Сайрус Чотия - Cyrus Chothia - Wikipedia

Сайрус Чотия

ФРС
Сайрус Чотия ISMB 2015.jpg
Сайрус Чотия в ISMB конференция в 2015 году.
Родившийся
Сайрус Хоми Чотия

(1942-02-19)19 февраля 1942 г.[1]
Умер26 ноября 2019 г.(2019-11-26) (77 лет)[2]
ОбразованиеШкола Аллейна[3]
Альма-матер
Награды
Научная карьера
Учреждения
ТезисКристаллические структуры некоторых молекул, действующих на рецепторы холинергических нервов  (1973)
ДокторантПитер Дж. Полинг[7]
Другие научные консультантыМайкл Левитт[8]
Фредерик М. Ричардс[8]
Докторанты
Другие известные студентыАртур Леск (постдок )
Интернет сайтwww2.mrc-lmb.cam.ac.Великобритания/ группы-лидеры/ почетный/ cyrus-chothia

Сайрус Хоми Чотия (19 февраля 1942 г. - 26 ноября 2019 г.)[1] ФРС[21][2] был англичанином биохимик который был заслуженным ученым в Совет медицинских исследований (MRC) Лаборатория молекулярной биологии (ЛКМ) на Кембриджский университет[22][23] и почетный член Колледж Вольфсона, Кембридж.[21][24][25][26][27][28][29]

Образование

Чотия получил образование в Школа Аллейна,[3] затем пошел учиться в Даремский университет получил степень бакалавра наук в 1965 году.[1] Затем Чотия получил степень магистра наук в Биркбек колледж в 1967 г. и докторскую степень Университетский колледж Лондона[30] под присмотром Питер Полинг [Викиданные ],[31] сын Линус Полинг.

Исследования и карьера

После получения докторской степени Чотиа работал в Лаборатория молекулярной биологии (ЛКБ) На три года. Затем он работал с Майкл Левитт[8] на Институт науки Вейцмана[32][33] затем два года с Джоэлем Джанином в Институт Пастера в Париже.[34]

В 1976 году Чотия вернулся в Англию, чтобы работать в Университетском колледже Лондона и в LMB. С Артур Леск[6][35] он показал, что белки адаптируются к мутациям путем изменения структуры.

В 1992 году он предположил, что большинство белков состоит из доменов, происходящих из небольшого числа семейств.[36] Сотрудничал с Алексеем Мурзиным, Стивен Бреннер и Тим Хаббард создать Структурная классификация базы данных белков (SCOP),[37][38] а периодическая таблица для всех известных белковых структур. С Джулиан Гоф[17] он создал База данных надсемейства[39] который использует Скрытые марковские модели для идентификации белковых последовательностей, которые относятся к последовательностям известных структур.

За свою карьеру Чотия руководил 19 успешными аспирантами.[40] включая Алекс Бейтман,[9] Стивен Э. Бреннер,[13] Марк Бендер Герштейн,[14] Джулиан Гоф,[16] Сара Тайхманн,[18] Биссан аль-Лазикани,[41][42][43] Гога Апич,[44] Саманта Барре[нужна цитата ][45] Мэтью Бэштон,[46][47][48][49] Дэн Болсер,[50] Майкл Бреманг,[51] Бернар де Боно,[52][53] Эмма Гэнли (урожденная Хилл),[54][55][56] Мартин Мадера,[57][58] Сергей Маслау,[59] Сьюзан Миллер,[60][61][62] Джонг Парк (он же Джонг Бхак),[63][64][65] Раджкумар Сасидхаран,[66][67] и Кристин Фогель.[68][69]

Награды и награды

Чотия был избран Член Королевского общества (FRS) 2000 г..[1] Его свидетельство об избрании и кандидатуре гласит:

Доктор Чотиа показал, как аминокислотные последовательности белков определяют их структуру, функцию и эволюцию. На основе анализа их структурных закономерностей он разработал классификацию белковых структур, которая сейчас широко используется. Его картина эволюции белков показывает, как белки расходятся и приобретают новые функции. Он помог нам понять, как их явно ограниченный набор немного разных структур позволяет иммуноглобину распознавать почти безграничное разнообразие различных антигенов.[70]

