер, G .; Бирни, Э. (2005). «Автоматизированная генерация эвристик для сравнения биологических последовательностей». BMC Bioinformatics. 6: 31. Дои:10.1186/1471-2105-6-31. ЧВК  553969. PMID  15713233.
  62. ^ Патен, В .; Herrero, J .; Бил, К .; Fitzgerald, S .; Бирни, Э. (2008). «Энредо и пекан: множественное выравнивание с паралогами на основе согласованности в масштабе всего генома млекопитающих». Геномные исследования. 18 (11): 1814–1828. Дои:10.1101 / гр.076554.108. ЧВК  2577869. PMID  18849524. открытый доступ
  63. ^ а б Патен, Бенедикт Джон (2006). Крупномасштабное множественное выравнивание и обнаружение транскрипционно связанных паттернов в геномах позвоночных (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890155216. EThOS  uk.bl.ethos.612811.
  64. ^ Зербино, Д. Р .; Бирни, Э. (2008). "Velvet: Алгоритмы для сборки короткого чтения de novo с использованием графов де Брейна". Геномные исследования. 18 (5): 821–829. Дои:10.1101 / гр.074492.107. ISSN  1088-9051. ЧВК  2336801. PMID  18349386.
  65. ^ а б Фриц, Маркус (2011). Использование данных высокопроизводительного секвенирования ДНК для геномного анализа (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890152397. EThOS  uk.bl.ethos.610819. Архивировано из оригинал 30 августа 2018 г.. Получено 30 августа 2018.
  66. ^ Leinonen, R .; Ахтар, Р .; Birney, E .; Bonfield, J .; Bower, L .; Corbett, M ​​.; Cheng, Y .; Демиральп, Ф .; Faruque, N .; Goodgame, N .; Gibson, R .; Hoad, G .; Хантер, C .; Jang, M .; Леонард, S .; Lin, Q .; Lopez, R .; Maguire, M .; McWilliam, H .; Plaister, S .; Радхакришнан, Р .; Sobhany, S .; Слейтер, G .; Ten Hoopen, P .; Валентин, Ф .; Vaughan, R .; Залунин, В .; Зербино, Д .; Кокрейн, Г. (2009). «Улучшение услуг в Европейском архиве нуклеотидов». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с базой данных): D39 – D45. Дои:10.1093 / nar / gkp998. ЧВК  2808951. PMID  19906712.
  67. ^ Бейтман, А.; Бирни, Э.; Cerruti, L .; Дурбин, Р.; Etwiller, L .; Эдди, С.; Griffiths-Jones, S .; Howe, K .; Marshall, M .; Зоннхаммер, Э. Л. (2002). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 276–280. Дои:10.1093 / nar / 30.1.276. ЧВК  99071. PMID  11752314.
  68. ^ Апвейлер, Р.; Аттвуд, Т.К.; Байроч, А.; Бейтман, А.; Бирни, Э.; Biswas, M .; Bucher, P .; Cerutti, L .; Corpet, F .; Croning, M.D .; Durbin, R .; Falquet, L .; Fleischmann, W .; Gouzy, J .; Hermjakob, H .; Hulo, N .; Йонассен, I .; Kahn, D .; Канапин, А .; Karavidopoulou, Y .; Lopez, R .; Маркс, Б .; Малдер, Н. Дж .; Oinn, T. M .; Pagni, M .; Слуга, F .; Sigrist, C.J .; Здобнов, Э. М. (2001). «База данных InterPro, интегрированный ресурс документации для семейств белков, доменов и функциональных сайтов». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (1): 37–40. Дои:10.1093 / nar / 29.1.37. ЧВК  29841. PMID  11125043.
  69. ^ Stajich, J. E .; Блок, Д .; Boulez, K .; Бреннер, С.; Chervitz, S .; Дагдигян, С .; Fuellen, G .; Gilbert, J .; Корф, I .; Lapp, H .; Lehväslaiho, H .; Matsalla, C .; Mungall, C.J .; Osborne, B.I .; Pocock, M. R .; Schattner, P .; Сенгер, М .; Штейн, Л.; Ступка, Э .; Wilkinson, M.D .; Бирни, Э. (2002). «Набор инструментов BioPerl: модули Perl для наук о жизни». Геномные исследования. 12 (10): 1611–1618. Дои:10.1101 / гр.361602. ЧВК  187536. PMID  12368254.
  70. ^ Анон (2013). "Юэн Бирни - BioPerl". bioperl.org. Архивировано из оригинал 12 декабря 2012 г.
  71. ^ Bateman, A .; Бирни, Э.; Дурбин, Р.; Эдди, С.; Finn, R .; Зоннхаммер, Э. (1999). «Pfam 3.1: 1313 множественных выравниваний и профилей HMM соответствуют большинству белков». Исследования нуклеиновых кислот. 27 (1): 260–262. Дои:10.1093 / nar / 27.1.260. ЧВК  148151. PMID  9847196.
