Алекс Бейтман - Alex Bateman

Алекс Бейтман
Алекс Бейтман ISMBECCB 2013.jpg
Алекс Бейтман выступает на Интеллектуальные системы для молекулярной биологии (ISMB) конференция в Берлине в 2013 г.
Родившийся
Александр Джордж Бейтман

(1972-10-09) 9 октября 1972 г. (48 лет)[1]
Альма-матер
Известен
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисЭволюция структуры и функции суперсемейства иммуноглобулинов  (1997)
ДокторантСайрус Чотия
Другие научные консультантыРичард М. Дурбин[10]
Интернет сайтwww.ebi.ac.Великобритания/о/люди/ Алекс-Бейтман

Александр Джордж Бейтман является компьютерным биологом и руководителем отдела белковых последовательностей Европейский институт биоинформатики (EBI), часть Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) в Кембридже, Великобритания.[9][11] Он руководил разработкой Pfam биологическая база данных[12] и представил Рфам база данных РНК семьи. Он также принимал участие в использовании Википедия для аннотирования биологических баз данных на уровне сообществ.[13][14][15][16][17]

Образование

Бейтман получил Бакалавр степень в области Биохимия из Ньюкаслский университет в 1994 г. Он получил докторскую степень в Кембриджский университет в 1997 г. для исследований под руководством Сайрус Чотия[18][19] об эволюции иммуноглобулин белковое суперсемейство.[20][21] За это время он также работал с Шон Эдди открыть новые белковые домены с помощью HMMER программного обеспечения.[22]

Карьера и исследования

В 1997 году Бейтман присоединился к Wellcome Trust Sanger Institute возглавить разработку Pfam биологическая база данных. В 2003 году он представил Рфам база данных семейств РНК.[6][22] Он также участвовал в проведении анализа белков для публикации генома человека.[22][23]

С 2012 года он был главой отдела белковых последовательностей в EMBL-EBI.[24]

Бейтман также принимал участие в продвижении использования Википедии в научном сообществе.[25] и, в частности, аннотации биологических баз данных через Википедию на базе сообщества, например, аннотации базы данных Rfam через WikiProject RNA.[26]

Бейтман был исполнительным редактором журнала. Биоинформатика с 2004 по 2012 год, а также работал редактором Исследования нуклеиновых кислот, Геномная биология и Текущие протоколы в биоинформатике.[2][3] В 2014 году он был назначен одним из первых Почетных редакторов журнала. Биоинформатика.[27] С 2015 года Бейтман также входит в совет директоров ISCB.[28]

Награды и награды

Бейтман был награжден премией 2010 г. Премия Бенджамина Франклина в биоинформатике.[29][30] Он стал третьим бывшим участником Ричард Дурбин лаборатории, чтобы получить награду, после Шон Эдди и Юэн Бирни.[29][10] Бейтман был избран Член ISCB в 2017 году Международное общество вычислительной биологии.[8][31]

Алекс Бейтман (слева) и Сайрус Чотиа (справа) на конференции ISMB в Дублине в 2015 году