В 2015 году Чотиа был избран членом Международное общество вычислительной биологии (ISCB)[71] и был награжден Достижения ISCB, присуждаемые старшим ученым в честь его работы по использованию вычислительных методов для понимания структуры белков.[4][72]

Наряду с Дэвид Хаусслер и Майкл Уотерман, Chothia был награжден 2015 Приз Дэна Дэвида за его вклад в области биоинформатика.[5]

Рекомендации

  1. ^ а б c d Анон (2014). "Чотия, Сайрус Хоми". Кто есть кто. ukwhoswho.com (онлайн Oxford University Press ред.). A&C Black, отпечаток Bloomsbury Publishing plc. Дои:10.1093 / ww / 9780199540884.013.10866. (подписка или Членство в публичной библиотеке Великобритании требуется) (требуется подписка)
  2. ^ а б "Сайрус Чотиа (1942–2019)". Получено 27 ноября 2019.
  3. ^ а б «Премия Дэна Дэвида присуждена доктору Сайрусу Чотиа». Школа Аллейна. Архивировано из оригинал 23 марта 2015 г.
  4. ^ а б «ISCB Сайрус Чотиа, Кертис Хаттенхауэр и Ларри Хантер названы лауреатами премии ISCB 2015 года». Архивировано из оригинал 11 февраля 2015 г.
  5. ^ а б «Соучредитель Википедии Джимми Уэльс среди лауреатов премии Дэна Дэвида 2015 года». Получено 13 февраля 2015.
  6. ^ а б Леск, А .; Чотиа, К. (1980). «Как разные аминокислотные последовательности определяют сходные белковые структуры: структура и эволюционная динамика глобинов». Журнал молекулярной биологии. 136 (3): 225–270. Дои:10.1016/0022-2836(80)90373-3. PMID  7373651.
  7. ^ а б Сайрус Чотия на Проект "Математическая генеалогия"
  8. ^ а б c "Сайрус Х. Чотиа, Дерево химии". Архивировано из оригинал 27 февраля 2015 г.
  9. ^ а б Бейтман, Александр Джордж (1997). Эволюция структуры и функции суперсемейства иммуноглобулинов (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  10. ^ «Д-р Алекс Бейтман - Институт Wellcome Trust Sanger». Архивировано из оригинал 25 февраля 2012 г.
  11. ^ Бейтман, А; Эдди, С.; Chothia, C (1996). «Члены суперсемейства иммуноглобулинов у бактерий». Белковая наука. 5 (9): 1939–41. Дои:10.1002 / pro.5560050923. ЧВК  2143528. PMID  8880921.
  12. ^ Бейтман, А; Chothia, C (1995). «Наброски структуры внеклеточных доменов рецепторов фактора роста фибробластов». Структурная биология природы. 2 (12): 1068–74. Дои:10.1038 / nsb1295-1068. PMID  8846218. S2CID  20501031.
  13. ^ а б Бреннер, Стивен Эллиот (1996). Молекулярная близость: эволюционные и структурные отношения белков. lib.cam.ac.uk (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. EThOS  uk.bl.ethos.596888.
  14. ^ а б Герштейн, Марк Бендер (1992). Распознавание белков: поверхности и конформационные изменения (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  15. ^ Герштейн, М.; Чотия, К. (1991). «Анализ замыкания белковой петли. Два типа петель производят одно движение в лактатдегидрогеназе». Журнал молекулярной биологии. 220 (1): 133–149. Дои:10.1016 / 0022-2836 (91) 90387-Л. PMID  2067013.
  16. ^ а б Гоф, Джулиан Джон Терстан (2002). Скрытые марковские модели и их применение к анализу генома в контексте структуры белка (PDF) (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. EThOS  uk.bl.ethos.599547. Архивировано из оригинал (PDF) 11 марта 2015 г.
  17. ^ а б "Домашняя страница доктора Джулиана Гофа в Бристольском университете". Архивировано из оригинал 25 февраля 2012 г.
  18. ^ а б Тайхманн, Сара Амалия (1999). Эволюция генома: анализ протеомов новыми методами (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  19. ^ Парк, Дж; Тайхманн, С.А.; Хаббард, Т.; Chothia, C (1997). «Промежуточные последовательности увеличивают обнаружение гомологии между последовательностями». Журнал молекулярной биологии. 273 (1): 349–54. Дои:10.1006 / jmbi.1997.1288. PMID  9367767.