  72. ^ Flicek, P .; Ахмед, I .; Amode, M. R .; Barrell, D .; Бил, К .; Brent, S .; Carvalho-Silva, D .; Clapham, P .; Coates, G .; Fairley, S .; Fitzgerald, S .; Gil, L .; Гарсия-Хирон, С .; Гордон, Л .; Hourlier, T .; Хант, С .; Juettemann, T .; Kahari, A.K .; Keenan, S .; Коморовская, М .; Кулеша, Э .; Longden, I .; Maurel, T .; McLaren, W. M .; Muffato, M .; Nag, R .; Overduin, B .; Pignatelli, M .; Pritchard, B .; Причард, Э. (2012). «Ансамбль 2013». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (D1): D48 – D55. Дои:10.1093 / нар / гкс1236. ЧВК  3531136. PMID  23203987.
  73. ^ Бирни, Эван (10 апреля 2018 г.). «Лучший подарок в качестве руководителя ...» twitter.com. В архиве с оригинала 10 апреля 2018 г.. Получено 30 августа 2018.
  74. ^ Мейер, Ханна Верена (2018). Генетическая ассоциация многомерных признаков. cam.ac.uk (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. Дои:10.17863 / CAM.26456. OCLC  1064682860. EThOS  uk.bl.ethos.753477.
  75. ^ Тейлор, Деннис Леланд (2018). Генетический анализ молекулярных особенностей скелетных мышц. cam.ac.uk (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. Дои:10.17863 / CAM.21243. EThOS  uk.bl.ethos.744632. Бесплатно читать
  76. ^ О'Рейли, Пол Ф. (2009). Обнаружение недавнего положительного отбора у людей в масштабе всего генома. jisc.ac.uk (Кандидатская диссертация). Имперский колледж Лондон. OCLC  757093727. EThOS  uk.bl.ethos.511880. Архивировано из оригинал 30 августа 2018 г.. Получено 30 августа 2018.
  77. ^ Эттвиллер, Лоуренс Мишель (2004). Вычислительные исследования цис-регуляции у эукариот (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890156758. EThOS  uk.bl.ethos.613876.
  78. ^ Хоффман, Майкл Милнер (2008). Количественная оценка эволюции и естественного отбора в некодирующей последовательности позвоночных. cam.ac.uk (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. Дои:10.17863 / CAM.13940. OCLC  885435476. EThOS  uk.bl.ethos.604139. открытый доступ
  79. ^ Мейнерт, Элисон Мария (2009). Функция и эволюция регуляторных элементов у позвоночных (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890148982. EThOS  uk.bl.ethos.608495.
  80. ^ Руклиса, Даце (2015). Крупномасштабные исследования геномных ассоциаций плодовой мухи и человека (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890151540. EThOS  uk.bl.ethos.610178.
  81. ^ Тиммер, Сандер Виллем (2015). Понимание эпигенома с использованием системной генетики. cam.ac.uk (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. Дои:10.17863 / CAM.15988. OCLC  903609296. EThOS  uk.bl.ethos.637101. открытый доступ
  82. ^ Зербино, Даниэль Роберт (2009). Сборка и сравнение генома с использованием графиков де Брейна (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890153795. EThOS  uk.bl.ethos.611752. Архивировано из оригинал 30 августа 2018 г.. Получено 30 августа 2018.
  83. ^ "Международная программа докторантуры EMBL - завершенные диссертации | EBI Training". Архивировано из оригинал 12 февраля 2013 г.
  84. ^ "EMBL-EBI PhD Theses". ebi.ac.uk. Европейский институт биоинформатики.
  85. ^ "Грант правительства Великобритании на исследования предоставлен Юэну Бирни". Суиндон: Исследовательские советы Великобритании. Архивировано из оригинал 4 июня 2015 г.
  86. ^ "Google Tech Talk 2012-07-12: Генетика и геномика человека: наука для 21 века, Юэн Бирни" на YouTube
  87. ^ Куксон, Клайв (17 февраля 2012 г.). «Oxford Nanopore представляет мини-считыватель ДНК». Financial Times. Лондон. Получено 20 октября 2014.
  88. ^ «Новый научный консультативный совет TGAC: мультидисциплинарный набор ключевых экспертов». tgac.ac.uk. Центр анализа генома, Норвич. Архивировано из оригинал 23 декабря 2015 г.
  89. ^ «Европейская лаборатория молекулярной биологии Эвана Бирни - большие данные, 2014 г. - MediaSpace - Стэнфордская медицина». mediaspace.stanford.edu.
  90. ^ "2002 Молодые новаторы до 35 лет: Юэн Бирни, 29". Обзор технологий. 2002. Архивировано с оригинал 29 марта 2011 г.. Получено 22 июн 2011.
  91. ^ «Пресс-релиз: Юэн Бирни получил премию Бенджамина Франклина 2005 года в области биоинформатики». bioinformatics.org.
  92. ^ «В знак признания его выдающихся заслуг перед наукой д-ру Юэну Бирни присуждена почетная степень доктора наук». brunel.ac.uk. Лондонский университет Брунеля. Архивировано из оригинал 21 апреля 2015 г.
  93. ^ «Кембридж в новогоднем списке наград 2019». cam.ac.uk. Кембриджский университет. 28 декабря 2018.

Эта статья включает текст доступно под CC BY 4.0 лицензия.

Академические офисы
Предшествует
Джанет Торнтон		 Директор Европейский институт биоинформатики
2015 – настоящее время		Действующий