Рекомендации

  1. ^ Алекс Бейтман в Библиотека Конгресса Органы власти
  2. ^ а б «Алекс Бейтман: старший руководитель группы по изучению белковых последовательностей и руководитель исследовательской группы Bateman». Uniprot.org. Архивировано из оригинал на 2015-03-16.
  3. ^ а б "Алекс Бейтман Паблонс". Publons.com. Архивировано из оригинал на 2015-03-16.
  4. ^ Бейтман, А.; Монета, л .; Дурбин, Р.; Finn, R.D .; Hollich, V .; Griffiths-Jones, S .; Ханна, А .; Marshall, M .; Moxon, S .; Sonnhammer, E.L .; Studholme, D. J .; Йейтс, С .; Эдди, С. (2004). «База данных семейств белков Pfam». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Выпуск базы данных): 138D – 1141. Дои:10.1093 / нар / гх121. ISSN  0305-1048. ЧВК  308855. PMID  14681378. открытый доступ
  5. ^ Sammut, S.J .; Finn, R.D .; Бейтман, А (2008). «Pfam 10 лет спустя: 10 000 семей, которые продолжают расти». Брифинги по биоинформатике. 9 (3): 210–9. Дои:10.1093 / bib / bbn010. PMID  18344544.
  6. ^ а б Гриффитс-Джонс, S; Бейтман, А; Маршалл, М; Ханна, А; Эдди, С. Р. (2003). «Rfam: база данных семейства РНК». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 439–41. Дои:10.1093 / нар / gkg006. ЧВК  165453. PMID  12520045.
  7. ^ Гриффитс-Джонс, S; Grocock, R.J .; Ван Донген, S; Бейтман, А; Энрайт, А. Дж. (2006). «MiRBase: последовательности микроРНК, мишени и номенклатура генов». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D140-4. Дои:10.1093 / nar / gkj112. ЧВК  1347474. PMID  16381832.
  8. ^ а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB». iscb.org. Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинал на 20.03.2017.
  9. ^ а б Алекс Бейтман публикации, проиндексированные Google ученый Отредактируйте это в Викиданных
  10. ^ а б Чакрадхар, Шраддха (2012). «Хэн Ли заслушивает родословную Дурбина в получении премии Франклина». bio-itworld.com. Архивировано из оригинал 30 марта 2013 г.
  11. ^ Алекс Бейтман в DBLP Сервер библиографии Отредактируйте это в Викиданных
  12. ^ Finn, R.D .; Mistry, J .; Schuster-Böckler, B .; Griffiths-Jones, S .; Hollich, V .; Lassmann, T .; Moxon, S .; Marshall, M .; Ханна, А .; Durbin, R .; Eddy, S. R .; Sonnhammer, E.L .; Бейтман, А. (январь 2006 г.). «Pfam: кланы, веб-инструменты и сервисы» (Бесплатный полный текст). Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D247 – D251. Дои:10.1093 / nar / gkj149. ISSN  0305-1048. ЧВК  1347511. PMID  16381856.
  13. ^ Логан, Д. В .; Сандалии, М .; Gardner, P.P .; Манске, М.; Бейтман, А. (2010). «Десять простых правил редактирования Википедии». PLOS вычислительная биология. 6 (9): e1000941. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1000941. ЧВК  2947980. PMID  20941386. открытый доступ
  14. ^ "Группа Бейтмана <Исследования . Европейский институт биоинформатики. Архивировано из оригинал на 2013-10-01.
  15. ^ Алекс Бейтман публикации из Европа PubMed Central
  16. ^ Публикации Алекса Бейтмана индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  17. ^ Burge, S .; Аттвуд, Т.К.; Бейтман, А.; Berardini, T. Z .; Cherry, M .; О'Донован, К .; Xenarios, L .; Годе, П. (2012). «Биокураторы и биокументация: исследование проблем 21 века». База данных. 2012: bar059. Дои:10.1093 / база данных / bar059. ЧВК  3308150. PMID  22434828.
  18. ^ Бейтман, А; Эдди, С.; Chothia, C (1996). «Члены суперсемейства иммуноглобулинов у бактерий». Белковая наука. 5 (9): 1939–41. Дои:10.1002 / pro.5560050923. ЧВК  2143528. PMID  8880921.
  19. ^ Бейтман, А; Жуэ, М; Макфарлейн, Дж; Du, J. S .; Kenwrick, S; Chothia, C (1996). «Обрисовать структуру молекулы адгезии клеток L1 человека и участки, где мутации вызывают неврологические расстройства». Журнал EMBO. 15 (22): 6050–9. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00993.x. ЧВК  452426. PMID  8947027.
  20. ^ Бейтман, Александр Джордж (1997). Эволюция структуры и функции суперсемейства иммуноглобулинов. ethos.bl.uk (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  879391333.
  21. ^ Бейтман, А; Мурзин, А.Г .; Тайхманн, С.А. (1998). «Структура и распределение пентапептидных повторов в бактериях». Белковая наука. 7 (6): 1477–80. Дои:10.1002 / pro.5560070625. ЧВК  2144021. PMID  9655353.
  22. ^ а б c "Страница архива: Доктор Алекс Бейтман - Институт Wellcome Trust Sanger". Wellcome Trust Институт Сэнгера. Архивировано из оригинал на 2014-10-13.
  23. ^ Lander, Eric S .; и другие. (15 февраля 2001 г.). "Начальная последовательность и анализ человеческого генома". Природа. 409 (6822): 860–921. Дои:10.1038/35057062. PMID  11237011.
  24. ^ "Алекс Бейтман <Люди и группы <О нас . EBI. Архивировано из оригинал на 2013-10-01.
  25. ^ Бейтман, Алекс (2012). «Почему ученые должны публиковаться в Википедии». Проводная Великобритания. Архивировано из оригинал на 2012-07-09.
  26. ^ Daub, J .; Gardner, P.P .; Tate, J .; Ramsköld, D .; Манске, М.; Scott, W. G .; Weinberg, Z .; Griffiths-Jones, S .; Бейтман, А. (2008). "The RNA WikiProject: Аннотации сообщества семейств РНК". РНК. 14 (12): 2462–2464. Дои:10.1261 / rna.1200508. ЧВК  2590952. PMID  18945806.
  27. ^ Анон (2014). «15 лет» биоинформатики"". Биоинформатика. 30 (6): 747. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu076. PMID  24642573.
  28. ^ «Должностные лица и совет директоров ISCB». Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинал на 24.07.2014.
  29. ^ а б «Алекс Бейтман получил премию Бенджамина Франклина 2010 года в области биотехнологий». www.bio-itworld.com. Архивировано из оригинал на 2012-08-14.
  30. ^ «Алекс получает премию Бенджамина Франклина!». Блог Xfam. Апрель 2010. Архивировано с оригинал 28 апреля 2010 г.
  31. ^ «13 февраля 2017 г .: Международное общество вычислительной биологии назвало семь членов стипендиатом ISCB 2017 года». www.iscb.org. Получено 13 февраля 2017.