  20. ^ Тайхманн, С.А.; Парк, Дж; Chothia, C (1998). «Структурные отнесения белков Mycoplasma genitalium показывают обширные дупликации генов и перестройки доменов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (25): 14658–63. Bibcode:1998PNAS ... 9514658T. Дои:10.1073 / pnas.95.25.14658. ЧВК  24505. PMID  9843945. открытый доступ
  21. ^ а б "Колледж Вольфсона: почетный научный сотрудник доктор Сайрус Чотиа, магистр FRS". Архивировано из оригинал 25 февраля 2012 г.
  22. ^ "Сайрус Чотиа: происхождение белков биологической сложности, LMB Emeritus". Архивировано из оригинал 25 февраля 2012 г.
  23. ^ «Структурная геномика и структура белка». Mrc-lmb.cam.ac.uk. Архивировано из оригинал 14 февраля 2015 г.. Получено 24 июн 2014.
  24. ^ Сайрус Чотия в DBLP Сервер библиографии Отредактируйте это в Викиданных
  25. ^ "Сайрус Чотия". Google ученый. Получено 24 июн 2014.
  26. ^ Чотия, К.; Леск, А.М.; Tramontano, A .; Левитт, М.; Smith-Gill, S.J .; Воздух, G .; Шериф, С .; Padlan, E. A .; Дэвис, Д .; Тюльпан, W. R .; Колман, П.М.; Spinelli, S .; Alzari, P.M .; Поляк, Р. Дж. (1989). «Конформации гипервариабельных областей иммуноглобулина». Природа. 342 (6252): 877–883. Bibcode:1989Натура.342..877С. Дои:10.1038 / 342877a0. PMID  2687698. S2CID  4241051.
  27. ^ Lewis, T. E .; Силлитоэ, I; Андреева А; Blundell, T. L .; Buchan, D. W .; Chothia, C; Cozzetto, D; Dana, J.M .; Филиппис, I; Гоф, Дж.; Джонс, Д. Т .; Kelley, L.A .; Клейвегт, Г. Дж.; Minneci, F; Мистри, Дж; Мурзин, А.Г .; Очоа-Монтаньо, B; Oates, M.E .; Пунта, М; Rackham, O.J .; Stahlhacke, J; Штернберг, М. Дж.; Веланкар, S; Оренго, К. (2015). «Genome3D: использование структуры, чтобы помочь пользователям понять свои последовательности». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D382–6. Дои:10.1093 / нар / gku973. ЧВК  4384030. PMID  25348407.
  28. ^ Chothia, C; Гоф, Дж.; Vogel, C; Тайхманн, С.А. (2003). «Эволюция белкового репертуара». Наука. 300 (5626): 1701–3. Bibcode:2003Sci ... 300.1701C. Дои:10.1126 / science.1085371. PMID  12805536. S2CID  27681885.
  29. ^ Публикации Кира Чотии индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  30. ^ Чотия, Сайрус (1973). Кристаллические структуры некоторых молекул, действующих на рецепторы холинергических нервов. proquest.com (Кандидатская диссертация). Университетский колледж Лондона.
  31. ^ Chothia, C .; Полинг, П. (1969). «О конформациях галлюциногенных молекул и их соотношении». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 63 (4): 1063–1070. Bibcode:1969ПНАС ... 63.1063С. Дои:10.1073 / pnas.63.4.1063. ЧВК  223427. PMID  4311249.
  32. ^ Chothia, C .; Levitt, M ​​.; Ричардсон, Д. (1977). «Структура белков: упаковка альфа-спиралей и гофрированных листов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 74 (10): 4130–4134. Bibcode:1977PNAS ... 74.4130C. Дои:10.1073 / пнас.74.10.4130. ЧВК  431889. PMID  270659.
  33. ^ Левитт, М.; Чотия, К. (1976). «Структурные образцы глобулярных белков». Природа. 261 (5561): 552–558. Bibcode:1976Натура.261..552Л. Дои:10.1038 / 261552a0. PMID  934293. S2CID  4154884.
  34. ^ Sweet, R .; Wright, H .; Janin, J .; Chothia, C .; Блоу, Д. (1974). «Кристаллическая структура комплекса трипсина свиньи с ингибитором трипсина сои (Kunitz) при разрешении 2,6 A». Биохимия. 13 (20): 4212–4228. Дои:10.1021 / bi00717a024. PMID  4472048.
  35. ^ Леск, А .; Чотиа, К. (1980). «Доступность растворителей, поверхности белков и сворачивание белков». Биофизический журнал. 32 (1): 35–47. Bibcode:1980BpJ .... 32 ... 35L. Дои:10.1016 / S0006-3495 (80) 84914-9. ЧВК  1327253. PMID  7248454.
  36. ^ Чотия, Сайрус (1992). «Тысяча семей для молекулярного биолога». Природа. 357 (6379): 543–4. Bibcode:1992Натура 357..543С. Дои:10.1038 / 357543a0. PMID  1608464. S2CID  4355476.
  37. ^ Хаббард, Т.; Мурзин А .; Бреннер, С.; Чотия, К. (1997). «SCOP: структурная классификация базы данных белков». Исследования нуклеиновых кислот. 25 (1): 236–239. Дои:10.1093 / nar / 25.1.236. ЧВК  146380. PMID  9016544.
  38. ^ "Грант правительства Великобритании предоставлен Сайрусу Чотиа". Исследовательские советы Великобритании. Архивировано из оригинал 15 октября 2014 г.
  39. ^ Гоф, Дж.; Чотия, К. (2002). «SUPERFAMILY: HMMs, представляющие все белки известной структуры. Поиск последовательностей SCOP, выравнивание и назначение генома». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 268–272. Дои:10.1093 / nar / 30.1.268. ЧВК  99153. PMID  11752312.
  40. ^ Алекс Бейтман (2015). "Академическое генеалогическое древо Кира Чотии". твиттер. Архивировано из оригинал 15 июля 2015 г.
  41. ^ Аль-Лазикани, Биссан (1999). Канонические структуры иммуноглобулинов и рецепторов Т-клеток (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  42. ^ «Руководитель группы д-р Биссан Аль-Лазикани». Институт исследования рака. Архивировано из оригинал 5 марта 2015 г.
  43. ^ Аль-Лазикани, Б; Леск, А. М .; Chothia, C (2000). "Канонические структуры гипервариабельных областей рецепторов алфавита Т-клеток". Журнал молекулярной биологии. 295 (4): 979–95. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3358. PMID  10656805.
  44. ^ Апич, Гордана (2003). Эволюция мультидоменных белков в геномах. lib.cam.ac.uk (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  894594841. EThOS  uk.bl.ethos.619919.
  45. ^ Барре, Саманта; Гринберг, Эндрю С .; Flajnik, Martin F .; Чотия, Сайрус (1994). «Структурная консервация гипервариабельных областей в эволюции иммуноглобулинов». Структурная биология природы. 1 (12): 915–920. Дои:10.1038 / nsb1294-915. ISSN  1072-8368. PMID  7773781. S2CID  39728494.
  46. ^ Баштон, Мэтью (2004). Функциональный анализ комбинаций доменов (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  47. ^ «Д-р Мэтью Баштон: научный сотрудник: проект INSTINCT». Архивировано из оригинал 5 марта 2015 г.
  48. ^ Баштон, М; Chothia, C (2002). «Геометрия комбинации доменов в белках». Журнал молекулярной биологии. 315 (4): 927–39. Дои:10.1006 / jmbi.2001.5288. PMID  11812158.
  49. ^ Баштон, М; Chothia, C (2007). «Генерация новых функций белка за счет комбинации доменов». Структура. 15 (1): 85–99. Дои:10.1016 / j.str.2006.11.009. PMID  17223535.
  50. ^ Болсер, Дэниел Мюррей (2007). Поверхности, участвующие в образовании белковых комплексов (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  51. ^ Бреманг, Майкл Энтони (2012). Репертуар мышиного белка: исследования альтернативного сплайсинга, функции и качества (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  52. ^ де Боно, Бернар (2004). Белки суперсемейства иммуноглобулинов человека и мыши (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  53. ^ де Боно, Б. (2003). «Экзегезис: процедура для улучшения предсказаний генов и ее использование для поиска белков суперсемейства иммуноглобулинов в геномах человека и мыши». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (21): 6096–6103. Дои:10.1093 / нар / gkg828. ISSN  1362-4962. ЧВК  275470. PMID  14576296.
  54. ^ Хилл, Эмма Элизабет (2002). Эволюция семейств белков: последовательности генома и трехмерные структуры (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  55. ^ "Домашняя страница Эммы Хилл". Калифорнийский университет в Беркли. Архивировано из оригинал 13 июля 2006 г.
  56. ^ "Эмма Гэнли (урожденная Хилл) персонал PLOS". PLOS. Архивировано из оригинал 24 апреля 2015 г.
  57. ^ Мадера, Мартин (2005). Скрытые марковские модели для обнаружения удаленных гомологий (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  58. ^ Мадера, М. (2004). «База данных SUPERFAMILY в 2004 году: дополнения и улучшения». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (90001): 235D – 239. Дои:10.1093 / нар / гх117. ISSN  1362-4962. ЧВК  308851. PMID  14681402.
  59. ^ Маслау, Сергей (2007). Формирование низкомолекулярного метаболизма Escherichia coli (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  60. ^ Миллер, Г. С. П. (1987). Компьютерный дисплей и изготовление 3-D моделей (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет. OCLC  59769936.
  61. ^ Миллер, Сьюзен; Джанин, Жоэль; Леск, Артур М .; Чотия, Сайрус (1987). «Внутренняя часть и поверхность мономерных белков». Журнал молекулярной биологии. 196 (3): 641–656. Дои:10.1016/0022-2836(87)90038-6. ISSN  0022-2836. PMID  3681970.
  62. ^ Миллер, Сьюзен; Леск, Артур М .; Джанин, Жоэль; Чотия, Сайрус (1987). «Доступная площадь поверхности и стабильность олигомерных белков». Природа. 328 (6133): 834–836. Bibcode:1987Натура.328..834М. Дои:10.1038 / 328834a0. ISSN  0028-0836. PMID  3627230. S2CID  4349684.
  63. ^ Пак, Чон Хва (1997). Анализ последовательности генома и методы (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  64. ^ Сайрус Чотия публикации, проиндексированные Google ученый
  65. ^ "Домашняя страница Чон Бхака: предприниматель и ученый". jongbhak.com. Архивировано из оригинал 20 декабря 2014 г.
  66. ^ Сасидхаран, Раджкумар (2004). Эволюция белков: выбор приемлемых мутаций (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  67. ^ Sasidharan, R .; Чотиа, К. (2007). «Выбор приемлемых белковых мутаций». Труды Национальной академии наук. 104 (24): 10080–10085. Bibcode:2007ПНАС..10410080С. Дои:10.1073 / pnas.0703737104. ISSN  0027-8424. ЧВК  1891269. PMID  17540730.
  68. ^ Фогель, Кристина (2004). Доменная перспектива эволюции белкового репертуара (Кандидатская диссертация). Кембриджский университет.
  69. ^ Фогель, Кристина; Чотия, Сайрус (2006). «Расширение семейства белков и биологическая сложность». PLOS вычислительная биология. 2 (5): e48. Bibcode:2006PLSCB ... 2 ... 48 В. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0020048. ISSN  1553-734X. ЧВК  1464810. PMID  16733546. открытый доступ
  70. ^ "EC / 2000/04: Chothia, Cyrus". Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинал 31 августа 2015 г.. Получено 18 ноября 2013.
  71. ^ Fogg, C.N .; Ковац Д. Э. (2015). "Послание ISCB: Достижение ISCB в 2015 году, присвоенное старшим ученым: Сайрус Чотия". Биоинформатика. 31 (13): 2238–9. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv218. PMID  26002905.
  72. ^ «Познакомьтесь с классом стипендиатов ISCB 2015 года». Архивировано из оригинал 20 февраля 2015 г.. Получено 15 февраля 2015.

Эта статья включает текст доступно под CC BY 4.0 лицензия.